PAR-CLIP - PAR-CLIP

PAR-CLIP [1] (fotoaktivovatelné zesíťování a imunoprecipitace se zvýšeným ribonukleosidem) je biochemické způsob identifikace vazebných míst buněk Proteiny vázající RNA (RBP) a mikroRNA - obsahující komplexy ribonukleoproteinů (miRNP). Metoda se spoléhá na začlenění ribonukleosid analogy, které jsou fotoreaktivní, jako je 4-thiouridin (4-SU) a 6-thioguanosin (6-SG), do vznikajících RNA transkriptů živými buňkami. Ozařování buněk ultrafialový světlo 365 nm vlnová délka vyvolává efektivní síťování fotoreaktivních nukleosidů -označeno buněčné RNA k interagujícím RBP. Imunoprecipitace sledovaného RBP následuje izolace zesítěné a koimmunoprecipitované RNA. Izolovaná RNA se převede na a cDNA knihovna a je hluboko v pořadí použitím sekvenování nové generace technologie.[1][2]

Nedávno, PAR-CLIP byly použity k určení transkriptomových vazebných míst několika známých RBP a komplexů ribonukleoproteinů obsahujících mikroRNA při vysokém rozlišení.[1][3][4][5]

Podobné metody

  • CLIP-sekv podobná metoda pro identifikaci vazebných míst buněčných proteinů vázajících RNA (RBP) [6] nebo RNA modifikační místa [7] použití UV světla k zesíťování RNA na RBP bez začlenění fotoaktivovatelných skupin do RNA.

Reference

  1. ^ A b C Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010). "Celá transkriptomová identifikace cílového místa proteinu vázajícího RNA a mikroRNA pomocí PAR-CLIP". Buňka. 141 (1): 129–141. doi:10.1016 / j.cell.2010.03.009. PMC  2861495. PMID  20371350.
  2. ^ Hafner, M .; Landthaler, M .; Burger, L .; Khorshid, M .; Hausser, J .; Berninger, P .; Rothballer, A .; Ascano, M .; Jungkamp, ​​A. C .; Munschauer, M .; Ulrich, A .; Wardle, G. S .; Dewell, S .; Zavolan, M .; Tuschl, T. (2010). „PAR-CliP - metoda k identifikaci transkriptomových vazebných míst RNA vázajících proteinů“. Žurnál vizualizovaných experimentů (41). doi:10.3791/2034. PMC  3156069. PMID  20644507.
  3. ^ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2011). „starBase: databáze pro zkoumání map interakcí microRNA – mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Nucleic Acids Res. 39 (Problém s databází): D202 – D209. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  4. ^ Skalsky RL, Corcoran DL, Gottwein E, Frank CL, Kang D, Hafner M, Nusbaum JD, Feederle R, Delecluse HJ, Luftig MA, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2012). „Virový a buněčný cílový mikroRNA v lymfoblastoidních buněčných liniích“. PLoS patogeny. 8 (1): e1002484. doi:10.1371 / journal.ppat.1002484. PMC  3266933. PMID  22291592.
  5. ^ Gottwein E, Corcoran DL, Mukherjee N, Skalsky RL, Hafner M, Nusbaum JD, Shamulailatpam P, Love CL, Dave SS, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2011). „Virový mikroRNA terč buněčných linií primárního výpotkového lymfomu infikovaných KSHV“. Mobilní hostitel a mikrob. 10 (5): 515–526. doi:10.1016 / j.chom.2011.09.012. PMC  3222872. PMID  22100165.
  6. ^ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (listopad 2008). „HITS-CLIP přináší genomové poznatky o alternativním zpracování RNA v mozku“. Příroda. 456 (7221): 464–9. doi:10.1038 / nature07488. PMC  2597294. PMID  18978773.
  7. ^ Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24. září 2015). „Většina zbytků m6A je v posledních exonech, což umožňuje potenciál regulace 3 'UTR“. Geny a vývoj. 29 (19): 2037–53. doi:10.1101 / gad.269415.115. PMC  4604345. PMID  26404942.

externí odkazy

  • databáze starBase: dekódování miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA, miRNA-sncRNA, miRNA-cirRNA, miRNA-pseudogen, protein-lncRNA, protein-ncRNA interakce a ceRNA sítě z PAR-CLIP(CLIP-sekv, HITS-CLIP,iCLIP) údaje a TargetScan[1], PicTar, RNA22, miRanda a PITA cílová místa microRNA.
  • Databáze BIMSB doRiNA: databáze pro zkoumání interakcí protein-RNA, microRNA-cíl z PAR-CLIP,CLIP-sekv, HITS-CLIP,iCLIP data a předpovědi cílového místa PICTAR microRNA.
  • miRTarCLIP: Výpočetní přístup k identifikaci interakce mikroRNA-cíl pomocí vysoké propustnosti KLIP a PAR-CLIP sekvenování.
  • dCLIP: dCLIP je program Perl pro zjišťování rozdílných vazebných oblastí ve dvou srovnávacích experimentech CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP nebo iCLIP).
  • Paralyzér: PARalyzer je algoritmus, který generuje mapu interakčních míst mezi proteiny vázajícími RNA a jejich cíli ve vysokém rozlišení. Algoritmus využívá hloubkové sekvenční čtení generované z experimentů PAR-CLIP.
  1. ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W .; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (08.08.2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. PMC  4532895. PMID  26267216.