Systematický vývoj ligandů exponenciálním obohacením - Systematic evolution of ligands by exponential enrichment

Obecný přehled protokolu selekce in vitro. NA znamená Nucleic Acids (DNA, RNA, PNA ), které začínají jako náhodná skupina a jsou obohaceny procesem výběru.

Systematický vývoj ligandů exponenciálním obohacením (SELEX), označovaný také jako in vitro selekce nebo evoluce in vitro, je kombinatorická chemie technika v molekulární biologie pro výrobu oligonukleotidy buď jednopramenného DNA nebo RNA které se konkrétně vážou k cíli ligand nebo ligandy. Tyto jednovláknové DNA nebo RNA se běžně označují jako aptamery.[1][2][3] Ačkoli se SELEX ukázal jako nejčastěji používaný název postupu, někteří vědci jej označili jako SAAB (vybrané a zesílené vazebné místo) a CASTing (cyklické zesílení a výběr cílů)[4][5] SELEX byl poprvé představen v roce 1990. V roce 2015 vyšlo zvláštní číslo v Journal of Molecular Evolution na počest čtvrtstoletí objevu SELEX.[6]

Proces začíná syntézou velmi velké oligonukleotidové knihovny sestávající z náhodně generovaných sekvencí pevné délky ohraničených konstantou 5' a 3' konce, které slouží jako primery.[2] Pro náhodně generovanou oblast délky n, počet možných sekvencí v knihovně je 4n (n pozice se čtyřmi možnostmi (A, T, C, G) na každé pozici). Sekvence v knihovně jsou vystaveny cílovému ligandu - kterým může být a protein nebo a malá organická sloučenina - a ti, kteří nevázají cíl, jsou odstraněni, obvykle pomocí afinitní chromatografie nebo zachycení cíle na paramagnetických kuličkách.[7] Navázané sekvence jsou eluovány a amplifikovány pomocí PCR[2][3] připravit se na další kola výběru, ve kterých lze zvýšit přísnost podmínek eluce, aby se identifikovaly nejtěsnější vazebné sekvence.[2] Při této metodě je třeba vzít v úvahu opatrnost, že výběr extrémně vysokýchnanomolární vazebné afinitní entity nemusí ve skutečnosti zlepšit specificitu pro cílovou molekulu.[8] Vazba mimo cíl na příbuzné molekuly může mít významné klinické účinky.

SELEX se používá k vývoji řady aptamerů, které vážou cíle zajímavé jak pro klinické, tak pro výzkumné účely.[9] Rovněž s ohledem na tyto cíle byla do reakcí SELEX začleněna řada nukleotidů s chemicky upravenými cukry a bázemi.[9][10] Tyto modifikované nukleotidy umožňují výběr aptamerů s novými vazebnými vlastnostmi a potenciálně zlepšenou stabilitou.[9][10]

Postup

Aptamery se ukázaly jako nová kategorie v oblasti bioreceptorů díky jejich širokému použití od biosenzování po terapeutika. Bylo popsáno několik variací jejich screeningového procesu zvaných SELEX, které mohou poskytnout sekvence s požadovanými vlastnostmi potřebnými pro jejich konečné použití[11].

Generování jednovláknové oligonukleotidové knihovny

První krok SELEXu zahrnuje syntézu plně nebo částečně randomizovaných oligonukleotidových sekvencí určité délky ohraničených definovanými oblastmi, které umožňují PCR amplifikaci těchto randomizovaných oblastí a v případě RNA SELEX transkripci randomizované sekvence in vitro.[2][3][12] Zatímco Ellington a Szostak prokázali, že chemická syntéza je schopná generovat ~ 1015 jedinečné sekvence pro knihovny oligonukleotidů ve své práci z roku 1990 o výběru in vitro,[3] zjistili, že amplifikace těchto syntetizovaných oligonukleotidů vedla k významné ztrátě rozmanitosti zásob v důsledku zkreslení PCR a defektů syntetizovaných fragmentů.[3] Oligonukleotidový pool je amplifikován a k reakci je přidáno dostatečné množství počáteční knihovny, takže existuje mnoho kopií každé jednotlivé sekvence, aby se minimalizovala ztráta potenciálních vazebných sekvencí v důsledku stochastických událostí.[3] Před zavedením knihovny do cíle pro inkubaci a selektivní retenci musí být knihovna sekvencí převedena na jednovláknové oligonukleotidy, aby se dosáhlo strukturálních konformací s vlastnostmi vázání cíle.[2][3]

Cílová inkubace

Bezprostředně před zavedením cíle se jednovláknová oligonukleotidová knihovna často zahřívá a pomalu ochladí, aby se renaturovaly oligonukleotidy na termodynamicky stabilní sekundární a terciární struktury.[3][7] Jakmile je připravena, randomizovaná knihovna se inkubuje s imobilizovaným cílem, aby se umožnilo navázání oligonukleotidu na cíl. Existuje několik úvah o tomto cílovém inkubačním kroku, včetně metody imobilizace cíle a strategií pro následnou separaci nenavázaných oligonukleotidů, inkubační čas a teplotu, podmínky inkubačního pufru a koncentrace versus koncentrace oligonukleotidů. Mezi příklady metod imobilizace cíle patří afinitní chromatografie sloupy,[3] nitrocelulóza filtry vazebného testu,[2] a paramagnetické korálky.[7] Nedávno byly vyvinuty reakce SELEX, kde cílem jsou celé buňky, které se téměř dokončí soutok a inkubovány s oligonukleotidovou knihovnou na kultivačních destičkách.[13] Podmínky inkubačního pufru se mění na základě zamýšleného cíle a požadované funkce vybraného aptameru. Například v případě negativně nabitých malých molekul a proteinů se používají pufry s vysokým obsahem soli screening poplatků umožnit nukleotidům přiblížit se k cíli a zvýšit pravděpodobnost specifické vazebné události.[3] Alternativně, pokud je požadovanou funkcí aptameru protein in vivo nebo vazba celých buněk pro potenciální terapeutické nebo diagnostické použití, podmínky inkubačního pufru podobné koncentrací solí v plazmě in vivo a homeostatickým teplotám s větší pravděpodobností vytvoří aptamery, které se mohou vázat in vivo. Další úvahou v podmínkách inkubační vyrovnávací paměti jsou nespecifičtí konkurenti. Pokud existuje vysoká pravděpodobnost nespecifické retence oligonukleotidů v reakčních podmínkách, mohou být k obsazení těchto nespecifických konkurentů, kterými jsou malé molekuly nebo polymery jiné než knihovna SELEX, které mají podobné fyzikální vlastnosti jako knihovny oligonukleotidů, použity. konkrétní vazebná místa.[13] Změny relativní koncentrace cíle a oligonukleotidů mohou také ovlivnit vlastnosti vybraných aptamerů. Pokud dobrý vazebná afinita pro vybraný aptamer to není problém, potom může být použit přebytek cíle ke zvýšení pravděpodobnosti, že alespoň některé sekvence se během inkubace budou vázat a budou zachovány. To však neposkytuje žádný selektivní tlak pro vysoký vazebná afinita, který vyžaduje, aby byla knihovna oligonukleotidů v přebytku, takže existuje konkurence mezi jedinečnými sekvencemi o dostupná specifická vazebná místa.[2]

Eluce a amplifikace vazebné sekvence

Jakmile byla oligonukleotidová knihovna inkubována s cílem po dostatečnou dobu, nenavázané oligonukleotidy jsou odplaveny z imobilizovaného cíle, často za použití inkubačního pufru, takže jsou zachovány specificky vázané oligonukleotidy.[3] Když jsou nenavázané sekvence odplaveny, jsou specificky navázané sekvence eluovány vytvořením denaturačních podmínek, které podporují rozvinutí oligonukleotidů nebo ztrátu vazebné konformace, včetně proudění v deionizované vodě,[3] pomocí denaturačních roztoků obsahujících močovinu a EDTA,[13][14] nebo působením vysoké teploty a fyzické síly.[7] Po eluci navázaných sekvencí jsou zachovány oligonukleotidy zpětně přepsaný na DNA v případě výběru RNA nebo modifikované báze,[2][3][13] nebo jednoduše shromážděny pro amplifikaci v případě DNA SELEX.[15] Tyto šablony DNA z eluovaných sekvencí jsou poté amplifikovány pomocí PCR a převedeny na jednovláknové DNA, RNA nebo oligonukleotidy s modifikovanou bází, které jsou použity jako počáteční vstup pro další kolo selekce.[2][3]

Získání ssDNA

Jedním z nejdůležitějších kroků v postupu SELEX je získání jednořetězcové DNA (ssDNA) po kroku amplifikace PCR. To bude sloužit jako vstup pro další cyklus, takže je životně důležité, aby veškerá DNA byla jednořetězcová a co nejméně se ztratilo. Kvůli relativní jednoduchosti je jednou z nejpoužívanějších metod použití biotinylovaných reverzních primerů v kroku amplifikace, po kterých mohou být komplementární řetězce navázány na pryskyřici, následovanou elucí druhého řetězce louhem. Další metodou je asymetrická PCR, kde se krok amplifikace provádí s přebytkem přímého primeru a velmi malým reverzním primerem, což vede k produkci více požadovaného řetězce. Nevýhodou této metody je, že produkt by měl být purifikován z dvouřetězcové DNA (dsDNA) a dalšího zbylého materiálu z PCR reakce. Enzymatická degradace nežádoucího řetězce může být provedena značením tohoto řetězce pomocí fosfátem sondovaného primeru, jak je rozpoznáván enzymy jako např. Lambda exonukleáza. Tyto enzymy pak selektivně degradují vlákno označené fosfátem, přičemž komplementární vlákno zůstává nedotčené. Všechny tyto metody regenerují přibližně 50 až 70% DNA. Podrobné srovnání viz článek Svobodové a kol. kde jsou tyto a další metody experimentálně srovnávány.[16] V klasickém SELEXu se výše popsaný proces generování randomizované jednořetězcové knihovny, inkubace cíle a eluce a amplifikace vazebné sekvence opakuje, dokud drtivá většina zadrženého poolu sestává z cílových vazebných sekvencí,[2][3] i když se často používají úpravy a dodatky k postupu, které jsou popsány níže.

Negativní nebo počítadlo výběr

Aby se zvýšila specificita aptamerů vybraných daným postupem SELEX, negativním výběrem nebo výběrem čítače, lze přidat krok před nebo bezprostředně po cílové inkubaci. K eliminaci sekvencí s afinitou k cílovým imobilizačním maticovým složkám z poolu lze použít negativní selekce, kde je knihovna inkubována s cílovými imobilizačními maticovými složkami a jsou zachovány nevázané sekvence.[14][17][15] Negativní selekce může být také použita k eliminaci sekvencí, které vážou cílové molekuly nebo buňky inkubací oligonukleotidové knihovny s cílovými analogy s malými molekulami, nežádoucími buněčnými typy nebo necílovými proteiny a zachováním nenavázaných sekvencí.[13][15][18]

Sledování postupu výběru

Ke sledování postupu reakce SELEX lze počet molekul vázaných na cíl, což je ekvivalentní počtu eluovaných oligonukleotidů, porovnat s odhadovaným celkovým vstupem oligonukleotidů po eluci v každém kole.[3][19] Počet eluovaných oligonukleotidů lze odhadnout pomocí odhadů eluční koncentrace pomocí absorbance vlnové délky 260 nm[19] nebo fluorescenční značení oligonukleotidů.[7] Jak se reakce SELEX blíží dokončení, zlomek oligonukleotidové knihovny, která váže cíl, se blíží 100%, takže počet eluovaných molekul se blíží odhadu celkového vstupu oligonukleotidů, ale může konvergovat při nižším počtu.[3]

Upozornění a úvahy

Některé reakce SELEX mohou generovat sondy, které jsou závislé na oblastech vázajících primer pro tvorbu sekundární struktury.[7] Existují aplikace aptamerů, u nichž je žádoucí krátká sekvence, a tedy zkrácení primeru.[20] Pokrok v původní metodě umožňuje knihovně RNA vynechat konstantní oblasti primerů, které lze po procesu výběru obtížně odstranit, protože se stabilizují sekundární struktury které jsou nestabilní, když jsou tvořeny pouze náhodnou oblastí.[21]

Chemicky modifikované nukleotidy

Nedávno se SELEX rozšířil o použití chemicky modifikovaných nukleotidů. Tyto chemicky modifikované oligonukleotidy nabízejí mnoho potenciálních výhod pro vybrané aptamery, včetně vyšší stability a odolnosti vůči nukleázám, lepší vazby pro vybrané cíle, rozšířených fyzikálních vlastností - jako je zvýšená hydrofobicita a rozmanitější strukturní konformace.[9][10][22]

Genetická abeceda, a tedy možné aptamery, se také rozšiřuje pomocí nepřirozených párů bází[23][24] použití těchto nepřirozených párů bází bylo aplikováno na SELEX a byly generovány vysoce afinitní aptamery DNA.[25]

Předchozí cíle

Tato technika byla použita k vývoji aptamery extrémně vysoké vazebné afinity k různým cílovým ligandům, včetně malé molekuly jako ATP[26] a adenosin[12][27] a proteiny jako např priony[28] a vaskulární endoteliální růstový faktor (VEGF).[29] Kromě toho se SELEX používá k výběru vysoce afinitních aptamerů pro komplexní cíle, jako jsou nádorové buňky.[30] Klinické použití této techniky navrhují aptamery, které se vážou nádorové markery,[31] GFP -příbuzný fluorofory,[32] a obchodně pojmenovaný aptamer vázající VEGF Macugen byl schválen FDA pro léčbu makulární degenerace.[29][33] Kromě toho se SELEX používá k získání vysoce specifické katalytické DNA nebo DNAzymů. Bylo popsáno několik kovově specifických DNAzymů, včetně DNA-GR-5 (specifického pro olovo),[34] CA1-3 DNAzymy (specifické pro měď),[35] 39E DNAzym (uranyl-specific) [36] a NaA43 DNAzym (specifický pro sodík).[37]

Tyto vyvinuté aptamery zaznamenaly různé použití v terapiích makulární degenerace[33] a různé výzkumné aplikace včetně biosenzory,[20] fluorescenční značení proteinů[38] a buňky,[39] a selektivní inhibice enzymů.[40]

Viz také

Reference

  1. ^ Hak-Hagir A (září 1978). „[Hak-Hagirův kožní kanál]“. Zeitschrift für Urologie und Nephrologie. 71 (9): 639–42. doi:10,1128 / mcb. 9.7.2944. PMC  362762. PMID  2674675.
  2. ^ A b C d E F G h i j k Tuerk C, Gold L (srpen 1990). "Systematický vývoj ligandů exponenciálním obohacením: RNA ligandy k bakteriofágu T4 DNA polymerázy". Věda. 249 (4968): 505–10. Bibcode:1990Sci ... 249..505T. doi:10.1126 / science.2200121. PMID  2200121.
  3. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q Ellington AD, Szostak JW (srpen 1990). "In vitro výběr molekul RNA, které vážou specifické ligandy". Příroda. 346 (6287): 818–22. Bibcode:1990 Natur.346..818E. doi:10.1038 / 346818a0. PMID  1697402. S2CID  4273647.
  4. ^ Blackwell TK, Weintraub H (listopad 1990). „Rozdíly a podobnosti v preferencích vázání DNA komplexů proteinů MyoD a E2A odhalené výběrem vazebného místa“. Věda. 250 (4984): 1104–10. Bibcode:1990Sci ... 250.1104B. doi:10.1126 / science.2174572. PMID  2174572. S2CID  1995608.
  5. ^ Wright WE, Binder M, Funk W (srpen 1991). „Cyklická amplifikace a výběr cílů (CASTing) pro vazebné místo pro myogeninový konsenzus“. Molekulární a buněčná biologie. 11 (8): 4104–10. doi:10,1128 / mcb.11.8.4104. PMC  361222. PMID  1649388.
  6. ^ Zlato, Larry (20. října 2015). „SELEX: Jak se to stalo a kam to bude směřovat“. Journal of Molecular Evolution. 81 (5–6): 140–3. Bibcode:2015JMolE..81..140G. doi:10.1007 / s00239-015-9705-9. PMC  4661202. PMID  26480964.
  7. ^ A b C d E F Stoltenburg R, Schubert T, Strehlitz B (2015-07-29). „In vitro selekční a interakční studie DNA Aptameru zaměřeného na protein A“. PLOS ONE. 10 (7): e0134403. Bibcode:2015PLoSO..1034403S. doi:10.1371 / journal.pone.0134403. PMC  4519192. PMID  26221730.
  8. ^ Carothers JM, Oestreich SC, Szostak JW (červen 2006). „Aptamery vybrané pro vazbu s vyšší afinitou nejsou konkrétnější pro cílový ligand“. Journal of the American Chemical Society. 128 (24): 7929–37. doi:10.1021 / ja060952q. PMC  4287982. PMID  16771507.
  9. ^ A b C d Wu YX, Kwon YJ (srpen 2016). „Aptamers:„ Evoluce “společnosti SELEX. Metody. 106: 21–8. doi:10.1016 / j.ymeth.2016.04.020. PMID  27109056.
  10. ^ A b C Keefe AD, Cload ST (srpen 2008). Msgstr "SELEX s upravenými nukleotidy". Aktuální názor na chemickou biologii. 12 (4): 448–56. doi:10.1016 / j.cbpa.2008.06.028. PMID  18644461.
  11. ^ Kaur, Harmanjit; Shorie, Munish (20. října 2018). "Metoda Cell-SELEX založená na mikrotitrační destičce". Bioprotokol. 8 (20). doi:10.21769 / BioProtoc.3051.
  12. ^ A b Huizenga DE, Szostak JW (leden 1995). "DNA aptamer, který váže adenosin a ATP". Biochemie. 34 (2): 656–65. doi:10.1021 / bi00002a033. PMID  7819261.
  13. ^ A b C d E Iwagawa T, Ohuchi SP, Watanabe S, Nakamura Y (leden 2012). "Výběr aptamerů RNA proti myším embryonálním kmenovým buňkám". Biochimie. 94 (1): 250–7. doi:10.1016 / j.biochi.2011.10.017. PMID  22085640.
  14. ^ A b Vater A, Jarosch F, Buchner K, Klussmann S (listopad 2003). „Krátké bioaktivní spiegelmery na peptid související s geny kalcitoninu asociovaný s migrénou rychle identifikovaný novým přístupem: přizpůsobený SELEX“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (21): 130e – 130. doi:10.1093 / nar / gng130. PMC  275487. PMID  14576330.
  15. ^ A b C Blank M, Weinschenk T, Priemer M, Schluesener H (květen 2001). „Systematický vývoj vazby aptameru DNA na mikrovessely mozkových nádorů potkanů. Selektivní cílení na endoteliální regulační proteinový prasátko“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (19): 16464–8. doi:10,1074 / jbc.M100347200. PMID  11279054. S2CID  39002909.
  16. ^ Svobodová M, Pinto A, Nadal P, O'Sullivan CK (srpen 2012). "Srovnání různých metod pro generování jednořetězcové DNA pro procesy SELEX". Analytická a bioanalytická chemie. 404 (3): 835–42. doi:10.1007 / s00216-012-6183-4. PMID  22733247. S2CID  206910212.
  17. ^ Stoltenburg R, Reinemann C, Strehlitz B (říjen 2007). „SELEX - a (r) evoluční metoda pro generování vysoce afinitních ligandů nukleových kyselin“. Biomolekulární inženýrství. 24 (4): 381–403. doi:10.1016 / j.bioeng.2007.06.001. PMID  17627883.
  18. ^ Haller AA, Sarnow P (srpen 1997). „In vitro selekce 7-methyl-guanosin vázající RNA, která inhibuje translaci zakončených molekul mRNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (16): 8521–6. Bibcode:1997PNAS ... 94.8521H. doi:10.1073 / pnas.94.16.8521. PMC  22984. PMID  9238009.
  19. ^ A b Sefah K, Shangguan D, Xiong X, O'Donoghue MB, Tan W (červen 2010). "Vývoj DNA aptamerů pomocí Cell-SELEX". Přírodní protokoly. 5 (6): 1169–85. doi:10.1038 / nprot.2010.66. PMID  20539292. S2CID  4953042.
  20. ^ A b Lubin AA, Hunt BV, White RJ, Plaxco KW (březen 2009). "Účinky délky sondy, geometrie sondy a umístění redox tagu na výkon elektrochemického senzoru E-DNA". Analytická chemie. 81 (6): 2150–8. doi:10.1021 / ac802317k. PMID  19215066.
  21. ^ Jarosch F, Buchner K, Klussmann S (červenec 2006). „In vitro selekce pomocí duální knihovny RNA, která umožňuje selekci bez primerů“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (12): e86. doi:10.1093 / nar / gkl463. PMC  1524915. PMID  16855281.
  22. ^ Pinheiro VB, Taylor AI, Cozens C, Abramov M, Renders M, Zhang S, Chaput JC, Wengel J, Peak-Chew SY, McLaughlin SH, Herdewijn P, Holliger P (duben 2012). „Syntetické genetické polymery schopné dědičnosti a evoluce“. Věda. 336 (6079): 341–4. Bibcode:2012Sci ... 336..341P. doi:10.1126 / science.1217622. PMC  3362463. PMID  22517858.
  23. ^ Kimoto M, Kawai R, Mitsui T, Yokoyama S, Hirao I (únor 2009). „Nepřirozený systém párů bází pro efektivní PCR amplifikaci a funkcionalizaci molekul DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (2): e14. doi:10.1093 / nar / gkn956. PMC  2632903. PMID  19073696.
  24. ^ Yamashige R, Kimoto M, Takezawa Y, Sato A, Mitsui T, Yokoyama S, Hirao I (březen 2012). „Vysoce specifické nepřirozené systémy párů bází jako třetí pár bází pro amplifikaci PCR“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (6): 2793–806. doi:10.1093 / nar / gkr1068. PMC  3315302. PMID  22121213.
  25. ^ Kimoto M, Yamashige R, Matsunaga K, Yokoyama S, Hirao I (květen 2013). "Generování vysokoafinitních aptamerů DNA pomocí rozšířené genetické abecedy". Přírodní biotechnologie. 31 (5): 453–7. doi:10.1038 / nbt.2556. PMID  23563318. S2CID  23329867.
  26. ^ Dieckmann T, Suzuki E, Nakamura GK, Feigon J (červenec 1996). „Struktura řešení aptameru RNA vázajícího ATP odhaluje nový záhyb“. RNA. 2 (7): 628–40. PMC  1369402. PMID  8756406.
  27. ^ Burke DH, Gold L (květen 1997). „RNA aptamery k adenosinové části S-adenosylmethioninu: strukturální závěry z variací na téma a reprodukovatelnost SELEXu“. Výzkum nukleových kyselin. 25 (10): 2020–4. doi:10.1093 / nar / 25.10.2020. PMC  146680. PMID  9115371.
  28. ^ Mercey R, Lantier I, Maurel MC, Grosclaude J, Lantier F, Marc D (listopad 2006). „Rychlá, reverzibilní interakce prionového proteinu s aptamery RNA obsahující specifické vzory sekvencí“. Archivy virologie. 151 (11): 2197–214. doi:10.1007 / s00705-006-0790-3. PMID  16799875. S2CID  32195593.
  29. ^ A b Ulrich H, Trujillo CA, Nery AA, Alves JM, Majumder P, Resende RR, Martins AH (září 2006). "Aptamery DNA a RNA: od nástrojů pro základní výzkum k terapeutickým aplikacím". Kombinatorická chemie a vysokovýkonný screening. 9 (8): 619–32. doi:10.2174/138620706778249695. PMID  17017882.
  30. ^ Daniels DA, Chen H, Hicke BJ, Swiderek KM, Gold L (prosinec 2003). "Tenascin-C aptamer identifikovaný nádorovou buňkou SELEX: systematický vývoj ligandů exponenciálním obohacením". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (26): 15416–21. Bibcode:2003PNAS..10015416D. doi:10.1073 / pnas.2136683100. PMC  307582. PMID  14676325.
  31. ^ Ferreira CS, Matthews CS, Missailidis S (2006). „DNA aptamery, které se vážou na nádorový marker MUC1: design a charakterizace jednovláknových DNA aptamerů vázajících MUC1“. Biologie nádorů. 27 (6): 289–301. doi:10.1159/000096085. PMID  17033199. S2CID  41664944.
  32. ^ Paige JS, Wu KY, Jaffrey SR (červenec 2011). "RNA napodobuje zelený fluorescenční protein". Věda. 333 (6042): 642–6. Bibcode:2011Sci ... 333..642P. doi:10.1126 / science.1207339. PMC  3314379. PMID  21798953.
  33. ^ A b Vavvas D, D'Amico DJ (září 2006). „Pegaptanib (Macugen): léčba neovaskulární věkem podmíněné makulární degenerace a současná role v klinické praxi“. Oční kliniky Severní Ameriky. 19 (3): 353–60. doi:10.1016 / j.ohc.2006.05.008 (neaktivní 11. 11. 2020). PMID  16935210.CS1 maint: DOI neaktivní od listopadu 2020 (odkaz)
  34. ^ Breaker RR, Joyce GF (prosinec 1994). "DNA enzym, který štěpí RNA". Chemie a biologie. 1 (4): 223–9. doi:10.1016/1074-5521(94)90014-0. PMID  9383394.
  35. ^ Carmi N, Shultz LA, Breaker RR (prosinec 1996). "In vitro selekce samoštěpících se DNA". Chemie a biologie. 3 (12): 1039–46. doi:10.1016 / s1074-5521 (96) 90170-2. PMID  9000012.
  36. ^ Liu J, Brown AK, Meng X, Cropek DM, Istok JD, Watson DB, Lu Y (únor 2007). „Senzor katalytického majáku pro uran s citlivostí na bilion dílů a milionkrát větší selektivitou“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (7): 2056–61. Bibcode:2007PNAS..104.2056L. doi:10.1073 / pnas.0607875104. PMC  1892917. PMID  17284609.
  37. ^ Torabi SF, Wu P, McGhee CE, Chen L, Hwang K, Zheng N, Cheng J, Lu Y (květen 2015). „In vitro selekce DNA-enzymu specifického pro sodík a jeho aplikace v intracelulárním snímání“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (19): 5903–8. Bibcode:2015PNAS..112.5903T. doi:10.1073 / pnas.1420361112. PMC  4434688. PMID  25918425.
  38. ^ Umrao S, Jain V, Chakraborty B, Roy R (srpen 2018). "Zvýšení fluorescence indukované bílkovinami jako mechanismus snímání aptameru pro detekci trombinu". Senzory a akční členy B: Chemické. 267: 294–301. doi:10.1016 / j.snb.2018.04.039.
  39. ^ Terazono H, Anzai Y, Soloviev M, Yasuda K (duben 2010). "Značení živých buněk pomocí fluorescenčních aptamerů: reverzní vazba s nukleázami DNA". Journal of Nanobiotechnology. 8 (1): 8. doi:10.1186/1477-3155-8-8. PMC  2861636. PMID  20388214.
  40. ^ Mondragón E, Maher LJ (září 2015). "RNA aptamerové inhibitory restrikční endonukleázy". Výzkum nukleových kyselin. 43 (15): 7544–55. doi:10.1093 / nar / gkv702. PMC  4551934. PMID  26184872.

Další čtení

externí odkazy