Genetický marker - Genetic marker

A genetický marker je gen nebo Sekvence DNA se známým umístěním na a chromozóm které lze použít k identifikaci jednotlivců nebo druh. Lze jej popsat jako variaci (která může vzniknout v důsledku mutace nebo změny v genomových lokusech), kterou lze pozorovat. Genetickým markerem může být krátká sekvence DNA, jako je sekvence obklopující jednu změnu párů bází (polymorfismus jednoho nukleotidu, SNP) nebo dlouhý minisatelity.
Pozadí
Po mnoho let, genové mapování byla omezena na identifikaci organismů pomocí tradičních fenotypových markerů. To zahrnovalo geny, které kódovaly snadno pozorovatelné vlastnosti, jako jsou krevní skupiny nebo tvary semen. Nedostatečný počet těchto typů charakteristik u několika organismů omezil úsilí o mapování, které bylo možné provést. To podnítilo vývoj genových markerů, které by mohly identifikovat genetické vlastnosti, které nejsou v organizmech snadno pozorovatelné (jako je variabilita proteinů).[1]
Typy

Některé běžně používané typy genetických markerů jsou:
- RFLP (nebo Polymorfismus délky restrikčních fragmentů )
- SSLP (nebo Jednoduchý polymorfismus délky sekvence )
- AFLP (nebo Zesílený polymorfismus délky fragmentu )
- RAPD (nebo Náhodná amplifikace polymorfní DNA )
- VNTR (nebo Tandemové opakování s proměnným počtem )
- SSR Mikrosatelit polymorfismus, (nebo Jednoduché opakování sekvence )
- SNP (nebo Polymorfismus jednoho nukleotidu )
- STR (nebo Krátký tandemový opakování )
- SFP (nebo Polymorfismus s jednou funkcí )
- DArT (nebo Technologie rozmanitých polí )
- Značky RAD (nebo Markery DNA spojené s restrikčním místem )
Molekulárně genetické markery lze rozdělit do dvou tříd a) biochemické markery, které detekují variace na úrovni genového produktu, jako jsou změny v proteinech a aminokyselinách ab) molekulární markery, které detekují variace na úrovni DNA, jako jsou změny nukleotidů: delece, duplikace, inverze a / nebo vložení. Markery mohou vykazovat dva způsoby dědičnosti, tj. Dominantní / recesivní nebo ko-dominantní. Pokud lze odlišit genetický vzorec homozygotů od heterozygotů, pak se o markeru říká, že je ko-dominantní. Obecně dominantní markery jsou obecně informativní než dominantní markery.[2]
Použití
Genetické markery lze použít ke studiu vztahu mezi zděděná nemoc a jeho genetický příčina (například konkrétní mutace a gen což má za následek vadu protein ). Je známo, že kousky DNA, které leží blízko sebe na chromozomu, bývají zděděny společně. Tato vlastnost umožňuje použití markeru, který lze poté použít k určení přesného vzorce dědičnosti genu, který ještě nebyl přesně lokalizován.
Genetické markery jsou použity v genealogické testování DNA pro genetická genealogie určit genetická vzdálenost mezi jednotlivci nebo populacemi. Uniparental markers (on mitochondriální nebo Y chromozomální DNA) jsou studovány pro hodnocení mateřské nebo otcovské linie. Autosomální značky se používají pro všechny předky.
Genetické markery musí být snadno identifikovatelné, spojené s konkrétním místo a velmi polymorfní, protože homozygoti neposkytujte žádné informace. Detekce markeru může být přímá sekvenováním RNA nebo nepřímým použitím alozymy.
Některé z metod používaných ke studiu genom nebo fylogenetika jsou RFLP, AFLP, RAPD, SSR. Mohou být použity k vytvoření genetických map jakéhokoli organismu, který je studován.
Proběhla debata o tom, čeho je přenosný agent CTVT (psí přenosný pohlavní nádor ) byl. Mnoho vědců předpokládalo, že částice podobné virům jsou odpovědné za transformaci buňky, zatímco jiní si mysleli, že samotná buňka byla schopna infikovat další špičáky jako aloštěp. S pomocí genetických markerů byli vědci schopni prokázat přesvědčivý důkaz, že z rakovinné nádorové buňky se vyvinul přenosný parazit. Kromě toho byly molekulárně genetické markery použity k vyřešení problému přirozeného přenosu, plemene původu (fylogenetika ) a věk psího nádoru.[3]
Genetické markery byly také použity k měření genomové odpovědi na selekce u hospodářských zvířat. Přirozený a umělý výběr vede ke změně genetické výbavy buňky. Přítomnost různých alel v důsledku zkreslené segregace u genetických markerů svědčí o rozdílu mezi vybranými a nevybranými hospodářskými zvířaty.[4]
Reference
- ^ Benjamin A. Pierce (2013-12-27). Genetika: koncepční přístup. Macmillanovo učení. ISBN 978-1-4641-0946-1.
- ^ N Manikanda Boopathi (12. 12. 2012). Genetické mapování a výběr podporovaný značkami: Základy, praxe a výhody. Springer Science & Business Media. str. 60–. ISBN 978-81-322-0958-4.
- ^ Murgia C, Pritchard JK Kim SY, Fassati A, Weiss RA. Klonální původ a vývoj přenosné rakoviny. Buňka. 2006 11. srpna; 126 (3): 477-87.
- ^ Gomez-Raya L, Olsen HG, Lingaas F, Klungland H, Våge DI, Olsaker I, Talle SB, Aasland M, Lien S (listopad 2002). „Využití genetických markerů k měření genomové odezvy na výběr u hospodářských zvířat“. Genetika. 162 (3): 1381–8. PMC 1462338. PMID 12454081.
Viz také
Další čtení
- de Vicente C, Fulton T (2003). Výukové moduly pro molekulární značení - sv. 1. IPGRI, Řím, Itálie a Institut pro genetickou rozmanitost, Ithaca, New York, USA.[trvalý mrtvý odkaz ]
- de Vicente C, Fulton T (2004). Výukové moduly pro molekulární značení - sv. 2. IPGRI, Řím, Itálie a Institut pro genetickou rozmanitost, Ithaca, New York, USA.
- de Vicente C, Glaszmann JC (2006). Molekulární značky pro těžbu alel. AMS (Bioversity's Regional Office for the Americas), CIRAD, GCP, IPGRI, M.S. Swaminathan Research Foundation. str. 85. Archivovány od originál dne 04.12.2007. Citováno 2007-12-12.
- Spooner D, van Treuren R, de Vicente MC (2005). Molekulární markery pro správu genové banky. CGN, IPGRI, USDA. str. 126. Archivovány od originál dne 2008-05-03. Citováno 2007-12-12.
externí odkazy
Média související s Genetické markery na Wikimedia Commons