Motiv ASX - Asx motif - Wikipedia

The Motiv ASX je běžně se vyskytující funkce v bílkoviny a polypeptidy.[1][2] Skládá se ze čtyř nebo pěti aminokyselina zbytky buď aspartát nebo asparagin jako první zbytek (zbytek i). Je definován dvěma interními Vodíkové vazby. Jeden je mezi kyslíkem postranního řetězce zbytku i a hlavním řetězcem NH zbytku i + 2 nebo i + 3; druhý je mezi kyslíkem hlavního řetězce zbytku i a NH hlavního řetězce zbytku i + 3 nebo i + 4. Asxové motivy se běžně vyskytují v proteinech a polypeptidech.

Motiv ASX. Obrázek ukazuje pentapeptid s N-terminál aspartát který tvoří dva Vodíkové vazby na aminokyseliny před tím. Kromě aspartátu jsou zobrazeny pouze atomy hlavního řetězce. Atomy vodíku jsou vynechány. Uhlíky šedé, kyslíkové červené a dusíkaté modré. Vodíková vazba hlavního řetězce - hlavního řetězce je červená a vodíková vazba postranního řetězce - hlavního řetězce (která také tvoří Asx turn ) je tečkovaná šedě.

Když jeden z Vodíkové vazby je mezi kyslíkem hlavního řetězce zbytku i a postranním řetězcem NH zbytku i + 3 motiv obsahuje a beta turn. Když je jedna z vodíkových vazeb mezi kyslíkem postranního řetězce zbytku i a hlavním řetězcem NH zbytku i + 2, motiv obsahuje Asx turn.

Stejně jako u Asx se otočí, značná část motivů Asx se vyskytuje na N-konec z alfa šroubovice s Asxem jako Víčko N zbytek. Asxové motivy byly proto často popisovány jako funkce uzavírání šroubovice.[3][4][5][6]

Příbuzným motivem je Motiv ST který má serin nebo threonin jako první zbytek.

Reference

  1. ^ Wan, WY; Milner-White EJ (1999). "Přirozené seskupení motivů s aspartátem nebo asparaginem tvořící dvě vodíkové vazby na aminokyseliny vpředu v pořadí". Journal of Molecular Biology. 286 (5): 1633–1649. doi:10.1006 / jmbi.1999.2552. PMID  10064720.
  2. ^ Lee, J; Dubey VK (2008). "Logická OR redundance v rámci motivu beta obratu asx-pro-asx-gly typu I". Journal of Molecular Biology. 377 (4): 1251–1264. doi:10.1016 / j.jmb.2008.01.055. PMID  18308335.
  3. ^ Presta, LG; Rose GD (1988). "Helix Caps". Věda. 240 (4859): 1632–1641. doi:10.1126 / science.2837824. PMID  2837824.
  4. ^ Doig, AJ; MacArthur MW (1997). "Struktury N-konců helixů v proteinech". Věda o bílkovinách. 6 (1): 147–155. doi:10.1002 / pro.5560060117. PMC  2143508. PMID  9007987.
  5. ^ Aurora, R; Rose GD (1998). "Helix Capping". Věda o bílkovinách. 7 (1): 21–38. doi:10.1002 / pro.5560070103. PMC  2143812. PMID  9514257.
  6. ^ Gunasekaran, K; Nagarajam HA (1998). „Sterochemická interpunkční znaménka ve struktuře proteinu“ (PDF). Journal of Molecular Biology. 275 (5): 917–932. doi:10.1006 / jmbi.1997.1505. PMID  9480777.

externí odkazy

  1. ^ Leader, DP; Milner-White EJ (2009). „Motivované proteiny: Webová aplikace pro studium malých běžných trojrozměrných proteinových motivů“. BMC bioinformatika. 10 (1): 60. doi:10.1186/1471-2105-10-60. PMC  2651126. PMID  19210785.
  2. ^ Golovin, A; Henrick K (2008). "MSDmotif: zkoumání proteinových stránek a motivů". BMC bioinformatika. 9 (1): 312. doi:10.1186/1471-2105-9-312. PMC  2491636. PMID  18637174.