Seznam databází pro onkogenomický výzkum - List of databases for oncogenomic research

Databáze pro onkogenomický výzkum jsou biologické databáze věnovaná rakovina údaje a onkogenomický výzkum. Mohou být primárním zdrojem údajů o rakovině, nabízejí určitou úroveň analýzy (zpracovaná data) nebo dokonce nabízejí online dolování dat.

Seznam

Níže uvedená tabulka poskytuje přehled databází, které slouží konkrétně pro onkogenomický výzkum. Toto není úplný seznam a neobsahuje databáze, které mají obecné zaměření. Mezi. Najdete databáze obsahující údaje o rakovině Seznam biologických databází nebo Microarray databáze.

DatabázeÚstav / organizaceTypy úpravPrimární zdroj [t 1]Zpracovaná data [t 2]OrganismyBuněčné linie [t 3]Veřejné údaje [t 4]Omezená data [t 5]
BioExpress® Oncology Suite od společnosti Ocimum Bio Solutions obsahuje data genové exprese ze vzorků primárních, metastatických a benigních nádorů a normálních vzorků, včetně odpovídajících sousedních kontrol. (BioExpress Oncology Suite) →Ocimum Bio Solutions, Spojené státyGenový výrazAnoAnoČlověk, krysa a myšAnoNeAno
ClinicalTrials.gov obsahuje popisy a některé výsledky klinických studií, z nichž mnohé jsou genomicky cílené. →Národní institut zdraví, Spojené státyRozličnýAnoAnoČlověkNeAnoNe
Sféra dat projektu z Konsorcium pro vědy o živé přírodě umožňuje vědcům sdílet, integrovat a analyzovat deidentifikovaná data na úrovni pacientů, srovnávací rameno, údaje o rakovině fáze III. →Konsorcium pro vědy o živé přírodě, Spojené státyRozličnýNeAnoČlověkNeAnoAno
Katalog somatických mutací v rakovině (COSMIC) →Wellcome Trust Sanger Institute, SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍMutaceNeAnoČlověkNeNeAno
Portál genomiky rakoviny cBio →Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Spojené státyZkopírujte číslo, Mutace, Methylace, Genový výraz, exprese miRNA, Protein, FosforylaceNeAnoČlověkNeAnoNe
Mezinárodní konsorcium pro rakovinový genom →CelosvětověMutaceAnoAnoČlověkNeAnoAno
Integrovaný onkogenomický prohlížeč rakoviny (IntOGen) →Universitat Pompeu Fabra, ŠpanělskoZkopírujte číslo, Mutace, Genový výrazNeAnoČlověkNeAnoNe
Myší retrovirus označený databáze genů rakoviny →Ústav molekulární a buněčné biologie, SingapurMutaceAnoAnoMyšNeAnoNe
Databáze biologie myšího nádoru →[poznámka 1]Jacksonova laboratoř, Spojené státyZkopírujte číslo, Mutace, Methylace, Genový výrazNeNeMyšNeNeNe
OncoDB.HCC →Academia Sinica, Tchaj-wanZkopírujte číslo, Genový výraz, QTLNeAnoČlověk, Myš, KrysaNeAnoNe
Genevestigátor → obsahuje data z mnoha veřejných úložišť včetně GEO a renomované projekty výzkumu rakoviny jako TCGA.Nebion AG, ŠvýcarskoGenový výrazNeAnoČlověk, Myš, Krysa, Opice, Pes a dalšíAnoAnoAno
OncoLand z Omicsoft Corporation obsahuje data z rozsáhlých genomických projektů, včetně TCGA, ICGC a další]Omicsoft Corporation, Spojené státyZkopírujte číslo, Mutace, Methylace, Genový výraz, exprese miRNA, Protein, FosforylaceAnoAnoČlověk, krysa a myšAnoAnoAno
Oncomine →Compendia Bioscience, Inc., Spojené státyGenový výrazNeAnoČlověkAnoNeAno
Oncoreveal →Boğaziçi University, krocanGenový výrazNeAnoČlověkNeAnoNe
Progenetix →Universität Zürich, ŠvýcarskoZkopírujte čísloNeAnoČlověkAnoAnoNe
Atlas rakovinového genomu →Národní onkologický institut, Spojené státyZkopírujte číslo, Mutace, Methylace, Genový výraz, exprese miRNAAnoAnoČlověkNeAnoAno
CancerResource →University Medicine Berlin, Německo
Databáze genomu rakoviny Roche (RCGDB) [1]Roche Diagnostics, Penzberg, Německo
Síť genů pro rakovinu →King's College London, SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍMutaceNeAnoČlověkNeAnoNe
MutaGeneNCBI, NIH, USAMutaceNeAnoČlověkNeAnoNe

Viz také

Poznámky

  1. ^ Pouze obsahuje Reference k biologickým datům

Reference

  1. ^ Databáze je místem publikace (některých) jejích nezpracovaných údajů o rakovině
  2. ^ Databáze obsahuje údaje o rakovině na určité úrovni analýzy (nezpracovaná data)
  3. ^ Databáze také obsahuje data buněčné linie
  4. ^ Databáze obsahuje údaje o rakovině, které jsou k dispozici všem
  5. ^ Databáze obsahuje data o rakovině, která jsou k dispozici pouze s určitým omezením

externí odkazy