C14orf93 - C14orf93

C14orf93 je protein který je u lidí kódován C14orf93 gen. Je to globulární protein se zachováním C-konec který je lokalizován do jádro. Vyjádřeno relativně vysoko ve všech tkáních kromě nervová tkáň, je obzvláště vysoce vyjádřen v T buňky a další imunitní tkáně.

Gen

c14orf93 se nachází na krátkém rameni chromozom 14 (14q11.2).[1] Přístupové číslo c14orf93 je 021944 a jeho aliasy jsou FLJ12154 a LOC60686. Gen má 2430 bp a 7 exonů.[2]

Protein

Funkce

C14orf93 protein má 9 izoformy.[3] Nejběžnější a největší izoforma má 538 AA,[4] A molekulární váha 58,7 kdal,[5] a teoretický izoelektrický bod ze dne 5.7.[6] Tento protein je kulovitý s konzervovaným C-konec, skupina se smíšeným nábojem od 371 do 399 a segment s vysokým skóre bez nabíjení od 28 do 58.[5] Konsenzuální data SDSC PELE předpovídají 15 alfa šroubovice a 8 beta řetězců.[5]

Posttranslační úpravy

Posttranslační úpravy do c14orf93 zahrnout fosforylace, N-acetylace, a sumoylace. Serine fosforylační místa se predikují na 23 zbytcích, threonin na 6 zbytcích a tyrosin na 2 zbytky.[7] Existují dvě experimentálně potvrzená místa fosforylace serinu ve zbytcích 285 a 428,[2] které mohou sloužit jako stránky aktivace nebo deaktivace. N-acetylace se předpokládá u druhého zbytku; tato modifikace ovlivňuje stabilitu a lokalizaci.[8] Existuje 6 motivů s vysokou pravděpodobností sumoylace.[9] SUMO (malé modifikátory podobné ubikvitinu) jsou malé proteiny ubikvitin které začínají a kaskáda podílí se na stabilitě bílkovin, přenosu jaderně-cytosolické a transkripční regulaci.

Subcelulární lokalizace

Data PSORTII předpovídají, že c14orf93 je lokalizován na jádro.[10] Tady je signál jaderné lokalizace ve zbytcích 298-301. Jsou také dva signály zaměřené na peroxisomální cílení ve zbytcích 451-459 a 479-487.

Výraz

c14orf93 je exprimován 2,7krát vyšší než průměrný gen ve všech tkáních.[3] Je exprimován relativně vysoko ve všech tkáních kromě nervová tkáň.[11] Tam je výrazně vyšší výraz vidět T buňky, a v ostatních je mírně vyšší výrazový vzor imunitní tkáně jako kostní dřeň, slezina, a lymfatické uzliny.

Interagující proteiny

Ukázalo se, že C14orf93 fyzicky interaguje PTP1, MRFAP1, Soubor, APLIKACE, a MOV10;[12][13][14] tyto interakce jsou uvedeny v tabulce níže. Sloupec organismu ukazuje, kde byl protein získán v experimentu, který ukazuje fyzické interakce.

ProteinOrganismus
PTP1Saccharomyces cerevisiae S288c
MRFAP1Homo sapiens
SouborMus musculus
APLIKACEHomo sapiens
MOV10Homo sapiens

Z těchto pěti interakcí prošlo nejvíce ověření PTP1, MRFAP1 a SET. PTP1, tyrosin-protein fosfatáza 1, je protein nacházející se v kvasnicích, ale u lidí existuje ortolog.[15] PTP1 může být zodpovědný za aktivaci / deaktivaci c14orf93 kvůli jeho fosfatázové aktivitě a perinukleární poloze. MRFAP1, protein 1 asociovaný s rodinou MORF4, je lidský protein, který interaguje s členy rodiny MORF4 / MRG a tumor supresorem Rb.[16] Tento protein může být zapojen do stárnutí, růstu buněk a imortalizace. Existuje lidský ortolog k myšímu proteinu Set (inhibitor fosfatázy 2A nebo I2PP2A) a je lokalizován do jádra.[17] Sada se váže na DNA, aby negativně regulovala apoptotické procesy a transkripci neuronů a fungovala jako onkogen.

Homologie

Existují ortology pro c14orf93 celkem obratlovců z Homo sapiens na kostnatá ryba.[18] Nejsou k dispozici žádné paralogy pro c14orf93. C14orf93 je součástí rodiny DUF4616; tato rodina je označena doménou neznámé funkce v C-terminální doméně. DUF4616 proteiny jsou mezi 166 a 538 aminokyseliny na délku a jsou součástí sI21231 nadčeleď. Posledních 200 zbytků na C-konci je vysoce konzervováno se sedmnácti zbytky ze 439-456, které jsou zejména konzervovány ve všech ortologech.[5] Tento region pravděpodobně hraje hlavní roli ve funkci c14orf93.

Reference

  1. ^ „NCBI Gene: c14orf93“. NCBI.
  2. ^ A b „NCBI Nucleotide: c14orf93“. NCBI.
  3. ^ A b "Aceview: c14orf93". NCBI.
  4. ^ „Protein NCBI: c14orf93“. NCBI.
  5. ^ A b C d „SDSC Biology Workbench“. SDSC.[trvalý mrtvý odkaz ]
  6. ^ „Nástroj ExPasy Compute Pi / MW“. ExPasy.
  7. ^ „Nástroj ExPasy NetPhos“. ExPasy.
  8. ^ „Nástroj ExPasy NetAcet“. ExPasy.
  9. ^ „Program analýzy ExPasy SUMOplot“. ExPasy.
  10. ^ „PSORTII“. PSORT.
  11. ^ „NCBI GEO profil: c14orf93 - několik normálních tkání“. NCBI.
  12. ^ „Mentha Interactome Browser“. Mentha.
  13. ^ „BioGRID 3.4“. BioGRID.
  14. ^ „Databáze molekulárních interakcí IntAct“. Evropský bioinformatický institut.
  15. ^ „Profil UniProt: PTP1“. UniProt.
  16. ^ „Profil UniProt: MRFAP1“. UniProt.
  17. ^ "Profil UniProt: Nastavit". UniProt.
  18. ^ "NCBI BLAST". NCBI.