Rhizobiaceae - Rhizobiaceae
Rhizobiaceae | |
---|---|
![]() | |
Agrobacterium tumefaciens protože začíná infikovat mrkev | |
Vědecká klasifikace ![]() | |
Doména: | Bakterie |
Kmen: | Proteobakterie |
Třída: | Alphaproteobacteria |
Objednat: | Rhizobiales |
Rodina: | Rhizobiaceae Conn 1938 |
Rody[3] | |
|
The Rhizobiaceae je rodina proteobakterie zahrnující několik podskupin, které zlepšují a brání rozvoji rostlin.[4] Některé bakterie nalezené v rodině se používají k výživě rostlin a společně tvoří rhizobia. Jiné bakterie jako např Agrobacterium tumefaciens a A. rhizogenes výrazně ovlivňují vývoj rostlin v jejich schopnosti vyvolat korunní hálky nebo chlupaté kořeny na stonku.[4] Tato rodina byla po staletí předmětem zájmu vědců o jejich schopnost sdružovat se s rostlinami a ovlivňovat vývoj rostlin.[4] Rhizobiaceae jsou, stejně jako všechny proteobakterie, Gramnegativní. Oni jsou aerobní a buňky mají obvykle tyčkovitý tvar.[5] Mnoho druhů Rhizobiaceae je diazotrofy které jsou schopny opravit dusík a jsou symbiotický s kořeny rostlin.
Vztah k Agrobacterium
Agrobacterium byl uznán jako vztahující se k Rhizobium.[6] Důkazy podporující asociaci byly provedeny fylogentickými závěry založenými na analýzách sekvencí 16S rDNA, které ukazují, že rody nelze odlišit jako samostatné monofyletické kmeny.[6]
Problematika Agrobacterium a další rody zařazené do Rhizobium ještě není osídleno, protože některé novější fylogenetické údaje naznačují, že subklady lze stále vytvářet.[7][8]
Fylogeneze
Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)[3] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI),[9]a fylogeneze je založena na 16S rRNA uvolňování LTP 106 o Projekt All-Species Living Tree [10]
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reference
- ^ A b Mousavi SA, Willems A, Nesme X, de Lajudie P, Lindström K (2015). "Revidovaná fylogeneze rhizobiaceae: návrh vymezení Pararhizobium gen. listopadu a 13 nových kombinací druhů ". Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. doi:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID 25595870.
- ^ Kimes NE, López-Pérez M, Flores-Félix JD, Ramírez-Bahena MH, Igual JM, Peix A, Rodriguez-Valera F, Velázquez E (2015). "Pseudorhizobium pelagicum gen. nov., sp. listopad. izolován od pelagické středomořské zóny “. Syst Appl Microbiol. 38 (5): 293–299. doi:10.1016 / j.syapm.2015.05.003. PMID 26078205.
- ^ A b J.P.Euzéby. "Proteobacteria (přejděte dolů na Rhizobiaceae)". LPSN. Archivovány od originál dne 27.01.2013. Citováno 2012-05-02.
- ^ A b C Spaink, Herman P .; Kondorosi, Adam; Hooykaas, Paul (06.12.2012). Rhizobiaceae: Molekulární biologie modelových bakterií spojených s rostlinami. Springer Science & Business Media. ISBN 9789401150606.
- ^ Garrity, George M .; Brenner, Don J .; Krieg, Noel R .; Staley, James T. (eds.) (2005). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Volume Two: The Proteobacteria, Part C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria. New York, New York: Springer. ISBN 978-0-387-24145-6.
- ^ A b Young, J. M .; Kuykendall, L. D .; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Sawada, H. (01.01.2003). „Klasifikace a nomenklatura Agrobacterium a Rhizobium - odpověď na Farrand et al. (2003)“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (5): 1689–1695. doi:10.1099 / ijs.0.02762-0. PMID 13130069.
- ^ Mousavi SA, Österman J, Wahlberg N, Nesme X, Lavire C, Vial L, Paulin L, de Lajudie P, Lindström K (2014). "Fylogeneze Rhizobium–Allorhizobium–Agrobacterium clade podporuje vymezení Neorhizobium gen. listopad". Syst Appl Microbiol. 37 (3): 208–15. doi:10.1016 / j.syapm.2013.12.007. PMID 24581678.
- ^ Mousavi SA, Willems A, Nesme X, de Lajudie P, Lindström K (2015). "Revidovaná fylogeneze rhizobiaceae: návrh vymezení Pararhizobium gen. listopadu a 13 nových druhů kombinací ". Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. doi:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID 25595870.
- ^ Sayers; et al. "Rhizobiaceae". Databáze taxonomie NCBI. Citováno 2012-05-02.
- ^ Projekt All-Species Living Tree.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). SILVA RDB. Citováno 2012-05-02.
- ^ A b C d E F Toto je druh druhu pro rod.
- ^ A b C d E F Druhy nalezené v rodech Aurantimonas, Aureimonas, Fulvimarina, a Martelella všechny jsou v současné době zařazeny do Aurantimonadaceae.
- ^ A b C Druh rodu Aureimonas byly dříve zařazeny do rodu Aurantimonas.
- ^ A b C Tyto druhy byly dříve zařazeny do rodu Agrobacterium.
- ^ Beijerinckia fluminensis je v současné době zařazen do Beijerinckiaceae.
- ^ To zahrnuje Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend 1907) Conn 1942.
- ^ Blastobacter capsulatus je v současné době zařazen do Bradyrhizobiaceae.
- ^ A b C d E F G Tyto druhy byly dříve zařazeny do rodu Sinorhizobium.
- ^ Arthrobacter viscosus je v současné době zařazen do Micrococcaceae. Vidět Arthrobacter.