Zesíťující imunoprecipitace - Cross-linking immunoprecipitation
Zesíťující imunoprecipitace (KLIP) je metoda používaná v molekulární biologie který kombinuje UV síťování s imunoprecipitace za účelem analýzy protein interakce s RNA nebo přesně lokalizovat úpravy RNA (např. m6A).[1][2][3][4][5] Techniky založené na CLIP lze použít k mapování vazebných míst proteinu vázajícího RNA nebo míst modifikace RNA [5][6] zájmu v celém genomu, čímž se zvyšuje porozumění posttranskripčním regulačním sítím.
Pracovní postup
CLIP začíná in-vivo zesíťováním komplexů RNA-protein pomocí ultrafialového světla (UV). Po vystavení UV záření se tvoří kovalentní vazby mezi proteiny a nukleovými kyselinami, které jsou v těsné blízkosti.[7] Zesítěné buňky se poté lyžují a požadovaný protein se izoluje imunoprecipitací. Aby se umožnila sekvenčně specifická aktivace reverzní transkripce, jsou RNA adaptéry ligovány na 3 'konce, zatímco radioaktivně značené fosfáty jsou přeneseny na 5' konce RNA fragmentů. Komplexy RNA-protein se poté oddělí od volné RNA pomocí gelové elektroforézy a membránového přenosu. Proteináza K. poté se provede štěpení za účelem odstranění proteinu z komplexů RNA-protein. Tento krok ponechává peptid v místě zesíťování, což umožňuje identifikaci zesítěného nukleotidu.[8] Po ligaci linkerů RNA na 5 'konce RNA je cDNA syntetizována pomocí RT-PCR. Vysoce výkonné sekvenování se poté použije ke generování čtení obsahujících odlišné čárové kódy, které identifikují poslední nukleotid cDNA. Interakční místa lze identifikovat mapováním čtení zpět do transkriptomu.
Historie a aplikace
CLIP byl původně proveden ke studiu interakcí mezi neurony Protein vázající RNA a spojovací faktor NOVA1 a NOVA2 v myší mozek, identifikace vazebných míst pro RNA, která měla vazebná místa pro Nova a byla ověřena jako cíle Nova v mozcích knock-out myší.[9] V roce 2008 byl CLIP kombinován s vysoce výkonným sekvenováním (označovaným jako „HITS-CLIP“) za účelem generování map interakcí protein-RNA v celém genomu pro Nova;[10] od té doby byla vygenerována řada dalších map faktorů sestřihu, včetně těch pro PTB,[11] RbFox2 (kde byl přejmenován na „CLIP-seq“),[12] SFRS1,[13] Argonaute,[14] hnRNP C,[15] protein Fragile-X mentální retardace FMRP,[16] Ptbp2 (v myším mozku),[17] Mbnl2,[18] proteiny nElavl (neuronově specifické proteiny Hu),[19] a dokonce N6-methyladenosin (m6A) RNA modifikační protilátka.[5] Přehled řady proteinů studovaných autorem HITS-CLIP byla zveřejněna.[20]
HITS-CLIP (CLIP-seq) analýza proteinu vázajícího RNA Argonaute bylo provedeno pro identifikaci cílů microRNA[21] dekódováním mikroRNA -mRNA a interakční mapy protein-RNA v myším mozku,[14][22] a následně v Caenorhabditis elegans,[23] embryonální kmenové buňky,[24] a buňky tkáňové kultury.[25] Jako nová modifikace HITS-CLIP byl vyvinut m6A-CLIP k přesnému mapování míst m6A v mRNA pomocí UV-zesíťování m6A protilátky na cílovou RNA.[5] Nedávno vylepšeno bioinformatika metody aplikované na Argonaute HITS-CLIP, identifikovaly vazebná místa s rozlišením jednoho nukleotidu.[4] Kromě toho byly úspěšně objasněny posttranskripční regulační sítě prokaryontních proteinů vázajících RNA pomocí aplikace CLIP-seq.[26]
detekce cíle miRNA
Hlavní kroky (pomocí Postupnost degradace současně) jsou:
- čte mapování CLIP-seq
- mapování Degradome-Seq čte
- seskupení překrývajících se čtení do shluků
- dotazování miRNA cílů z různých veřejných databází
- identifikace interakcí miRNA-cíl s skóre seřazení od CleaveLand nepřekračujícím mezní hodnotu 7,0
- program ClipSearch byl vyvinut pro hledání 6–8-merů (8-mer, 7-mer-m8 a 7-mer-A1) (2,5) v datech CLIP-Seq
- Program DegradomeSearch byl vyvinut k hledání klastrů Degradome-Seq pro téměř dokonalé doplňky sekvencí miRNA
Metody
HITS-CLIP nebo CLIP-Seq
HITS-CLIP,[20] také známý jako CLIP-sekv, kombinuje UV síťování a imunoprecipitace s vysoce výkonné sekvenování identifikovat vazebná místa proteinů vázajících RNA. CLIP-seq závisí na zesíťování indukovaných mutačních míst (CIMS) na lokalizovaná vazebná místa protein-RNA.[4] Protože CIMS jsou reprodukovatelné, vysoké hloubky sekvenování umožnit rozlišení CIMS od technických chyb.
PAR-CLIP
PAR-CLIP (fotoaktivovatelné zesíťování a imunoprecipitace se zesíleným ribonukleosidem) je biochemická metoda používaná k identifikaci vazebných míst buněčných proteinů vázajících RNA (RBP) a ribonukleoproteinových komplexů obsahujících mikroRNA (miRNP).[25] Metoda se opírá o zabudování fotoreaktivních analogů ribonukleosidu, jako je 4-thiouridin (4-SU) a 6-thioguanosin (6-SG) do rodících se transkriptů RNA živými buňkami. Ozařování buněk ultrafialovým zářením o 365 nm indukuje účinné síťování fotoreaktivních nukleosidem značených buněčných RNA na interagující RBP. Po imunoprecipitaci sledovaného RBP následuje izolace zesítěné a koimunoprecipitované RNA. Izolovaná RNA se převede na cDNA knihovnu a provede se její hluboké sekvenování vysoce výkonné sekvenování technologie.[25][28] Zesíťování analogů 4-SU a 6-SG vede k přechodům thymidinu na cytidin a guanosinu na adenosin. Výsledkem je, že PAR-CLIP dokáže s vysokou přesností identifikovat umístění vazebného místa.[4]
PAR-CLIP je však omezen na kultivované buňky,[4][27] a nukleosidová cytotoxicita je problém;[3][25] bylo popsáno, že 4-SU inhibuje syntézu ribozomální RNA, indukuje nukleolární stresovou reakci a snižuje buněčnou proliferaci.[29] Substituce 4-SU nastává přibližně u 1 z každých 40 uridinových nukleosidů a že v místě zesíťování často dochází k přechodům T na C.[25]
Nedávno byl PAR-CLIP použit ke stanovení transkriptomových vazebných míst několika známých RBP a ribonukleoproteinových komplexů obsahujících mikroRNA při vysokém rozlišení. To zahrnuje miRNA cílení na proteiny AGO a TNRC6.[22][25]
iCLIP
iCLIP (zesíťování a imunoprecipitace s rozlišením jednotlivých nukleotidů) je technika používaná k identifikaci interakcí protein-RNA. Metoda používá UV světlo kovalentně vázat proteiny a molekuly RNA. Stejně jako u všech metod CLIP umožňuje iCLIP přísné čištění spojených komplexů protein-RNA pomocí imunoprecipitace následované SDS-PAGE a membránový přenos. Radioaktivně značené komplexy protein-RNA jsou poté vystřiženy z membrány a zpracovány proteinázou k uvolnění RNA. To zanechává jednu nebo dvě aminokyseliny v místě křížové vazby RNA. RNA je poté reverzně transkribována pomocí čárových kódovacích primerů. Protože reverzní transkripce se předčasně zastaví v místě křížové vazby, umožňuje iCLIP identifikovat místa interakce RNA-protein ve vysokém rozlišení. Jako nová modifikace iCLIP m6A-CLIP dále využívala m6A-indukovaná zkrácená místa (MITS) k přesnému mapování m6A míst v mRNA.[5]
Další metody CLIP
sCLIP (jednoduchý CLIP) je technika, která vyžaduje nižší množství vstupní RNA a vynechá radioaktivní značení imunoprecipitované RNA. Metoda je založena na lineární amplifikaci imunoprecipitované RNA a tím zlepšuje složitost knihovny sekvenování navzdory významnému snížení množství vstupního materiálu a vynechání několika kroků čištění. Navíc umožňuje vizualizaci imunoprecipitované RNA bez radioaktivních značek pomocí vysoce citlivé techniky značení na bázi biotinu. Spolu s bioinformatickou platformou je tato metoda navržena tak, aby poskytovala hluboký vhled do interakcí RNA-protein v biomedicínské vědě, kde je množství výchozího materiálu často omezené (tj. V případě cenných klinických vzorků).[30]
Výhody a omezení
Výhody
Dřívější metody identifikace interakcí RNA-protein se spoléhaly buď na afinitní čištění proteinů vázajících RNA nebo na imunoprecipitaci komplexů RNA-protein. Tyto metody postrádaly krok zesíťování a získaly nízké poměry signálu k šumu.[9] Protože proteiny vázající RNA jsou často složkami komplexů více proteinů, mohou být RNA navázané na necílové proteiny společně vysráženy. Ukázalo se, že data získaná metodami časné imunoprecipitace závisí na reakčních podmínkách experimentu. Například podmnožina zachovaných interakcí RNA-protein velmi závisí na koncentraci proteinu a iontových podmínkách. Kromě toho může reasociace proteinů vázajících RNA po lýze buněk vést k detekci umělých interakcí.[31]
K zachování interakcí RNA-protein byly použity metody zesíťování formaldehydem, ale také ke generování zesílení protein-protein. Způsoby UV zesíťování poskytují významnou výhodu oproti zesíťování formaldehydem, protože se zcela vyhýbají zesíťování protein-protein. Štěpení proteinázou K také poskytuje výhodu metodám CLIP kvůli peptidu, který zůstal v místě zesíťování. Reverzní transkripce fragmentů přes síťovací místo zavádí mutace, které jsou specifické pro každou samostatnou metodu CLIP, a lze je použít k určení vazebného místa s vysokou přesností.[4]
Omezení
Všechny protokoly pro generování knihovny CLIP vyžadují střední množství buněk nebo tkání (50–100 mg), vyžadují řadu enzymatických kroků a pro HITS-CLIP rozsáhlou informativní analýzu (jak byla nedávno přezkoumána).[32] Určité kroky se obtížně optimalizují a často mají nízkou účinnost. Například nadměrné trávení RNázou může snížit počet identifikovaných vazebných míst.[27] Zesíťování také představuje znepokojení. Optimální protokol síťování se u jednotlivých proteinů liší,[9] a účinnost je obvykle mezi 1-5%. V literatuře byla popsána zkřížená zkreslení[33] ale dopad předsudků přítomných v metodách CLIP zůstává diskutabilní. Výpočtově predikované cíle miRNA odvozené z TargetScan[34] jsou srovnatelné s CLIP při identifikaci cílů miRNA, což vyvolává otázky ohledně jejich užitečnosti ve vztahu k existujícím předpovědím.[34] Protože metody CLIP se spoléhají na imunoprecipitaci, interakce protilátka-epitop jsou potenciální překážkou. Například zesíťování na epitopu by mohlo bránit vazbě protilátky. A konečně byly pozorovány významné rozdíly mezi síťujícími weby in vivo v živých buňkách a in vitro.[35] Výsledky CLIP proto nemusí nutně odrážet interakce vazebného místa RNA-protein v buňce.
Podobné metody
- RIP čip, stejný cíl a první kroky, ale nepoužívá síťování a místo sekvenování používá microarray
- ChIP-sekv, pro hledání interakcí spíše s DNA než s RNA
- SELEX, metoda pro nalezení konsensuální vazebné sekvence
Další čtení
- databáze starBase: databáze pro zkoumání miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-sncRNA, miRNA-cirRNA, protein-lncRNA, interakce protein-RNA a ceRNA sítě z PAR-CLIP(CLIP-sekv, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) údaje a TargetScan,[34] PicTar, RNA22, miRanda a PITA cílová místa microRNA.
- Databáze BIMSB doRiNA: databáze pro zkoumání protein-RNA a mikroRNA cíl interakce od CLIP-sekv, HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP data a předpovědi cílového místa PICTAR microRNA.
- miRTarCLIP: Výpočetní přístup k identifikaci interakce mikroRNA-cíl pomocí vysoké propustnosti KLIP a PAR-CLIP sekvenování.
- clipz: potrubí pro analýzu krátkých čtení RNA z experimentů HITS-CLIP.
- dCLIP: dCLIP je program Perl pro zjišťování rozdílných vazebných oblastí ve dvou srovnávacích experimentech CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP nebo iCLIP).
Reference
- ^ Uhl a kol. 2017.
- ^ Ule a kol. 2003.
- ^ A b C d E F Sugimoto a kol. 2012.
- ^ A b C d E F G Zhang & Darnell 2011.
- ^ A b C d E Ke a kol. 2015.
- ^ Ke a kol. 2017.
- ^ Darnell 2012.
- ^ König, McGlincy a Ule 2012.
- ^ A b C Ule a kol. 2005.
- ^ Licatalosi a kol. 2008.
- ^ Xue a kol. 2009.
- ^ Yeo a kol. 2009.
- ^ Sanford a kol. 2009.
- ^ A b Chi a kol. 2009.
- ^ König a kol. 2010.
- ^ Darnell a kol. 2011.
- ^ Licatalosi a kol. 2012.
- ^ Charizanis a kol. 2012.
- ^ Ince-Dunn a kol. 2012.
- ^ A b Darnell 2010.
- ^ Thomson, Bracken & Goodall 2011.
- ^ A b Yang a kol. 2011.
- ^ Zisoulis a kol. 2010.
- ^ Leung a kol. 2011.
- ^ A b C d E F Hafner a kol. 2010.
- ^ Holmqvist a kol. 2016.
- ^ A b C d E F König a kol. 2012.
- ^ Hafner a kol. 2010b.
- ^ Burger a kol. 2013.
- ^ Kargapolova a kol. 2017.
- ^ Mili & Steitz 2004.
- ^ Moore a kol. 2014.
- ^ Fecko a kol. 2007.
- ^ A b C Agarwal a kol. 2015.
- ^ Bohnsack a kol. 2009.
Zdroje
- Agarwal, V; Bell, GW; Nam, J-W; Bartel, DP (2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. PMC 4532895. PMID 26267216.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Bohnsack, MT; Martin, R; Granneman, S; Ruprecht, M; Schleiff, E; Tollervey, D (2009). „Prp43 vázaný na různých místech pre-rRNA plní odlišné funkce při syntéze ribozomu“. Molekulární buňka. 36 (4): 583–592. doi:10.1016 / j.molcel.2009.09.039. PMC 2806949. PMID 19941819.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Burger, K; Mühl, B; Kellner, M; Rohrmoser, M; Gruber-Eber, A; Windhager, L; Friedel, CC; Dölken, L; Eick, D (2013). „4-thiouridin inhibuje syntézu rRNA a způsobuje reakci nukleolárního stresu“. RNA Biol. 10 (10): 1623–1630. doi:10,4161 / rna.26214. PMC 3866244. PMID 24025460.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Charizanis, K; Lee, KY; Batra, R; Goodwin, M; Zhang, C; Yuan, Y; Shiue, L; Cline, M; Scotti, MM; Xia, G; Kumar, A; Ashizawa, T; Clark, HB; Kimura, T; Takahashi, MP; Fujimura, H; Jinnai, K; Yoshikawa, H; Gomes – Pereira, M; Gourdon, G; Sakai, N; Nishino, S; Foster, TC; Ares, M; Darnell, RB; Swanson, MS (2012). „2-zprostředkovaný alternativní sestřih ve vývoji mozku a dysregulace v myotonické dystrofii“, podobná svalovým slepcům. Neuron. 75 (3): 437–450. doi:10.1016 / j.neuron.2012.05.029. PMC 3418517. PMID 22884328.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Chi, SW; Zang, JB; Mele, A; Darnell, RB (2009). „Argonaute HITS-CLIP dekóduje interakční mapy microRNA-mRNA“. Příroda. 460 (7254): 479–486. doi:10.1038 / nature08170. PMC 2733940. PMID 19536157.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Darnell, JC; Van Driesche, SJ; Zhang, C; Hung, KY; Mele, A; Fraser, CE; Stone, EF; Chen, C; Fak, JJ; Chi, SW; Licatalosi, DD; Richter, JD; Darnell, RB (2011). „FMRP zastavuje ribozomální translokaci na mRNA spojených se synaptickou funkcí a autismem“. Buňka. 146 (2): 247–261. doi:10.1016 / j.cell.2011.06.013. PMC 3232425. PMID 21784246.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Darnell, RB (2010). „HITS-CLIP: panoramatické pohledy na regulaci proteinu-RNA v živých buňkách“. Wiley Interdiscip Rev RNA. 1 (2): 266–286. doi:10.1002 / wrna.31. PMC 3222227. PMID 21935890.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Darnell, RB (2012). „CLIP (síťování a imunoprecipitace) identifikace RNA vázaných specifickým proteinem“. Cold Spring Harbor Protocols. 2012 (11): 1146–60. doi:10.1101 / pdb.prot072132. PMID 23118367.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Fecko, CJ; Munson, KM; Saunders, A; Sun, G; Begley, TP; Lis, JT; Webb, WW (2007). "Srovnání femtosekundového laseru a UV zdrojů s kontinuální vlnou pro zesíťování protein-nukleová kyselina". Fotochemie a fotobiologie. 83 (6): 1394–1404. doi:10.1111 / j.1751-1097.2007.00179.x. PMID 18028214.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Hafner, M; Landthaler, M; Burger, L; Khorshid, M; Hausser, J; Berninger, P; Rothballer, A; Ascano, M; Jungkamp, AC; Munschauer, M; Ulrich, A; Wardle, GS; Dewell, S; Zavolan, M; Tuschl, T (2010). "Celá transkriptomová identifikace cílového místa proteinu vázajícího RNA a mikroRNA pomocí PAR-CLIP". Buňka. 141 (1): 129–141. doi:10.1016 / j.cell.2010.03.009. PMC 2861495. PMID 20371350.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Hafner, M; Landthaler, M; Burger, L; Khorshid, M; Hausser, J; Berninger, P; Rothballer, A; Ascano, M; Jungkamp, AC; Munschauer, M; Ulrich, A; Wardle, GS; Dewell, S; Zavolan, M; Tuschl, T (2010b). „PAR-CliP - metoda k identifikaci transkriptomových vazebných míst RNA vázajících proteinů“. Žurnál vizualizovaných experimentů (41): e2034. doi:10.3791/2034. PMC 3156069. PMID 20644507.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Holmqvist, E; Wright, PR; Li, L; Bischler, T; Barquist, L; Reinhardt, R; Backofen, R; Vogel, J (2016). "Globální vzorce rozpoznávání RNA posttranskripčních regulátorů Hfq a CsrA odhalené UV zesítěním in vivo". EMBO J.. 35 (9): 991–1011. doi:10.15252 / embj.201593360. PMC 5207318. PMID 27044921.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Ince-Dunn, G; Okano, HJ; Jensen, KB; Park, WY; Zhong, R; Ule, J; Mele, A; Fak, JJ; Yang, CW; Zhang, C; Yoo, J; Herre, M; Okano, H; Noebels, JL; Darnell, RB (2012). „Neuronální proteiny podobné Elavu (Hu) regulují sestřih a hojnost RNA za účelem kontroly hladin glutamátu a neuronální excitability.“. Neuron. 75 (6): 1067–1080. doi:10.1016 / j.neuron.2012.07.009. PMC 3517991. PMID 22998874.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (2015). „Většina zbytků m6A je v posledních exonech, což umožňuje potenciál regulace 3 'UTR“. Geny a vývoj. 29 (19): 2037–53. doi:10.1101 / gad.269415.115. PMC 4604345. PMID 26404942.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Ke, S; Pandya-Jones, A; Saito, Y; Fak, JJ; Vågbø, CB; Geula, S; Hanna, JH; Černá, DL; Darnell, JE; Darnell, RB (2017). „modifikace m6A mRNA jsou uloženy v rodící se pre-mRNA a nejsou nutné pro sestřih, ale specifikují cytoplazmatický obrat“. Geny a vývoj. 31 (10): 990–1006. doi:10.1101 / gad.301036.117. PMC 5495127. PMID 28637692.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- König, J; Zarnack, K; Rot, G; Curk, T; Kayikci, M; Zupan, B; Turner, DJ; Luscombe, NM; Ule, J (2010). „iCLIP odhaluje funkci částic hnRNP při sestřihu při rozlišení jednotlivých nukleotidů“. Nat Struct Mol Biol. 17 (7): 909–915. doi:10.1038 / nsmb.1838. PMC 3000544. PMID 20601959.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- König, J; McGlincy, NJ; Ule, J (2012). „Analýza interakcí protein-RNA s rozlišením jednoho nukleotidu pomocí iCLIP a sekvenování nové generace“. Sekvenování další generace podle značek. str. 153. doi:10. 1002/9783527644582.ch10. ISBN 978-3527644582.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- König, J; Zarnack, K; Luscombe, NM; Ule, J (2012). „Interakce protein-RNA: nové genomové technologie a perspektivy“. Genetika hodnocení přírody. 13 (2): 77–83. doi:10.1038 / nrg3141. PMC 4962561. PMID 22251872.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Leung, AK; Young, AG; Bhutkar, A; Zheng, GX; Bosson, AD; Nielsen, CB; Sharp, PA (2011). "Identifikace vazebných míst Ago2 z genomových myších embryonálních kmenových buněk s nebo bez zralých mikroRNA v celém genomu". Nat Struct Mol Biol. 19 (9): 1084. doi:10.1038 / nsmb0911-1084a. PMC 3078052.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Licatalosi, DD; Mele, A; Fak, JJ; Ule, J; Kayikci, M; Chi, SW; Clark, TA; Schweitzer, AC; Blume, JE; Wang, X; Darnell, JC; Darnell, RB (2008). „HITS-CLIP přináší genomové poznatky o alternativním zpracování RNA v mozku“. Příroda. 456 (7221): 464–469. doi:10.1038 / nature07488. PMC 2597294. PMID 18978773.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Licatalosi, DD; Yano, M; Fak, JJ; Mele, A; Grabinski, SE; Zhang, C; Darnell, RB (2012). „Ptbp2 potlačuje sestřih specifické pro dospělé, aby reguloval tvorbu neuronových prekurzorů v embryonálním mozku“. Genes Dev. 26 (14): 1626–1642. doi:10.1101 / gad.191338.112. PMC 3404389. PMID 22802532.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Mili, S; Steitz, JA (2004). „Důkazy pro reasociaci proteinů vázajících RNA po lýze buněk: Důsledky pro interpretaci imunoprecipitačních analýz“. RNA. 10 (11): 1692–4. doi:10,1261 / rna.7151404. PMC 1370654. PMID 15388877.
- Moore, JJ; Zhang, C; Gantman, EC; Mele, A; Darnell, JC; Darnell, RB (2014). „Mapování Argonaute a konvenčních interakcí proteinů vázajících RNA s RNA při rozlišení jednoho nukleotidu pomocí HITS-CLIP a CIMS analýzy“. Přírodní protokoly. 9 (2): 263–293. doi:10.1038 / nprot.2014.012. PMC 4156013. PMID 24407355.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Sanford, JR; Wang, X; Mort, M; Fanduyn, N; Cooper, DN; Mooney, SD; Edenberg, HJ; Liu, Y (2009). „Faktor sestřihu SFRS1 rozpoznává funkčně rozmanitou krajinu transkriptů RNA“. Výzkum genomu. 19 (3): 381–394. doi:10.1101 / gr.082503.108. PMC 2661799. PMID 19116412.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Sugimoto, Y; König, J; Hussain, S; Zupan, B; Curk, T; Frye, M; Ule, J (3. srpna 2012). „Analýza metod CLIP a iCLIP pro studium rozlišení interakcí protein-RNA s nukleotidy“. Genome Biology. 13 (8): R67. doi:10.1186 / gb-2012-13-8-r67. PMC 4053741. PMID 22863408.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Thomson, DW; Bracken, CP; Goodall, GJ (2011). „Experimentální strategie pro identifikaci cílů mikroRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 6845–6853. doi:10.1093 / nar / gkr330. PMC 3167600. PMID 21652644.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Uhl, M; Houwaart, T; Corrado, G; Wright, PR; Backofen, R (2017). "Výpočetní analýza dat CLIP-seq". Metody. 118: 60–72. doi:10.1016 / j.ymeth.2017.02.006. PMID 28254606.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Ule, J; Jensen, K; Ruggiu, M; Mele, A; Ule, A; Darnell, RB (14. listopadu 2003). „CLIP identifikoval sítě RNA regulované Nova v mozku“. Věda. 302 (5648): 1212–1215. doi:10.1126 / science.1090095. PMID 14615540.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Ule, J; Jensen, K; Mele, A; Darnell, RB (2005). „CLIP: metoda identifikace míst interakce protein-RNA v živých buňkách“. Metody. 37 (4): 376–386. doi:10.1016 / j.ymeth.2005.07.018. PMID 16314267.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Xue, Y; Zhou, Y; Wu, T; Zhu, T; Ju, X; Kwon, YS; Zhang, C; Yeo, G; Černá, DL; Sun, H; Fu, XD; Zhang, Y (2009). „Analýza interakcí PTB-RNA v celém genomu odhaluje strategii používanou obecným represorem sestřihu k modulaci inkluze nebo přeskakování exonu“. Molekulární buňka. 36 (6): 996–1006. doi:10.1016 / j.molcel.2009.12.003. PMC 2807993. PMID 20064465.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Yang, JH; Li, JH; Shao, P; Zhou, H; Chen, YQ; Qu, LH (2011). „starBase: databáze pro zkoumání map interakcí microRNA – mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Nucleic Acids Res. 39 (Problém s databází): D202 – D209. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC 3013664. PMID 21037263.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Yeo, GW; Coufal, NG; Liang, TY; Peng, GE; Fu, XD; Gage, FH (2009). „RNA kód pro regulátor sestřihu FOX2 odhalený mapováním interakcí RNA-protein v kmenových buňkách“. Nat Struct Mol Biol. 16 (2): 130–137. doi:10.1038 / nsmb.1545. PMC 2735254. PMID 19136955.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Zhang, C; Darnell, RB (2011). "Mapování in vivo interakcí protein-RNA při rozlišení jednoho nukleotidu z údajů HITS-CLIP". Přírodní biotechnologie. 29 (7): 607–614. doi:10.1038 / nbt.1873. PMC 3400429. PMID 21633356.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Zisoulis, DG; Lovci, MT; Wilbert, ML; Hutt, KR; Liang, TY; Pasquinelli, AE; Yeo, GW (2010). "Komplexní objev endogenních vazebných míst Argonaute v Caenorhabditis elegans". Nat Struct Mol Biol. 17 (2): 173–179. doi:10.1038 / nsmb.1745. PMC 2834287. PMID 20062054.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Kargapolova, Y; Levin, M; Lackner, K; Danckwardt, S (2017). „sCLIP - integrovaná platforma ke studiu interakcí RNA-protein v biomedicínském výzkumu: identifikace CSTF2tau v alternativním zpracování malých jaderných RNA“. Nucleic Acids Res. Epub před tiskem (10): 6074–6086. doi:10.1093 / nar / gkx152. PMC 5449641. PMID 28334977.CS1 maint: ref = harv (odkaz)