ATRX - ATRX
Regulátor transkripce ATRX také známý jako ATP závislá helikáza ATRX, X-vázaná helikáza IInebo X-vázaný jaderný protein (XNP) je a protein že u lidí je kódován ATRX gen.[5][6][7]
Funkce
Regulátor transkripce ATRX obsahuje ATPáza / helikáza doména, a tedy patří do SWI / SNF rodina remodelace chromatinu bílkoviny. ATRX je vyžadován pro ukládání histonové varianty H3.3 na telomery a další genomové opakování.[8] Tyto interakce jsou důležité pro zachování umlčování na těchto webech.[9][10][11]
Kromě toho ATRX prochází fosforylací závislou na buněčném cyklu, která reguluje jeho jadernou matici a asociaci chromatinu, a navrhuje jeho zapojení do genové regulace v mezifázi a chromozomální segregace v mitóze.[7]
Klinický význam
Zděděné mutace
Zděděné mutace genu ATRX jsou spojeny s mentální retardací spojenou s X (XLMR ) syndrom nejčastěji doprovázený alfa-talasémie (ATR-X ) syndrom. Ukázalo se, že tyto mutace způsobují různé změny ve vzorci Methylace DNA, který může poskytnout souvislost mezi remodelací chromatinu, methylací DNA a genovou expresí ve vývojových procesech. Bylo popsáno několik alternativně sestříhaných variant transkriptu kódujících odlišné izoformy. Nosičky mohou vykazovat zkosení Inaktivace chromozomu X.[7]
Somatické mutace
Získané mutace v ATRX byly hlášeny u řady lidských rakovin, včetně pankreatických neuroendokrinních nádorů,[12] gliomy,[13] astrocytomy,[14] osteosarkomy,[15] a maligní feochromocytomy.[16] Existuje silná korelace mezi mutacemi ATRX a Alternativní prodloužení telomerů (ALT) fenotyp u rakoviny.[12]
Interakce
ATRX tvoří komplex s DAXX což je histonový H3.3 chaperon.[17]
Bylo také prokázáno, že ATRX komunikovat s EZH2.[18]
Viz také
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000085224 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031229 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Stayton CL, Dabovic B, Gulisano M, Gecz J, Broccoli V, Giovanazzi S a kol. (Listopad 1994). "Klonování a charakterizace nového lidského genu Xq13, kódujícího domnělou helikázu". Lidská molekulární genetika. 3 (11): 1957–64. doi:10,1093 / hmg / 3.11.1957. PMID 7874112.
- ^ Gibbons RJ, Suthers GK, Wilkie AO, Buckle VJ, Higgs DR (listopad 1992). „Syndrom alfa-talasémie vázaný na X / mentální retardace (ATR-X): lokalizace na Xq12-q21.31 inaktivací X a analýzou vazeb“. American Journal of Human Genetics. 51 (5): 1136–49. PMC 1682840. PMID 1415255.
- ^ A b C „Entrez Gene: ATRX alfa talasémie / syndrom mentální retardace X-vázaný (RAD54 homolog, S. cerevisiae)“.
- ^ Wong LH, McGhie JD, Sim M, Anderson MA, Ahn S, Hannan RD a kol. (Březen 2010). „ATRX interaguje s H3.3 při udržování strukturní integrity telomer v pluripotentních embryonálních kmenových buňkách“. Výzkum genomu. 20 (3): 351–60. doi:10,1101 / gr. 101477.109. PMC 2840985. PMID 20110566.
- ^ Voon HP, Hughes JR, Rode C, De La Rosa-Velázquez IA, Jenuwein T, Feil R a kol. (Duben 2015). „ATRX hraje klíčovou roli v udržování umlčování v intersticiálních heterochromatických lokusech a otiskovaných genech“. Zprávy buněk. 11 (3): 405–18. doi:10.1016 / j.celrep.2015.03.036. PMC 4410944. PMID 25865896.
- ^ Elsässer SJ, Noh KM, Diaz N, Allis CD, Banaszynski LA (červen 2015). „Histon H3.3 je vyžadován pro umlčení endogenních retrovirových prvků v embryonálních kmenových buňkách“. Příroda. 522 (7555): 240–4. doi:10.1038 / příroda14345. PMC 4509593. PMID 25938714.
- ^ Udugama M, M Chang FT, Chan FL, Tang MC, Pickett HA, R McGhie JD a kol. (Prosinec 2015). „Varianta histonu H3.3 poskytuje na telomerách heterochromatickou značku H3 lysinu 9. Výzkum nukleových kyselin. 43 (21): 10227–37. doi:10.1093 / nar / gkv847. PMC 4666390. PMID 26304540.
- ^ A b Heaphy CM, de Wilde RF, Jiao Y, Klein AP, Edil BH, Shi C a kol. (Červenec 2011). „Změněné telomery v nádorech s mutacemi ATRX a DAXX“. Věda. 333 (6041): 425. doi:10.1126 / science.1207313. PMC 3174141. PMID 21719641.
- ^ Schwartzentruber J, Korshunov A, Liu XY, Jones DT, Pfaff E, Jacob K a kol. (Leden 2012). "Řidičské mutace v histonu H3.3 a genech pro remodelaci chromatinu v dětském glioblastomu". Příroda. 482 (7384): 226–31. doi:10.1038 / příroda 10833. PMID 22286061.
- ^ Kannan K, Inagaki A, Silber J, Gorovets D, Zhang J, Kastenhuber ER a kol. (Říjen 2012). „Sekvenování celého exomu identifikuje mutaci ATRX jako klíčový molekulární determinant v gliomu nižšího stupně“. Cílový cíl. 3 (10): 1194–203. doi:10,18632 / oncotarget.689. PMC 3717947. PMID 23104868.
- ^ Chen X, Bahrami A, Pappo A, Easton J, Dalton J, Hedlund E a kol. (Duben 2014). „Opakující se somatické strukturální variace přispívají k tumorigenezi u dětského osteosarkomu“. Zprávy buněk. 7 (1): 104–12. doi:10.1016 / j.celrep.2014.03.003. PMC 4096827. PMID 24703847.
- ^ Comino-Méndez, I (červen 2016). "ATRX mutace řidiče ve složeném maligním feochromocytomu". Genetika rakoviny. 209 (6): 272–7. doi:10.1016 / j.cancergen.2016.04.058. PMID 27209355.
- ^ Lewis PW, Elsaesser SJ, Noh KM, Stadler SC, Allis CD (srpen 2010). „Daxx je histonový chaperon specifický pro H3.3 a spolupracuje s ATRX při sestavování chromatinu nezávislého na replikaci v telomerách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 107 (32): 14075–80. doi:10.1073 / pnas.1008850107. PMC 2922592. PMID 20651253.
- ^ Cardoso C, Timsit S, Villard L, Khrestchatisky M, Fontès M, Colleaux L (duben 1998). „Specifická interakce mezi produktem genu XNP / ATR-X a doménou SET lidského proteinu EZH2“. Lidská molekulární genetika. 7 (4): 679–84. doi:10,1093 / hmg / 7,4,679. PMID 9499421.
Další čtení
- Mulley JC, Kerr B, Stevenson R, Lubs H (1992). „Pokyny pro názvosloví pro mentální retardaci vázanou na X“. American Journal of Medical Genetics. 43 (1–2): 383–91. doi:10,1002 / ajmg.1320430159. PMID 1605216.
- Tang P, Park DJ, Marshall Graves JA, Harley VR (září 2004). "ATRX a diferenciace pohlaví". Trendy v endokrinologii a metabolismu. 15 (7): 339–44. doi:10.1016 / j.tem.2004.07.006. PMID 15350606.
- Zapomeňte na BG (březen 2006). „De novo a získané formy alfa talasémie“. Aktuální hematologické zprávy. 5 (1): 11–4. PMID 16537041.
- Adès LC, Kerr B, Turner G, Wise G (září 1991). „Smith-Fineman-Myersův syndrom u dvou bratrů“. American Journal of Medical Genetics. 40 (4): 467–70. doi:10,1002 / ajmg.1320400419. PMID 1684092.
- Sutherland GR, Gedeon AK, Haan EA, Woodroffe P, Mulley JC (1988). „Propojovací studie s genem pro X-vázaný syndrom mentální retardace, mikrocefalie a spastické diplegie (MRX2)“. American Journal of Medical Genetics. 30 (1–2): 493–508. doi:10,1002 / ajmg.1320300152. PMID 3177467.
- Shapiro MB, Senapathy P (září 1987). „Spojení RNA různých tříd eukaryot: statistika sekvencí a funkční implikace v genové expresi“. Výzkum nukleových kyselin. 15 (17): 7155–74. doi:10.1093 / nar / 15.17.7155. PMC 306199. PMID 3658675.
- Gibbons RJ, Picketts DJ, Villard L, Higgs DR (březen 1995). „Mutace v domnělém globálním transkripčním regulátoru způsobují mentální retardaci vázanou na X s alfa-thalasemií (syndrom ATR-X)“. Buňka. 80 (6): 837–45. doi:10.1016/0092-8674(95)90287-2. PMID 7697714.
- Wang LH, Collins A, Lawrence S, Keats BJ, Morton NE (srpen 1994). "Integrace genových map: chromozom X". Genomika. 22 (3): 590–604. doi:10.1006 / geno.1994.1432. PMID 8001970.
- Gecz J, Pollard H, Consalez G, Villard L, Stayton C, Millasseau P, Khrestchatisky M, Fontes M (leden 1994). „Klonování a exprese myšího homologu domnělého lidského genu pro jaderný protein vázaný na X úzce spojený s PGK1 v Xq13.3“. Lidská molekulární genetika. 3 (1): 39–44. doi:10,1093 / hmg / 3,1,39. PMID 8162050.
- Villard L, Gecz J, Mattéi JF, Fontés M, Saugier-Veber P, Munnich A, Lyonnet S (duben 1996). „XNP mutace ve velké rodině s Juberg-Marsidiho syndromem“. Genetika přírody. 12 (4): 359–60. doi:10.1038 / ng0496-359. PMID 8630485.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (září 1996). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Výzkum genomu. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
- Picketts DJ, Higgs DR, Bachoo S, Blake DJ, Quarrell OW, Gibbons RJ (prosinec 1996). „ATRX kóduje nového člena rodiny proteinů SNF2: mutace poukazují na společný mechanismus, který je základem syndromu ATR-X“. Lidská molekulární genetika. 5 (12): 1899–907. doi:10,1093 / hmg / 5.12.1899. PMID 8968741.
- Villard L, Lacombe D, Fontés M (1997). „Bodová mutace v genu XNP spojená s fenotypem ATR-X bez alfa-thalasémie“. European Journal of Human Genetics. 4 (6): 316–20. doi:10.1159/000472225. PMID 9043863.
- Villard L, Lossi AM, Cardoso C, Proud V, Chiaroni P, Colleaux L, Schwartz C, Fontés M (červenec 1997). "Stanovení genomové struktury genu XNP / ATRX kódujícího potenciální helikázu se zinkovým prstem". Genomika. 43 (2): 149–55. doi:10.1006 / geno.1997.4793. PMID 9244431.
- Golub EI, Kovalenko OV, Gupta RC, Ward DC, Radding CM (říjen 1997). "Interakce lidských rekombinačních proteinů Rad51 a Rad54". Výzkum nukleových kyselin. 25 (20): 4106–10. doi:10.1093 / nar / 25.20.4106. PMC 147015. PMID 9321665.
- Gibbons RJ, Bachoo S, Picketts DJ, Aftimos S, Asenbauer B, Bergoffen J, Berry SA, Dahl N, Fryer A, Keppler K, Kurosawa K, Levin ML, Masuno M, Neri G, Pierpont ME, Slaney SF, Higgs DR (Říjen 1997). „Mutace v transkripčním regulátoru ATRX potvrzují funkční význam domény podobné PHD“. Genetika přírody. 17 (2): 146–8. doi:10.1038 / ng1097-146. PMID 9326931.
- Cardoso C, Timsit S, Villard L, Khrestchatisky M, Fontès M, Colleaux L (duben 1998). „Specifická interakce mezi produktem genu XNP / ATR-X a doménou SET lidského proteinu EZH2“. Lidská molekulární genetika. 7 (4): 679–84. doi:10,1093 / hmg / 7,4,679. PMID 9499421.
- Bérubé NG, Mangelsdorf M, Jagla M, Vanderluit J, Garrick D, Gibbons RJ, Higgs DR, Slack RS, Picketts DJ (únor 2005). „Protein ATRX remodelační chromatin je rozhodující pro přežití neuronů během kortikogeneze“. The Journal of Clinical Investigation. 115 (2): 258–67. doi:10,1172 / JCI22329. PMC 544602. PMID 15668733.
externí odkazy
- GeneReviews / NCBI / NIH / UW záznam o Alfa-Thalassemia X-Linked Mental Retardation Syndrome; ATRX syndrom; Alpha Thalassemia / Mental Retardation, X-Linked; XLMR-Hypotonický syndrom obličeje
- Položky OMIM týkající se syndromu mentální retardace souvisejícího s alfa-talasémií
- Člověk ATRX umístění genomu a ATRX stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
- Člověk RAD54L umístění genomu a RAD54L stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.