Ontologie pro biomedicínská vyšetřování - Ontology for Biomedical Investigations
The Ontologie pro biomedicínská vyšetřování (OBI) je otevřený přístup, integrovaný ontologie pro popis biologických a klinických zkoušek.[1] OBI poskytuje model pro návrh vyšetřování, protokoly a instrumentace použitý, materiály použité údaje, generovaná data a typ analýza provedeno na něm. Projekt je vyvíjen jako součást Slévárna OBO a jako takový dodržuje všechny zde uvedené zásady, jako je ortogonální pokrytí (tj. jasné vymezení od jiných ontologií členů slévárny) a používání společného formálního jazyka. V OBI je běžným používaným formálním jazykem Jazyk webové ontologie (SOVA). V březnu 2008 byla na projektu k dispozici předběžná verze ontologie SVN úložiště.[2]
Rozsah
The Ontology for Biomedical Investigations (OBI) řeší potřebu kontrolovaných slovníků na podporu integrace a společné („cross-omics“) analýzy experimentálních dat, což je potřeba původně identifikovaná v transkriptomické doméně Společnost FGED, který vyvinul MGED Ontology jako anotační zdroj pro data microarray.Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W a kol. (Listopad 2007). „Slévárna OBO: koordinovaný vývoj ontologií na podporu integrace biomedicínských dat“. Přírodní biotechnologie. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038 / nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687. OBI používá základní formální ontologie[3] ontologie vyšší úrovně jako prostředek k popisu obecných entit, které nepatří do konkrétní problémové domény. Všechny třídy OBI jsou tedy podtřídou nějaké třídy BFO.
Ontologie má rozsah modelování všech biomedicínských výzkumů a jako taková obsahuje ontologické termíny pro aspekty jako:
- biologický materiál - například krevní plazma
- nástroj (a jeho části) - například DNA microarray, odstředivka
- informační obsah - například obrázek nebo digitální informační entita, jako je elektronický lékařský záznam
- návrh a provedení vyšetřování (a jeho jednotlivých experimentů) - například studovat design, elektroforéza separace materiálu
- transformace dat (zahrnující aspekty, jako je normalizace dat a analýza dat) - například analýza hlavních komponent redukce rozměrů, průměrný výpočet
Méně „konkrétní“ aspekty, jako je role, kterou může daný subjekt hrát v konkrétním scénáři (například role chemické sloučeniny v experimentu) a funkce subjektu (například trávicí funkce žaludku k výživě těla) ) jsou rovněž zahrnuty v ontologii.
Konsorcium OBI
MGED Ontology byl původně identifikován v transkriptomika doména podle Společnost FGED a byl vyvinut s cílem uspokojit potřeby integrace dat. Po vzájemném rozhodnutí o spolupráci se z tohoto úsilí později stala širší spolupráce mezi skupinami, jako jsou FGED, PSI a MSI, v reakci na potřeby oblastí, jako jsou transkriptomika, proteomika a metabolomika a FuGO (funkční genomická vyšetřovací ontologie)[4] byl vytvořen. To se později stalo OBI pokrývajícím širší rozsah všech biomedicínských výzkumů.
Jako mezinárodní iniciativa napříč doménami vychází konsorcium OBI ze skupiny odborníků z různých oborů, neomezujících se pouze na biologii. Aktuální seznam členů konsorcia OBI je k dispozici na webových stránkách konsorcia OBI. Konsorcium je tvořeno koordinačním výborem, který je kombinací dvou podskupin, zástupce Společenství (zástupci konkrétní biomedicínské komunity) a Core Developers (vývojáři ontologie, kteří mohou nebo nemusí být členy kterékoli jednotlivé komunity). Od koordinačního výboru je oddělena pracovní skupina vývojářů, která se skládá z vývojářů v komunitách spolupracujících na vývoji OBI podle uvážení současných členů OBI Consortium.
Příspěvky k OBI
- Brinkman RR, Courtot M, Derom D, Fostel JM, He Y, Lord P a kol. (Červen 2010). „Modelování biomedicínských experimentálních procesů s OBI“. Časopis biomedicínské sémantiky. 1 příloha 1: S7. doi:10.1186 / 2041-1480-1-S1-S7. PMC 2903726. PMID 20626927.
- Courtot M, Bug WJ, Gibson F, Lister AL, Malone J, Schober D, Brinkman RR, Ruttenberg A (1. ledna 2008). SOVA biomedicínských vyšetřování. Proceedings of the Fifth Owled Workshop on Owl: Experiences and Directions. str. 432. CiteSeerX 10.1.1.142.9206.
- Zheng J, Manduchi E, Stoeckert Jr CJ (7. července 2013). „Vývoj aplikační ontologie pro genomiku beta buněk založený na ontologii pro biomedicínská vyšetřování“ (PDF). ICBO: 62–67.
- Dumontier M, Baker CJ, Baran J, Callahan A, Chepelev L, Cruz-Toledo J a kol. (Březen 2014). „Integrovaná ontologie sémantiky pro biomedicínský výzkum a objevování znalostí“. Časopis biomedicínské sémantiky. 5 (1): 14. doi:10.1186/2041-1480-5-14. PMC 4015691. PMID 24602174.
- Klingström T, Soldatova L, Stevens R, Roos TE, Swertz MA, Müller KM a kol. (Leden 2013). "Workshop o laboratorních standardech protokolu pro databázi molekulárních metod". Nová biotechnologie. 30 (2): 109–13. doi:10.1016 / j.nbt.2012.05.019. PMID 22687389.
- Soldatova LN, King RD, Basu PS, Haddi E, Saunders N (říjen 2013). "Reprezentace biomedicínských protokolů". EMBnet Journal. 19 (B): 56–8. doi:10.14806 / ej.19.B.730.
Reference
- ^ Bandrowski A, Brinkman R, Brochhausen M, Brush MH, Bug B, Chibucos MC a kol. (29. dubna 2016). Xue Y (ed.). „Ontologie pro biomedicínská vyšetřování“. PLOS ONE. 11 (4): e0154556. Bibcode:2016PLoSO..1154556B. doi:10.1371 / journal.pone.0154556. PMC 4851331. PMID 27128319.
- ^ Ontologie pro biomedicínská vyšetřování (OBI) | Domov
- ^ „Základní formální ontologie (BFO)“. Institute for Formal Ontology and Medical Information Science. Universität des Saarlandes.
- ^ Whetzel, PL a kol. Vývoj FuGO: ontologie pro vyšetřování funkční genomiky. OMICS 10, 199–204