Coiled-coil doména obsahující protein 120 - Coiled-coil domain containing protein 120
Navinutá cívková doména obsahující protein 120 (CCDC120), také známý jako JM11 protein, je protein který je u lidí kódován CCDC120 gen.[5] Funkce CCDC120 nebyla formálně identifikována, ale strukturální komponenty, konzervace a interakce lze identifikovat výpočetně.
Gen
Gen CCDC120 je lokalizován na člověku chromozom X, na Xp11.23.[6] Existuje šest různých variant přepisu CCDC120 produkovaných alternativním sestřihem.[7]
Vzory
Transkript mRNA CCDC120 obsahuje 120bp repetici blízko 3 'konce.[8]

Homologie
Paralogy
CCDC120 má 3 identifikovatelné paralogy u lidí, FERM doména obsahující 4A, FERM doména obsahující 4B, a C1orf106.[9]
Ortology
Ortologický prostor CCDC120 lze vysledovat zpět až k rybám, jako jsou Danio rerio, Oryzias latipes, a Dicentrarchus labrax.[9]
Protein
Protein CCDC120 má čtyři různé izoformy, od 618 do 696 aminokyseliny v délce.[10] Isoform 1 je nejdelší izoforma a je kódována transkriptem 1 genu CCDC120.[11]
Interakce
Usherův syndrom 1C vazebný protein 1, CYTH2, MDFI, Centrosomal Protein 170 kDa Pseudogen 1, a Keratin 15 experimentální interakce s CCDC120 [12] Další interakce byly identifikovány koexpresí a dataminingem a lze je vidět na obrázku.

Posttranslační modifikace
Algoritmy naznačují řadu stránek Serine fosforylace a také několik stránek Threonin a Tyrosin fosforylace. Mnoho z těchto webů je zachováno Gorila gorila gorila, Mus musculus, a Danio rerio. Existuje jeden potenciál N-glykosylace web identifikován.[13]
Struktura
Předpokládá se, že proteinová struktura CCDC120 obsahuje, jak název napovídá, 65 aminokyselin svinutá cívka z pozic 109-173.[14] Několik algoritmů identifikuje 3 odlišné stránky, kde alfa-šroubovice Mohly by se vytvořit struktury, které jsou zachovány v gorilích gorilích gorilách a Danio rerio. Algoritmy se neshodují na žádném místě pro a beta list struktura.[15]
Výraz
Promotér
Algoritmy naznačují, že CCDC120 má promotor 601bp,[16] tento promotor obsahuje řadu možných míst transkripčních faktorů, jak je znázorněno na obrázku.

Odkazy ve vědecké literatuře
Bylo zjištěno, že CCDC120 je nadregulován pulzním elektromagnetickým polem v lidských buňkách podobných osteoblastům.[17] CCDC120 má deleci 7 bází v neuroblastomu MetastaticOlfactory.[18] CCDC120 je downregulován po novorozeneckém hypoxicko-ischemickém poškození mozku u potkanů.[19]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000147144 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031150 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "Entrez Gene: CCDC120 doména coiled-coil obsahující 120 (Homo sapiens)".
- ^ „Gene Cards: coiled-coil domain containing 120“.
- ^ „Hledání nukleotidů NCBI: CCDC120 Homo sapiens“.
- ^ "Dotlet".[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ A b "VÝBUCH". NCBI.
- ^ „Hledání proteinů NCBI“. NCBI. Citováno 9. května 2013.
- ^ „Protein NCBI: protein obsahující doménu coiled-coil 120 izoforma 1 (Homo sapiens)“.
- ^ „STRING Interaction Analysis“. TĚTIVA. Citováno 10. května 2013.
- ^ „ExPasy Proteomics: Post-Translational Modification“. ExPasy. Citováno 11. května 2013.
- ^ „Q96HB5 (CC120_HUMAN)“. Uniprot. Citováno 9. května 2013.
- ^ „PELE“. SDSC Biology Workbench. Citováno 11. května 2013.
- ^ „Nástroje pro promotéry Genomatix“. Genomatix. Citováno 10. května 2013.
- ^ Sollazzo V, Palmieri A, Pezzetti F, Massari L, Carinci F (srpen 2010). „Účinky pulzních elektromagnetických polí na lidské buňky podobné osteoblastům (MG-63): pilotní studie“. Clin. Orthop. Relat. Res. 468 (8): 2260–77. doi:10.1007 / s11999-010-1341-5. PMC 2895828. PMID 20387020.
- ^ Weiss GJ, Liang WS, Izatt T, Arora S, Cherni I, Raju RN, Hostetter G, Kurdoglu A, Christoforides A, Sinari S, Baker AS, Metpally R, Tembe WD, Phillips L, Von Hoff DD, Craig DW, Carpten JD (2012). "Spárovaný tumor a normální sekvenování celého genomu metastatického čichového neuroblastomu". PLOS ONE. 7 (5): e37029. doi:10.1371 / journal.pone.0037029. PMC 3359355. PMID 22649506.
- ^ Kojima T, Ueda Y, Sato A, Sameshima H, Ikenoue T (únor 2013). "Komplexní analýza genové exprese mozkových kůrek od dospělých krys po novorozeneckém hypoxicko-ischemickém poškození mozku". J. Mol. Neurosci. 49 (2): 320–7. doi:10.1007 / s12031-012-9830-5. PMID 22700374.