HITS-CLIP - HITS-CLIP

Vysoce výkonné sekvenování RNA izolované zesítěnou imunoprecipitací (HITS-CLIP, také známý jako CLIP-sekv) je genom -rozsáhlé prostředky mapování protein –RNA vazebná místa nebo místa modifikace RNA in vivo.[1][2][3] HITS-CLIP se původně používal ke generování interakčních map protein-RNA v genomu pro neuron specifické Protein vázající RNA a spojovací faktor NOVA1 a NOVA2;[2] od té doby byla vygenerována řada dalších map spojovacích faktorů, včetně těch pro PTB,[4] RbFox2,[5] SFRS1,[6] hnRNP C,[7] a dokonce N6-methyladenosin (m6A) modifikace mRNA.[3][8]

HITS-CLIP proteinu vázajícího RNA Argonaute bylo provedeno pro identifikaci cílů microRNA[9] dekódováním mikroRNA -mRNA a interakční mapy protein-RNA v myším mozku,[10][11] a následně v Caenorhabditis elegans,[12] embryonální kmenové buňky[13] a buňky tkáňové kultury.[14]

Jako nová modifikace HITS-CLIP byl vyvinut m6A-CLIP k přesnému mapování míst N6-methyladenosinu (m6A) v mRNA pomocí UV-zesíťování m6A protilátky na cílovou RNA.[3][8] Nedávno vylepšeno bioinformatika aplikovaný na Argonaute HITS-CLIP umožňuje identifikaci vazebných míst s rozlišením jednoho nukleotidu.[15]

Podobné metody

  • PAR-CLIP, pro identifikaci vazebných míst buněčných RNA vázajících proteinů (RBP) a ribonukleoproteinových komplexů obsahujících mikroRNA (miRNP) v buňkách tkáňové kultury.

Reference

  1. ^ Darnell RB (2010). „HITS-CLIP: panoramatické pohledy na regulaci proteinu-RNA v živých buňkách“. Wiley Interdiscip Rev RNA. 1 (2): 266–86. doi:10.1002 / wrna.31. PMC  3222227. PMID  21935890.
  2. ^ A b Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (listopad 2008). „HITS-CLIP přináší genomové poznatky o alternativním zpracování RNA v mozku“. Příroda. 456 (7221): 464–9. doi:10.1038 / nature07488. PMC  2597294. PMID  18978773.
  3. ^ A b C Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24. září 2015). „Většina zbytků m6A je v posledních exonech, což umožňuje potenciál regulace 3 'UTR“. Geny a vývoj. 29 (19): 2037–53. doi:10.1101 / gad.269415.115. PMC  4604345. PMID  26404942.
  4. ^ Xue Y, Zhou Y, Wu T, Zhu T, Ju X, Kwon YS, Zhang C, Yeo G, Black DL, Sun H, Fu XD, Zhang Y (2009), „Analýza interakcí PTB-RNA odhaluje celou genomovou analýzu strategie používaná obecným represorem sestřihu k modulaci začlenění nebo přeskakování exonu ", Molekulární buňka, 36 (6): 996–1006, doi:10.1016 / j.molcel.2009.12.003, PMC  2807993, PMID  20064465
  5. ^ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (2009). „RNA kód pro regulátor sestřihu FOX2 odhalený mapováním interakcí RNA-protein v kmenových buňkách“. Nat Struct Mol Biol. 16 (2): 130–137. doi:10.1038 / nsmb.1545. PMC  2735254. PMID  19136955.
  6. ^ Sanford JR, Wang X, Mort M, Fanduyn N, Cooper DN, Mooney SD, Edenberg HJ, Liu Y (2009). „Faktor sestřihu SFRS1 rozpoznává funkčně rozmanitou krajinu transkriptů RNA“. Výzkum genomu. 19 (3): 381–394. doi:10.1101 / gr.082503.108. PMC  2661799. PMID  19116412.
  7. ^ Konig J, Zarnack K, Rot G, Curk T, Kayikci M, Zupan B, Turner DJ, Luscombe NM, Ule J (2010), „iCLIP odhaluje funkci částic hnRNP při sestřihu při rozlišení jednotlivých nukleotidů“, Nat Struct Mol Biol, 17 (7): 909–915, doi:10.1038 / nsmb.1838, PMC  3000544, PMID  20601959
  8. ^ A b Ke, S; Pandya-Jones, A; Saito, Y; Fak, JJ; Vågbø, CB; Geula, S; Hanna, JH; Černá, DL; Darnell, JE; Darnell, RB (15. května 2017). „modifikace m6A mRNA jsou uloženy v rodící se pre-mRNA a nejsou nutné pro sestřih, ale specifikují cytoplazmatický obrat“. Geny a vývoj. 31 (10): 990–1006. doi:10.1101 / gad.301036.117. PMC  5495127. PMID  28637692.
  9. ^ Thomson, DW; Bracken, CP; Goodall, GJ (06.06.2011). „Experimentální strategie pro identifikaci cílů mikroRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 6845–6853. doi:10.1093 / nar / gkr330. PMC  3167600. PMID  21652644.
  10. ^ Chi, S.W .; Zang, J. B.; Mele, A .; Darnell, R.B. (2009), „Argonaute HITS-CLIP dekóduje interakční mapy microRNA-mRNA“, Příroda, 460 (7254): 479–486, doi:10.1038 / nature08170, PMC  2733940, PMID  19536157
  11. ^ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2011). „starBase: databáze pro zkoumání map interakcí microRNA – mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Nucleic Acids Res. 39 (Problém s databází): D202 – D209. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  12. ^ Zisoulis DG, Lovci MT, Wilbert ML, Hutt KR, Liang TY, Pasquinelli AE, Yeo GW ​​(2010), „Komplexní objev endogenních vazebných míst Argonaute u Caenorhabditis elegans“, Nat Struct Mol Biol, 17 (2): 173–179, doi:10.1038 / nsmb.1745, PMC  2834287, PMID  20062054
  13. ^ Leung AK, Young AG, Bhutkar A, Zheng GX, Bosson AD, Nielsen CB, Sharp PA (2011), „Genome-wide identification of Ago2 väzbových míst z myších embryonálních kmenových buněk s nebo bez zralých mikroRNA“, Nat Struct Mol Biol, 19 (9): 1084, doi:10.1038 / nsmb0911-1084a, PMC  3078052
  14. ^ Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010), " Transkriptomová identifikace cílového místa proteinu vázajícího RNA a mikroRNA pomocí PAR-CLIP ", Buňka, 141 (1): 129–141, doi:10.1016 / j.cell.2010.03.009, PMC  2861495, PMID  20371350
  15. ^ Zhang, C .; Darnell, R.B. (2011). "Mapování in vivo interakcí protein-RNA při rozlišení jednoho nukleotidu z údajů HITS-CLIP". Přírodní biotechnologie. 29 (7): 607–614. doi:10.1038 / nbt.1873. PMC  3400429. PMID  21633356.

externí odkazy

  • CLIPSim-MC: CLIPSim-MC je nástroj, který k vyhledání používá data CLIP-seq miRNA / MRE párování pomocí přístupu založeného na Monte Carlu.[1]
  • databáze starBase: databáze pro zkoumání miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA, miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogen, bílkovinylncRNA, protein-RNA interakce a ceRNA sítě z HITS-CLIP (CLIP-sekv, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) údaje a TargetScan[2], PicTar, RNA22, miRanda a PITA cílová místa microRNA.
  • clipz: potrubí pro analýzu krátkých čtení RNA z experimentů HITS-CLIP.
  • dCLIP: dCLIP je program Perl pro zjišťování rozdílných vazebných oblastí ve dvou srovnávacích experimentech CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP nebo iCLIP).
  1. ^ Peter M. Clark; Phillipe Loher; Kevin Quann; Jonathan Brody; Eric R. Londin; Isidore Rigoutsos (2014), „Argonaute CLIP-Seq odhaluje rozmanitost cílového miRNA napříč typy tkání“, Vědecké zprávy, 4 (5947): 5947, doi:10.1038 / srep05947, PMC  4894423, PMID  25103560
  2. ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W .; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (08.08.2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. PMC  4532895. PMID  26267216.