Thermodesulfobacterium hveragerdense - Thermodesulfobacterium hveragerdense

Thermodesulfobacterium hveragerdense
Vědecká klasifikace Upravit
Doména:Bakterie
Kmen:Thermodesulfobacteria
Třída:Thermodesulfobacteria
Objednat:Thermodesulfobacteriales
Rodina:Thermodesulfobacteriaceae
Rod:Thermodesulfobacterium
Druh:
T. hveragerdense
Binomické jméno
Thermodesulfobacterium hveragerdense
Sonne-Hansen a Ahring 2000

Thermodesulfobacterium hveragerdense je bakteriální druh patřící do rodu Thermodesulfobacterium, což jsou termofilní bakterie snižující síran.[1][2][3] Tento druh se vyskytuje ve vodních oblastech s vysokou teplotou a žije ve sladké vodě jako většina, ale ne všichni Thermodesulfobacterium druh[4][5] Poprvé byl izolován z horkých pružin na Islandu.[6]

Místo výskytu

Thermodesulfobacterium hveragerdense je termofilní, což znamená, že se mu daří při vysokých teplotách. Nachází se ve vodních výklencích, kde je velmi vysoká teplota a kde je velké množství usazenin síry.[4] Nacházejí se tedy v sopečných horkých pramenech nebo v jejich blízkosti, které jsou mírně kyselé.[4] Thermodesulfobacterium hveragerdense je schopen růst při teplotách v rozmezí od 55 ° C do 74 ° C (131 ° F až 166 ° C), ale jejich optimální růstová teplota je 70-74 ° C.[4] Thermodesulfobacterium hveragerdense prospívá v mírně kyselých úrovních pH, ​​přičemž optimální pH pro růst je 6,5-7,0.[5]

Buněčná morfologie

Thermodesulfobacterium hveragerdense obývá bakteriální rohože, a proto mu chybí a bičík pro mobilitu.[4] Buňka je válcová, její rozměry jsou 2,5 μm × 0,5 μm.[6][4] To zhruba odpovídá objemu těla buňky 1,96 μm3. Buňky tvoří řetězce až tří buněk dlouhé, zřídka překračující toto číslo.[4]

Buněčná membrána

Thermodesulfobacterium hveragerdense má fosfolipidová dvojvrstva membrána. Lipidy membrány jsou hlavně dietherglycerofosfolipidy (DEG-P), ale v lipidové dvojvrstvě je také mnoho diacylglycerofosfolipidů (DAG-P) a acyl / etherglycerofosfolipidů (AEG-P).[7] Dvojvrstva také obsahuje nepatrná množství difosfatidylglycerol (DPG) sloučeniny v něm, hlavně fosfatidylethanolamin, fosfatidylinositol a aminopentanetetral.[7]

Metabolismus

Thermodesulfobacterium hveragerdense není anaerobní organotrofní organismus, což znamená, že ve výživě spoléhá na organické látky a nevyžaduje kyslík. Thermodesulfobacterium hveragerdense je bakterie snižující síru.[8][9] Využívá síran (SO4−2) jako akceptory elektronů a thiosíran a siřičitan jako donory elektronů. Redukcí síry a eliminací kyslíku se získá sirovodík (H2S).[8][9] Sírovodík je zodpovědný za to, co se označuje jako vůně shnilého vejce.

Genom

The genom z Thermodesulfobacterium hveragerdense, bylo sekvenováno sekvenováním brokovnice celého genomu.[10] Genom se skládá z 1,7 milionu párů bází (Mbp) a obsahoval celkem 1 810 genů.[10] Konkrétní informace o genomu jsou uvedeny níže:

Velikost genomu: 1726 173 párů bází

Celkem genů: 1,810 genů

Kódující geny: 1 696 genů

Sekvence kódování: 1758 sekvencí

Sekvence kódování proteinů: 1 696 sekvencí

RNA Geny: 52 genů RNA

rRNA: 1 5 s rRNA, 1 16 s rRNA, 1 23 s rRNA

5 s rRNA: Tato rRNA je důležitá pro stabilizaci ribozomální struktury během syntézy proteinů, což ve skutečnosti zvyšuje syntézu proteinů.[11] To také pomáhá určit fylogenetické stromy mnoha organismů
16 s rRNA: Tato rRNA se používá pro fylogenetické účely, protože funkce tohoto genu se časem nezměnila, je přítomna ve většině bakterií a sekvence je dostatečně velká i pro informativní účely.[12]
23s rRNA: Tato rRNA je velmi důležitá v procesu vazby tRNA na ribozomální funkční místa.[13]

tRNA: 46 tRNA[10]

ncRNA: 3 ncRNA[10]

Pseudogeny: 62 pseudo genů[10]

Reference

  1. ^ Parte, Aidan C. (1. ledna 2014). „LPSN - seznam prokaryotických jmen se stojícími v nomenklatuře“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D613 – D616. doi:10.1093 / nar / gkt1111. PMC  3965054. PMID  24243842.
  2. ^ „Prohlížeč taxonomie (Thermodesulfobacterium hveragerdense DSM 12571)“. www.ncbi.nlm.nih.gov.
  3. ^ Jeanthon, Christian; L'Haridon, Stéphane; Cueff, Valérie; Banta, Amy; Reysenbach, Anna-Louise; Prieur, Daniel (1. května 2002). „Thermodesulfobacterium hydrogeniphilum sp. Nov., Termofilní, chemolithoautotrofní, síran redukující bakterie izolovaná z hlubinného hydrotermálního otvoru v Guaymasově pánvi a emendace rodu Thermodesulfobacterium“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 3): 765–772. doi:10.1099/00207713-52-3-765. PMID  12054236.
  4. ^ A b C d E F G Sonne-Hansen, J .; Ahring, B. K. (1. prosince 1999). „Thermodesulfobacterium hveragerdense sp. Nov. A Thermodesulfovibrio islandicus sp. Nov., Dvě termofilní bakterie redukující síran izolované z islandského horkého pramene“. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 22 (4): 559–564. doi:10.1016 / S0723-2020 (99) 80009-5. PMID  10794144.
  5. ^ A b Slobodkin, A. I .; Reysenbach, A.L .; Slobodkina, G. B .; Baslerov, R. V .; Kostrikina, N. A .; Wagner, I.D .; Bonch-Osmolovskaya, E. A. (2012). „Thermosulfurimonas dismutans gen. Nov., Sp. Nov., Extrémně termofilní bakterie disproporcionující síru z hlubinného hydrotermálního otvoru“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (Pt 11): 2565–71. doi:10.1099 / ijs.0.034397-0. PMID  22199218.
  6. ^ A b "Thermodesulfobacterium hveragerdense JSP | Typový kmen | DSM 12571 | BacDiveID: 16893". bacdive.dsmz.de.
  7. ^ A b Sturt, Helen F .; Summons, Roger E .; Smith, Kristin; Elvert, Marcus; Hinrichs, Kai-Uwe (1. května 2004). „Intaktní lipidy polární membrány v prokaryotech a sedimentech dešifrované vysoce výkonnou kapalinovou chromatografií / elektrosprejovou ionizací, vícestupňovou hmotnostní spektrometrií - nové biomarkery pro biogeochemii a mikrobiální ekologii“. Rychlá komunikace v hmotnostní spektrometrii: RCM. 18 (6): 617–628. Bibcode:2004RCMS ... 18..617S. doi:10,1002 / rcm. 1378. PMID  15052572.
  8. ^ A b [Muyzer, G .; Stams, A. J. (červen 2008). „Ekologie a biotechnologie bakterií redukujících sírany“ (PDF). Příroda Recenze Mikrobiologie. 6 (6): 441–454. doi: 10,1038 / nrmicro1892.PMID  18461075 ]
  9. ^ A b [Ernst-Detlef Schulze; Harold A. Mooney (1993), Biodiverzita a funkce ekosystému, Springer-Verlag, str. 88–90,ISBN  9783540581031]
  10. ^ A b C d E „Thermodesulfobacterium hveragerdense DSM 12571, projekt sekvenování brokovnice celého genomu“. 15. prosince 2019 - prostřednictvím NCBI Nucleotide. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  11. ^ Szymanski, Maciej; Barciszewska, Miroslawa Z .; Erdmann, Volker A .; Barciszewski, Jan (1. ledna 2002). „5S Ribosomal RNA Database“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 176–178. doi:10.1093 / nar / 30.1.176. PMC  99124. PMID  11752286.
  12. ^ Janda, J. Michael; Abbott, Sharon L. (1. září 2007). „16S rRNA genové sekvence pro bakteriální identifikaci v diagnostické laboratoři: klady, nebezpečí a úskalí“. Journal of Clinical Microbiology. 45 (9): 2761–2764. doi:10.1128 / JCM.01228-07. PMC  2045242. PMID  17626177.
  13. ^ Bocchetta, Maurizio; Xiong, Liqun; Mankin, Alexander S. (31. března 1998). "Pozice 23S rRNA nezbytné pro vazbu tRNA v ribozomálních funkčních místech". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (7): 3525–3530. Bibcode:1998PNAS ... 95,3525B. doi:10.1073 / pnas.95.7.3525. PMC  19869. PMID  9520399.