A1CF - A1CF

A1CF
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2CPD
Identifikátory
Aliasy	A1CF, ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, APOBEC1 komplementační faktor
Externí ID	OMIM: 618199 MGI: 1917115 HomoloGene: 16363 Genové karty: A1CF
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 10 (lidský)
Konec	50,885,675 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 19 (myš)
Konec	31,948,995 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleové kyseliny; • dvouvláknová vazba RNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • jednořetězcová vazba RNA; • Vazba RNA; • mRNA vazba;
Buněčná složka	• cytoplazma; • komplex enzymů upravujících mRNA apolipoproteinu B.; • endoplazmatické retikulum; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • stabilizace bílkovin; • úprava cytidinu na uridin; • modifikace mRNA; • Lokalizace mRNA vedoucí k posttranskripční regulaci genové exprese;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	29974
	69865
	ENSG00000148584
	ENSMUSG00000052595
	Q9NQ94
	Q5YD48
NM_001198818; NM_001198819; NM_001198820; NM_014576; NM_138932;
	NM_138933; NM_001370130; NM_001370131
	NM_001081074; NM_001365078
NP_001185747; NP_001185748; NP_001185749; NP_055391; NP_620310;
	NP_620311; NP_001357059; NP_001357060
	NP_001074543; NP_001352007
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor doplňování APOBEC1 je protein že u lidí je kódován A1CF gen.^[5]^[6]^[7]

Gen

Na tomto místě se vyskytuje alternativní sestřih a byly popsány tři varianty transkriptu plné délky kódující tři odlišné izoformy. Bylo pozorováno další spojování, ale povaha těchto variant v plné délce nebyla stanovena.^[7]

Funkce

Savčí apolipoprotein B mRNA prochází místně specifickým C až U deaminace, který je zprostředkován vícesložkovým enzymovým komplexem obsahujícím minimální jádro složené z APOBEC1 a komplementační faktor kódovaný tímto genem.^[8] Genový produkt má tři neidentické motivy rozpoznávání RNA a patří k hnRNP R rodina proteinů vázajících RNA. Bylo navrženo, že tento komplementační faktor funguje jako podjednotka vázající RNA a dokuje APOBEC1 k deaminaci upstream cytidin. Studie naznačují, že protein může být také zapojen do jiných událostí úpravy RNA nebo zpracování RNA.^[7]

Jeho delece vede u myší k letalitě.^[9]

Interakce

A1CF bylo prokázáno komunikovat s APOBEC1,^[10]^[11] CUGBP2,^[12] a SYNCRIP.^[13]^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000148584 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000052595 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Dance GS, Sowden MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (duben 2002). „Dva proteiny nezbytné pro editaci mRNA apolipoproteinu B jsou exprimovány z jednoho genu alternativním sestřihem“. J. Biol. Chem. 277 (15): 12703–9. doi:10,1074 / jbc.M111337200. PMID 11815617.
^ Chester A, Scott J, Anant S, Navaratnam N (prosinec 2000). "Editace RNA: přeměna cytidinu na uridin v mRNA apolipoproteinu B". Biochim. Biophys. Acta. 1494 (1–2): 1–13. doi:10.1016 / S0167-4781 (00) 00219-0. PMID 11072063.
^ ^A ^b ^C „Entrez Gene: A1CF APOBEC1 faktor doplňování“.
^ Henderson JO, Blanc V, Davidson NO (listopad 2001). "Izolace, charakterizace a vývojová regulace genu pro lidský apobec-1 komplementační faktor (ACF)". Biochim. Biophys. Acta. 1522 (1): 22–30. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0. PMID 11718896.
^ Blanc V, Henderson JO, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson NO (srpen 2005). „Cílená delece genu myšího komplementárního faktoru apobec-1 (acf) vede k embryonální letalitě“. Mol. Buňka. Biol. 25 (16): 7260–9. doi:10.1128 / MCB.25.16.7260-7269.2005. PMC 1190267. PMID 16055734.
^ ^A ^b Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (březen 2001). „Identifikace GRY-RBP jako proteinu vázajícího apolipoprotein B RNA, který interaguje s komplementačním faktorem apobec-1 i apobec-1 za účelem modulace úpravy C na U“. J. Biol. Chem. 276 (13): 10272–83. doi:10,1074 / jbc.M006435200. PMID 11134005.
^ Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (březen 2000). „Molekulární klonování faktoru komplementace apobec-1, nového proteinu vázajícího RNA zapojeného do editace mRNA apolipoproteinu B“. Mol. Buňka. Biol. 20 (5): 1846–54. doi:10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000. PMC 85365. PMID 10669759.
^ Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (prosinec 2001). "Nová role proteinu vázajícího RNA CUGBP2 při editaci savčí RNA. CUGBP2 moduluje editaci mRNA apolipoproteinu B mRNA C na U interakcí s apobec-1 a ACF, faktorem doplňování apobec-1". J. Biol. Chem. 276 (50): 47338–51. doi:10.1074 / jbc.M104911200. PMID 11577082.
^ Lau PP, Chang BH, Chan L (duben 2001). „Dvouhybridní klonování identifikuje protein vázající RNA, GRY-RBP, jako složku editozomu apobec-1“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282 (4): 977–83. doi:10.1006 / bbrc.2001.4679. PMID 11352648.

externí odkazy

Člověk A1CF umístění genomu a A1CF stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (2000). „Molekulární klonování faktoru komplementace apobec-1, nového proteinu vázajícího RNA zapojeného do editace mRNA apolipoproteinu B“. Mol. Buňka. Biol. 20 (5): 1846–54. doi:10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000. PMC 85365. PMID 10669759.
Lellek H, Kirsten R, Diehl I, Apostel F, Buck F, Greeve J (2000). "Čištění a molekulární klonování nové základní složky apolipoprotein B mRNA editační enzymový komplex". J. Biol. Chem. 275 (26): 19848–56. doi:10,1074 / jbc.M001786200. PMID 10781591.
Yang Y, Sowden MP, Smith HC (2000). „Indukce editace cytidinu na uridin na cytoplazmatickém mRNA apolipoproteinu B nadměrnou expresí APOBEC-1“. J. Biol. Chem. 275 (30): 22663–9. doi:10,1074 / jbc.M910406199. PMID 10833526.
Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (2001). „Identifikace GRY-RBP jako proteinu vázajícího apolipoprotein B RNA, který interaguje s komplementačním faktorem apobec-1 i apobec-1 za účelem modulace úpravy C na U“. J. Biol. Chem. 276 (13): 10272–83. doi:10,1074 / jbc.M006435200. PMID 11134005.
Harrington JJ, Sherf B, Rundlett S, Jackson PD, Perry R, Cain S, Leventhal C, Thornton M, Ramachandran R, Whittington J, Lerner L, Costanzo D, McElligott K, Boozer S, Mays R, Smith E, Veloso N , Klika A, Hess J, Cothren K, Lo K, Offenbacher J, Danzig J, Ducar M (2001). "Vytvoření knihoven exprese proteinů v celém genomu pomocí náhodné aktivace genové exprese". Nat. Biotechnol. 19 (5): 440–5. doi:10.1038/88107. PMID 11329013. S2CID 25064683.
Lau PP, Chang BH, Chan L (2001). „Dvouhybridní klonování identifikuje protein vázající RNA, GRY-RBP, jako složku editozomu apobec-1“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282 (4): 977–83. doi:10.1006 / bbrc.2001.4679. PMID 11352648.
Blanc V, Henderson JO, Kennedy S, Davidson NO (2001). „Mutageneze komplementačního faktoru apobec-1 odhaluje odlišné domény, které modulují vazbu RNA, interakci protein-protein s apobec-1 a komplementaci aktivity úpravy C na U RNA“. J. Biol. Chem. 276 (49): 46386–93. doi:10,1074 / jbc.M107654200. PMID 11571303.
Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (2001). "Nová role proteinu vázajícího RNA CUGBP2 při editaci savčí RNA. CUGBP2 moduluje editaci mRNA apolipoproteinu B mRNA C na U interakcí s apobec-1 a ACF, faktorem doplňování apobec-1". J. Biol. Chem. 276 (50): 47338–51. doi:10.1074 / jbc.M104911200. PMID 11577082.
Henderson JO, Blanc V, Davidson NO (2001). "Izolace, charakterizace a vývojová regulace genu pro lidský apobec-1 komplementační faktor (ACF)". Biochim. Biophys. Acta. 1522 (1): 22–30. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0. PMID 11718896.
Xu XR, Huang J, Xu ZG, Qian BZ, Zhu ZD, Yan Q, Cai T, Zhang X, Xiao HS, Qu J, Liu F, Huang QH, Cheng ZH, Li NG, Du JJ, Hu W, Shen KT , Lu G, Fu G, Zhong M, Xu SH, Gu WY, Huang W, Zhao XT, Hu GX, Gu JR, Chen Z, Han ZG (2001). „Pohled na hepatocelulární karcinogenezi na úrovni transkriptomů porovnáním profilů genové exprese hepatocelulárního karcinomu s profily odpovídajících nerakovinných jater“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (26): 15089–94. Bibcode:2001PNAS ... 9815089X. doi:10.1073 / pnas.241522398. PMC 64988. PMID 11752456.
Mehta A, Driscoll DM (2002). „Identifikace domén v komplementačním faktoru apobec-1 potřebná pro vazbu RNA a úpravu mRNA apolipoproteinu-B“. RNA. 8 (1): 69–82. doi:10.1017 / S1355838202015649. PMC 1370230. PMID 11871661.
Chester A, Somasekaram A, Tzimina M, Jarmuz A, Gisbourne J, O'Keefe R, Scott J, Navaratnam N (2003). „Komplex úpravy mRNA apolipoproteinu B provádí multifunkční cyklus a potlačuje nesmysl zprostředkovaný rozpad“. EMBO J.. 22 (15): 3971–82. doi:10.1093 / emboj / cdg369. PMC 169042. PMID 12881431.
Blanc V, Kennedy S, Davidson NO (2003). „Nový signál pro lokalizaci jader v pomocné doméně komplementárního faktoru apobec-1 reguluje nukleocytoplazmatický import a pendlování“. J. Biol. Chem. 278 (42): 41198–204. doi:10,1074 / jbc.M302951200. PMID 12896982.
Xie K, MP Sowden, Dance GS, Torelli AT, Smith HC, Wedekind JE (2004). „Struktura deaminázy upravující kvasinky RNA poskytuje přehled o složení a funkci aktivací indukované deaminázy a APOBEC-1“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (21): 8114–9. Bibcode:2004PNAS..101.8114X. doi:10.1073 / pnas.0400493101. PMC 419566. PMID 15148397.

Tento článek o gen na lidský chromozom 10 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000148584 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000052595 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11815617-5] Dance GS, Sowden MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (duben 2002). „Dva proteiny nezbytné pro editaci mRNA apolipoproteinu B jsou exprimovány z jednoho genu alternativním sestřihem“. J. Biol. Chem. 277 (15): 12703–9. doi:10,1074 / jbc.M111337200. PMID 11815617.

[pmid11072063-6] Chester A, Scott J, Anant S, Navaratnam N (prosinec 2000). "Editace RNA: přeměna cytidinu na uridin v mRNA apolipoproteinu B". Biochim. Biophys. Acta. 1494 (1–2): 1–13. doi:10.1016 / S0167-4781 (00) 00219-0. PMID 11072063.

[entrez-7] A ^b ^C „Entrez Gene: A1CF APOBEC1 faktor doplňování“.

[pmid11718896-8] Henderson JO, Blanc V, Davidson NO (listopad 2001). "Izolace, charakterizace a vývojová regulace genu pro lidský apobec-1 komplementační faktor (ACF)". Biochim. Biophys. Acta. 1522 (1): 22–30. doi:10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0. PMID 11718896.

[pmid16055734-9] Blanc V, Henderson JO, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson NO (srpen 2005). „Cílená delece genu myšího komplementárního faktoru apobec-1 (acf) vede k embryonální letalitě“. Mol. Buňka. Biol. 25 (16): 7260–9. doi:10.1128 / MCB.25.16.7260-7269.2005. PMC 1190267. PMID 16055734.

[pmid11134005-10] A ^b Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (březen 2001). „Identifikace GRY-RBP jako proteinu vázajícího apolipoprotein B RNA, který interaguje s komplementačním faktorem apobec-1 i apobec-1 za účelem modulace úpravy C na U“. J. Biol. Chem. 276 (13): 10272–83. doi:10,1074 / jbc.M006435200. PMID 11134005.

[pmid10669759-11] Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (březen 2000). „Molekulární klonování faktoru komplementace apobec-1, nového proteinu vázajícího RNA zapojeného do editace mRNA apolipoproteinu B“. Mol. Buňka. Biol. 20 (5): 1846–54. doi:10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000. PMC 85365. PMID 10669759.

[pmid11577082-12] Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (prosinec 2001). "Nová role proteinu vázajícího RNA CUGBP2 při editaci savčí RNA. CUGBP2 moduluje editaci mRNA apolipoproteinu B mRNA C na U interakcí s apobec-1 a ACF, faktorem doplňování apobec-1". J. Biol. Chem. 276 (50): 47338–51. doi:10.1074 / jbc.M104911200. PMID 11577082.

[pmid11352648-13] Lau PP, Chang BH, Chan L (duben 2001). „Dvouhybridní klonování identifikuje protein vázající RNA, GRY-RBP, jako složku editozomu apobec-1“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282 (4): 977–83. doi:10.1006 / bbrc.2001.4679. PMID 11352648.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]