TARBP2 - TARBP2

TARBP2
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2 CPN, 3ADL, 3LLH, 4 týdny
Identifikátory
Aliasy	TARBP2, LOQS, TRBP, TRBP1, TRBP2, RISC zaváděcí komplex RNA vazebná podjednotka, TARBP2 podjednotka RISC zaváděcího komplexu
Externí ID	OMIM: 605053 MGI: 103027 HomoloGene: 7562 Genové karty: TARBP2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 12 (lidský)
Konec	53,506,431 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	102,523,676 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba N-konce proteinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba siRNA; • Vazba RNA; • vazba enzymu; • pre-mRNA vazba; • dvouvláknová vazba RNA; • identická vazba na protein; • aktivita homodimerizace proteinu; • pre-miRNA vazba; • miRNA vazba;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • perinukleární oblast cytoplazmy; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • jaderné těleso; • RISC-loading komplex; • RISC komplex;
Biologický proces	• regulace virové transkripce; • negativní regulace aktivity proteinkinázy; • růst mnohobuněčných organismů; • pozitivní regulace překladu; • jediné hnojení; • načítání siRNA na RISC zapojené do interference RNA; • negativní regulace obranné reakce na virus hostitelem; • vývoj spermatidů; • pozitivní regulace replikace virového genomu; • regulace překladu; • produkce miRNA zapojených do umlčování genů miRNA; • cílení mRNA na destrukci podílející se na interferenci RNA; • metabolický proces miRNA; • umlčování genů pomocí RNA; • produkce siRNA podílející se na interferenci RNA; • zpracování pre-miRNA; • načítání miRNA na RISC zapojené do umlčování genů miRNA; • regulace produkce siRNA podílející se na interferenci RNA; • regulace produkce miRNA zapojených do umlčování genů miRNA; • regenerace tkáně kosterního svalstva; • pozitivní regulace diferenciace svalových buněk; • proliferace nervových prekurzorů;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6895
	21357
	ENSG00000139546
	ENSMUSG00000023051
	Q15633
	P97473
	NM_004178; NM_134323; NM_134324
	NM_001253795; NM_009319
	NP_004169; NP_599150; NP_599151
	NP_001240724; NP_033345
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

RISC načítající složitá podjednotka TARBP2 je protein že u lidí je kódován TARBP2 gen.^[5]^[6]

Funkce

HIV-1, původce syndrom získané immunití nedostatečnisti (AIDS), obsahuje genom RNA, který produkuje chromosomálně integrovanou DNA během replikačního cyklu. Aktivace exprese genu HIV-1 transaktivátorem Tat je závislá na regulačním prvku RNA (TAR) umístěném za transkripčním iniciačním místem. Protein kódovaný tímto genem se váže mezi boulí a smyčkou regulačního prvku HIV-1 TAR RNA a aktivuje expresi genu HIV-1 v synergii s virovým proteinem Tat. Výsledkem alternativního sestřihu je více variant transkriptu kódujících různé izoformy. Tento gen má také a pseudogen.^[6]

Interakce

Ukázalo se, že TARBP2 komunikovat s Protein kináza R.^[7]^[8] a RBM14.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000139546 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000023051 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Gatignol A, Buckler-White A, Berkhout B, Jeang KT (březen 1991). „Charakterizace lidského proteinu vázajícího TAR RNA, který aktivuje HIV-1 LTR“. Věda. 251 (5001): 1597–600. doi:10.1126 / science.2011739. PMID 2011739.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TARBP2 Tar (HIV-1) RNA binding protein 2“.
^ Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (říjen 1995). „Dvouvláknová-RNA-dependentní proteinová kináza a TAR RNA-vazebný protein tvoří in vivo homo- a heterodimery“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (21): 9445–9. doi:10.1073 / pnas.92.21.9445. PMC 40818. PMID 7568151.
^ Daher A, Longuet M, Dorin D, Bois F, Segeral E, Bannwarth S, Battisti PL, Purcell DF, Benarous R, Vaquero C, Meurs EF, Gatignol A (září 2001). „Dvě dimerizační domény v trans-aktivační odezvě na protein vázající RNA (TRBP) jednotlivě zvracejí inhibici proteinkinázy R při expresi dlouhého terminálního opakování HIV-1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33899–905. doi:10,1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.
^ Iwasaki T, Chin WW, Ko L (září 2001). „Identifikace a charakterizace aktivátoru koaktivátoru obsahujícího RRM (CoAA) jako proteinu interagujícího s TRBP a jeho sestřihové varianty jako modulátoru koaktivátoru (CoAM)“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33375–83. doi:10,1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.

Další čtení

Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (říjen 1995). „Dvouvláknová-RNA-dependentní proteinová kináza a TAR RNA-vazebný protein tvoří in vivo homo- a heterodimery“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (21): 9445–9. doi:10.1073 / pnas.92.21.9445. PMC 40818. PMID 7568151.
Kozak CA, Gatignol A, Graham K, Jeang KT, McBride OW (leden 1995). „Genetické mapování lokusu kódujícího TRBP u člověka a myší, který váže oblast TAR viru lidské imunodeficience (HIV-1)“. Genomika. 25 (1): 66–72. doi:10.1016/0888-7543(95)80110-8. PMID 7774957.
Gatignol A, Buckler C, Jeang KT (duben 1993). „Souvislost motivu vázajícího RNA ve viru lidské imunodeficience typu 1 TAR RNA vázající protein TRBP s lidskou kinázou P1 / dsI a Drosophila staufen“. Molekulární a buněčná biologie. 13 (4): 2193–202. doi:10,1128 / mcb.13.4.2193. PMC 359540. PMID 8455607.
Gatignol A, Duarte M, Daviet L, Chang YN, Jeang KT (1996). „Postupné kroky při Tat trans-aktivaci HIV-1 zprostředkované buněčnou DNA, RNA a vazebnými faktory pro proteiny“. Genový výraz. 5 (4–5): 217–28. PMC 6138028. PMID 8723388.
Kasof GM, Goyal L, White E (červen 1999). „Btf, nový transkripční represor podporující smrt, který interaguje s proteiny souvisejícími s Bcl-2“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (6): 4390–404. doi:10,1128 / mcb.19.6.4390. PMC 104398. PMID 10330179.
Daviet L, Erard M, Dorin D, Duarte M, Vaquero C, Gatignol A (duben 2000). „Analýza vazebného rozdílu mezi dvěma doménami vázajícími dsRNA v TRBP odhaluje modulární funkci motivu spirály KR“. European Journal of Biochemistry / FEBS. 267 (8): 2419–31. doi:10.1046 / j.1432-1327.2000.01256.x. PMID 10759868.
Duarte M, Graham K, Daher A, Battisti PL, Bannwarth S, Segeral E, Jeang KT, Gatignol A (2001). "Charakterizace TRBP1 a TRBP2. Stabilní struktura kmenové smyčky na 5 'konci mRNA TRBP2 se podobá HIV-1 TAR a ve zpracovaném pseudogenu se nenachází." Journal of Biomedical Science. 7 (6): 494–506. doi:10.1007 / bf02253365. PMID 11060498.
Siffroi JP, Pawlak A, Alfonsi MF, Troalen F, Guellaen G, Dadoune JP (březen 2001). "Exprese proteinu vázajícího TAR RNA v lidském varlete". Molekulární lidská reprodukce. 7 (3): 219–25. doi:10.1093 / mol / 7.3.219. PMID 11228241.
Daher A, Longuet M, Dorin D, Bois F, Segeral E, Bannwarth S, Battisti PL, Purcell DF, Benarous R, Vaquero C, Meurs EF, Gatignol A (září 2001). „Dvě dimerizační domény v trans-aktivační odezvě na protein vázající RNA (TRBP) jednotlivě zvracejí inhibici proteinkinázy R při expresi dlouhého terminálního opakování HIV-1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33899–905. doi:10,1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.
Iwasaki T, Chin WW, Ko L (září 2001). „Identifikace a charakterizace aktivátoru koaktivátoru obsahujícího RRM (CoAA) jako proteinu interagujícího s TRBP a jeho sestřihové varianty jako modulátoru koaktivátoru (CoAM)“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33375–83. doi:10,1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.
Bannwarth S, Talakoub L, Letourneur F, Duarte M, Purcell DF, Hiscott J, Gatignol A (prosinec 2001). „Organizace lidského genu tarbp2 odhaluje dva promotory, které jsou potlačovány v astrocytární buněčné linii“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (52): 48803–13. doi:10,1074 / jbc.M104645200. PMID 11641396.
Xu YC, Wu RF, Gu Y, Yang YS, Yang MC, Nwariaku FE, Terada LS (srpen 2002). "Zapojení TRAF4 do oxidační aktivace c-Jun N-terminální kinázy". The Journal of Biological Chemistry. 277 (31): 28051–7. doi:10,1074 / jbc.M202665200. PMID 12023963.
Battisti PL, Daher A, Bannwarth S, Voortman J, Peden KW, Hiscott J, Mouland AJ, Benarous R, Gatignol A (září 2003). „Aditivní aktivita mezi proteinem vázajícím trans-aktivační odpověď na RNA, TRBP2 a cyklinem T1 na expresi HIV typu 1 a produkci viru v myších buňkách“. Výzkum AIDS a lidské retroviry. 19 (9): 767–78. doi:10.1089/088922203769232566. PMID 14585207.
Lee JY, Kim H, Ryu CH, Kim JY, Choi BH, Lim Y, Huh PW, Kim YH, Lee KH, Jun TY, Rha HK, Kang JK, Choi CR (červenec 2004). „Merlin, nádorový supresor, interaguje s proteinem vázajícím RNA reagujícím na transaktivaci a inhibuje jeho onkogenní aktivitu“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (29): 30265–73. doi:10,1074 / jbc.M312083200. PMID 15123692.
Haase AD, Jaskiewicz L, Zhang H, Lainé S, Sack R, Gatignol A, Filipowicz W (říjen 2005). „TRBP, regulátor buněčné exprese PKR a HIV-1, interaguje s Dicerem a funguje při umlčování RNA“. Zprávy EMBO. 6 (10): 961–7. doi:10.1038 / sj.embor.7400509. PMC 1369185. PMID 16142218.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Bannwarth S, Lainé S, Daher A, Grandvaux N, Clerzius G, Leblanc AC, Hiscott J, Gatignol A (únor 2006). "Buněčně specifická regulace promotoru TRBP1 transkripčním faktorem NF-Y v lymfocytech a astrocytech". Journal of Molecular Biology. 355 (5): 898–910. doi:10.1016 / j.jmb.2005.11.026. PMID 16343534.
Christensen HS, Daher A, Soye KJ, Frankel LB, Alexander MR, Lainé S, Bannwarth S, Ong CL, Chung SW, Campbell SM, Purcell DF, Gatignol A (květen 2007). „Malé interferující RNA proti proteinu vázajícímu TAR RNA, TRBP, Dicerův kofaktor, inhibují expresi dlouhé terminální repetice viru lidské imunodeficience typu 1 a produkci viru“. Journal of Virology. 81 (10): 5121–31. doi:10.1128 / JVI.01511-06. PMC 1900231. PMID 17360756.

Tento článek o gen na lidský chromozom 12 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000139546 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000023051 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid2011739-5] Gatignol A, Buckler-White A, Berkhout B, Jeang KT (březen 1991). „Charakterizace lidského proteinu vázajícího TAR RNA, který aktivuje HIV-1 LTR“. Věda. 251 (5001): 1597–600. doi:10.1126 / science.2011739. PMID 2011739.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: TARBP2 Tar (HIV-1) RNA binding protein 2“.

[pmid7568151-7] Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (říjen 1995). „Dvouvláknová-RNA-dependentní proteinová kináza a TAR RNA-vazebný protein tvoří in vivo homo- a heterodimery“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (21): 9445–9. doi:10.1073 / pnas.92.21.9445. PMC 40818. PMID 7568151.

[pmid11438532-8] Daher A, Longuet M, Dorin D, Bois F, Segeral E, Bannwarth S, Battisti PL, Purcell DF, Benarous R, Vaquero C, Meurs EF, Gatignol A (září 2001). „Dvě dimerizační domény v trans-aktivační odezvě na protein vázající RNA (TRBP) jednotlivě zvracejí inhibici proteinkinázy R při expresi dlouhého terminálního opakování HIV-1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33899–905. doi:10,1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.

[pmid11443112-9] Iwasaki T, Chin WW, Ko L (září 2001). „Identifikace a charakterizace aktivátoru koaktivátoru obsahujícího RRM (CoAA) jako proteinu interagujícího s TRBP a jeho sestřihové varianty jako modulátoru koaktivátoru (CoAM)“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 33375–83. doi:10,1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]