StarBase (databáze) - StarBase (database)
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | mikroRNA -mRNA interakční mapy z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Univerzita Sun Yat-sen |
| Laboratoř | Klíčová laboratoř genového inženýrství ministerstva školství |
| Autoři | Jian-Hua Yang |
| Primární citace | Yang a spol. (2011)[1] |
| Datum vydání | 2010 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://starbase.sysu.edu.cn/ |
StarBase je databáze pro dekódování miRNA -mRNA, miRNA-lncRNA, miRNA -sncRNA, miRNA-cirRNA, miRNA-pseudogen, protein-lncRNA interakce protein-ncRNA, protein-mRNA a sítě ceRNA z CLIP-sekv (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) a degradome sekvenování data.[1][2] starBase poskytuje webové nástroje miRFunction a ceRNAFunction k predikci funkce ncRNA (miRNA, lncRNA, pseudogeny) a genů kódujících proteiny z miRNA a regulační sítě ceRNA.
starBase také vyvinul platformu pro analýzu rakoviny, aby ji dešifroval Analýza Pan-Cancer Sítě lncRNA, miRNA, ceRNA a proteiny vázající RNA (RBP) těžbou klinických a expresních profilů 14 typů rakoviny (> 6000 vzorků) z Atlas rakovinového genomu (TCGA) Datový portál.
Viz také
Reference
- ^ A b Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (leden 2011). „starBase: databáze pro zkoumání map interakcí microRNA-mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D202-9. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC 3013664. PMID 21037263.
- ^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1. prosince 2013). „starBase v2.0: dekódování miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA a protein-RNA interakčních sítí z rozsáhlých dat CLIP-Seq“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (1): D92-7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC 3964941. PMID 24297251.
externí odkazy
 | Tento Biologická databáze související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |