Cíle TDR - TDR Targets
![]() | |
---|---|
Obsah | |
Popis | Zdroj chemogenomiky pro zanedbávané nemoci |
Typy dat zajat | Genomika, léčivá chemie |
Organismy | Lidské patogeny, které způsobují zanedbávané tropické nemoci (NTD): Plasmodium, Trypanosoma, Leishmania, Mycobacterium, Chlamydie, Treponema, Wolbachia endosymbionty, Giardia, Entamoeba, Trichomonas, Schistosoma, Echinococcus, Onchocerca, Brugia, Loa_loa, |
Kontakt | |
Výzkumné centrum | UNSAM, KONICET |
Laboratoř | ![]() |
Autoři | Fernán Agüero, Lionel Urán Landaburu, Santiago Carmona, María Paula Magariños, Ariel J Berenstein, Santiago Videla, Ariel Chernomoretz, Parag Maru, Dhanasekaran Shanmugam (aktuální). Gregory Crowther, Matt Berriman, Stuart Ralph, David Roos, Wes Van Voorhis (v minulosti). |
Primární citace | Urán Landaburu L a kol. (2019) [1] |
Datum vydání | 2007 |
Přístup | |
webová stránka | https://tdrtargets.org |
Nástroje | |
Web | Perl MVC (Catalyst_ (software), DBIx :: Třída ) |
Smíšený | |
Správa verzí | Cíle TDR 6 |
Uvolnění dat frekvence | 18 měsíců |
Verze | 6 |
Kurátorská politika | Ano |
The Cíle TDR databáze je a bioinformatika projekt, který se snaží využít dostupnosti různých genomových a chemických látek datové sady usnadnit identifikaci a stanovení priorit léky a drogové cíle u zanedbávaných nemocí patogeny.[2] TDR ve jménu databáze stojí od populární zkratky pro speciální program v rámci Světová zdravotnická organizace, jehož zaměření je Tropný Disease Rvyhledávání. Projekt byl zahájen z prostředků tohoto programu (viz Zvláštní program pro výzkum a výcvik v oblasti tropických nemocí ) a počáteční zaměření zdroje bylo na organismy / nemoci s vysokou prioritou pro tento program.
Databáze funguje buď jako web, kde mohou vědci hledat informace o cílech nebo sloučeninách zájmu, nebo jako nástroj pro stanovení priorit cílů jako celku genomy.[3] Při stanovení priorit genů se jednotlivé databázové dotazy používají ke specifikaci jednoho nebo více žádoucích nebo nežádoucích kritérií. Výstupem každého dotazu bude sada genů (např. Všechny geny, které produkují smrtelné) fenotyp po genetickém knockoutu); a různých kombinací genových sad lze získat pomocí standardních operátorů sad (Union, Intersection, Subtraction), včetně možnosti vážení genů přítomných ve více než jedné sadě (to je zvláště užitečné při výpočtu Unions). Byla zveřejněna řada priorit stanovených tímto nástrojem,[4] demonstrovat řadu případů použití.
Databáze aktuálně hostí informace o 21 bakteriální a eukaryotický patogeny a za> 2 miliony bioaktivní sloučeniny. Informace integrované do databáze TDR Targets pocházejí z různorodých zdrojů dat, a proto je nelze považovat za primární úložiště dat.
Databáze zaznamenala od svého spuštění v roce 2007 6 hlavních vydání, která se shodovala s rozšířením fylogenetického pokrytí (např. Zahrnutím helminth genomy ve verzi 2), začlenění nových funkcí (např. chemická podobnost a vyhledávání podstruktur ve verzi 4), hlavní aktualizace dat, aby byla databáze synchronizována s předními poskytovateli dat (ve verzi 5), a začlenění vícevrstvého síťového modelu [5] provázet Drug_repositioning prostřednictvím pěkných uživatelsky přívětivých vizualizací (ve verzi 6).
Viz také
Reference
- ^ Urán Landaburu, Lionel; Berenstein, Ariel J .; Videla, Santiago; Maru, Parag; Shanmugam, Dhanasekaran; Chernomoretz, Ariel; Agüero, Fernán (2019). „Cíle TDR 6: Podpora objevování léků pro lidské patogeny prostřednictvím intenzivní chemogenomické integrace dat“. Výzkum nukleových kyselin. doi:10.1093 / nar / gkz999.
- ^ „Web TDR Targets (https://tdrtargets.org)“.
- ^ Agüero, Fernán; Al-Lazikani, Bissan; Aslett, Martin; Berriman, Matthew; Buckner, Frederick S .; Campbell, Robert K .; Carmona, Santiago; Carruthers, Ian M .; Chan, A. W. Edith; Chen, Feng; Crowther, Gregory J .; Doyle, Maria A .; Hertz-Fowler, Christiane; Hopkins, Andrew L .; McAllister, Gregg; Nwaka, Solomon; Overington, John P .; Pain, Arnab; Paolini, Gaia V .; Pieper, Ursula; Ralph, Stuart A .; Riechers, Aaron; Roos, David S .; Sali, Andrej; Shanmugam, Dhanasekaran; Suzuki, Takashi; Van Voorhis, Wesley C .; Verlinde, Christophe L. M. J. (2008). „Priorita drogových cílů v genomickém měřítku: databáze cílů TDR“. Recenze přírody Objev drog. 7 (11): 900–907. doi:10.1038 / nrd2684. PMC 3184002. PMID 18927591.
- ^ Crowther, Gregory J .; Shanmugam, Dhanasekaran; Carmona, Santiago J .; Doyle, Maria A .; Hertz-Fowler, Christiane; Berriman, Matthew; Nwaka, Solomon; Ralph, Stuart A .; Roos, David S .; Van Voorhis, Wesley C .; Agüero, Fernán (2010). „Identifikace atraktivních lékových cílů u patogenů se zanedbávanými chorobami pomocí přístupu in Silico“. PLOS opomíjené tropické nemoci. 4 (8): e804. doi:10.1371 / journal.pntd.0000804. PMC 2927427. PMID 20808766.
- ^ Berenstein, Ariel José; Magariños, María Paula; Chernomoretz, Ariel; Agüero, Fernán (2016). „Vícevrstvý síťový přístup k vedení přemisťování drog u zanedbávaných nemocí“. PLOS opomíjené tropické nemoci. 10 (1): e0004300. doi:10.1371 / journal.pntd.0004300. PMC 4703370. PMID 26735851.
![]() | Tento databáze související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |