Virus ve tvaru tyčinky Sulfolobus islandicus 2 - Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2

Virus ve tvaru tyčinky Sulfolobus islandicus 2
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:incertae sedis
Království:incertae sedis
Kmen:incertae sedis
Třída:incertae sedis
Objednat:Ligamenvirales
Rodina:Rudiviridae
Rod:Rudivirus
Druh:Virus ve tvaru tyčinky Sulfolobus islandicus 2

Sulfolobus islandicus virus ve tvaru tyčinky 2, označovaný také jako SIRV2, je archální virus ten, jehož jediným známým hostitelem je archeaon Sulfolobus islandicus. Tento virus patří do rodiny Rudiviridae.[1] Jako jiné viry v rodině Rudiviridae, je to běžné v geotermálních prostředích.[1]

Biologie a biochemie

SIRV2 má lineární dvouvláknový genom DNA. Virální DNA je replikován 4 hostiteli DNA polymerázy: Dpo1 až Dpo4.[1]

Virus má morfologii ve tvaru tyče o šířce 23 nanometry (nm) a délku 900 nm. Na obou koncích viru byla pozorována tři koncová vlákna o délce 28 nm.[2] Koncová vlákna zprostředkovávají připojení viru k pili typu 4 hojně přítomnému na povrchu hostitelské buňky.[3][4]

SIRV2 je schopen přežít přírůstky 6 molární (M) močovina, absolutní ethanol, oktanol-2 a 0,1% Triton X-100 neutrálně pH a 25 stupňů Celsia.[2] In vitro testování ukázalo, že SIRV2 je stále schopen infikovat při 70-80 stupních Celsia a v roztoku s pH 3.[5]

Bylo zjištěno, že SIRV2gp19 je jednovláknová DNA endonukleáza v roce 2011. To bylo prokázáno indukcí mutace v proteinu SIRVgp19 Motif II z aminokyseliny aspartát na alanin což mělo za následek ztrátu nukleáza aktivita. Tento protein je funkční při pH 7-10. Chlorid hořečnatý bylo zjištěno, že kofaktor k tomuto proteinu v roce 1971.[6][5] Chlorid sodný koncentrace nad 100 mM inhibují SIRV2gp19.[5]

Struktura

Trojrozměrná rekonstrukce virionu SIRV2 při rozlišení ~ 4 angstromů byla získána kryo-elektronovou mikroskopií.[7] Struktura odhalila dříve neznámou formu organizace virionů, ve které se alfa-helikální hlavní kapsidový protein SIRV2 obaluje kolem DNA, čímž je nepřístupný pro rozpouštědlo. Bylo zjištěno, že virová DNA je zcela v A-formě, což naznačuje společný mechanismus pro ochranu DNA v nejnepříznivějších prostředích s bakteriálními spórami.

Reference

  1. ^ A b C Martínez-Alvarez, Laura; Deng, Ling; Peng, Xu (2017-04-19). „Vznik ohniska replikace viru v buňkách sulfolobu infikovaných virem Rudivirus Sulfolobus islandicus ve tvaru tyče“. Journal of Virology. 91 (13). doi:10.1128 / jvi.00486-17. ISSN  0022-538X. PMC  5469267. PMID  28424282.
  2. ^ A b Prangishvili, W .; Arnold, D .; Götz, H. P .; Ziese, D .; Holz, U .; Kristjansson, I .; Zillig, J. K. (1999). „Nová rodina virů Rudiviridae: Struktura, interakce virus-hostitel a variabilita genomu sulfolobus virů SIRV1 a SIRV2“. Genetika. 152 (4): 1387–96. OCLC  678661646. PMC  1460677. PMID  10430569.
  3. ^ Quemin, ER; Lucas, S; Daum, B; Quax, TE; Kühlbrandt, W; Forterre, P; Albers, SV; Prangishvili, D; Krupovic, M (2013). „První pohledy na proces vstupu hypertermofilních archaálních virů“. Journal of Virology. 87 (24): 13379–85. doi:10.1128 / JVI.02742-13. PMC  3838266. PMID  24089554.
  4. ^ Wang, F; Cvirkaite-Krupovic, V; Kreutzberger, MAB; Su, Z; de Oliveira, GAP; Osinski, T; Sherman, N; DiMaio, F; Wall, JS; Prangishvili, D; Krupovic, M; Egelman, EH (2019). „Značně glykosylovaný archaeal pilus přežívá extrémní podmínky“. Přírodní mikrobiologie. 4 (8): 1401–1410. doi:10.1038 / s41564-019-0458-x. PMC  6656605. PMID  31110358.
  5. ^ A b C Gardner, Andrew F .; Prangishvili, David; Jack, William E. (2011-06-11). "Charakterizace viru ve tvaru tyče 2 gp19 Sulfolobus islandicus, jednovláknové specifické endonukleázy". Extremophiles. 15 (5): 619–624. doi:10.1007 / s00792-011-0385-0. ISSN  1431-0651. PMC  3158340. PMID  21667093.
  6. ^ Kushner, S. R .; Nagaishi, H .; Templin, A .; Clark, A. J. (01.04.1971). „Genetická rekombinace v Escherichia coli: Role exonukleázy I“. Sborník Národní akademie věd. 68 (4): 824–827. Bibcode:1971PNAS ... 68..824K. doi:10.1073 / pnas.68.4.824. ISSN  0027-8424. PMC  389052. PMID  4927675.
  7. ^ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Krupovic, M; Prangishvili, D; Egelman, EH (2015). „Virologie. Virus, který infikuje hypertermofil, enkapsiduje DNA ve formě A“. Věda. 348 (6237): 914–7. doi:10.1126 / science.aaa4181. PMC  5512286. PMID  25999507.