ANKS1A - ANKS1A

ANKS1A
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyANKS1A, ANKS1, ankyrinová repetice a sterilní doména alfa motivu obsahující 1A
Externí IDOMIM: 608994 MGI: 2446180 HomoloGene: 9068 Genové karty: ANKS1A
Umístění genu (člověk)
Chromozom 6 (lidský)
Chr.Chromozom 6 (lidský)[1]
Chromozom 6 (lidský)
Genomické umístění pro ANKS1A
Genomické umístění pro ANKS1A
Kapela6p21.31Start34,889,255 bp[1]
Konec35,091,406 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE ANKS1A 212747 na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

23294

224650

Ensembl

ENSG00000064999

ENSMUSG00000024219

UniProt

Q92625

P59672

RefSeq (mRNA)

NM_015245

NM_001286040
NM_001286041
NM_181413
NM_001374802

RefSeq (protein)

NP_056060

NP_001272969
NP_001272970
NP_852078

Místo (UCSC)Chr 6: 34,89 - 35,09 MbChr 17: 27,91 - 28,06 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Ankyrinová repetice a protein 1A obsahující doménu SAM (ANKS1A), také známý jako ODIN, je a protein že u lidí je kódován ANKS1A gen na chromozom 6.[5][6]

Je všudypřítomně exprimován v mnoha tkáních a typech buněk.[7] Je známo, že ODIN reguluje receptor epidermálního růstového faktoru (EGFR) a EphA receptor signální dráhy.[8] Jako Kináza rodiny Src cíl, ODIN se podílel na vývoji rakovina.[9] The ANKS1A gen také obsahuje jeden z 27 SNP spojené se zvýšeným rizikem ischemická choroba srdeční.[10]

Struktura

Gen

The ANKS1A Gen leží na chromozomu 6 v pásmu 6p21.31 a zahrnuje 29 exony.[6] Tento gen produkuje 2 izoformy přes alternativní sestřih.[11]

Protein

ODIN je členem rodiny ankyrinových repetitivních a sterilních domén alfa motivů (ANKS) a obsahuje 6 ankyrin se opakuje, 1 doména vázající fosfotyrosin (PTD) a 2 tandemový sterilní alfa motiv (SAM) domén.[11][12] První doména SAM se váže na doménu SAM domény EphA2 receptor přijetím konformace střední smyčky / koncové šroubovice a může regulovat EphA2 endocytóza.[12][13]

Funkce

ODIN je široce exprimován v tkáních včetně srdce, mozek, placenta, plíce, játra, kosterní sval, ledviny a slinivka břišní.[14] ODIN byl identifikován jako jeden z tyrosin fosforylované proteiny indukované aktivací epidermální růstový faktor nebo růstový faktor odvozený z krevních destiček receptor tyrosinkinázy.[14] ODIN se podílí na negativní regulaci EGFR signální dráha.[8] Uvádí se, že hladina ODIN koreluje se stupněm zvýšeného EGF-indukovaného obchodování s EGFR k recyklaci endozomy a recyklujte zpět do povrch buňky, což naznačuje roli v recyklaci EGFR.[15] Kromě toho ODIN slouží jako klíčový adaptérový protein regulující signální dráhu receptoru EphA, který je pro regulaci rozhodující EphA8 -zprostředkovaný migrace buněk a růst neuritů.[16][17] Bylo prokázáno, že vypuštění fosfotyrosin vazebná doména v ODIN povede k nezralému vývoji subkomisurální orgán (SCO) s těžkým středním mozkem hydrocefalický fenotyp, což znamená, že ODIN také hraje roli ve správném vývoji SCO a v ependymální buňky v mozkový akvadukt.[18]

Klinický význam

Jako nový cíl Kinázy rodiny Src, které se podílejí na vývoji některých kolorektálních rakovin, může být ODIN zapojen do signálních mechanismů rakovinných buněk.[19] Ve studii, 64 kolorektální karcinom buněčné linie byly testovány na jejich expresi Lck. Hmotnostní spektrometrie analýzy Lck-čištěných proteinů následně identifikovaly několik proteinů snadno známých jako substráty kinázy SFK, včetně cortactinu, Tom1L1 (SRCASM), GIT1, vimentinu a AFAP1L2 (XB130). Další proteiny dříve uváděné jako substráty jiných tyrosinkinázy byly také detekovány, včetně ODIN. ODIN byl dále analyzován a bylo zjištěno, že obsahuje podstatně méně pY po inhibici aktivity SFK v buňkách SW620, což naznačuje, že jde o dříve neznámý cíl SFK v buňkách kolorektálního karcinomu.[19] Dále bylo zjištěno, že ODIN reguluje COPII zprostředkovaný anterográdní transport receptorových tyrosin kináz, což je kritický mechanismus v procesu geneze nádoru.[20]

Klinický marker

Studie multi-lokusového skóre genetického rizika založená na kombinaci 27 loci, včetně genu ANKS1A, identifikovali jedince se zvýšeným rizikem jak pro případ, tak pro opakující se ischemická choroba srdeční události, stejně jako zvýšený klinický přínos z statin terapie. Studie byla založena na komunitě kohorta studie (Malmova dieta a rakovinová studie) a čtyři další randomizované kontrolované studie kohort primární prevence (JUPITER a ASCOT) a kohort sekundární prevence (CARE a PROVE IT-TIMI 22).[10]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000064999 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024219 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Nagase T, Seki N, Ishikawa K, Ohira M, Kawarabayasi Y, Ohara O, Tanaka A, Kotani H, Miyajima N, Nomura N (říjen 1996). "Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. VI. Kódující sekvence 80 nových genů (KIAA0201-KIAA0280) odvozené analýzou cDNA klonů z buněčné linie KG-1 a mozku". Výzkum DNA. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093 / dnares / 3.5.321. PMID  9039502.
  6. ^ A b „Entrez Gene: ANKS1A ankyrinová repetice a sterilní doména alfa motivu obsahující 1A“.
  7. ^ „BioGPS - váš systém Gene Portal“. biogps.org. Citováno 2016-10-10.[trvalý mrtvý odkaz ]
  8. ^ A b Kristiansen TZ, Nielsen MM, Blagoev B, Pandey A, Mann M (srpen 2004). „Myší embryonální fibroblasty odvozené od myší s deficitem Odina vykazují hyperproliiferativní fenotyp“. Výzkum DNA. 11 (4): 285–92. PMID  15500253.
  9. ^ Emaduddin M, Edelmann MJ, Kessler BM, Feller SM (01.01.2008). „Odin (ANKS1A) je cíl kinázy rodiny Src v buňkách kolorektálního karcinomu“. Buněčná komunikace a signalizace. 6: 7. doi:10.1186 / 1478-811X-6-7. PMC  2584000. PMID  18844995.
  10. ^ A b Mega JL, Stitziel NO, Smith JG, Chasman DI, Caulfield MJ, Devlin JJ, Nordio F, Hyde CL, Cannon CP, Sacks FM, Poulter NR, Sever PS, Ridker PM, Braunwald E, Melander O, Kathiresan S, Sabatine MS (Červen 2015). „Genetické riziko, příhody ischemické choroby srdeční a klinický přínos léčby statiny: analýza studií primární a sekundární prevence“. Lanceta. 385 (9984): 2264–71. doi:10.1016 / S0140-6736 (14) 61730-X. PMC  4608367. PMID  25748612.
  11. ^ A b „ANKS1A - Ankyrinová repetice a protein obsahující doménu SAM 1A - Homo sapiens (člověk) - ANKS1A gen a protein“. www.uniprot.org. Citováno 2016-10-10.
  12. ^ A b Mercurio FA, Marasco D, Pirone L, Pedone EM, Pellecchia M, Leone M (březen 2012). "Struktura řešení první Samovy domény Odina a vazebné studie s receptorem EphA2". Biochemie. 51 (10): 2136–45. doi:10.1021 / bi300141h. PMC  3319784. PMID  22332920.
  13. ^ Mercurio FA, Di Natale C, Pirone L, Scognamiglio PL, Marasco D, Pedone EM, Saviano M, Leone M (červenec 2015). „Peptid Fragments of Odin-Sam1: Conformational Analysis and Interaction Studies with EphA2-Sam“. ChemBioChem. 16 (11): 1629–36. doi:10.1002 / cbic.201500197. PMID  26120079. S2CID  24673174.
  14. ^ A b Pandey A, Blagoev B, Kratchmarova I, Fernandez M, Nielsen M, Kristiansen TZ, Ohara O, Podtelejnikov AV, Roche S, Lodish HF, Mann M (listopad 2002). „Klonování nové molekuly obsahující doménu vázající fosfotyrosin, Odina, účastnící se signalizace receptorovými tyrosinkinázami“. Onkogen. 21 (52): 8029–36. doi:10.1038 / sj.onc.1205988. PMID  12439753.
  15. ^ Tong J, Sydorskyy Y, St-Germain JR, Taylor P, Tsao MS, Moran MF (01.01.2013). „Odin (ANKS1A) moduluje recyklaci a stabilitu receptoru EGF“. PLOS ONE. 8 (6): e64817. Bibcode:2013PLoSO ... 864817T. doi:10.1371 / journal.pone.0064817. PMC  3692516. PMID  23825523.
  16. ^ Kim J, Lee H, Kim Y, Yoo S, Park E, Park S (duben 2010). „Domény SAM proteinů rodiny Anks jsou kriticky zapojeny do modulace degradace EphA receptorů“. Molekulární a buněčná biologie. 30 (7): 1582–92. doi:10.1128 / MCB.01605-09. PMC  2838079. PMID  20100865.
  17. ^ Shin J, Gu C, Park E, Park S (prosinec 2007). „Identifikace proteinů obsahujících vazebnou doménu pro fosfotyrosin jako nových následných cílů signální funkce EphA8“. Molekulární a buněčná biologie. 27 (23): 8113–26. doi:10.1128 / MCB.00794-07. PMC  2169194. PMID  17875921.
  18. ^ Park S, Lee H, Park S (květen 2015). „In vivo exprese mutantu Odina s odstraněným PTB vede k hydrocefalu“. Molekuly a buňky. 38 (5): 426–31. doi:10.14348 / molcells.2015.2288. PMC  4443284. PMID  26018557.
  19. ^ A b Emaduddin M, Edelmann MJ, Kessler BM, Feller SM (říjen 2008). „Odin (ANKS1A) je cíl kinázy rodiny Src v buňkách kolorektálního karcinomu“. Buněčná komunikace a signalizace. 6: 7. doi:10.1186 / 1478-811X-6-7. PMC  2584000. PMID  18844995.
  20. ^ Lee H, Noh H, Mun J, Gu C, Sever S, Park S (září 2016). „Anks1a reguluje COPII zprostředkovaný anterográdní transport receptorových tyrosinkináz kritických pro tumorigenezi“. Příroda komunikace. 7: 12799. Bibcode:2016NatCo ... 712799L. doi:10.1038 / ncomms12799. PMC  5027278. PMID  27619642.

externí odkazy

  • Člověk ANKS1A umístění genomu a ANKS1A stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
  • Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q92625 (Opakování lidského ankyrinu a protein 1A obsahující doménu SAM) na PDBe-KB.
  • Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P59672 (Opakování myší Ankyrin a protein 1A obsahující doménu SAM) na PDBe-KB.

Další čtení