ROOL RNA motiv - ROOL RNA motif - Wikipedia
| ROOL | |
|---|---|
 Shoda sekundární struktura a zachování sekvence ROOL RNA | |
| Identifikátory | |
| Symbol | ROOL |
| Rfam | RF03087 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen; sRNA |
| TAK | SO: 0001263 |
| PDB struktur | PDBe |
The Motiv RNA pocházející z bachoru, ozdobený, velký (ROOL) byl původně objeven bioinformatikou analýzou metagenomické sekvence z kráva bachor.[1] ROOL RNA se nacházejí v různých druzích bakteriální druhů a zjevně nekódují bílkoviny. RNA má komplex Sekundární struktura RNA a jeho průměrná velikost 581 nukleotidů[1] je neobvykle velká pro bakteriální nekódující RNA. Tato velká velikost a strukturní složitost pro bakteriální RNA odpovídá vlastnostem velké ribozymy.[2]
ROOL RNA jsou přítomny v proroci a očištěno fágy, ale také bakteriální genomický umístění, která nejeví souvislost s fágy.[1] ROOL RNA se také často nacházejí poblíž tRNA. Velká velikost a komplikovaná sekundární struktura ROOL RNA v kombinaci s jejich asociací s tRNA a fágy jsou vlastnosti, které sdílí GOLLD RNA motiv, další bakteriální nekódující RNA. Tyto sdílené vlastnosti by mohly naznačovat související funkci, ale společné rysy by mohly vzniknout z jiných důvodů.[1]
ROOL RNA jsou přítomny v bakteriích v phyla Firmicutes, Fusobakterie a Tenericutes,[1] kromě fágů a metagenomů kravského bachoru, jak je uvedeno výše. Ve Firmicutes jsou přítomny u několika druhů Clostridia a mnoho bakterie mléčného kvašení, zejména v rod Lactobacillus.
ROOL RNA v Lactobacillus salivarius byly nezávisle objeveny na základě jejich extrémně vysokých rychlostí vyjádření v Lactobacillus salivarius UCC118[3] ROOL RNA v různých kmenech Lactobacillus salivarius poté byly studovány; existuje velmi velký rozsah úrovní exprese ROOL RNA v různých kmenech a u některých kmenů se nezdá, že by tyto RNA ve svém genomu měly.[3] ROOL RNA v L. salivarius UC118 jsou v některých podmínkách růstu tak hojné, že v pozdní stacionární fázi překračují dokonce 16S ribozomální RNA.[3] Experimentálně určená velikost pro ROOL RNA v L. salivarius[3] velmi odpovídá velikosti navrhované struktury RNA na základě bioinformatiky.[1]
Reference
- ^ A b C d E F Weinberg, Zasha; Lünse, Christina E .; Corbino, Keith A .; Ames, Tyler D .; Nelson, James W .; Roth, Adam; Perkins, Kevin R .; Sherlock, Madeline E .; Breaker, Ronald R. (10. srpna 2017). „Detekce 224 kandidátských strukturovaných RNA srovnávací analýzou specifických podskupin intergenních oblastí“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093 / nar / gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
- ^ Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (prosinec 2009). „Výjimečná strukturovaná nekódující RNA odhalená analýzou bakteriálních metagenomů“. Příroda. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC 4140389. PMID 19956260.
- ^ A b C d Cousin, Fabien J .; Lynch, Denise B .; Chuat, Victoria; Bourin, Maxence J. B .; Casey, Pat G .; Dalmasso, Marion; Harris, Hugh M. B .; McCann, Angela; O’Toole, Paul W. (17. července 2017). „Dlouhá a hojná nekódující RNA v Lactobacillus salivarius“. Mikrobiální genomika. 3 (9): e000126. doi:10,1099 / mg. 0,000126. PMC 5643018. PMID 29114404.
 | Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |