HNRPAB - HNRPAB

HNRNPAB
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3S7R
Identifikátory
Aliasy	HNRNPAB, ABBP1, HNRPAB, heterogenní nukleární ribonukleoprotein A / B
Externí ID	OMIM: 602688 MGI: 1330294 HomoloGene: 74950 Genové karty: HNRNPAB
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	178,211,163 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	51,606,847 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • vazba nukleové kyseliny; • sekvenčně specifická vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • mRNA vazba; • Vazba RNA; • sekvenčně specifické dvouvláknové vázání DNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • Komplex transkripčních faktorů RNA polymerázy II; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • přechod mezi epitelem a mezenchymem;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3182
	15384
	ENSG00000197451
	ENSMUSG00000020358
	Q99729
	Q99020
	NM_031266; NM_004499
	NM_001048061; NM_010448
	NP_004490; NP_112556
	NP_001041526; NP_034578
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Heterogenní jaderný ribonukleoprotein A / B, také známý jako HNRPAB, je protein, který je u lidí kódován HNRPAB gen.^[5] Ačkoli je tento gen pojmenován HNRNPAB s odkazem na jeho první klonování jako RNA vázající protein s podobností k HNRNP A a HNRNP B,^[6] není členem HNRNP A / B podrodiny HNRNP, ale seskupuje se úzce s HNRNPD / AUF1 a HNRNPDL.^[7]^[8]

Funkce

Tento gen patří do podčeledi všudypřítomně exprimovaných heterogenní nukleární ribonukleoproteiny (hnRNPs). HnRNP jsou produkovány RNA polymeráza II a jsou složkami komplexů heterogenní nukleární RNA (hnRNA). Jsou spojeny s pre-mRNA v jádru a zdá se, že ovlivňují zpracování pre-mRNA a další aspekty metabolismu a transportu mRNA. I když jsou všechny hnRNP přítomny v jádru, zdá se, že některé se pohybují mezi jádro a cytoplazma. Proteiny hnRNP mají odlišné vlastnosti vázání nukleových kyselin. Protein kódovaný tímto genem, který se váže na jednu ze složek komplexu multiproteinových editosomů, má dvě opakování domén kvazi-RRM (rozpoznávací motiv RNA), které se vážou na RNA. Pro tento gen byly popsány dvě alternativně sestříhané varianty transkriptu kódující různé izoformy.^[5]

Interakce

HNRPAB bylo prokázáno komunikovat s TP63.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197451 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020358 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: HNRPAB heterogenní jaderný ribonukleoprotein A / B“.
^ Khan FA, Jaiswal AK, Szer W (září 1991). "Klonování a sekvenční analýza proteinu hnRNP lidského typu A / B". FEBS Dopisy. 290 (1–2): 159–61. doi:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.
^ Akindahunsi AA, Bandiera A, Manzini G (únor 2005). „Obratlovci 2xRBD hnRNP proteiny: srovnávací analýza genomu, mRNA a proteinových sekvencí“. Výpočetní biologie a chemie. 29 (1): 13–23. doi:10.1016 / j.compbiolchem.2004.11.002. PMID 15680582.
^ Czaplinski K, Köcher T, Schelder M, Segref A, Wilm M, Mattaj IW (duben 2005). "Identifikace 40LoVe, proteinu rodiny Xenopus hnRNP D podílejícího se na lokalizaci mRNA související s TGF-beta během oogeneze". Vývojová buňka. 8 (4): 505–15. doi:10.1016 / j.devcel.2005.01.012. PMID 15809033.
^ Fomenkov A, Huang YP, Topaloglu O, Brechman A, Osada M, Fomenkova T a kol. (Červen 2003). „Mutace P63 alfa vedou k aberantnímu sestřihu receptoru růstového faktoru keratinocytů u Hay-Wellsova syndromu“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (26): 23906–14. doi:10,1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.

Další čtení

Khan FA, Jaiswal AK, Szer W (září 1991). "Klonování a sekvenční analýza proteinu hnRNP lidského typu A / B". FEBS Dopisy. 290 (1–2): 159–61. doi:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.
Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Gress TM, Müller-Pillasch F, Geng M, Zimmerhackl F, Zehetner G, Friess H a kol. (Říjen 1996). "Profil exprese specifický pro rakovinu pankreatu". Onkogen. 13 (8): 1819–30. PMID 8895530.
Lau PP, Zhu HJ, Nakamuta M, Chan L (leden 1997). „Klonování proteinu vázajícího Apobec-1, který také interaguje s mRNA apolipoproteinu B a důkazy o jeho zapojení do úpravy RNA“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (3): 1452–5. doi:10.1074 / jbc.272.3.1452. PMID 8999813.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Hay DC, Kemp GD, Dargemont C, Hay RT (květen 2001). „Interakce mezi hnRNPA1 a IkappaBalpha je nutná pro maximální aktivaci transkripce závislé na NF-kappaB“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (10): 3482–90. doi:10.1128 / MCB.21.10.3482-3490.2001. PMC 100270. PMID 11313474.
Lau PP, Chang BH, Chan L (duben 2001). „Dvouhybridní klonování identifikuje protein vázající RNA, GRY-RBP, jako složku editozomu apobec-1“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 282 (4): 977–83. doi:10.1006 / bbrc.2001.4679. PMID 11352648.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H a kol. (Leden 2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Aktuální biologie. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Percipalle P, Jonsson A, Nashchekin D, Karlsson C, Bergman T, Guialis A, Daneholt B (duben 2002). „Jaderný aktin je spojen se specifickou podskupinou proteinů typu hnRNP A / B“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (8): 1725–34. doi:10.1093 / nar / 30.8.1725. PMC 113215. PMID 11937625.
Angenstein F, Evans AM, Settlage RE, Moran ST, Ling SC, Klintsova AY a kol. (Říjen 2002). „Receptor pro aktivovanou C kinázu je součástí messengerových ribonukleoproteinových komplexů asociovaných s polyA-mRNA v neuronech“. The Journal of Neuroscience. 22 (20): 8827–37. doi:10.1523 / jneurosci.22-20-08827.2002. PMC 6757688. PMID 12388589.
Fomenkov A, Huang YP, Topaloglu O, Brechman A, Osada M, Fomenkova T a kol. (Červen 2003). „Mutace P63 alfa vedou k aberantnímu sestřihu receptoru růstového faktoru keratinocytů u Hay-Wellsova syndromu“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (26): 23906–14. doi:10,1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.
Zhang S, Schlott B, Görlach M, Grosse F (2004). „DNA-dependentní protein kináza (DNA-PK) fosforyluje proteiny nukleové DNA helikázy II / RNA helikázy A a hnRNP způsobem závislým na RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (1): 1–10. doi:10,1093 / nar / gkg933. PMC 373260. PMID 14704337.
Gao C, Guo H, Wei J, Mi Z, Wai P, Kuo PC (březen 2004). „S-nitrosylace heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu A / B reguluje transkripci osteopontinu v myších makrofágech stimulovaných endotoxinem“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (12): 11236–43. doi:10,1074 / jbc.M313385200. PMID 14722087.
Ong SE, Mittler G, Mann M (listopad 2004). "Identifikace a kvantifikace methylačních míst in vivo těžkým methyl SILAC". Přírodní metody. 1 (2): 119–26. doi:10.1038 / nmeth715. PMID 15782174. S2CID 6654604.
Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, Rush J, Gygi SP (říjen 2006). „Přístup založený na pravděpodobnosti pro vysoce výkonnou analýzu fosforylace proteinů a lokalizaci místa“. Přírodní biotechnologie. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038 / nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S a kol. (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Molekulární systémy biologie. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Tento článek o gen na lidský chromozom 5 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197451 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020358 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: HNRPAB heterogenní jaderný ribonukleoprotein A / B“.

[pmid1717314-6] Khan FA, Jaiswal AK, Szer W (září 1991). "Klonování a sekvenční analýza proteinu hnRNP lidského typu A / B". FEBS Dopisy. 290 (1–2): 159–61. doi:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.

[pmid15680582-7] Akindahunsi AA, Bandiera A, Manzini G (únor 2005). „Obratlovci 2xRBD hnRNP proteiny: srovnávací analýza genomu, mRNA a proteinových sekvencí“. Výpočetní biologie a chemie. 29 (1): 13–23. doi:10.1016 / j.compbiolchem.2004.11.002. PMID 15680582.

[pmid15809033-8] Czaplinski K, Köcher T, Schelder M, Segref A, Wilm M, Mattaj IW (duben 2005). "Identifikace 40LoVe, proteinu rodiny Xenopus hnRNP D podílejícího se na lokalizaci mRNA související s TGF-beta během oogeneze". Vývojová buňka. 8 (4): 505–15. doi:10.1016 / j.devcel.2005.01.012. PMID 15809033.

[pmid12692135-9] Fomenkov A, Huang YP, Topaloglu O, Brechman A, Osada M, Fomenkova T a kol. (Červen 2003). „Mutace P63 alfa vedou k aberantnímu sestřihu receptoru růstového faktoru keratinocytů u Hay-Wellsova syndromu“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (26): 23906–14. doi:10,1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]