John Quackenbush - John Quackenbush

Pro politika viz John A. Quackenbush.
John Quackenbush
JohnQuackenbush.jpg
narozený
Kingston, Pensylvánie, Spojené státy
Alma materKalifornský technologický institut (B.S. )
University of California, Los Angeles (Ph.D. )
Známý jakobioinformatika, výpočetní biologie, microarray analýza, genomika, funkční genomika
Vědecká kariéra
InstituceHarvardská Univerzita
Dana-Farber Cancer Institute
Ústav pro molekulární biologii, (University of Queensland )
TezeTeorie měřicího pole ve dvou časoprostorových dimenzích: Anomálie a aplikace na řetězcové modely  (1990)
Doktorský poradceTerry Tomboulis
webová stránkawww.dfhcc.harvard.edu/člověk zevnitř/ detail člena/člen/ john-quackenbush-phd/

John Quackenbush je americký výpočetní biolog a genom vědec. On je profesor z biostatistika a výpočetní biologie a profesor rakovina biologie na Dana-Farber Cancer Institute (DFCI),[1][2][3] stejně jako ředitel Centra pro výpočetní biologii rakoviny (CCCB).[4] Quackenbush je také jmenován profesorem výpočetní biologie a bioinformatika na katedře Biostatistika na Harvardská škola veřejného zdraví (HSPH).[5][6][7][8][9]

Vzdělání a časný život

Rodák z Mountain Top, Pensylvánie, Zúčastnil se Quackenbush Bishop Hoban High School v Wilkes Barre, kterou ukončil v roce 1979, poté navštěvoval Kalifornský technologický institut, kde získal bakalářský titul z fyziky. Dále získal doktorát teoretická fyzika z University of California, Los Angeles (UCLA) v roce 1990.[10][11]

Kariéra a výzkum

Poté, co pracoval dva roky jako postdoktorand ve fyzice získal Quackenbush cenu Special Emphasis Research Career Award od Národního centra pro výzkum lidského genomu (předchůdce Národní institut pro výzkum lidského genomu ) a následně strávil další dva roky na Salk Institute práce na fyzických mapách města lidský chromozom 11, následovaly další dva roky v Stanfordská Univerzita vývoj nových laboratorních a výpočetních strategií pro sekvenování lidský genom.[10]

V roce 1997 se Quackenbush připojil k fakultě Institut pro genomický výzkum (TIGR) v Rockville, Maryland,[10] kde se jeho zaměření začalo přesouvat k postgenomickým aplikacím, s důrazem na microarray analýza. Pomocí kombinace laboratorních a výpočetních přístupů vyvinul Quackenbush a jeho skupina analytické metody založené na integraci data napříč doménami k odvození biologického významu z vysoce dimenzionálních dat.

V roce 2005 byl Quackenbush jmenován do svých současných pozic v Dana-Farber Cancer Institute (DFCI) a Harvardská škola veřejného zdraví.[10] O čtyři roky později založil Centrum DFCI pro výpočetní biologii rakoviny (CCCB),[12] které řídí a které poskytuje široce založené bioinformatika a výpočetní biologie podpora výzkumné komunity prostřednictvím modelu konzultačního spolupráce, který také provádí a analyzuje rozsáhlou druhou generaci Sekvenování DNA.[13]

Současný výzkum společnosti Quackenbush se zaměřuje na analýzu člověka rakovina použitím biologie systémů přístupy k porozumění a modelování biologických sítí, které jsou základem nemoci. To ho a jeho kolegy vedlo k zásadním objevům o roli, v níž variace stojí genová exprese hraje při definování biologických fenotypů.

V roce 2010 Quackenbush a jeho kolegové z CCCB spolu s vyšetřovateli v Národní židovské zdraví Centrum pro geny, životní prostředí a zdraví, University of Pittsburgh Centrum Dorothy P. a Richarda P. Simmonsa pro intersticiální plicní nemoc, Bostonská univerzita Sekce pro výpočetní biomedicínu a plicní centrum a University of Colorado Denver Genomics Core Facility získal grant 11 milionů dolarů v rámci Americký zákon o zotavení a reinvesticích z roku 2009 zahájit konsorcium pro výzkum genomiky plic.[14][15] Tento projekt financovaný Národní institut plic a krve srdce (NHLBI), přidá genetická, genomová a epigenetická data do sbírky klinických biologických vzorků vyvinutých konsorciem Lung Tissue Research Consortium NHLBI. Konsorcium si klade za cíl získat nové poznatky o genomických technologiích a pokročilých nástrojích pro analýzu dat na dostupných vzorcích plicní tkáně pacientů plicní nemoc a tím vyvinout efektivnější a přizpůsobené léčby.

V roce 2011 Quackenbush publikoval Lidský genom: Kniha základních znalostí (Imagine Publishing, USA), který nastiňuje historii, vědu a důsledky Projekt lidského genomu. Byl také oceněn stipendiem ve výši čtyř milionů dolarů uděleným australskou Národní radou pro zdraví a lékařský výzkum ke studiu rakoviny vaječníků rezistentních na chemoterapii ve spolupráci s kolegy z Institutu pro molekulární biologii v Queenslandu.[16]

Quackenbush v současné době pracuje v redakčních radách pěti hlavních časopisů a je šéfredaktorem Genomika. Působil v několika výborech v EU Národní akademie a Lékařský ústav, včetně Výboru pro validaci toxikogenomových technologií: Zaměření na strategie chemické klasifikace,

[17][18] Panel pro sběr, skladování, přístup a ochranu biologických vzorků a průzkumy společenských věd o biologických datech,[19] a Výbor pro hodnocení testů založených na Omics pro predikci výsledků pacientů v klinických studiích.[20] V současné době je členem vědeckých poradních sborů v Dětská výzkumná nemocnice St. Jude, Lovelace ústav pro výzkum dýchacích cest „The Hope Funds for Cancer Research“ a Národní institut pro zdraví Projekt epigenomiky plánu. Quackenbush je také členem vědeckých poradních sborů řady společností v oblasti biotechnologií a přesné medicíny, včetně Caris Life Sciences, SynapDx, Perthera a NABsys.[Citace je zapotřebí ]

V roce 2011 založil Quackenbush spolu s partnerem Mickem Correllem společnost Genospace, softwarovou společnost zaměřenou na vývoj nástrojů umožňujících přesnou genomickou medicínu.[10] Od roku 2014, Quackenbush byl výkonný ředitel Genospace.[10] V létě roku 2013 byl Quackenbush oceněn jako vítěz změny v Bílém domě v otevřené vědě.[21]

V lednu 2017 získala společnost Genospace společnost Hospital Corporation of America (HCA) a sloučila se s rakovinovým institutem HCA Sarah Cannon jako stoprocentní dceřinou společností.

Publikace

Knihy
  • Autor, Lidský genom: Kniha základních znalostí (Imagine Publishing, USA, 2011)
  • Přispěvatel, Bioinformatika: Praktický průvodce analýzou genů a bílkovin (Wiley Interscience, 2004)
  • Spoluautor, Analýza dat mikročipové genové exprese: Průvodce pro začátečníky (Wiley-Blackwell, 2003)

Reference

  1. ^ John Quackenbush publikace indexované podle Google Scholar
  2. ^ Publikace Johna Quackenbush indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  3. ^ „Profil výzkumného pracovníka, John Quackenbush, PhD“. Dana Farber Cancer Institute. Archivovány od originál dne 7. 4. 2015.
  4. ^ „Laboratoř výpočetní biologie a funkční genomiky - John Quackenbush“. Harvardská Univerzita. Archivovány od originál dne 2015-01-25.
  5. ^ „John Quackenbush, Harvard School of Public Health Bio“. Harvardská Univerzita. Archivovány od originál dne 25.02.2011.
  6. ^ Bateman, A; Quackenbush, J. (2009). „Bioinformatika pro sekvenování nové generace“. Bioinformatika. 25 (4): 429. doi:10.1093 / bioinformatika / btp037. PMID  19202193.
  7. ^ Okazaki, Y .; Furuno, M .; Kasukawa, T .; Adachi, J .; Bono, H .; Kondo, S .; Nikaido, I .; Osato, N .; Saito, R .; Suzuki, H .; Yamanaka, I .; Kiyosawa, H .; Yagi, K .; Tomaru, Y .; Hasegawa, Y .; Nogami, A .; Schönbach, C .; Gojobori, T.; Baldarelli, R .; Hill, D. P .; Bult, C .; Hume, D. A .; Quackenbush, J.; Schriml, L. M .; Kanapin, A .; Matsuda, H .; Batalov, S .; Beisel, K. W .; Blake, J. A .; et al. (2002). „Analýza myšího transkriptomu na základě funkční anotace 60 770 cDNA plné délky“. Příroda. 420 (6915): 563–573. Bibcode:2002 Natur.420..563O. doi:10.1038 / nature01266. PMID  12466851.
  8. ^ Fantom, konsorcium; Suzuki, H; Forrest, A. R .; Van Nimwegen, E; Daub, CO; Balwierz, P. J .; Irvine, K. M .; Lassmann, T; Ravasi, T; Hasegawa, Y; De Hoon, M. J .; Katayama, S; Schroder, K; Carninci, P; Tomaru, Y; Kanamori-Katayama, M; Kubosaki, A; Akalin, A; Ando, ​​Y; Arner, E; Asada, M; Asahara, H; Bailey, T; Bajic, V. B .; Bauer, D; Beckhouse, A. G .; Bertin, N; Björkegren, J; Brombacher, F; et al. (2009). „Transkripční síť, která řídí zastavení růstu a diferenciaci v buněčné linii lidské myeloidní leukémie“. Genetika přírody. 41 (5): 553–62. doi:10,1038 / ng.375. PMC  6711855. PMID  19377474.
  9. ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Katayama, S; Gough, J; Frith, M. C .; Maeda, N; Oyama, R; Ravasi, T; Lenhard, B; Wells, C; Kodzius, R; Shimokawa, K; Bajic, V. B .; Brenner, S.E.; Batalov, S; Forrest, A. R .; Zavolan, M; Davis, M. J .; Wilming, L. G .; Aidinis, V; Allen, J. E .; Ambesi-Impiombato, A; Apweiler, R.; Aturaliya, R. N .; Bailey, T. L .; Bansal, M; Baxter, L; Beisel, K. W .; Bersano, T; et al. (2005). „Transkripční krajina savčího genomu“. Věda. 309 (5740): 1559–63. Bibcode:2005Sci ... 309.1559F. doi:10.1126 / science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  10. ^ A b C d E F Zaměstnanci (2014). „Brožura 2014-BIT“ (PDF). Světová výstava Bio-IT 2014. Cambridge Healthtech Institute. p. 4. Citováno 15. června 2016.
  11. ^ Quackenbush, John (1990). Teorie měřicího pole ve dvou časoprostorových dimenzích: Anomálie a aplikace na řetězcové modely (Ph.D.). University of California, Los Angeles. OCLC  22713736 - přes ProQuest.
  12. ^ Dublin, Matthew. "Dana-Farber, Quackenbush zahajuje konzultační centrum pro analýzu | Genome Technology | Informatics". GenomeWeb. Citováno 2012-05-07.
  13. ^ „Integrace klinických a genomických dat“. Svět bio-IT. Citováno 2012-05-07.
  14. ^ „John Quackenbush, Lung Genomics Research Consortium Investigator Bio“. lung-genomics.org. Archivovány od originál dne 19. 3. 2012.
  15. ^ „Konsorcium pro výzkum genomiky plic spouští webové stránky“. Národní židovská organizace. Citováno 2013-04-04.
  16. ^ „Industry-News.net - Domů“. Biotechnologynews.net. Citováno 2012-05-07.
  17. ^ „VÝBOR PRO VALIDACI TOXICOGENOMICKÝCH TECHNOLOGIÍ: ZAMĚŘENÍ NA STRATEGIE CHEMICKÉ KLASIFIKACE“. Validace toxikogenomických technologií. Národní akademie Press. Citováno 2013-04-04.
  18. ^ „PŘÍLOHA A - VÝBOR PRO PLÁNOVÁNÍ WORKSHOPU, BIOGRAFICKÉ INFORMACE“. Validace toxikogenomických technologií. Národní akademie Press. Citováno 2013-04-04.
  19. ^ „Provádění biosociálních průzkumů: sbírání, ukládání, přístup a ochrana biologických vzorků a biologických údajů“. Národní akademie Press. Citováno 2013-04-04.
  20. ^ „Vývoj translační omiky“. Národní akademie Press. Citováno 2013-04-04.
  21. ^ Oslava vítěze změny „otevřené vědy“ v Bílém domě