AN1 zinkový prst - AN1 zinc finger

zf-AN1
PDB 1wfp EBI.jpg
Struktura roztoku domény zf-an1 z proteinu arabiopsis thaliana f5o11.17
Identifikátory
Symbolzf-AN1
PfamPF01428
InterProIPR000058
CHYTRÝZnF_AN1

V molekulární biologii se Doména typu zinku typu AN1, který má dimetal (zinek) vázaný alfa / beta složit. Tato doména byla poprvé identifikována jako zinkový prst na C konci AN1 SWISSPROT, a ubikvitin podobný protein v Xenopus laevis.[1] Zinkový prst typu AN1 obsahuje šest konzervovaný cysteiny a dva histidiny které by mohly potenciálně koordinovat 2 zinek atomy.

Určité související se stresem bílkoviny (SAP) obsahují doménu AN1, často v kombinaci s doménami zinkových prstů A20 (SAP8) nebo doménami C2H2 (SAP16).[2] Například člověk protein Znf216 má A20 zinkový prst na N konci a AN1 zinkový prst na C konci působící negativně regulovat NFkappaB aktivace cesta a do komunikovat se součástmi imunitní odpověď jako RIP, IKKgamma a TRAF6. The komunikovat Znf216 s IKK-gama a RIP je zprostředkován doménou zinkových prstů A20, zatímco jeho interakce s TRAF6 je zprostředkována doménou zinkových prstů AN1; proto jsou obě domény se zinkovým prstem zapojeny do regulace imunní Odezva.[3] Doména zinkového prstu AN1 se také nachází v proteinech obsahujících doménu podobnou ubikvitinu, které se účastní ubikvitinace cesta.[1] Mezi proteiny obsahující zinkový prst typu AN1 patří:

Domény se zinkovým prstem typu AN1 jsou široce přítomné v různých oblastech euryarchaeota a thaumarchaeota, kde jsou často fúzovány s membránově asociovanými peptidázovými doménami, jako je například kosočtverečná rodina serinová peptidáza, transglutaminázové thiolpeptidázy papain fold a Zn-dependentní metalopeptidázy. Archaeal AN1 domény jsou také spojeny s transmembránovými šroubovicemi a doménami jako DNAJ a SCP / PR1. Tyto fúze naznačují role spojené s membránou pro proteiny obsahující doménu AN1 v archaeách, například při proteolytickém zpracování polypeptidů a při regulaci skládání nebo stability proteinu. Architektonická syntaxe je pozoruhodně podobná syntaxi prokaryotické B-box zinkový prst a LIM domén.[7]

Reference

  1. ^ A b Linnen JM, Bailey CP, Weeks DL (červen 1993). „Dvě příbuzné lokalizované mRNA z Xenopus laevis kódují fúzní proteiny podobné ubikvitinu“. Gen. 128 (2): 181–8. doi:10.1016 / 0378-1119 (93) 90561-G. PMID  8390387.
  2. ^ Vij S, Tyagi AK (prosinec 2006). „Celá genomová analýza rodiny genů stresově asociovaných proteinů (SAP) obsahujících zinkové prsty A20 / AN1 v rýži a jejich fylogenetický vztah s Arabidopsis“. Mol. Genet. Genomika. 276 (6): 565–75. doi:10.1007 / s00438-006-0165-1. PMID  17033811. S2CID  31769652.
  3. ^ Huang J, Teng L, Li L, Liu T, Li L, Chen D, Xu LG, Zhai Z, Shu HB (duben 2004). "ZNF216 je A20-like a IkappaB kináza gamma-interagující inhibitor aktivace NFkappaB". J. Biol. Chem. 279 (16): 16847–53. doi:10,1074 / jbc.M309491200. PMID  14754897.
  4. ^ Satou Y, Satoh N (prosinec 1997). „Zadní koncová značka 2 (pem-2), pem-4, pem-5 a pem-6: mateřské geny s lokalizovanou mRNA v ascidiánském embryu“. Dev. Biol. 192 (2): 467–81. doi:10.1006 / dbio.1997.8730. PMID  9441682.
  5. ^ Duan W, Sun B, Li TW, Tan BJ, Lee MK, Teo TS (říjen 2000). „Klonování a charakterizace AWP1, nového proteinu, který se in vivo asociuje se serin / threonin kinázou PRK1“. Gen. 256 (1–2): 113–21. doi:10.1016 / S0378-1119 (00) 00365-6. PMID  11054541.
  6. ^ Liepinsh E, Leonchiks A, Sharipo A, Guignard L, Otting G (únor 2003). "Struktura řešení domény R3H z lidského Smubp-2". J. Mol. Biol. 326 (1): 217–23. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 01381-5. PMID  12547203.
  7. ^ Burroughs AM, Iyer LM, Aravind L (červenec 2011). „Funkční diverzifikace prstu RING a dalších dvoujaderných houslových klíčových domén u prokaryot a časný vývoj systému ubikvitinu“. Mol. Biosyst. 7 (1): 2261–77. doi:10.1039 / C1MB05061C. PMC  5938088. PMID  21547297.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000058