Společnost FGED - FGED Society

Společnost FGED
Logo Mged.png
ZkratkaFGED
Formace1999
TypNPO
ÚčelVědecký
Úřední jazyk
Angličtina
Prezident
Francis Ouellette
Hlavní orgán
Představenstvo
webová stránkafged.org

The Funkční datová společnost GEnomics (FGED) (dříve známý jako Společnost MGED) je nezisková, dobrovolnická mezinárodní organizace biologů, počítačových vědců a analytiků dat, jejímž cílem je usnadnit biologický a biomedicínský objev prostřednictvím dataintegrace. Přístup FGED spočívá v podpoře sdílení základní výzkum data generovaná primárně prostřednictvím vysoce výkonné technologie které generují velké soubory dat v doméně funkční genomika.

Členové společnosti FGED spolupracují s dalšími organizacemi na podpoře efektivního sdílení a reprodukovatelnosti funkčních genomických dat; usnadňovat vytváření standardů a softwarových nástrojů, které tyto standardy využívají; a podporovat sdílení vysoce kvalitních, vítaných údajů v rámci humanitní vědy a biomedicínské komunity.

Tato organizace, založená v roce 1999 jako „Microarray Gene Expression Data (MGED) Society“, změnila svůj název na „Functional Genomics Data Society“ v roce 2010, aby odrážela skutečnost, že rozšířila své zaměření nad rámec aplikace DNA mikročipy pro genová exprese analýza zahrnující technologie jako vysoce výkonné sekvenování.[Citace je zapotřebí ] Rozsah společnosti FGED zahrnuje data generovaná pomocí jakékoli technologie funkční genomiky, pokud jsou aplikována na studie genové exprese, vazby, modifikace a dalších souvisejících aplikací v měřítku genomu.

Dějiny

Společnost FGED byla založena v roce 1999 na setkání v Microarray GeneExpression Databases jako uznání potřeby zavést standardy pro sdílení a ukládání dat z DNA microarray experimenty.[Citace je zapotřebí ] Společnost původně pojmenovaná „MGED Society“ začala se zaměřením na DNA mikročipy a genová exprese data.

Původní společnost MGED byla založena v roce 2002 jako nezisková veřejně prospěšná organizace s názvemMicroarray Gene Expression Data Society a získal status stálé charitativní organizace v roce 2007.[Citace je zapotřebí ] Název MGED byl v roce 2007 legálně změněn naMicroarray and Gene Expression Data Society zdůraznit širší rozsah.

V září 2008 se Společnost rozhodla prosadit jednoduše jakoSpolečnost MGED rozšířit rozsah společnosti nad rámec technologie microarray a aplikací genové exprese, přesto si v komunitě zachovat uznávanou hodnotu názvu MGED.[Citace je zapotřebí ]

V červenci 2010 společnost hlasovala pro změnu názvu na „Funkční genomická datová (FGED) společnost“, aby odrážela její současné poslání, které jde nad rámec mikročipů a genové exprese a zahrnuje data generovaná pomocí libovolného funkční genomika technologie aplikována nagenomický -škálové studie genové exprese, vazba, modifikace (např Methylace DNA ) a další související aplikace. To bylo oficiálně oznámeno dne 14. července 2010 na výročním zasedání společnosti „MGED13“.[1]

Prezidenti společnosti FGED

Členové správní rady a funkcionáři společnosti FGED jsou voleni každoročně každý květen a začínají sloužit v červnu. Prezidenti společnosti FGED a jejich funkční období jsou následující:

  • Francis Ouellette (2013 - dosud)
  • John Quackenbush (2011–2013)
  • Chris Stoeckert (2007–2011)
  • Catherine Ball (2003–2007)
  • Alvis Brasma (1999–2003)

Členství

Představenstvo a poradní výbor FGED se skládají z dobrovolníků z akademické sféry, průmyslu, vlády a časopisů zastupujících průřez těmi, kteří generují, analyzují, archivují a publikují v oblasti funkční genomiky. Ačkoli neexistuje žádné formální členství, účastníci výroční zasedání FGED jsou považovány za součást komunity FGED.

Standardy

K dnešnímu dni společnost FGED vypracovala řadu specifikací standardů týkajících se experimentů s DNA čipy. Tyto standardy jsou navrženy tak, aby zlepšily anotaci, komunikaci a sdílení dat a nálezů z takových experimentů v komunitě výzkumu biologie.

MINSEQE

Minimální informace o vysoce výkonném experimentu SEQuencing (MINSEQE) je obsah adata minimální informační standard který popisuje základní informace potřebné k adekvátní dokumentaci a vysoce výkonné sekvenování experiment za účelem interpretace a replikace výsledků.[2]

MIAME

MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment) je standard obsahu adata, který popisuje základní informace potřebné pro adekvátní dokumentaci DNA microarray experimentu za účelem interpretace a replikace výsledků. Jednalo se o první publikovaný příklad a minimální informační standard pro vysoce výkonné experimenty v biologických vědách a jako takové položily základy pro podobné standardy v jiných oblastech biologických věd.

MAGE-OM a MAGE-TAB

MAGE-OM (MicroArray Gene ExpressionObject Model) je standard pro výměnu dat a modelování dat pro použití při kódování dat z microarray experimentů za účelem exportu a importu do softwarových nástrojů a databází prostřednictvím XML soubory. MAGE-OM je amodel nezávislý na platformě implementováno ve formátu MAGE-ML založeném na XML.

Nová verze, MAGE-TAB, byl vyvinut, aby jej producenti dat snáze chápali a generovali, protože je ve formátu (oddělené tabulátorem ), které lze prohlížet a upravovat pomocí široce dostupného tabulkového softwaru, jako je Microsoft Excel.[3]

MGED Ontology

MGED Ontology (MO) poskytuje standardní terminologii pro popis komponent aDNA microarray experimentu.[4]The Ontologie pro biomedicínská vyšetřování (OBI) se vyvíjí jako náhrada za MO. K dispozici je mapování pojmů ontologie z MO do OBI.[5]

Výroční zasedání

Hlavní součástí činnosti společnosti FGED bylo každoroční setkání FGED, které předvedlo špičkovou vědeckou práci a prosazovalo standardy.[6]

Společnost FGED pořádá své výroční setkání na místech po celém světě od roku 1999 v koordinaci s místní vědeckou organizací, která poskytuje prostor pro přednášky, posterové semináře, workshopy a konzultace.

Minulé schůze společnosti FGED

Zde je seznam výročních dat schůzí a míst minulých schůzí společnosti FGED.[7] Všechna jednání od roku 2010 a dříve se konala pod názvem „MGED Society“.

datumUmístění
20. června 2013Seattle, WA, USA[8]
25. ledna 2012Boston, Massachusetts, USA[9]
15. července 2010Boston, Massachusetts, USA (ve spojení s ISMB )
8. října 2009Phoenix, Arizona, USA
5. září 2008Riva del Garda, Trentino, Itálie
5. září 2007Brisbane, Austrálie
10. září 2006Seattle, WA, USA
13. září 2005Bergen, Norsko
10. září 2004Toronto, Kanada
5. září 2003Aix-en-Provence, Francie
27. září 2002Plaza Heisei, Odaiba, Tokyo, Japonsko
31. března 2001Stanfordská Univerzita, CA, USA
27. května 2000DKFZ a EMBL, Heidelberg, Německo
15. listopadu 1999EBI, Cambridge, Velká Británie

Viz také

Reference

  1. ^ FGED_Society. „Velké novinky: MGED má nový název: FGED - společnost pro funkční genomiku dat“. Cvrlikání. Citováno 10. srpna 2010.
  2. ^ Funkční genomická datová společnost (červen 2012). „Minimální informace o vysoce výkonném experimentu SEQuencing“.
  3. ^ „Domovská stránka MAGE-TAB“. Web FGED. Citováno 2012-07-31.
  4. ^ „Časté dotazy k ontologii MGED“. Web projektu MO. Citováno 2008-11-23.
  5. ^ „Mapování termínů mezi MO a ontologií pro biomedicínská vyšetřování“. Pracovní skupina pro ontologii MGED. Citováno 10. srpna 2010.
  6. ^ „Seznam výročních zasedání FGED“. Web FGED. Citováno 2013-04-02.
  7. ^ „Zasedání společnosti FGED“. Společnost FGED. Citováno 2. srpna 2016.
  8. ^ „15. mezinárodní konference FGED: Translační genomika: aplikace genomiky pro klinickou diagnostiku a léčbu, 20. – 22. Června 2013“. FGED.org. Citováno 24. září 2014.
  9. ^ „Osvědčené postupy pro sdílení a integraci dat, 25. – 26. Ledna 2012 (pouze na pozvánku)“. FGED.org. Citováno 29. října 2014.