Sinorhizobium - Sinorhizobium

Sinorhizobium
Sinorhizobium fredii kmen USDA257 na TY agaru (čistý) .JPG
Sinorhizobium fredii kmen USDA257 na an agarový talíř.
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Alphaproteobacteria
Objednat:
Rhizobiales
Rodina:
Rhizobiaceae
Rod:
Sinorhizobium/Ensifer

Chen et al. 1988 / Casida 1982
Zadejte druh
Sinorhizobium fredii/Ensifer adhaerens
Druh[17][18][19][20]

Sinorhizobium/Ensifer je rod fixace dusíkem bakterie (rhizobia ), z nichž tři (Sinorhizobium meliloti,[21][22] Sinorhizobium medicae[23] a Sinorhizobium fredii[24][25]) byly seřazeny.

Etymologie

Sinorhizobium je kombinací Středověká latina sino (což znamená „Čína“), řecký rhizo (což znamená "root") a Nová latina bios (což znamená „život“). Obecný název tedy znamená „bakterii žijící v kořenu v Číně“.[17][8] Druhý název pochází z nového latinského výrazu ensifer, což znamená „nositel meče“ nebo „nositel meče“.[3]

Správné jméno

Název Ensifer byla zveřejněna v roce 1982 a název Sinorhizobium byla zveřejněna v roce 1988. Podle pravidel Bakteriologického kodexu (Revize 1990) Mezinárodního výboru pro systematiku prokaryot (ICSP) je starší název (Ensifer) má prioritu.[26] V reakci na žádost, aby byl jediný existující druh Ensifer (Ensifer adhaerens ) být přesunut do Sinorhizobium, byl za účelem vyhodnocení žádosti vytvořen zvláštní podvýbor ICSP. To bylo nakonec rozhodnuto Ensifer zachována priorita a to vše Sinorhizobium druhy se přenesou do rodu Ensifer.[27][28] Oba termíny se však nadále používají v publikované vědecké literatuře s Sinorhizobium je častější.[29]

Zastaralé druhy

Byly popsány dva druhy, které byly od té doby překlasifikovány na existující druhy: Sinorhizobium morelense (Nyní Ensifer adhaerens)[26][30] a Sinorhizobium xinjiangense (Nyní Sinorhizobium fredii[31][32]- ačkoli nějaký nesouhlas existuje[15][33]).

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN) [17][18] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)[34]a fylogeneze je založena na uvolňování 106 LTP na bázi 16S rRNA 106 o Projekt All-Species Living Tree [35]

 
 
 
 
 
 
 

Ensifer mexicanus Lloret et al. 2011

 
 

Sinorhizobium terangae De Lajudie et al. 1994

 
 
 

Sinorhizobium saheli De Lajudie et al. 1994

 
 
 

Sinorhizobium kostiensis Nicku et al. 1999

 
 
 

Sinorhizobium kummerowiae Wei et al. 2002

 
 
 

Sinorhizobium fredii (Scholla a Elkan 1984) Chen et al. 1988[36]

 
 

Sinorhizobium americanum korigovat. Toledo et al. 2004

 
 
 
 

Sinorhizobium arboris Nicku et al. 1999

 
 

Ensifer garamanticus Merabet et al. 2010

 
 
 

Sinorhizobium meliloti (Dangeard 1926) De Lajudie et al. 1994

 
 

Ensifer numidicus Merabet et al. 2010

 
 
 
 

Ensifer adhaerens Casida 1982[36]

 
 

Reference

  1. ^ A b Ogasawara M, Suzuki T, Mutoh I, Annapurna K, Arora NK, Nishimura Y, Maheshwari DK (2003). "Sinorhizobium indiaense sp. listopad. a Sinorhizobium abri sp. listopad. izolované z tropických luštěnin, Sesbania rostrata a Abrus safetytorius"." Symbióza. 34 (1): 53–68.
  2. ^ A b Protože do mezinárodních kulturních sbírek nebyly předloženy žádné typy kmenů, nejsou tyto kmeny v současnosti uznávány jako platné druhy.
  3. ^ A b Casida LE (1982). "Ensifer adhaerens gen. nov., sp. listopad: Bakteriální predátor bakterií v půdě ". Int J Syst Bacteriol. 32 (3): 339–345. doi:10.1099/00207713-32-3-339. Archivovány od originál dne 2012-07-12.
  4. ^ Toledo I, Lloret L, Martínez-Romero E (březen 2003). "Sinorhizobium americanus sp. nov., nový Sinorhizobium druh nodulační nativní Akácie spp. v Mexiku". Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 26 (1): 54–64. doi:10.1078/072320203322337317. PMID  12747410.
  5. ^ A b Nick G, de Lajudie P, Eardly BD, Suomalainen S, Paulin L, Zhang X, Gillis M, Lindström K (říjen 1999). "Sinorhizobium arboris sp. listopad. a Sinorhizobium kostiense sp. nov., izolovaný od luštěnin v Súdánu a Keni ". International Journal of Systematic Bacteriology. 49 (Pt. 4): 1359–68. doi:10.1099/00207713-49-4-1359. PMID  10555313.
  6. ^ Le Quéré A, Tak N, Gehlot HS, Lavire C, Meyer T, Chapulliot D, Rathi S, Sakrouhi I, Rocha G, Rohmer M, Severac D (2017). "Genomická charakterizace Ensifer aridi, navrhovaný nový druh rhizobia vázajícího dusík získaného z asijských, afrických a amerických pouští “. BMC Genomics. 18 (1): 85. doi:10.1186 / s12864-016-3447-r. PMC  5237526. PMID  28088165.
  7. ^ Rincón-Rosales R, Lloret L, Ponce E, Martínez-Romero E (leden 2009). "Rhizobia s různou symbiotickou účinností nodulovat Acaciella angustissima v Mexiku, včetně Sinorhizobium chiapanecum sp. listopad. který má společné symbiotické geny s Sinorhizobium mexicanum". Ekologie mikrobiologie FEMS. 67 (1): 103–17. doi:10.1111 / j.1574-6941.2008.00590.x. PMC  2784085. PMID  19120461.
  8. ^ A b Chen WX, Yan GH, Li JL (1988). „Numerická taxonomická studie rychle rostoucí rhizobie sóji a návrh, který Rhizobium fredii být přiřazen Sinorhizobium gen. listopad". Int J Syst Bacteriol. 38 (4): 392–397. doi:10.1099/00207713-38-4-392. Archivovány od originál dne 03.05.2013.
  9. ^ A b Yan H, Yan J, Sui XH, Wang ET, Chen WX, Zhang XX, Chen WF (duben 2016). "Ensifer glycinis sp. nov., nový rhizobiální druh spojený s Glycin spp ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (Pt 3): 2910–6. doi:10.1099 / ijsem.0.001120. PMID  27125987.
  10. ^ Merabet C, Martens M, Mahdhi M, Zakhia F, Sy A, Le Roux C, Domergue O, Coopman R, Bekki A, Mars M, Willems A, de Lajudie P (březen 2010). "Multilokusová sekvenční analýza izolátů kořenových uzlin z Lotus arabicus (Senegal), Lotus creticus, Argyrolobium uniflorum a Medicago sativa (Tunisko) a popis Ensifer numidicus sp. listopad. a Ensifer garamanticus sp. listopad". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (Pt 3): 664–74. doi:10.1099 / ijs.0.012088-0. PMID  19656922.
  11. ^ Wei GH, Wang ET, Tan ZY, Zhu ME, Chen WX (listopad 2002). "Rhizobium indigoferae sp. listopad. a Sinorhizobium kummerowiae sp. listopadu, respektive izolován od Indigofera spp. a Kummerowia stipulacea". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 6): 2231–9. doi:10.1099/00207713-52-6-2231. PMID  12508892.
  12. ^ Rome S, Fernandez MP, Brunel B, Normand P, Cleyet-Marel JC (říjen 1996). "Sinorhizobium medicae sp. listopadu, izolovaný od ročního Medicago spp ". International Journal of Systematic Bacteriology. 46 (4): 972–80. doi:10.1099/00207713-46-4-972. PMID  8863426.
  13. ^ A b C de Lajudie P, Willems A, Pot B, Dewettinck D, Maestrojuan G, Neyra M, Collins MD, Dreyfus B, Kersters K, Gillis M (1994). „Polyfázická taxonomie rhizobie: Emendace rodu Sinorhizobium a popis Sinorhizobium meliloti Hřeben. listopad., Sinorhizobium saheli sp. listopadu a Sinorhizobium teranga sp. listopad". Int J Syst Bacteriol. 44 (4): 715–733. doi:10.1099/00207713-44-4-715. Archivovány od originál dne 2008-08-29. Citováno 2009-09-01.
  14. ^ Lloret L, Ormeño-Orrillo E, Rincón R, Martínez-Romero J, Rogel-Hernández MA, Martínez-Romero E (červen 2007). "Ensifer mexicanus sp. listopad. nový druh nodulační Acacia angustissima (Mill.) Kuntze v Mexiku “. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 30 (4): 280–90. doi:10.1016 / j.syapm.2006.12.002. PMID  17293074.
  15. ^ A b C Wang YC, Wang F, Hou BC, Wang ET, Chen WF, Sui XH, Chen WX, Li Y, Zhang YB (říjen 2013). "Návrh Ensifer psoraleae sp. listopad., Ensifer sesbaniae sp. listopad., Ensifer morelense Hřeben. listopad. a Ensifer americanum Hřeben. listopad". Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 36 (7): 467–73. doi:10.1016 / j.syapm.2013.05.001. PMID  23759600.
  16. ^ Li QQ, Wang ET, Chang YL, Zhang YZ, Zhang YM, Sui XH, Chen WF, Chen WX (srpen 2011). "Ensifer sojae sp. nov., izolovaný z kořenových uzlíků Glycine max pěstovaných v solně alkalických půdách “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61 (Pt 8): 1981–8. doi:10.1099 / ijs.0.025049-0. PMID  20851917.
  17. ^ A b C Euzéby JP. "Sinorhizobium". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2012-05-02.
  18. ^ A b Euzéby JP. "Ensifer". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2012-05-02.
  19. ^ Balkwill DL (2005). "Ensifer Casida 1982, 343VP". V Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Volume Two: The Proteobacteria, Part C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria. New York, New York: Springer. str.354–361. doi:10.1007/0-387-29298-5_87. ISBN  978-0-387-24145-6.
  20. ^ Kuykendall LD, Hashem FM, Wang ET (2005). "Sinorhizobium Chen, Yan a Li 1988b, 396VP opravit. de Lajudie, Willems, Pot, Dewettinck, Maestrojuan, Neyra, Collins, Dreyfus, Kersters and Gillis 1994, 732 ". V Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Volume Two: The Proteobacteria, Part C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria. New York, New York: Springer. str.358–361. doi:10.1007/0-387-29298-5_88. ISBN  978-0-387-24145-6.
  21. ^ Galibert F, Finan TM, Long SR, Puhler A, Abola P, Ampe F a kol. (Červenec 2001). „Složený genom luštěnin symbiont Sinorhizobium meliloti". Věda. 293 (5530): 668–72. doi:10.1126 / science.1060966. PMID  11474104.
  22. ^ „Stránka genomu NCBI pro Sinorhizobium meliloti". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).
  23. ^ „Stránka genomu NCBI pro Sinorhizobium medicae". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).
  24. ^ Schmeisser C, Liesegang H, Krysciak D, Bakkou N, Le Quéré A, Wollherr A, Heinemeyer I, Morgenstern B, Pommerening-Röser A, Flores M, Palacios R, Brenner S, Gottschalk G, Schmitz RA, Broughton WJ, Perret X , Strittmatter AW, Streit WR (červen 2009). "Rhizobium sp. kmen NGR234 má pozoruhodné množství sekrečních systémů ". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 75 (12): 4035–45. doi:10.1128 / AEM.00515-09. PMC  2698369. PMID  19376903.
  25. ^ „Stránka genomu NCBI pro Sinorhizobium fredii". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).
  26. ^ A b Mladý JM (listopad 2003). „Jméno rodu Ensifer Casida 1982 má přednost Sinorhizobium Chen a kol. 1988 a Sinorhizobium morelense Wang a kol. 2002 je pozdější synonymum Ensifer adhaerens Casida 1982. Je kombinace "Sinorhizobium adhaerens"(Casida 1982) Willems et al. 2003 legitimní? Žádost o stanovisko ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 6): 2107–10. doi:10.1099 / ijs.0.02665-0. PMID  14657154.
  27. ^ Lindström K, Martínez-Romero ME (2002). "Mezinárodní výbor pro systematiku prokaryot Podvýbor pro taxonomii Agrobacterium a Rhizobium. Zápis ze schůze, 4. července 2001, Hamilton, Kanada “ (PDF). Int J Syst Bacteriol. 52 (6): 2337. doi:10.1099 / ijs.0.02524-0. Archivovány od originál (PDF) dne 29. září 2007. Citováno 6. srpna 2009.
  28. ^ Soudní komise Mezinárodního výboru pro systematiku prokaryot (srpen 2008). „Rodové jméno Sinorhizobium Chen a kol. 1988 je pozdější synonymum Ensifer Casida 1982 a není zachováno nad posledně jmenovaným rodem a druhové jméno„ Sinorhizobium adhaerens “není platně zveřejněno. Stanovisko 84“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (Pt 8): 1973. doi:10.1099 / ijs.0.2008 / 005991-0. PMID  18676490.
  29. ^ Mladý JPW. (9. února 2013). „Rhizobium: Psaní o bakteriích a jejich genomech“. WordPress.
  30. ^ Wang ET, Tan ZY, Willems A, Fernández-López M, Reinhold-Hurek B, Martínez-Romero E (září 2002). "Sinorhizobium morelense sp. nov., a Leucaena leucocephala- asociovaná bakterie, která je vysoce rezistentní vůči více antibiotikům “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 5): 1687–1993. doi:10.1099 / ijs.0.01954-0. hdl:10261/109835. PMID  12361275.
  31. ^ Peng GX, Tan ZY, Wang ET, Reinhold-Hurek B, Chen WF, Chen WX (březen 2002). "Identifikace izolátů ze sójových uzlíků v oblasti Sin-ťiang jako Sinorhizobium xinjiangense a genetická diferenciace S. xinjiangense z Sinorhizobium fredii". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 2): 457–62. doi:10.1099/00207713-52-2-457. PMID  11931157.
  32. ^ Martens M, Dawyndt P, Coopman R, Gillis M, De Vos P, Willems A (leden 2008). „Výhody multilokusové sekvenční analýzy pro taxonomické studie: případová studie využívající 10 genů pro úklid v rodu Ensifer (včetně bývalých Sinorhizobium)". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (Pt 1): 200–14. doi:10.1099 / ijs.0.65392-0. PMID  18175710.
  33. ^ Martens M, Delaere M, Coopman R, De Vos P, Gillis M, Willems A (březen 2007). "Multilokusová sekvenční analýza Ensifer a související taxony ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (Pt 3): 489–503. doi:10.1099 / ijs.0.64344-0. PMID  17329774.
  34. ^ "Sinorhizobium/Ensifer skupina". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2012-05-02.
  35. ^ Projekt All-Species Living Tree.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2012-05-02.
  36. ^ A b Jedná se o druhy typu pro rod, podle toho, který název rodu je preferován.