Systrip - Systrip

Systrip
Stabilní uvolnění	1. 10. / 27. května 2011
Úložiště	tulipán.labri.fr/ Systrip/1.0/ soubory/tulipán_3_4_1_s_systém_1_0.dehet.gz;
Operační systém	Okna, Linux
Licence	LGPL, GPL
webová stránka	tulipán.labri.fr/ TulipDrupal/? q = systrip

Systrip je vizuální prostředí pro analýzu dat časových řad v kontextu biologických sítí. Systemrip shromažďuje bioinformatiku a teoretické algoritmy grafů, které lze sestavit různými způsoby, aby pomohly biologům v procesu vizuální těžby. Byl použit k analýze různých skutečných biologických dat.^[1]

Prezentace

Systrip je vyvíjen v C ++ a je založen na Tulipán, rámec pro vizualizaci informací věnovaný analýze a vizualizaci relačních dat.

Architektura modelu-View-Controller v Tulip umožňuje Systripu podporovat více a synchronizované pohledy. Jakákoli interakce v pohledu (např. Výběr prvku) implikuje automatickou aktualizaci všech pohledů zobrazujících tato data. Kromě algoritmů a pohledů vyvinutých speciálně pro Systrip umožňuje systém zásuvných modulů Tulip uživatelům Systripu přístup ke všem dostupným zásuvkám -ins (zásuvné moduly integrované do vydání Tulip, ale také prostřednictvím serveru zásuvných modulů Tulip).

Funkce

Vstup

Importujte a exportujte metabolickou síť pomocí formátu SBML
Data časových řad ze souboru CSV
Importujte data ze souboru CSV
Načíst a uložit stav relace

Manipulace se strukturou

Vytváření a odstraňování cest
Odstranění prvků
Vytváření a manipulace podsítě (Pomozte uživateli zaměřit se na malou část sítě)

Vizualizace

Několik druhů reprezentací metabolických sítí (3D, řízené silou, zachování biologické konvence, hierarchické ...)
Nástroje interakce vizualizace (kreslení, ohyby ...)
Animace dat časových řad
Vizualizace časových řad v kontextu metabolické sítě
Zobrazení analýzy dat (histogram, tabulka, bodový graf, paralelní souřadnice)
3D molekulární vizualizace

Analýza

Algoritmy analýzy tulipánového grafu
- Stupeň
- Centrálnost mezi
- Excentricita
- Strahler
Algoritmy síťové analýzy
- Škrtící body
- Nejkratší cesta (věnovaná metabolickým sítím)
- Výběr rozsahu

Reference

^ Copeland, WB; Bartley, BA; Chandran, D; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Maranas, CD; Sauro, HM (květen 2012). „Výpočtové nástroje pro metabolické inženýrství“. Metabolické inženýrství. 14 (3): 270–80. doi:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. PMC 3361690. PMID 22629572.

externí odkazy

Přehled Systrip
V kontextu vizualizace dat časových řad
3D molekulární geometrie
Rozložení zachování biologické konvence
Vizualizace a analýza dat časových řad.

[PMC-3361690-1] Copeland, WB; Bartley, BA; Chandran, D; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Maranas, CD; Sauro, HM (květen 2012). „Výpočtové nástroje pro metabolické inženýrství“. Metabolické inženýrství. 14 (3): 270–80. doi:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. PMC 3361690. PMID 22629572.

[1]