Síť genů pro rakovinu - Network of Cancer Genes
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Webový zdroj o vlastnostech rakovinových genů na systémové úrovni |
| Organismy | Homo sapiens |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | King's College London |
| Datum vydání | Srpna 2018 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://ncg.kcl.ac.uk |
| Smíšený | |
| Verze | 6.0 |
Geny rakoviny v NCG
The Síť genů pro rakovinu (NCG) je volně dostupný webový zdroj rakovina geny a jejich přidružené vlastnosti[1]. Projekt byl zahájen v roce 2010 a v srpnu 2018 dosáhl 6th vydání: NCG6.0. NCG6.0 hlásí informace o 2 372 protein -kódující geny pro rakovinu, včetně 711 známých genů pro rakovinu ze sčítání genů pro rakovinu a seznamu Vogelstein, Science 2013[2]. Zbývajících 1661 genů pro rakovinu jsou kandidátními geny pro rakovinu anotovanými z manuální kurace 273 původních publikací. U každého genu pro rakovinu NCG6.0 uvádí jeho vlastnosti na systémové úrovni, publikace, které jej uvádějí jako známý nebo kandidátský gen pro rakovinu, a informace o designu jejich obrazovek pro sekvenování rakoviny. Kromě toho databáze poskytuje poznámky o 250 možných falešně pozitivních genech, definovaných jako kandidátské geny pro rakovinu, jejichž asociace s rakovinou bude pravděpodobně falešná[3][4].
Obrazovky pro sekvenování rakoviny
273 ručně anotovaných publikací v NCG6.0 popisuje celkem 278 celý genom nebo celý exome obrazovky pro sekvenování rakoviny. Tyto projekce zahrnovaly celkem 34 905 pacientů ze 119 různých typy rakoviny. Patří mezi ně obrazovky pro sekvenování rakoviny vzorků z 31 různých anatomických míst, stejně jako 4 obrazovky pro dospělé a 2 pediatrické obrazovky pro sledování rakoviny. NCG6.0 umožňuje provádět pokročilé vyhledávání a získávat informace o genech rakoviny podle: primárního anatomického místa, typu rakoviny a sekvenováním obrazovek nebo publikací.
| Primární web | Typy rakoviny |
|---|---|
| Krev | Difúzní velkobuněčný B-buněčný lymfom, akutní lymfocytární leukémie, chronická myeloidní leukémie, mnohočetný myelom, chronická lymfocytární leukémie, kožní T-buněčný lymfom, T-buněčná leukémie / lymfom, non-Hodgkinův lymfom, periferní T-buněčný lymfom, Burkittův lymfom, angioimunoblastický T - buněčný lymfom, akutní myeloidní leukémie, kožní DLBCL, akutní monocytární leukémie, folikulární lymfom, chronická myelomonocytická leukémie, akutní lymfoblastická leukémie, myeloproliferativní neoplazma, akutní promyelocytární leukémie, juvenilní myelomonocytická leukémie, myelodysplazie, přirozený zabiják / lymfom T buněk , mediastinální B-buněčný lymfom |
| Měchýř | Rakovina močového měchýře |
| Prsa | Rakovina prsu, trojnásobně negativní rakovina prsu, fibroepiteliální nádory prsu, rakovina prsu u mužů, fibroadenom prsu |
| Mozek | Difúzní vnitřní pontinový gliom, astrocytom, pediatrický gliom vysoké kvality, glioblastom, pan gliom, meningiom, neuroblastom, nízký stupeň gliom, dětský nízký stupeň gliom, gliom, kraniofaryngiom, intrakraniální zárodečná buňka, medulloblastom, oligodendroglioma |
| Slinivka břišní | Rakovina pankreatu (všechny histologie), duktální adenokarcinom pankreatu, neuroendokrinní nádory pankreatu, neoplastické cysty pankreatu |
| Tlustého střeva a konečníku | kolorektální adenokarcinom |
| Tenké střevo | Ampulární adenokarcinom, duodenální adenokarcinom, neuroendokrinní nádor |
| Hepatobiliární | Pan-játra, hepatocelulární karcinom, cholangiokarcinom, rakovina žlučových cest, karcinom žlučníku |
| Žaludek | Adenokarcinom žaludku, difúzní adenokarcinom žaludku, mucinózní rakovina žaludku |
| Plíce | Malobuněčný karcinom plic, karcinom plic (všechny histologie), adenokarcinom plic, spinocelulární karcinom plic, nemalobuněčný karcinom plic |
| Hlava a krk | Spinocelulární karcinom hlavy a krku, karcinom nosohltanu, ameloblastom, karcinom dlaždicových buněk orálně, adenokarcinom slinných žláz |
| Prostata | Rakovina prostaty |
| Měkká tkáň | Angiosarkom, sarkom měkkých tkání, rhabdomyosarkom |
| Děloha | Karcinom endometria, karcinosarkom dělohy, serózní karcinom endometria, leiomyom, karcinom endometria čirých buněk |
| Periferní nervový systém | Neuroblastom, zhoubný nádor obalu periferního nervu |
| Brzlík | Karcinom brzlíku |
| Kůže | Melanom, slizniční melanom, desmoplastický melanom, kožní bazocelulární karcinom |
| Ledviny | Čistá buněčná rakovina ledvin, rakovina ledvin (všechny histologie), nejasná buněčná rakovina ledvin, papilární karcinom ledvinových buněk, rhabdoidní nádor, chromofobní karcinom ledvinových buněk, renální angiomyolipom |
| Nadledvina | Adrenokortikální adenom, adrenokortikální karcinom, feochromocytom, paraganglioma |
| Jícen | Dlaždicový karcinom jícnu, adenokarcinom jícnu, jícnový (dlaždicový a adenokarcinom) |
| Kost | Osteosarkom, Ewingův sarkom, chondrosarkom, chondromyxoidní fibrom, chondroblastom, nádor kostních obřích buněk |
| Příštítná tělíska | Karcinom příštítných tělísek |
| Vaječník | Rakovina vaječníků, ovariální serózní karcinom, ovariální karcinom s jasnými buňkami, ovariální malobuněčný karcinom |
| Penis | Dlaždicová rakovina penisu |
| Štítná žláza | Papilární karcinom štítné žlázy, anaplastický karcinom štítné žlázy |
| Čípek | Rakovina děložního čípku (všechny histologie) |
| Varle | Rakovina zárodečných buněk varlat |
| Sítnice | Retinoblastom |
| Pohrudnice | Maligní mezoteliom pleury |
| Uvea | Melanom |
| Cévní systém | Cévní rakovina |
Vlastnosti na úrovni systémů
Vlastnosti na úrovni systémů jsou vlastnosti genů nezávislé na genové funkci jednotlivce[5]. Některé z těchto vlastností lze použít k odlišení genů pro rakovinu od zbytku lidských genů[1][6]. Vlastnosti na úrovni systémů hlášené NCG jsou:
- Duplikovatelnost: tj. přítomnost dalších genomových sekvencí odpovídajících alespoň 60% genové sekvence[7].
- Evoluční vzhled: přítomnost nebo nepřítomnost ortolog geny v sedmi větvích stromu života (Prokaryotes, Eukaryoty, Opisthokonts, Metazoáni, Obratlovci, Savci, Primáti )
- Interakce protein-protein: seznam všech lidských proteinů interagujících s hlavním proteinem kódovaným požadovaným genem a počet komplexy je součástí.
- interakce genu microRNA: seznam experimentálně ověřených interakcí mezi sledovaným genem a lidskými miRNA.
- Funkční vlastnosti: seznam funkčních tříd požadovaného genu.
- Genová exprese a proteinová exprese: Seznam normálních tkání a rakovinných buněčných linií, ve kterých je požadovaný gen exprimován.
- Podstata: seznam lidské buněčné linie ve kterém byl gen shledán nezbytným.
Předchozí verze
Reference
- ^ A b Repana, Dimitra; Nulsen, Joel; Dressler, Lisa; Bortolomeazzi, Michele; Venkata, Santhilata Kuppili; Tourma, Aikaterini; Yakoleva, Anna; Palmieri, Tommaso; Ciccarelli, Francesca D. (01.12.2018). „Síť genů pro rakovinu (NCG): komplexní katalog známých a kandidátních genů pro rakovinu z obrazovek sekvenování rakoviny“. bioRxiv: 389858. doi:10.1101/389858.
- ^ Kinzler, Kenneth W .; Diaz, Luis A .; Zhou, Shibin; Velculescu, Victor E .; Papadopoulos, Nickolas; Vogelstein, Bert (2013-03-29). „Krajiny genomu rakoviny“. Věda. 339 (6127): 1546–1558. Bibcode:2013Sci ... 339.1546V. doi:10.1126 / science.1235122. ISSN 1095-9203. PMC 3749880. PMID 23539594.
- ^ Lawrence, Michael S. (11. července 2013). „Mutační heterogenita u rakoviny a hledání nových genů souvisejících s rakovinou“. Příroda. 499 (7457): 214–218. Bibcode:2013Natur.499..214L. doi:10.1038 / příroda12213. PMC 3919509. PMID 23770567.
- ^ Bailey, Matthew H .; Tokheim, Collin; Porta-Pardo, Eduard; Sengupta, Sohini; Bertrand, Denis; Weerasinghe, Amila; Colaprico, Antonio; Wendl, Michael C .; Kim, Jaegil (2018). „Komplexní charakterizace genů a mutací řidičů rakoviny“. Buňka. 174 (4): 1034–1035. doi:10.1016 / j.cell.2018.07.034. ISSN 0092-8674. PMID 30096302.
- ^ Ciccarelli, Francesca D. (06.06.2010). „Evoluce genetiky rakoviny“. Biologie BMC. 8 (1): 74. doi:10.1186/1741-7007-8-74. ISSN 1741-7007. PMC 2883958. PMID 20594288.
- ^ D'Antonio, Matteo; Ciccarelli, Francesca D. (2013-05-29). „Integrovaná analýza rekurentních vlastností rakovinových genů k identifikaci nových řidičů“. Genome Biology. 14 (5): R52. doi:10.1186 / gb-2013-14-5-r52. ISSN 1474-760X. PMC 4054099. PMID 23718799.
- ^ Rambaldi, Davide; Giorgi, Federico M .; Capuani, Fabrizio; Ciliberto, Andrea; Ciccarelli, Francesca D. (2008). "Nízká duplikovatelnost a křehkost sítě genů pro rakovinu". Trendy v genetice. 24 (9): 427–430. doi:10.1016 / j.tig.2008.06.003. ISSN 0168-9525. PMID 18675489.
- ^ An, Omer; Dall'Olio, Giovanni M .; Mourikis, Thanos P .; Ciccarelli, Francesca D. (01.01.2016). „NCG 5.0: aktualizace ručně upraveného úložiště genů rakoviny a souvisejících vlastností z screeningů mutací rakoviny“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D992 – D999. doi:10.1093 / nar / gkv1123. ISSN 0305-1048. PMC 4702816. PMID 26516186.
- ^ An, Omer; Pendino, Vera; D'Antonio, Matteo; Ratti, Emanuele; Gentilini, Marco; Ciccarelli, Francesca D. (01.01.2014). „NCG 4.0: síť rakovinových genů v době masivního mutačního screeningu rakovinových genomů“. Databáze. 2014: bau015. doi:10.1093 / databáze / bau015. PMC 3948431. PMID 24608173.
- ^ D'Antonio, Matteo; Pendino, Vera; Sinha, Shruti; Ciccarelli, Francesca D. (2012). „Síť genů pro rakovinu (NCG 3.0): integrace a analýza genetických a síťových vlastností genů pro rakovinu“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D978–83. doi:10.1093 / nar / gkr952. PMC 3245144. PMID 22080562.
- ^ Syed, Adnan S .; D'Antonio, Matteo; Ciccarelli, Francesca D. (2010). „Síť genů pro rakovinu: webový zdroj pro analýzu duplikovatelnosti, ortologie a síťových vlastností genů pro rakovinu“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D670–5. doi:10.1093 / nar / gkp957. PMC 2808873. PMID 19906700.
externí odkazy
- NCG6.0: http://ncg.kcl.ac.uk
- NCG5.0: http://ncg.kcl.ac.uk/ncg5/
- NCG4.0: http://ncg.kcl.ac.uk/ncg4/