Protein obsahující doménu coiled-coil 135 - Coiled-coil domain-containing protein 135
DRC7 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | DRC7, C16orf50, CCDC135, CFAP50, FAP50, protein obsahující doménu coiled-coil 135, podjednotka regulačního komplexu dyneinu 7 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | MGI: 2685616 HomoloGene: 12996 Genové karty: DRC7 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 16: 57,69 - 57,73 Mb | Chr 8: 95,06 - 95,08 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Protein obsahující doménu coiled-coil 135, také známý jako CCDC135, je protein že u lidí je kódován CCDC135 gen.[5][6]
Gen
CCDC90B se nachází na chromozom 16 u lidí. Sousedí s:[7]
- GPR97 Receptor spojený s G proteinem 97.
- GPR56, kóduje člen rodiny receptoru spřaženého s G proteinem (receptor spřažený s G proteinem 56). Tento gen se podílí na regulaci mozkových kortikálních vzorců. Protein se váže specificky na transglutaminázu 2 v extracelulárním prostoru.
- KATNB1, kataninová podjednotka p80 B 1. Doplňkový protein, který pomáhá zacílit enzym na centrosom.
- KIFC3 „Izoforma 3. člena kinesinové rodiny 3. KIFC3 patří do velké nadrodiny kinesinů, molekulárních motorů, které využívají energii hydrolýzy ATP k translokaci nákladu podél mikrotubulů.
Protein
Struktura
Tento protein je charakterizován přítomností dvou domén.[8]
- Sekvence nukleární lokalizace se skóre 4 v aminokyselinách 265–279. Aminokyselinová sekvence pro tuto oblast je:
KKQQEIRAQEKKRLR
- Rodina podobná transglutamináze s hodnotou E 0,0018 v aminokyselinách 149–308. Aminokyselinová sekvence pro tuto oblast je:
CAQFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTLLCSMLIGSGYDAYCVNGYGSLDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEKVLPKKYTIKPPRDLCSRFEQEQEVKKQQEILQLKVVEV
Protein má 17 předpovídaných alfa helixy místa, charakteristika proteinů ve svinuté cívce a 1 předpokládaný skládaný list beta. Následující obrázek ukazuje předpokládané oblasti alfa šroubovic a skládaných listů beta dvěma programy STRAP[9] a Quickphyre:[10]Poznámka: Jsou zobrazeny sekundární struktury konsensu. To bylo provedeno konstrukcí a vícenásobné zarovnání sekvence proteinů s jejich sekundárními strukturami (jak je uvedeno níže). Předpovězené oblasti byly poté křížově zkontrolovány s Quickphyre Program.

Homologie

LRRC57 je mimořádně dobře konzervovaný, jak je uvedeno v anotaci sekvence vpravo. Anotace sekvence byla vytvořena pomocí 20 ortologů uvedených v tabulce níže a byla připravena pomocí ClustalX2 [11] a ClustalW (nástroj na Biology Workbench).[12]
Následující tabulka poskytuje několik podrobností o ortologech lidské verze CCDC135. Tyto ortology byly shromážděny z BLAT.[13] a BLAST vyhledávání[14]
Druh | Obecný název organismu | Přistoupení k NCBI | Sekvenční identita | Sekvenční podobnost | Délka (AA) | Obecný název genu |
Homo sapiens | Člověk | NP_115645.4 | 100% | 100% | 874 | Doména coo-coil Homo sapiens obsahující 135 (CCDC135) |
Macaca mulatta | Rhesus opice | XP_001100628.1 | 96% | 98% | 830 | Předpokládá se: obdoba otevřeného čtecího rámce 50 chromozomu 16 |
Bos taurus | Kráva | NP_001033120.1 | 86% | 93% | 872 | protein obsahující doménu coiled-coil 135 |
Canis familiaris | Pes | XP_544386.2 | 85% | 92% | 903 | Předpokládá se: obdoba otevřeného čtecího rámce 50 chromozomu 16 |
Equus caballus | Kůň | XP_001915581 | 81% | 87% | 831 | Předpokládané: podobné doméně Coiled-coil obsahující 135 |
Rattus norvegicus | Krysa | NP_001099639 | 84% | 91% | 874 | hypotetický protein LOC291853 |
Mus musculus | Myš | NP_001036180 | 82% | 90% | 876 | doména coiled-coil obsahující 135 |
Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | XP_001508368.1 | 71% | 85% | 860 | Předpokládané: podobné doméně Coiled-coil obsahující 135 |
Monodelphis domestica | Vačice | XP_001363193.1 | 70% | 84% | 866 | Předpokládané: hypotetická proteinová izoforma 1 |
Gallus gallus | Kuře | XP_425101.2 | 57% | 72% | 868 | Předpokládané: hypotetický protein |
Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | XP_002195392.1 | 50% | 67% | 731 | Předpokládané: hypotetický protein |
Xenopus troicalis | Žába | NP_001072331.1 | 56% | 71% | 856 | doména coiled-coil obsahující 135 |
Danio rerio | Zebrafish | XP_683491 | 46% | 66% | 721 | Předpokládá se: podobný proteinu 135 obsahujícímu doménu Coiled-coil |
Tetraodon nigroviridis | Tetraodon | CAG07272 | 42% | 59% | 526 | nejmenovaný proteinový produkt |
Nematostella vectensis | Mořská sasanka | XP_001632291 | 53% | 70% | 817 | předpokládaný protein |
Branchiostoma floridae | Lancelet | XP_002610594 | 51% | 71% | 850 | hypotetický protein BRAFLDRAFT_275841 |
Ciona intestinalis | Mořské stříkání | XP_002123665 | 49% | 69% | 837 | Předpokládané: podobné doméně coiled-coil obsahující 135 |
Anopheles gambiae | Komár | XP_312247.4 | 32% | 49% | 662 | AGAP002677-PA |
Nasonia vitripennis | Vosa | XP_001607094 | 34% | 55% | 868 | Předpokládané: hypotetický protein |
Drosophila melanogaster | Ovocný let | NP_001036757.1 | 28% | 47% | 897 | CG34110 |
Předpokládané vlastnosti
- Molekulární váha: 103502,53 = 103484,53 + 18 kDa
- Isoelektrický bod: 5.358000
- Transmembránové šroubovice: Žádné
- Post-překladové úpravy:[15]
- Chloroplastové tranzitní peptidy: Žádné
- Signální peptidy: Ano [8]
- Sekvence nukleární lokalizace: KKQQEIRAQEKKRLR
- C-mannosylační weby: Žádné (Bylo však předpovězeno 14 webů se skóre nižším než prahová hodnota.[16])
- Mitochondriální cílení: Žádné
- N-glykosylační místa: Ano
- Sekvence gi | 223941912 na pozicích 100 a 493 s potenciály 0,7200 a 0,6031 vnímavě.
Mobilní umístění
Předpokládá se, že CCDC135 je cytosol / nukleární protein[17] bez transmembránových rozpětí nebo segmentů. Předpokládá se, že bude obsahovat alespoň 56 specifických fosforylačních míst[18] mezi něž patří: 20 fosforylačních míst proteinkinázy C, 11 fosforylačních míst kaseinkinázy II a 8 fosforylačních míst závislých na cAMP / cGMP. Předpokládá se také, že aminokyselinová sekvence obsahuje 10 sumoylací[19] místa na pozicích K236, K236, K45, K773, K499, K679, K249, K167, K540, K445 a K292.
Funkce
Funkce CCDC135 ještě není dobře pochopena, ale předpokládá se, že je součástí teratospermie.[pochybný ][Citace je zapotřebí ]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000159625 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000031786 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (březen 2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: sekvenování a analýza 500 nových kompletních proteinů kódujících lidské cDNA“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- ^ „Entrez Gene: doména coiled-coil obsahující 135“.
- ^ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?insideX=115&revCmplDisp=0&hgsid=157359316&hgt.out1=1.5x&position=chr16%3A56276931-56332628&hgtgroup_map_close=0&hgtgroup_phenDis_close=1&hgtgroup_genes_close=0&hgtgroup_rna_close=0&hgtgroup_expression_close=1&hgtgroup_regulation_close=0&hgtgroup_compGeno_close=0&hgtgroup_varRep_close=1&hgtgroup_encodeGenes_close = 1 & hgtgroup_encodeTxLevels_close = 1 & hgtgroup_encodeChip_close = 1 & hgtgroup_encodeChrom_close = 1 & hgtgroup_encodeCompAndVar_close = 1
- ^ A b http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:84229
- ^ http://www.bioinformatics.org/strap/
- ^ http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/
- ^ „Domovská stránka Clustal“. Citováno 4. května 2009.
- ^ http://workbench.sdsc.edu/
- ^ „BLAT Search Genome“. Citováno 4. května 2009.
- ^ "VÝBUCH". Citováno 4. května 2009.
- ^ „EXPASy“. SIB Švýcarsko. 5. ledna 2009. Citováno 14. května 2009.
- ^ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCGlyc/
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 29. března 2009. Citováno 9. května 2010.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
- ^ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/
- ^ http://www.abgent.com/tools/sumoplot