Anti malá RNA - Anti small RNA - Wikipedia

Navrhovaný mechanismus pro úlevu anti-sRNA inhibice translace zprostředkované sRNA. [1]
Anti GcvB sRNA
RF02702.svg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence Anti GcvB sRNA
Identifikátory
RfamRF02702
Další údaje
DoményBakterie
JÍTGO: 0045975
TAKSO: 0000370
PDB strukturPDBe
Anti stx2 sRNA
RF02703.svg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence Anti stx2 sRNA
Identifikátory
RfamRF02703
Další údaje
DoményBakterie
JÍTGO: 0045975
TAKSO: 0000370
PDB strukturPDBe

Antisense malá RNA jsou krátké RNA sekvence (asi 50-500 nukleotidů dlouhé), které se doplňují s jinými malá RNA (sRNA) v buňce. [2]

sRNA mohou potlačovat překlad prostřednictvím doplňkového párování bází s jejich cílem mRNA sekvence.[3] Anti-sRNA fungují komplementárním párováním se sRNA před vazbou mRNA, čímž uvolňují mRNA a zmírňují inhibici translace.[1]

Funkce

Antisense malé RNA se vyskytují po celý život včetně Eukaryoty, Bakterie a Archaea.[4][5] Jsou to nekódující RNA sekvence zapojené do regulačních procesů, metabolismu a napomáhání transkripce.[4]

Antisense RNA mohou také vědci zkonstruovat a využít k provádění experimentálních funkcí.[6]

Metody identifikace

Byly provedeny četné studie k identifikaci potenciálních antisense sRNA kandidátů. Byly použity nedávné experimenty Northern blot analýza a mapování na 5'-konci pro správnou identifikaci potenciálních antisense sRNA kandidátů.[7] V roce 2019 byl zaveden nový algoritmus s názvem APERO, který umožňuje detekci malých transkriptů ze spárovaných bakteriálních dat RNA-seq. [8]  RNA sekvence je populární metoda používaná k identifikaci malé RNA. [8] Přestože je spolehlivá pro eukaryotickou sRNA, zůstává nepřesná pro bakteriální sRNA. [8]

Příklady

AsxR

AsxR, dříve známý jako EcOnc02, je anti-sRNA kódovaná v 3 'oblasti stx2B gen E-coli bakterie.[1] Působí tak, že zvyšuje expresi ChuS hem oxygenáza prostřednictvím destabilizace FnrS sRNA.[1] To pomáhá bakteriální infekci střeva zvířecího hostitele. [1]

AgvB

AgvB, dříve známý jako EcOnc01, inhibuje GcvB sRNA represe.[1] AgvB související s ostrovem patogenity pomáhá enterohemoragicky E-coli růst na kolonizovaném místě v hostitelském zvířeti.[1]

Reference

  1. ^ A b C d E F G Tree JJ, Granneman S, McAteer SP, Tollervey D, Gally DL (červenec 2014). "Identifikace bakteriofágů kódovaných anti-sRNA v patogenních Escherichia coli". Molekulární buňka. 55 (2): 199–213. doi:10.1016 / j.molcel.2014.05.006. PMC  4104026. PMID  24910100.
  2. ^ Bhatt S, Egan M, Jenkins V, Muche S, El-Fenej J (2016). "Escherichia coli". Hranice v buněčné a infekční mikrobiologii. 6: 105. doi:10.3389 / fcimb.2016.00105. PMC  5030294. PMID  27709103.
  3. ^ Grosshans H, Filipowicz W (leden 2008). „Molekulární biologie: rozšiřující se svět malých RNA“. Příroda. 451 (7177): 414–6. Bibcode:2008Natur.451..414G. doi:10.1038 / 451414a. PMID  18216846.
  4. ^ A b Bernick DL, Dennis PP, Lui LM, Lowe TM (2012). „Rozmanitost antisense a dalších nekódujících RNA v Archaei odhalena srovnávací sekvencí malých RNA u čtyř druhů pyrobacula“. Hranice v mikrobiologii. 3: 231. doi:10.3389 / fmicb.2012.00231. PMC  3388794. PMID  22783241.
  5. ^ Figueroa-Bossi N, Valentini M, Malleret L, Fiorini F, Bossi L (září 2009). „Chycen ve své vlastní hře: regulační malá RNA inaktivovaná indukovatelným přepisem napodobujícím jeho cíl“. Geny a vývoj. 23 (17): 2004–15. doi:10,1101 / gad. 541609. PMC  2751969. PMID  19638370.
  6. ^ Rodrigo G, Prakash S, Cordero T, Kushwaha M, Jaramillo A (únor 2016). "Funkcionalizace antisense malé RNA". Journal of Molecular Biology. Inženýrské nástroje a vyhlídky v syntetické biologii. 428 (5 Pt B): 889–92. doi:10.1016 / j.jmb.2015.12.022. PMC  4819895. PMID  26756967.
  7. ^ Thomason MK, Storz G (2010). „Bakteriální antisense RNA: kolik jich je a co dělají?“. Výroční přehled genetiky. 44 (1): 167–88. doi:10.1146 / annurev-genet-102209-163523. PMC  3030471. PMID  20707673.
  8. ^ A b C Leonard S, Meyer S, Lacour S, Nasser W, Hommais F, Reverchon S (září 2019). „APERO: přístup k identifikaci malých bakteriálních RNA z dat RNA-Seq v celém genomu“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (15): e88. doi:10.1093 / nar / gkz485. PMC  6735904. PMID  31147705.