Portál chemických sond - Chemical Probes Portal

Portál chemických sond
Chemické sondy-logo.png
Formace2015; před 5 lety (2015)
TypVědecká společnost
Právní status501 (c) (3) nezisková organizace
ÚčelZvýšení kvality a reprodukovatelnosti biomedicínského výzkumu pomocí chemických sond.
Hlavní sídloSutton, Londýn
Umístění
Představenstvo
Mark Bunnage, Aled Edwards, Yung Lie, Herbert Waldmann, Tim Willson, Paul Workman
Klíčoví lidé
Bissan Al-Lazikani, Susanne Müller-Knapp, Albert A. Antolin, Domenico Sanfelice
webová stránkawww.chemické sondy.org

The Portál chemických sond je otevřený online zdroj, jehož účelem je identifikovat a zpřístupnit vysokou kvalitu chemické sondy pro použití v biologický výzkum a objev drog. Zatímco chemické sondy mohou být cenným nástrojem k objasnění signální transdukce cesty a ověřit nové drogové cíle, mnoho používaných sond není selektivních, a proto mohou poskytnout velmi zavádějící výsledky.[1]

Portál doporučuje chemické sondy na základě hodnocení poskytnutých Vědeckou poradní radou (SAB), skupinou odborníků v oblastech chemická biologie, léčivá chemie, a farmakologie, kteří (1) určují, které jsou nejlepší dostupné chemické sondy, a (2) stanovují pokyny pro jejich použití.

Dějiny

Po letech publikování pokynů pro osvědčené postupy pro výběr a použití chemických sond[2][3][4][5] mnozí v této oblasti se shodli, že publikace nejsou dostatečné k šíření tohoto typu informací. V červenci 2015 tito odborníci pod vedením Konsorcium pro strukturální genomiku (SGC), spolupracoval na zveřejnění přehledu o zneužití chemických sond a dopadu, který má zneužití na spolehlivost výzkumu.[6] Společně s touto publikací spustila SGC prototypovou webovou stránku.

Tato publikace a portál byly spuštěny ve stejnou dobu, kdy si biomedicínská výzkumná komunita začala uvědomovat problémy v reprodukovatelnosti velké části vědecké literatury. Podle studie ekonomického dopadu je pouze v USA vynaloženo 28 miliard dolarů ročně na nereprodukovatelný biomedicínský výzkum. Mezi nejčastější důvody, proč se studie ukazují jako nereprodukovatelné, patří problémy s výběrem reagencií a referenčních materiálů (36%), design studie (28%), analýza a podávání údajů (25%) a laboratorní protokoly (11%).[7] Chyby při výběru a použití chemických sond mohou přispět k plýtvání v každé z těchto kategorií. Vzhledem ke kontextu a potřebě byl prototypový portál vědeckou komunitou velmi dobře přijat,[8][9][10][11][12] ačkoli bylo poznamenáno, že prototypový portál byl spuštěn s velmi malým počtem (přesněji sedmi) sond.[13]

V roce 2016 SGC přijalo zaměstnance, aby převzali portál, založili jej jako nezávislou organizaci a postavili jej do renomovaného zdroje informací o chemických sondách. Tato nová organizace byla podpořena prostředky poskytnutými Wellcome Trust a SGC. Do konce prvního čtvrtletí nové vedení portálu začlenilo organizaci v Severní Karolíně v USA, vytvořilo představenstvo a vypracovalo plán na rozšíření portálu prostřednictvím komunitního procesu odborné přípravy. Portál byl znovu spuštěn 30. června 2016 s tímto operačním plánem integrovaným do webu, více údajů o stávajících sondách (~ 100) na portálu, doporučení pro použití těchto sond.

Představenstvo

V červnu 2016 portál oznámil své zakládající představenstvo[14] včetně Mark Bunnage (Vertex), Aled Edwards (SGC), Yung Lie (Damon Runyon Cancer Research Foundation), Herbert Waldmann (Max Planck Institute of Molecular Physiology), Tim Willson (SGC UNC) a Paul Workman (ICR).

Vědecká poradní rada

SAB,[15] byla vytvořena mezinárodní sbírka odborníků z oblasti léčivé chemie, farmakologie a chemické biologie, která portálu poskytuje odborné rady. SAB posuzuje předložené chemické sondy a vydává doporučení pro jejich použití. Kromě zvažování chemických sond členové SAB také poskytují strategické a vědecké rady zaměstnancům portálu, aby pomohli zajistit, že portál zůstane v souladu s vědeckou komunitou a jejími potřebami. Portál vydal otevřenou výzvu pro nové členy SAB, aby se připojili k úsilí v květnu 2016, která zůstane otevřená, dokud SAB nedosáhne svého cílového členství.

Postupy

Portál se rozhodl pro odborný proces vzájemného hodnocení[16] prověřit a hodnotit chemické sondy. Klíčem k tomuto procesu je portál SAB, který představuje globální komunitu a různá profesionální prostředí (např., farmaceutika, biotechnologie, klinická centra nebo akademická obec). Tito odborníci přinášejí portálu různé zkušenosti a odborné znalosti, aby mu pomohli poskytovat vyvážené rady vědcům, kteří chtějí ve svých experimentech používat chemické sondy, aniž by se sami stali odborníky na chemické sondy.

Proces kontroly portálu zahrnuje tři hlavní kroky: 1) odeslání sondy, 2) třídění, 3) kontrola a zveřejnění. V prvním kroku mohou vědci, kteří vytvořili a publikovali chemické sondy, předložit své sondy ke zvážení. Zpočátku portál může přijímat podání pouze pro sondy, které byly publikovány.

Zaměstnanci portálu berou v úvahu dokončená odeslání sondy, aby zjistili, zda jsou způsobilí k přezkoumání. Zaslání musí splňovat tři kritéria, aby si SAB zasloužila pozornost: 1) sonda je publikována, 2) byla uložena do veřejné databáze, jako je PubChem (Portál nyní může ukládat odeslané sondy do PubChem jménem svých uživatelů) a 3) existují data podporující jeho ověření v buňce a / nebo in vivo modelový systém. Sondy, které nesplňují tato kritéria, se neposílají SAB ke kontrole, ale jsou uchovány v databázi. Sondy, které splňují všechna tři kritéria, jsou přezkoumány.

Členové SAB kontrolují každé odeslání sondy, včetně publikace, která sondu hlásí, a hodnotí sondu pro její použití v buněčných a / nebo in vivo modelové systémy (např., myši). Sondy jsou hodnoceny pro použití v těchto dvou typech systémů nezávisle, což znamená, že není nutné, aby byla sonda validována pro použití v modelových organismech, aby mohla být brána v úvahu a schválena portálem. Portál nemá přísně definovaná kritéria, která by se promítla do podpory portálu. Při hodnocení kvality sondy se portál spíše spoléhá na své odborníky, jejich zkušenosti a znalosti konkrétních proteinových cílů. Členové SAB mohou komentovat každou sondu a poskytovat uživatelům pokyny, aby se ujistili, že pochopí silné a slabé stránky sondy, než ji použijí.

Sondy jsou publikovány na portálu spolu se zvýrazněním údajů o ověření sondy a trvá několik týdnů, než se objeví hodnocení SAB (označené 0 až 4 hvězdičkami). Stránky sondy také obsahují komentáře SAB a odkazy na související databáze nebo zdroje (např., deníky), kde lze najít další informace. Sondy musí získat v průměru 3 hvězdičky, aby získaly potvrzení od portálu.

Reference

  1. ^ Arrowsmith CH, Audia JE, Austin C, Baell J, Bennett J, Blagg J a kol. (Srpen 2015). „Slib a nebezpečí chemických sond“. Přírodní chemická biologie. 11 (8): 536–41. doi:10.1038 / nchembio.1867. PMC  4706458. PMID  26196764.
  2. ^ Frye SV (březen 2010). "Umění chemické sondy". Přírodní chemická biologie. 6 (3): 159–161. doi:10.1038 / nchembio.296. PMID  20154659.
  3. ^ Workman P, Collins I (červen 2010). „Probing the probes: fitness factors for small molecule tools“. Chemie a biologie. 17 (6): 561–77. doi:10.1016 / j.chembiol.2010.05.013. PMC  2905514. PMID  20609406.
  4. ^ Bunnage ME, Chekler EL, Jones LH (duben 2013). Msgstr "Validace cíle pomocí chemických sond". Přírodní chemická biologie. 9 (4): 195–9. doi:10.1038 / nchembio.1197. PMID  23508172.
  5. ^ Kleiman RJ, MD Ehlers (leden 2016). „Mezery v údajích omezují translační potenciál preklinického výzkumu“. Science Translational Medicine. 8 (320): 320ps1. doi:10.1126 / scitranslmed.aac9888. PMID  26738793.
  6. ^ Arrowsmith CH, Audia JE, Austin C, Baell J, Bennett J, Blagg J a kol. (2015). „Slib a nebezpečí chemických sond“. Přírodní chemická biologie. 11 (8): 536–41. doi:10.1038 / nchembio.1867. PMC  4706458. PMID  26196764.
  7. ^ Freedman LP, Cockburn IM, Simcoe TS (červen 2015). „Ekonomika reprodukovatelnosti v preklinickém výzkumu“. Biologie PLoS. 13 (6): e1002165. doi:10.1371 / journal.pbio.1002165. PMC  4461318. PMID  26057340.
  8. ^ Scott AR (květen 2016). "Chemické sondy: Sdílená sada nástrojů". Příroda. 533 (7602): S60-1. doi:10.1038 / 533S60a. PMID  27167393.
  9. ^ Steinmark IE. „Expert wiki k odhalení nekvalitních chemických sond“. Chemický svět. Citováno 28. června 2016.
  10. ^ Erlanson D. „Představujeme portál chemických sond“. Praktické fragmenty. Citováno 28. června 2016.
  11. ^ „Portál chemických sond“. Laboratorní zprávy. Srpna 2015.
  12. ^ Dělník P. „Zajištění biomedicínského výzkumu je zlatým standardem - díky lepšímu využití chemických sond“. Blog Drug Discoverer. Citováno 28. června 2016.
  13. ^ „Wiki, Wiki, Wiki - pro chemické sondy“. Kolaborativní chemie. Citováno 28. června 2016.
  14. ^ „Portál chemických sond oznamuje své představenstvo - chemické sondy“.
  15. ^ „Vědecká poradní rada - chemické sondy“.
  16. ^ „Výdělek na portálu - chemické sondy“.

externí odkazy