Ccdc109b - Ccdc109b
Coiled-coil doména obsahující 109B (CCDC109B) je potenciální odvápňovač vápníku protein nalezen v membrána lidských buněk a je kódován CCDC109B gen. Zatímco CCDC109B je transmembránový protein není jasné, zda se nachází v buněčné membráně nebo mitochondriální membráně.
Genové informace
CCDC109B se nachází na 4q25 a je 128 520 základní páry v délce. CCDC109B obsahuje osm exony a nachází se na pozitivním řetězci chromozomu čtyři. CCDC109B má devět variant přepisu kvůli alternativní sestřih.[5] Nesestříhaná verze tohoto genu je nejdelší a nejběžnější variantou nalezenou v lidských buňkách a má délku 1298 párů bází.
Informace o bílkovinách
Při překladu je protein CCDC109B složen z 336 aminokyseliny a má molekulární váha 39,1 kDa. 3 'konec tohoto proteinu je vysoce konzervovaný a obsahuje domény zásadní pro funkci proteinu.
Proteinové domény
- Doména neznámé funkce 607 (DUF607): Funkce této domény je do značné míry neznámá, i když může sloužit jako transportér vápníku, když CCDC109B tvoří homo-oligimery. DUF607 je konzervován v ortology a je umístěn blíže ke 3 'konci tohoto proteinu, přestože DUF607 je přítomen po většinu délky proteinu.[6]
- Transmembránová oblast: CCDC109B obsahuje dvě transmembránové oblasti umístěné v DUF607, což z ní činí membránový protein s více průchody. Jelikož existují dva transmembránové regiony, oba N-konec a C-konec jsou umístěny na jedné straně membrány a byly lokalizovány na cytosolickou stranu buněčné membrány.[6]
- Motiv DIME: Tento motiv je zcela konzervovaná oblast nacházející se ve všech ortologech tohoto proteinu a nachází se v DUF607 a mezi transmembránovými doménami. Motiv DIME je sekvence 23 aminokyselin, která má sekvenci: QxGxLAxLTWWYSYSDDEPEPTTYF, kde písmena odpovídají skutečnému aminokyselinovému zbytku a „x“ představuje aminokyseliny, které nejsou v této sekvenci konzervovány. V celém proteinu CCDC109B nejsou žádné další konzervované aminokyselinové sekvence, které jsou delší než tři aminokyseliny.[6] Motiv DIME má předpokládanou roli v transportu vápníku a je s největší pravděpodobností nezbytný v DUF607.[7]
Posttranslační úpravy
Fosforylační místa
Protein CCDC109B obsahuje několik pravděpodobných fosforylace místa na serinových, threoninových a tyrosinových zbytcích.[8]
- Serinová fosforylační místa: Aminokyselinové polohy 77, 213, 315 a 322.
- Místo fosforylace threoninu: Poloha aminokyselin 53.
- Místo fosforylace tyrosinu: Pozice aminokyseliny 274.
Sumoylační web
Existuje jedna pravděpodobná sumoylace místo v CCDC109B na aminokyselinovém zbytku 306, kterým je lysin.[9] Tento zbytek je mezi ortology vysoce konzervovaný.
Terciární struktura
I když je známo, že CCDC109B je transmembránový protein, správné skládání jeho N-konce a C-konce je nejasné.
Homologie
CCDC109B ukazuje zachování u obratlovců, včetně savců, ptáků, plazů a obojživelníků. U starších organismů, jako jsou mouchy, červi a rostliny, se zdá, že existuje určitá ochrana, ale procentuální identita je velmi nízká a tyto organismy mají mnoho ortologních struktur, které nemusí být CCDC109B. Ortology nalezené v organismech jiných než obratlovců mohou být ve skutečnosti paralogem CCDC109B, který stále produkuje určitou identitu s CCDC109B.
V následující tabulce je uvedena ochrana CCDC109B mezi organismy obratlovců:
| Rod Druh | Společný název organismu | Divergence from Humans (MYA) [10] | Přistoupení proteinů NCBI | Sekvenční podobnost [6] | Délka bílkovin |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Lidé | -- | NP_060388.2 | 100% | 336 |
| Pongo abelii | Orangutan | 15.7 | XP_002815099 | 96% | 336 |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | 94.2 | XP_002929388.1 | 86% | 469 |
| Felis catus | Domácí kočka | 94.2 | XP_003985143.1 | 86% | 333 |
| Oryctolagus cuniculus | Králičí | 92.3 | XP_002717237.1 | 83% | 325 |
| Canis lupus familiaris | Domácí pes | 94.2 | XP_535692.2 | 82% | 337 |
| Bos taurus | Kráva | 94.1 | NP_001068639.1 | 81% | 335 |
| Cricetulus griseus | Křeček | 92.3 | XP_003512344.1 | 79% | 348 |
| Mus musculus | Myš | 92.3 | NP_080055.2 | 74% | 345 |
| Loxodonta africana | Slon | 98.7 | XP_003410529.1 | 74% | 428 |
| Gallus gallus | Kuře | 296 | XP_420651.3 | 63% | 345 |
| Anolis carolinensis | Ještěrka | 296 | XP_003221841.1 | 59% | 319 |
| Sarcophilus harrisii | tasmánský čert | 162.6 | XP_003772954.1 | 59% | 342 |
| Xenopus laevis | Žába | 371.2 | NP_001087837.1 | 55% | 319 |
Paralog CCDC109B
CCDC109B má v člověku jediný paralog genom. Tento paralog je CCDC109A, který je běžněji známý jako Mitochondriální odvápňovač vápníku (MCU)[7] MCU se nachází ve vnitřní membráně mitochondrie a nachází se jako oligomer který transportuje ionty vápníku do mitochondrií. MCU je základní součástí mitochondriální membrány a umlčování MCU eliminuje absorpci vápníku. Motiv DIME, který je také zachován v CCDC109B, je zodpovědný za absorpci vápníku a mutace v této oblasti inhibuje tuto funkci.[7] CCDC109B a MCU sdílejí 43% identitu, ve které je motiv DIME plně zachován.
Profil výrazu
CCDC109B je exprimován ve vysokých hladinách v imunitním systému a oběhovém systému.[11] CCDC109B je vyjádřen v B-buňky, Dendritické buňky, T-buňky, a Přírodní zabijácké buňky. Exprese CCDC109B není přítomna v lidské tukové tkáni, nadledvinách, močovém měchýři, kostní dřeni, uchu, jícnu, hrtanu, příštítných tělísek, hypofýze, slezině, štítné žláze, průdušnici nebo tkáních pupečníku.[12]
Role v nemoci
CCDC109B může přispívat k řadě nemocí, včetně různých lymfomů a leukémií.[13] Změny v expresi CCDC109B jsou také přítomny u jiných onemocnění, jako je glioblastomy, Daudi Burkittův lymfom, Duchennova svalová dystrofie, karcinomy prsu a promyelocytární leukémie HL-60. CCDC109B může také přispět k atopická dermatitida kožní léze a Jobův syndrom.[14] Mechanismy role CCDC109B u těchto onemocnění jsou však nejasné a nejsou dobře charakterizovány výzkumem.
Interakce protein-protein
Transkripční faktory
CCDC109B má oblast promotoru, která obsahuje stránky pro transkripční faktor vazba. Tato promotorová oblast je přibližně 500 nukleotidů dlouhá a nachází se těsně před začátkem překlad. Pozoruhodné transkripční faktory, které váží CCDC109B, zahrnují:[15]
- Fork Head Domain Factors (FKHD)
- Faktory myeloidního zinku 1 (MZF1)
- Pleomorfní gen adenomu (PLAG)
- C2H2 transkripční faktory se zinkovým prstem 2 (ZF02)
- Rodina transkripčních faktorů SMAD (Vertebrate SMAD)
- Twist Podrodina transkripčních faktorů bHLH třídy B (HAND)
- CCAAT / Enhance Binding Protein (CEBP)
- Nukleární faktor aktivovaných T-buněk (NFAT)
Buněčné bílkoviny
CCDC109B interaguje s ZBTB16, což je zinkový prst transkripční faktor a má pravděpodobnou roli v degradaci proteinu. Interakce CCDC109B se ZBTB16 byla stanovena a kvasinková dvouhybridní obrazovka[16] Stále není jasné, jak CCDC109B interaguje se ZBTB16.
Jiné proteiny, se kterými CCDC109B interaguje, nejsou v současnosti známy.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000005059 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027994 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „NCBI AceView CCDC109B“. Citováno 10. října 2016.
- ^ A b C d "NCBI BLAST".
- ^ A b C Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). „Integrativní genomika identifikuje MCU jako základní součást mitochondriálního uniporteru vápníku“. Příroda. 476 (7360): 341–345. doi:10.1038 / příroda10234. PMC 3486726. PMID 21685886.
- ^ „NetPhos“.
- ^ „Program analýzy SUMOPlot“.
- ^ "Time Tree".
- ^ „GEOProfile CCDC109B“.
- ^ „NCBI EST“.
- ^ "Genevestigator". Archivovány od originál dne 11.7.2011.
- ^ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M a kol. (Květen 2012). "Mechanismy IFN-y indukované apoptózy keratinocytů lidské kůže u pacientů s atopickou dermatitidou". J Allergy Clin Immunol. 129 (5): 1297–1306. doi:10.1016 / j.jaci.2012.02.020. PMID 22445417.
- ^ „Genomatix ElDorado“.
- ^ „GeneCards ZBTB16“.
externí odkazy
Média související s Ccdc109b na Wikimedia Commons
Média související s