Deinococcus aerius - Deinococcus aerius - Wikipedia

Deinococcus aerius je anaerobní bakterie které lze nalézt v atmosféře nad japonským ostrovem.[1][2][3] Život v takových podmínkách činí tyto bakterie vysoce rezistentní vysušení, UV-C, a gama záření.[3] Ačkoli dříve nebyl identifikován jako kmen TR0125, bylo zjištěno, že tato bakterie je Deinococcus aerius podle 16S rRNA sekvenování.[4]

Gramův typ, morfologie

Když se pěstují na anaerobním obohacovacím agaru, kolonie D. aerius byly pozorovány jako „kruhové, konvexní, lesklé a oranžové“.[4] Gramové barvení odhalilo, že tyto bakterie jsou grampozitivní.[4] Skenovací elektronová mikroskopie odhalila, že buňky této bakterie mají kruhový tvar a velikost přibližně 1,0–1,5 mikrometru.[4] Dále bylo zjištěno, že existují jako „jednotlivé buňky nebo v párech, tetradách nebo klastrech“.[4]

Metabolismus

Ukázalo to několik testů metabolismu D. aerius nepodílí se na „redukci dusičnanů, ureáza, arginin hydroláza, a ornithin dekarboxyláza a nemohl využít některé zdroje uhlíku “.[3] Následující studie však ukázaly, že tyto bakterie jsou schopné růst pomocí „arabinóza, glukosamin, ornitin, glutamát, sladový cukr, sacharóza, prolin, rafinóza, cystein, lysin a methionin „Jako zdroje uhlíku.[4]

Kde se nachází

D. aerius byl dříve izolován z atmosféry nad Japonskem v nadmořských výškách mezi 0,8 a 5,8 km. Za tímto účelem byly vzorky prachu shromažďovány „na membránových filtrech pomocí vzorkovače vzduchu ASD1“.[4] Vzorky pak byly inkubovány na agaru pro anaerobní obohacování a kmen TR0125 byl identifikován jako D. aerius.[4]

Média pěstovaná dál

D. aerius byl kultivován na mTGE agar který obsahuje hovězí extrakt, trypton, glukóza a Difto Bacto agar.[4] Analýza růstu ukázala, že tato bakterie roste nejlépe při teplotách mezi 25-30 ° C a nerostla při 4, 10 nebo 47 ° C.[4]

Ekologie

Protože o tomto organismu je známo jen velmi málo, jeho interakce s členy jeho rodu i s jinými organismy nejsou dosud známy.

Divsersity

Pomocí 16S rRNA sekvenování D. aerius bylo možné umístit na a fylogenetický strom k určení jeho vztahů k jiným organismům rodu.[4] Analýza genomu odhalila, že D. aerius měl 92,3% genomovou podobnost s D. geothermalis a 95,7% genomová podobnost s D. apachensi.[4]

Genom

Sekvenování celého genomu byl použit k určení vlastností D. aerius genom.[3] Bylo zjištěno, že genom měl celkovou délku 4 524 446 základní páry.[3] Zahrnuto do toho bylo 4444 sekvence kódující protein, 52 tRNA operony a 1 rRNA operon “.[3] Bylo pozorováno, že D. aerius neroste tak dobře jako ostatní Deinococcus druh, který může být částečně způsoben jeho jediným operonem rRNA.[3] Mít pouze jeden operon rRNA by snížilo rychlost proteosyntéza v těchto bakteriích, čímž se snižuje rychlost možného růstu.[3]

Reference

  1. ^ Yang, Yinjie; Itoh, Takashi; Yokobori, Shin-ichi; Itahashi, Shiho; Shimada, Haruo; Satoh, Katsuya; Ohba, Hirofumi; Narumi, Issay; Yamagishi, Akihiko (srpen 2009). „Deinococcus aerius sp. Nov., Izolovaný od vysoké atmosféry“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna. 59 (8): 1862–1866. doi:10.1099 / ijs.0.007963-0. PMID  19567578.
  2. ^ "Deinococcus aerius". www.uniprot.org. UniProt. Citováno 2019-05-02.
  3. ^ A b C d E F G h Satoh, Katsuya a kol. "Návrh sekvence genomu radioresistentního bakterie Deinococcus Aerius TR0125, izolovaného z vysoké atmosféry nad Japonskem." Oznámení o genomu, sv. 6, č. 9., 1. února 2018, doi: 10.1128 / genomea.00080-18.
  4. ^ A b C d E F G h i j k l Yang, Y .; Itoh, T .; Yokobori, S.-i .; Itahashi, S .; Shimada, H .; Satoh, K .; Ohba, H .; Narumi, I .; Yamagishi, A. (30. června 2009). „Deinococcus aerius sp. Nov., Izolovaný od vysoké atmosféry“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 59 (8): 1862–1866. doi:10.1099 / ijs.0.007963-0. PMID  19567578.