Motiv ST - ST motif

The Motiv ST je běžně se vyskytující funkce v bílkoviny a polypeptidy. Skládá se ze čtyř nebo pěti aminokyselina zbytky buď serin nebo threonin jako první zbytek (zbytek i).^[1][2][3] Je definován dvěma interními Vodíkové vazby. Jeden je mezi kyslíkem postranního řetězce zbytku i a hlavní řetězec NH zbytku i + 2 nebo i + 3; druhý je mezi hlavním řetězcem kyslíku zbytku i a hlavní řetězec NH zbytku i + 3 nebo i + 4. K nalezení a zkoumání motivů ST v proteinech jsou k dispozici dva weby, Motivované proteiny:^[4][5] a PDBeMotif.^[6][7]

Motiv ST. Pentapeptid s N-terminál serin tvoří dva Vodíkové vazby s hlavními atomy řetězce následných zbytků. Uhlíky šedé, kyslíkové červené a dusíkaté modré. Atomy vodíku jsou vynechány. Vodíková vazba hlavního řetězce - hlavního řetězce je červená a vodíková vazba postranního řetězce - hlavního řetězce (která také tvoří ST turn ) je tečkovaná šedě.

Když je jedna z vodíkových vazeb mezi kyslíkem zbytku hlavního řetězce i a postranní řetězec NH zbytku i + 3 motiv obsahuje a beta turn. Když je jedna z vodíkových vazeb mezi postranním řetězcem kyslíku zbytku i a hlavní řetězec NH zbytku i + 2 motiv obsahuje znak ST turn.

Stejně jako u ST se otočí, značná část motivů ST se vyskytuje na N-konec z alfa šroubovice se serinem nebo threoninem jako Víčko N zbytek. Proto byly často popisovány jako funkce uzavírání šroubovice.^{[8][9][10][11]}

Příbuzným motivem je asx motiv který má aspartát nebo asparagin jako první zbytek.

Dva dobře konzervované threoniny při α-šroubovici N-konce vyskytují se jako motivy ST a tvoří součást charakteristiky nukleotid vazebná místa DNA a RNA typu SF1 a SF2 helikázy.^[12]

Bylo navrženo, že sekvence SPXX nebo STXX se často nacházejí na místech vázajících DNA a také že jsou některými rozpoznávány jako substráty proteinové kinázy. Strukturální studie polypeptidů naznačují, že takové tetrapeptidy mohou převzít vzor vodíkové vazby motivu ST.^[13][14]

Reference