Biotechnologie - BioTapestry
| Vývojáři | Ústav pro systémovou biologii |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 7.0.0 / 22. září 2014 |
| Operační systém | Jakékoli (Jáva -na základě) |
| Licence | LGPL |
| webová stránka | BioTapestry home |
Biotechnologie je otevřený zdroj softwarová aplikace pro modelování a vizualizace genové regulační sítě (GRN).[1][2]
Dějiny
BioTapestry byl vytvořen na Ústav systémové biologie v Seattlu, ve spolupráci s Davidson Lab na Kalifornský technologický institut. Projekt byl zahájen na podporu probíhajícího vývoje modelu GRN regulujícího vývoj endomesoderm u mořského ježka Strongylocentrotus purpuratus. BioTapestry byl původně zveřejněn koncem roku 2003 jako webový, pouze ke čtení interaktivní prohlížeč pro síť mořských ježků, s prvním plně funkčním editorem vydaným v srpnu 2004 (v0.94.1). Aktuální verze, 7.0.0, byla vydána v září 2014.
Rozvoj
Vývojové práce na BioTapestry pokračují. Další informace o verzi 7.0 najdete v části stránka s poznámkami k verzi.
Používání
BioTapestry je interaktivní nástroj pro modelování a vizualizaci regulačních sítí genů.
Interaktivní příklady na webu
- Síť endomesoderm mořského ježka z laboratoře Davidson.
- Síť ektodermů mořského ježka z laboratoře Davidson.
- Specifikace neurální trubice myší z laboratoře McMahon.
- Síť pro životní prostředí a regulaci genů (EGRIN) pro Halobacterium salinarum NRC-1 z laboratoře Baliga.
- Regulační síť genů T-buněk z laboratoře Rothenberg.
- Zebrafish vývojová genová regulační síť z laboratoře Yuh.
- Morfogeneze končetin z laboratoře Vokes.
Funkce
Vstup
- Gene Regulatory Networks lze kreslit ručně.
- Sítě lze vytvářet pomocí seznamů interakcí zadaných prostřednictvím dialogových oken.
- Seznamy interakcí lze zadávat pomocí souborů s hodnotami oddělenými čárkou (CSV).
- Sítě lze budovat pomocí souborů SIF jako vstupu.
- BioTapestry může přijímat definice sítí prostřednictvím rámce Gaggle.
Vizualizace
- BioTapestry používá ortogonálně zaměřené hypertextové odkazy a hierarchickou prezentaci modelů.
Analýza
- Biotechnologie může vytvářet Systémový biologický značkovací jazyk soubory pro podmnožinu sítí.
Dokumentace
- Domovská stránka BioTapestry obsahuje odkazy na několik výukových programů pro používání softwaru.
Viz také
Reference
- ^ Longabaugh WJR, Davidson EH, Bolouri H (2005). "Výpočetní reprezentace vývojových genetických regulačních sítí". Dev. Biol. 283 (1): 1–16. doi:10.1016 / j.ydbio.2005.04.023. PMID 15907831.
- ^ Longabaugh WJR, Davidson EH, Bolouri H (2009). „Vizualizace, dokumentace, analýza a komunikace rozsáhlých genových regulačních sítí“. Biochim. Biophys. Acta. 1789 (4): 363–74. doi:10.1016 / j.bbagrm.2008.07.014. PMC 2762351. PMID 18757046.