Rhizobiaceae - Rhizobiaceae

Rhizobiaceae
Agrobacterium-tumefaciens.png
Agrobacterium tumefaciens protože začíná infikovat mrkev
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Kmen:Proteobakterie
Třída:Alphaproteobacteria
Objednat:Rhizobiales
Rodina:Rhizobiaceae
Conn 1938
Rody[3]

The Rhizobiaceae je rodina proteobakterie zahrnující několik podskupin, které zlepšují a brání rozvoji rostlin.[4] Některé bakterie nalezené v rodině se používají k výživě rostlin a společně tvoří rhizobia. Jiné bakterie jako např Agrobacterium tumefaciens a A. rhizogenes výrazně ovlivňují vývoj rostlin v jejich schopnosti vyvolat korunní hálky nebo chlupaté kořeny na stonku.[4] Tato rodina byla po staletí předmětem zájmu vědců o jejich schopnost sdružovat se s rostlinami a ovlivňovat vývoj rostlin.[4] Rhizobiaceae jsou, stejně jako všechny proteobakterie, Gramnegativní. Oni jsou aerobní a buňky mají obvykle tyčkovitý tvar.[5] Mnoho druhů Rhizobiaceae je diazotrofy které jsou schopny opravit dusík a jsou symbiotický s kořeny rostlin.

Vztah k Agrobacterium

Agrobacterium byl uznán jako vztahující se k Rhizobium.[6] Důkazy podporující asociaci byly provedeny fylogentickými závěry založenými na analýzách sekvencí 16S rDNA, které ukazují, že rody nelze odlišit jako samostatné monofyletické kmeny.[6]

Problematika Agrobacterium a další rody zařazené do Rhizobium ještě není osídleno, protože některé novější fylogenetické údaje naznačují, že subklady lze stále vytvářet.[7][8]

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)[3] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI),[9]a fylogeneze je založena na 16S rRNA uvolňování LTP 106 o Projekt All-Species Living Tree [10]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Rhizobium lusitanum Valverde et al. 2006

 
 

Rhizobium rhizogenes (Riker et al. 1930) Mladý et al. 2001[14]

 
 

Agrobacterium rubi Hildebrand 1940

 
 
 
 

Rhizobium multihospitium Han et al. 2008

 
 

Rhizobium tropici Martínez-Romero et al. 1991

 
 
 

Rhizobium miluonense Gu et al. 2008

 
 
 
 

Rhizobium leguminosarum (Frank 1879) Frank 1889 (Schválené seznamy 1980) opravit. Ramírez-Bahena et al. 2008[11]

 
 
 
 
 

Rhizobium endophyticum López-López et al. 2011

 
 

Rhizobium tibeticum Hou et al. 2009

 
 
 

Rhizobium etli Segovia et al. 1993

 
 
 
 

Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al. 2008

 
 
 

Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 (schválené seznamy 1980) opravit. Ramírez-Bahena et al. 2008

 
 

Rhizobium fabae Tian et al. 2008

 
 
 

Rhizobium hainanense Chen et al. 1997

 
 
 
 

Arthrobacter viscosus Gasdorf et al. 1965[19]

 
 

Rhizobium alamii Berge et al. 2009

 
 

Rhizobium mesosinicum Lin et al. 2009

 
 
 
 

Rhizobium sullae Squartini et al. 2002

 
 
 

Rhizobium indigoferae Wei et al. 2002

 
 
 

Rhizobium gallicum Amarger et al. 1997

 
 

Rhizobium yanglingense Opálení et al. 2001

 
 
 

Rhizobium mongolense Van Berkum et al. 1998

 
 

Rhizobium oryzae Peng et al. 2008

 
 
 

Rhizobium loessense Wei et al. 2003

 
 
 

Rhizobium tubonense Zhang et al. 2011

 
 
 
 
 
 

Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al. 2007

 
 

Rhizobium soli Yoon et al. 2010

 
 
 
 

Neorhizobium galegae Lindström 1989

 
 

Neorhizobium vignae Ren et al. 2011

 
 
 
 

Neorhizobium huautlense Wang et al. 1998

 
 

Neorhizobium alkalisoli Lu et al. 2009

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Aureimonas altamirensis (Jurado et al. 2006) Rathsack et al. 2011[11][12][13]

 
 

Aureimonas frigidaquae (Kim et al. 2008) Rathsack et al. 2011[12][13]

 
 
 

Aureimonas ureilytica (Weon et al. 2007) Rathsack et al. 2011[12][13]

 
 
 

Aurantimonas coralicida Denner et al. 2003 opravit. Rathsack et al. 2011.[11][12]

 
 
 

Fulvimarina pelagi Cho a Giovannoni 2003 opravit. Rathsack et al. 2011[11][12]

 
 
 

Martelella mediterranea Rivas a kol. 2005[11][12]

 
 
 

Allorhizobium undicola (de Lajudie et al. 1998) Mladý et al. 2001[14]

 
 
 

Allorhizobium vitis (Ophel a Kerr 1990) Young et al. 2001[14]

 
 
 
 

Allorhizobium borbori Zhang et al. 2011

 
 
 
 
 
 

Beijerinckia fluminensis Döbereiner a Ruschel 1958[15]

 
 

Agrobacterium larrymoorei Bouzar a Jones 2001

 
 
 

Agrobacterium radiobacter Beijerinck a van Delden 1902[16]

 
 
 
 

Rhizobium selenitireducens korigovat. lovec et al. 2008

 
 

Rhizobium rosettiformans Kaur et al. 2011

 
 
 
 
 

Rhizobium daejeonense Quan et al. 2005

 
 
 
 
 

Rhizobium aggregatum (Hirsch a Müller 1986) Kaur et al. 2011

 
 

Pararhizobium capsulatum Hirsch a Müller 1986[17]

 
 
 

Pararhizobium giardinii Amarger et al. 1997

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Ensifer mexicanus Lloret et al. 2011

 
 

Ensifer terangae (De Lajudie et al. 1994) Mladý 2003[18]

 
 
 

Ensifer saheli (De Lajudie et al. 1994) Mladý 2003[18]

 
 
 

Ensifer kostiensis (Nick et al. 1999) Young 2003[18]

 
 
 

Ensifer kummerowiae (Wei et al. 2002) Young 2003[18]

 
 
 

Ensifer fredii (Scholla a Elkan 1984) Young 2003[18]

 
 

Sinorhizobium americanum korigovat. Toledo et al. 2004

 
 
 
 

Ensifer arboris (Nick et al. 1999) Young 2003[18]

 
 

Ensifer garamanticus Merabet et al. 2010

 
 
 

Ensifer meliloti (Dangeard 1926) Young 2003[18]

 
 

Ensifer numidicus Merabet et al. 2010

 
 
 
 

Ensifer adhaerens Casida 1982[11]

 
 
 

Reference

  1. ^ A b Mousavi SA, Willems A, Nesme X, de Lajudie P, Lindström K (2015). "Revidovaná fylogeneze rhizobiaceae: návrh vymezení Pararhizobium gen. listopadu a 13 nových kombinací druhů ". Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. doi:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID  25595870.
  2. ^ Kimes NE, López-Pérez M, Flores-Félix JD, Ramírez-Bahena MH, Igual JM, Peix A, Rodriguez-Valera F, Velázquez E (2015). "Pseudorhizobium pelagicum gen. nov., sp. listopad. izolován od pelagické středomořské zóny “. Syst Appl Microbiol. 38 (5): 293–299. doi:10.1016 / j.syapm.2015.05.003. PMID  26078205.
  3. ^ A b J.P.Euzéby. "Proteobacteria (přejděte dolů na Rhizobiaceae)". LPSN. Archivovány od originál dne 27.01.2013. Citováno 2012-05-02.
  4. ^ A b C Spaink, Herman P .; Kondorosi, Adam; Hooykaas, Paul (06.12.2012). Rhizobiaceae: Molekulární biologie modelových bakterií spojených s rostlinami. Springer Science & Business Media. ISBN  9789401150606.
  5. ^ Garrity, George M .; Brenner, Don J .; Krieg, Noel R .; Staley, James T. (eds.) (2005). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Volume Two: The Proteobacteria, Part C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria. New York, New York: Springer. ISBN  978-0-387-24145-6.
  6. ^ A b Young, J. M .; Kuykendall, L. D .; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Sawada, H. (01.01.2003). „Klasifikace a nomenklatura Agrobacterium a Rhizobium - odpověď na Farrand et al. (2003)“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (5): 1689–1695. doi:10.1099 / ijs.0.02762-0. PMID  13130069.
  7. ^ Mousavi SA, Österman J, Wahlberg N, Nesme X, Lavire C, Vial L, Paulin L, de Lajudie P, Lindström K (2014). "Fylogeneze Rhizobium–Allorhizobium–Agrobacterium clade podporuje vymezení Neorhizobium gen. listopad". Syst Appl Microbiol. 37 (3): 208–15. doi:10.1016 / j.syapm.2013.12.007. PMID  24581678.
  8. ^ Mousavi SA, Willems A, Nesme X, de Lajudie P, Lindström K (2015). "Revidovaná fylogeneze rhizobiaceae: návrh vymezení Pararhizobium gen. listopadu a 13 nových druhů kombinací ". Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. doi:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID  25595870.
  9. ^ Sayers; et al. "Rhizobiaceae". Databáze taxonomie NCBI. Citováno 2012-05-02.
  10. ^ Projekt All-Species Living Tree.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). SILVA RDB. Citováno 2012-05-02.
  11. ^ A b C d E F Toto je druh druhu pro rod.
  12. ^ A b C d E F Druhy nalezené v rodech Aurantimonas, Aureimonas, Fulvimarina, a Martelella všechny jsou v současné době zařazeny do Aurantimonadaceae.
  13. ^ A b C Druh rodu Aureimonas byly dříve zařazeny do rodu Aurantimonas.
  14. ^ A b C Tyto druhy byly dříve zařazeny do rodu Agrobacterium.
  15. ^ Beijerinckia fluminensis je v současné době zařazen do Beijerinckiaceae.
  16. ^ To zahrnuje Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend 1907) Conn 1942.
  17. ^ Blastobacter capsulatus je v současné době zařazen do Bradyrhizobiaceae.
  18. ^ A b C d E F G Tyto druhy byly dříve zařazeny do rodu Sinorhizobium.
  19. ^ Arthrobacter viscosus je v současné době zařazen do Micrococcaceae. Vidět Arthrobacter.