Yass (software) - Yass (software)
| Stabilní uvolnění | 1.14 |
|---|---|
| Úložiště |  |
| Operační systém | Linux, Mac, MS-Windows |
| Typ | Bioinformatika nářadí |
| Licence | GPLv2 CeCILL |
| webová stránka | https://bioinfo.cristal.univ-lille.fr/yass/ |
YASS[1][2] je svobodný software,[3] po párech software pro nastavení sekvence pro nukleotid sekvence, to znamená, že může hledat podobnosti mezi DNA nebo RNA sekvence. YASS přijímá nukleotidové sekvence buď v prostém textu nebo v Formát FASTA a výstupní formát zahrnuje VÝBUCH tabulkový výstup. YASS používá několik přechodově omezený rozmístěné semeno k-mers, které umožňují výrazně lepší citlivost. YASS lze použít lokálně na počítači uživatele nebo jako SaaS na YASS webový server, který vytváří prohlížeč tečkovaný graf.
Viz také
Reference
- ^ Noe L., Kucherov. G. (2005). „YASS: zvýšení citlivosti hledání podobnosti DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (2): W540 – W543. doi:10.1093 / nar / gki478. PMC 1160238. PMID 15980530.
- ^ Noe L., Kucherov. G. (2004). „Vylepšená kritéria zásahu pro lokální zarovnání DNA“. BMC bioinformatika. 5: 149. doi:10.1186/1471-2105-5-149. PMC 526756. PMID 15485572.
- ^ „README“. Citováno 7. dubna 2015.
externí odkazy
  | Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |