Glycanové pole - Glycan array

Glycanová pole, jako to nabízí Konsorcium pro funkční glykomiku (CFG), Národní centrum pro funkční glykomiku (NCFG) a Z Biotech, LLC obsahují sacharidové sloučeniny, které lze skrínovat pomocí lektinů, protilátek nebo buněčných receptorů, aby se definovala sacharidová specificita a identifikovaly ligandy. Screening glykanového pole funguje podobně jako jiná microarray, která se používá například ke studiu genové exprese DNA mikročipy nebo proteinové interakce Proteinové mikročipy.

Glycanová pole se skládají z různých oligosacharidy a / nebo polysacharidy imobilizován na pevné podložce v prostorově definovaném uspořádání.[1] Tato technologie poskytuje prostředky ke studiu interakcí glykan-protein v prostředí s vysokou propustností. Tyto přírodní nebo syntetické (viz syntéza sacharidů ) glykany se poté inkubují s jakýmkoli proteinem vázajícím glykan, jako je například lektiny, buněčné povrchové receptory nebo případně celý organismus, jako je a virus. Vazba se kvantifikuje pomocí detekčních metod založených na fluorescenci.

Aplikace

Technologie glykanového pole byla a stále je používána ke studiu specificity interakce hostitel-patogen.[2]

Hned na začátku se ukázalo, že glykanová pole jsou užitečná pro stanovení specificity Hemaglutinin (chřipka) z Virus chřipky A. vazba na hostitele a rozlišování mezi různými kmeny chřipky (včetně ptačích od savčích). To bylo ukázáno na polích CFG [3] stejně jako přizpůsobená pole.[4] Meziplatformová měřítka vedla ke zvýraznění vlivu prezentace glykanů a mezer na vazbu.[5]

Glycanová pole jsou možná kombinována s jinými technikami jako např Rezonance povrchového plazmonu (SPR) k upřesnění charakterizace vazba glykanu. Tato kombinace například vedla k prokázání vazby heparinu závislého na vápníku Annexin A1 který je zapojen do několika biologických procesů včetně zánět, apoptóza a obchodování s membránami.[6]

Reference

  1. ^ Oyelaran O, Gildersleeve JC (říjen 2009). „Glycanová pole: nedávný pokrok a budoucí výzvy“. Curr Opin Chem Biol. 13 (4): 406–413. doi:10.1016 / j.cbpa.2009.06.021. PMC  2749919. PMID  19625207.
  2. ^ Geissner A, Anish C, Seeberger PH (únor 2014). "Glykanová pole jako nástroje pro výzkum infekčních nemocí". Curr Opin Chem Biol. 18: 38–45. doi:10.1016 / j.cbpa.2013.11.013. PMID  24534751.
  3. ^ Stevens J, Blixt O, Tumpey TM, Taubenberger JK, Paulson JC, Wilson IA (duben 2006). "Struktura a receptorová specificita hemaglutininu z viru chřipky H5N1". Věda. 312 (5772): 404–410. Bibcode:2006Sci ... 312..404S. doi:10.1126 / science.1124513. PMID  16543414.
  4. ^ Childs RA, Palma AS, Wharton S, Matrosovich T, Liu Y, Chai W, Campanero-Rhodes MA, Zhang Y, Eickmann M, Kiso M, Hay A, Matrosovich M, Feizi T (září 2009). „Specifičnost vazby na receptory viru pandemické chřipky A (H1N1) 2009 stanovená pomocí sacharidové microarray“. Nat Biotechnol. 27 (9): 797–799. doi:10.1038 / nbt0909-797. PMC  3771066. PMID  19741625.
  5. ^ Wang L, Cummings RD, Smith DF, Huflejt M, Campbell CT, Gildersleeve JC, Gerlach JQ, Kilcoyne M, Joshi L, Serna S, Reichardt NC, Parera Pera N, Pieters RJ, Eng W, Mahal LK (červen 2014). „Meziplatformové srovnání formátů glykanové microarray“. Glykobiologie. 24 (6): 507–17. doi:10.1093 / glycob / cwu019. PMC  4001710. PMID  24658466.
  6. ^ Horlacher T, Noti C, de Paz JL, Bindschädler P, Hecht ML, Smith DF, Fukuda MN, Seeberger PH (duben 2011). „Charakterizace vazby anexinu A1 na glykan odhaluje vazbu na vysoce sulfatované glykany s preferencí vysoce sulfatovaného heparan sulfátu a heparinu“. Biochemie. 50 (13): 2650–9. doi:10.1021 / bi101121a. PMC  3068229. PMID  21370880.