ARFGAP1 - ARFGAP1

ARFGAP1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3O47, 3DWD
Identifikátory
Aliasy	ARFGAP1, ARF1GAP, HRIHFB2281, ADP ribosylační faktor GTPáza aktivující protein 1
Externí ID	OMIM: 608377 MGI: 2183559 HomoloGene: 5517 Genové karty: ARFGAP1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 20 (lidský)
Konec	63,289,790 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	180,982,526 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba kovových iontů; • GO: 0005097, GO: 0005099, GO: 0005100 Aktivátor aktivity GTPázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny;
Buněčná složka	• cytoplazma; • synapse; • Golgiho aparát; • cytosol; • GO: 0097483, GO: 0097481 postsynaptická hustota; • Golgiho membrána;
Biologický proces	• ER na transport zprostředkovaný vezikuly Golgi; • regulace endocytózy; • Rozvinutá proteinová reakce zprostředkovaná IRE1; • retrográdní transport zprostředkovaný vezikuly, Golgi do ER; • transport bílkovin; • transport zprostředkovaný vezikuly; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy; • regulace přenosu signálu proteinu ARF;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	55738
	228998
	ENSG00000101199
	ENSMUSG00000027575
	Q8N6T3
	Q9EPJ9
	NM_001281482; NM_001281483; NM_001281484; NM_018209; NM_175609
NM_001177706; NM_001177707; NM_001177708; NM_001177709; NM_001177710;
	NM_145760; NM_001363035; NM_001363036; NM_001363037; NM_001374670
	NP_001268411; NP_001268412; NP_001268413; NP_060679; NP_783202
NP_001171177; NP_001171178; NP_001171179; NP_001171180; NP_001171181;
	NP_665703; NP_001349964; NP_001349965; NP_001349966; NP_001361599
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

ADP-ribosylační faktor GTPáza aktivující protein 1 je enzym že u lidí je kódován ARFGAP1 gen.^[5]^[6] Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty transkriptu kódující různé izoformy.

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je a Protein aktivující GTPázu (GAP), který je spojen s Golgiho aparát a který interaguje s ADP-ribosylačním faktorem 1 (ARF1 ). Kódovaný protein podporuje hydrolýzu GTP vázaného na ARF1 a je nezbytný pro disociaci obalových proteinů z membrán a vezikul odvozených od Golgiho. K fúzi těchto vezikul s cílovými kompartmenty je nutná disociace obalových proteinů. Aktivita tohoto proteinu je stimulována fosfoinositidy a inhibuje fosfatidylcholin.^[6]

Protein má dva amfipatické lipidové motivy senzoru balení (ALPS), které umožňují proteinu snímat zakřivení membrány (<30 nm) nebo defekty balení lipidů, a tímto způsobem vyhodnotit, zda je vezikul zralý a připravený k demontáži pláště.^[7]^[8]

Interakce

ARFGAP1 bylo prokázáno komunikovat s KDELR1 a LRRK2.^[9]^[10]^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101199 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027575 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Huber I, Rotman M, Pick E, Makler V, Rothem L, Cukierman E, Cassel D (únor 2001). „Exprese, čištění a vlastnosti proteinu-1 aktivujícího GTPázu ADP-ribosylační faktor (ARF)“. Metody v enzymologii. 329: 307–16. doi:10.1016 / S0076-6879 (01) 29092-2. PMID 11210549.
^ ^A ^b "Entrez Gene: ARFGAP1 ADP-ribosylační faktor GTPáza aktivující protein 1".
^ Mesmin B, Drin G, Levi S, Rawet M, Cassel D, Bigay J, Antonny B (únor 2007). „Dva motivy snímače lipidového obalu přispívají k citlivosti ArfGAP1 na zakřivení membrány“. Biochemie. 46 (7): 1779–90. doi:10.1021 / bi062288w. PMID 17253781.
^ Antonny B (červen 2011). "Mechanismy snímání zakřivení membrány". Roční přehled biochemie. 80: 101–23. doi:10,1146 / annurev-biochem-052809-155121. PMID 21438688.
^ Aoe T, Cukierman E, Lee A, Cassel D, Peters PJ, Hsu VW (prosinec 1997). „KDEL receptor, ERD2, reguluje intracelulární přenos náborem proteinu aktivujícího GTPázu pro ARF1“. Časopis EMBO. 16 (24): 7305–16. doi:10.1093 / emboj / 16.24.7305. PMC 1170331. PMID 9405360.
^ Majoul I, Straub M, Hell SW, Duden R, Söling HD (červenec 2001). „KDEL-cargo reguluje interakce mezi proteiny podílejícími se na přenosu vezikul COPI: měření v živých buňkách pomocí FRET“. Vývojová buňka. 1 (1): 139–53. doi:10.1016 / S1534-5807 (01) 00004-1. PMID 11703931.
^ Stafa K, Trančíková A, Webber PJ, Glauser L, West AB, Moore DJ (únor 2012). „Aktivita GTPázy a neuronální toxicita LRRK2 související s Parkinsonovou chorobou je regulována ArfGAP1“. Genetika PLOS. 8 (2): e1002526. doi:10.1371 / journal.pgen.1002526. PMC 3280333. PMID 22363216.

externí odkazy

Člověk ARFGAP1 umístění genomu a ARFGAP1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Rothman JE (listopad 1994). "Mechanismy intracelulárního transportu proteinů". Příroda. 372 (6501): 55–63. doi:10.1038 / 372055a0. PMID 7969419. S2CID 4238576.
Bernards A, Settleman J (červenec 2004). "Řízení GAP: regulace regulátorů malých GTPáz". Trendy v buněčné biologii. 14 (7): 377–85. doi:10.1016 / j.tcb.2004.05.003. PMID 15246431.
Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Cukierman E, Huber I, Rotman M, Cassel D (prosinec 1995). „Protein aktivující ARF1 GTPázu: motiv zinkových prstů a lokalizace Golgiho komplexu“. Věda. 270 (5244): 1999–2002. doi:10.1126 / science.270.5244.1999. PMID 8533093. S2CID 37708069.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Aoe T, Cukierman E, Lee A, Cassel D, Peters PJ, Hsu VW (prosinec 1997). „KDEL receptor, ERD2, reguluje intracelulární přenos získáním proteinu aktivujícího GTPázu pro ARF1“. Časopis EMBO. 16 (24): 7305–16. doi:10.1093 / emboj / 16.24.7305. PMC 1170331. PMID 9405360.
Mossessova E, Gulbis JM, Goldberg J (únor 1998). "Struktura guaninového nukleotidového výměnného faktoru Sec7 doména lidského arna a analýza interakce s ARF GTPázou". Buňka. 92 (3): 415–23. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80933-2. PMID 9476900. S2CID 8093935.
Huber I, Cukierman E, Rotman M, Aoe T, Hsu VW, Cassel D (září 1998). „Požadavek na aminoterminální katalytickou doménu i nekatalytickou doménu pro in vivo aktivitu proteinu aktivujícího ADP-ribosylační faktor GTPázu“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (38): 24786–91. doi:10.1074 / jbc.273.38.24786. PMID 9733781.
Zhang C, Yu Y, Zhang S, Liu M, Xing G, Wei H, Bi J, Liu X, Zhou G, Dong C, Hu Z, Zhang Y, Luo L, Wu C, Zhao S, He F (únor 2000 ). "Charakterizace, přiřazení chromozomů a tkáňová exprese nového lidského genu patřícího do rodiny ARF GAP". Genomika. 63 (3): 400–8. doi:10.1006 / geno.1999,6095. PMID 10704287.
Majoul I, Straub M, Hell SW, Duden R, Söling HD (červenec 2001). „KDEL-cargo reguluje interakce mezi proteiny podílejícími se na přenosu vezikul COPI: měření v živých buňkách pomocí FRET“. Vývojová buňka. 1 (1): 139–53. doi:10.1016 / S1534-5807 (01) 00004-1. PMID 11703931.
Yu S, Roth MG (srpen 2002). „Kasein kináza I reguluje vazbu na membránu pomocí ARF GAP1“. Molekulární biologie buňky. 13 (8): 2559–70. doi:10,1091 / mbc.E02-04-0189. PMC 117925. PMID 12181329.
Yang JS, Lee SY, Gao M, Bourgoin S, Randazzo PA, Premont RT, Hsu VW (říjen 2002). „ARFGAP1 podporuje tvorbu vezikul COPI, což naznačuje funkci jako součásti pláště“. The Journal of Cell Biology. 159 (1): 69–78. doi:10.1083 / jcb.200206015. PMC 2173491. PMID 12379802.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (srpen 2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.

Tento článek o gen na lidský chromozom 20 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101199 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027575 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11210549-5] Huber I, Rotman M, Pick E, Makler V, Rothem L, Cukierman E, Cassel D (únor 2001). „Exprese, čištění a vlastnosti proteinu-1 aktivujícího GTPázu ADP-ribosylační faktor (ARF)“. Metody v enzymologii. 329: 307–16. doi:10.1016 / S0076-6879 (01) 29092-2. PMID 11210549.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: ARFGAP1 ADP-ribosylační faktor GTPáza aktivující protein 1".

[7] Mesmin B, Drin G, Levi S, Rawet M, Cassel D, Bigay J, Antonny B (únor 2007). „Dva motivy snímače lipidového obalu přispívají k citlivosti ArfGAP1 na zakřivení membrány“. Biochemie. 46 (7): 1779–90. doi:10.1021 / bi062288w. PMID 17253781.

[pmid21438688-8] Antonny B (červen 2011). "Mechanismy snímání zakřivení membrány". Roční přehled biochemie. 80: 101–23. doi:10,1146 / annurev-biochem-052809-155121. PMID 21438688.

[pmid9405360-9] Aoe T, Cukierman E, Lee A, Cassel D, Peters PJ, Hsu VW (prosinec 1997). „KDEL receptor, ERD2, reguluje intracelulární přenos náborem proteinu aktivujícího GTPázu pro ARF1“. Časopis EMBO. 16 (24): 7305–16. doi:10.1093 / emboj / 16.24.7305. PMC 1170331. PMID 9405360.

[pmid11703931-10] Majoul I, Straub M, Hell SW, Duden R, Söling HD (červenec 2001). „KDEL-cargo reguluje interakce mezi proteiny podílejícími se na přenosu vezikul COPI: měření v živých buňkách pomocí FRET“. Vývojová buňka. 1 (1): 139–53. doi:10.1016 / S1534-5807 (01) 00004-1. PMID 11703931.

[pmid22363216-11] Stafa K, Trančíková A, Webber PJ, Glauser L, West AB, Moore DJ (únor 2012). „Aktivita GTPázy a neuronální toxicita LRRK2 související s Parkinsonovou chorobou je regulována ArfGAP1“. Genetika PLOS. 8 (2): e1002526. doi:10.1371 / journal.pgen.1002526. PMC 3280333. PMID 22363216.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]