Sib RNA - Sib RNA
| Sib RNA | |
|---|---|
 Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence z QUAD | |
| Identifikátory | |
| Symbol | ČTYŘ |
| Alt. Symboly | Sib RNA, QUAD RNA |
| Rfam | RF00113 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen; sRNA |
| Domény | Bakterie |
| TAK | SO: 0000655 |
| PDB struktur | PDBe |
| Toxin Ibs toxin-antitoxinový systém typu I. | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Ibs_toxin | ||||||||
| Pfam | PF13957 | ||||||||
| Membranome | 391 | ||||||||
| |||||||||
Sib RNA označuje skupinu příbuzných nekódující RNA. Původně byly pojmenovány QUAD RNA poté, co byly objeveny jako čtyři opakující se prvky Escherichia coli intergenové oblasti.[1] Rodina byla později přejmenována na Sib (pro short intergenní abundant sekvence), když bylo zjištěno, že počet opakování je u jiných variabilní druh a v dalších E-coli kmeny.[2]
Identifikace
Tyto malé RNA byly počítačově identifikovány prohledáním genomu E-coli pro intergenní oblasti vysoké sekvenční identity (zachování sekvence) s genomy blízce příbuzných bakterií (několik salmonella druhy a Klebsiella pneumoniae ).[3] Tato data byla kombinována s microarray analýza exprese a identifikované potenciální nové ncRNA. Exprese nové požadované ncRNA byla potvrzena Northern blot.
V tomto velkém měřítku byly tyto ncRNA jednoduše označovány jako kandidáti 43, 55 a 61.[3] Tyto 3 ncRNA se zdají být vysoce homologní a jsou odvozeny z opakující se oblasti genomu. Každá z ncRNA obsahuje krátký úsek homologní k boxC, opakující se prvek neznámé funkce přítomný v 50 kopiích nebo více v genom z E-coli.[4]
Funkce
Sib RNA reguluje výraz toxický protein v typu I toxin-antitoxinový systém podobný tomu z hok / sok aldr-rdl geny.[5] Konstitutivně vyjádřeno Sib přepis reguluje ibs (indukce bprsteny stasis) otevřený čtecí rámec který kóduje malou 18–19 aminokyselinu hydrofobní protein, který zpomaluje růst při mírných úrovních exprese a je toxický při nadměrné expresi. The ibs gen je na opačném řetězci než sib a je zcela komplementární, takže antisense -vázání Sib RNA s ibs mRNA přináší dsRNA zprostředkovaná degradace.[2]
Když sib byl smazáno ve více kopiích plazmidy buňky nemohly být udržovány kvůli toxicitě nepotlačených ibs protein. Mechanismus toxicity proteinu ibs není zcela objasněn, ale změna membránového potenciálu po nadměrné expresi proteinu naznačuje, že interakce s membránové proteiny nebo zavedení membrány buněčná smrt.[2]
Viz také
Reference
- ^ Rudd KE (1999). "Nové intergenní repetice Escherichia coli K-12". Res. Microbiol. 150 (9–10): 653–664. doi:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.
- ^ A b C Fozo EM, Kawano M, Fontaine F a kol. (Prosinec 2008). „Represe syntézy malých toxických bílkovin malými RNA Sib a OhsC“. Mol. Microbiol. 70 (5): 1076–1093. doi:10.1111 / j.1365-2958.2008.06394.x. PMC 2597788. PMID 18710431.
- ^ A b Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). „Identifikace nových malých RNA pomocí komparativní genomiky a mikročipů“. Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10,1101 / gad.901001. PMC 312727. PMID 11445539.
- ^ Bachellier, S., Gilson, E., Hofnung, M. a Hill, C.W. 1996. Opakované sekvence. In Escherichia coli a Salmonella: Buněčná a molekulární biologie (ed. F. Neidhardt, et al.), Str. 2012–2040. Americká společnost pro mikrobiologii, Washington, D.C.
- ^ Kawano M, Oshima T, Kasai H, Mori H (červenec 2002). „Molekulární charakterizace sekvencí dlouhé přímé repetice (LDR) exprimující stabilní mRNA kódující peptid usmrcující buňky 35 aminokyselin a malou antisense RNA kódovanou cis v Escherichia coli“. Mol. Microbiol. 45 (2): 333–349. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.03042.x. PMID 12123448.
Další čtení
- Fozo EM, Makarova KS, Shabalina SA, Yutin N, Koonin EV, Storz G (červen 2010). „Množství toxin-antitoxinových systémů typu I v bakteriích: hledání nových kandidátů a objev nových rodin“. Nucleic Acids Res. 38 (11): 3743–3759. doi:10.1093 / nar / gkq054. PMC 2887945. PMID 20156992. Citováno 2010-08-11.
- Han K, Kim KS, Bak G, Park H, Lee Y (2010). "Rozpoznávání a diskriminace cílových mRNA pomocí Sib RNA, cis-kódované rodiny sRNA". Nucleic Acids Res. 38 (17): 5851–5866. doi:10.1093 / nar / gkq292. PMC 2943612. PMID 20453032.
- Hayashi K, Morooka N, Yamamoto Y a kol. (2006). "Vysoce přesné sekvence genomu kmenů Escherichia coli K-12 MG1655 a W3110". Mol. Syst. Biol. 2 (1): 2006.0007. doi:10.1038 / msb4100049. PMC 1681481. PMID 16738553.
- Papenfort K, Vogel J (červenec 2010). "Regulační RNA v bakteriálních patogenech". Buněčný hostitelský mikrob. 8 (1): 116–127. doi:10.1016 / j.chom.2010.06.008. PMID 20638647.
- Rudd KE (1999). "Nové intergenní repetice Escherichia coli K-12". Res. Microbiol. 150 (9–10): 653–664. doi:10.1016 / S0923-2508 (99) 00126-6. PMID 10673004.