RNF111 - RNF111

RNF111
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2 KIZ
Identifikátory
Aliasy	RNF111, ARK, protein prstového prstu 111, hRNF111
Externí ID	OMIM: 605840 MGI: 1934919 HomoloGene: 9741 Genové karty: RNF111
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 15 (lidský)
Konec	59,097,419 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 9 (myš)
Konec	70,503,725 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba polymeru SUMO; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • GO: 1904264, GO: 1904822, GO: 0090622, GO: 0090302 aktivita ubikvitinové proteinové ligázy; • aktivita transferázy; • SMAD vazba;
Buněčná složka	• nukleoplazma; • buněčné jádro; • cytoplazma; • cytosol; • Tělo PML; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • na ubikvitinu závislý katabolický proces proteinu SMAD; • polyubikvitinace bílkovin; • vývoj mnohobuněčných organismů; • pozitivní regulace signální dráhy receptoru beta transformujícího růstového faktoru; • pozitivní regulace ubikvitinace bílkovin; • proces specifikace vzoru; • proteazomem zprostředkovaný katabolický proces proteinu závislý na ubikvitinu; • ubikvitinace bílkovin; • oprava nukleotidů excizí globálního genomu; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Oprava DNA; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • ubikvitin-dependentní proteinový katabolický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	54778
	93836
	ENSG00000157450
	ENSMUSG00000032217
	Q6ZNA4
	Q99ML9
	NM_001270528; NM_001270529; NM_001270530; NM_017610; NM_001330331
	NM_033604; NM_001357494; NM_001374753
	NP_001257457; NP_001257458; NP_001257459; NP_001317260; NP_060080
	NP_291082; NP_001344423; NP_001361682
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

E3 ubikvitin-protein ligáza Arkadia je enzym že u lidí je kódován RNF111 gen.^[5]^[6]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem obsahuje prstovou doménu RING, o kterém je známo, že se účastní interakcí protein-protein a protein-DNA. Ukázalo se, že myší protějšek tohoto genu (Rnf111 / arkadia) geneticky interaguje s beta podobným faktorem transformačního růstového faktoru (TGF) Nodal a působí jako modulátor uzlové signální kaskády, která je nezbytná pro indukci mezoderm během embryonálního vývoje.^[6]

Interakce

Bylo prokázáno, že RNF111 komunikovat s Matky proti dekapentaplegickému homologu 7^[7] a Matky proti dekapentaplegickému homologu 3.^[7]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000157450 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032217 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Episkopou V, Arkell R, Timmons PM, Walsh JJ, Andrew RL, Swan D (duben 2001). „Indukce savčího uzlu vyžaduje funkci Arkadia v extraembryonálních liniích.“ Příroda. 410 (6830): 825–30. doi:10.1038/35071095. PMID 11298452.
^ ^A ^b „Entrez Gene: RNF111 ring finger protein 111“.
^ ^A ^b Koinuma D, Shinozaki M, Komuro A, Goto K, Saitoh M, Hanyu A, Ebina M, Nukiwa T, Miyazawa K, Imamura T, Miyazono K (prosinec 2003). „Arkadia zesiluje signalizaci superrodiny TGF-beta degradací Smad7“. Časopis EMBO. 22 (24): 6458–70. doi:10.1093 / emboj / cdg632. PMC 291827. PMID 14657019.
^ Yuzawa H, Koinuma D, Maeda S, Yamamoto K, Miyazawa K, Imamura T (leden 2009). „Arkadia potlačuje expresi diferenciačních markerů myoblastů degradací Ski a komplexu Smad vázaného na lyže v myoblastech C2C12“. Kost. 44 (1): 53–60. doi:10.1016 / j.bone.2008.09.013. PMID 18950738.

Další čtení

Patten I, Placzek M (srpen 2001). "Vývoj obratlovců: Et v Arkadii". Aktuální biologie. 11 (15): R616-9. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00367-0. PMID 11516970.
Niederländer C, Walsh JJ, Episkopou V, Jones CM (duben 2001). „Arkadia zvyšuje signalizaci spojenou s uzly k vyvolání mesendodermu“. Příroda. 410 (6830): 830–4. doi:10.1038/35071103. PMID 11298453.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T , Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (prosinec 2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Koinuma D, Shinozaki M, Komuro A, Goto K, Saitoh M, Hanyu A, Ebina M, Nukiwa T, Miyazawa K, Imamura T, Miyazono K (prosinec 2003). „Arkadia zesiluje signalizaci superrodiny TGF-beta degradací Smad7“. Časopis EMBO. 22 (24): 6458–70. doi:10.1093 / emboj / cdg632. PMC 291827. PMID 14657019.
Colland F, Jacq X, Trouplin V, Mougin C, Groizeleau C, Hamburger A, Meil A, Wojcik J, Legrain P, Gauthier JM (červenec 2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Výzkum genomu. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.
Liu W, Rui H, Wang J, Lin S, He Y, Chen M, Li Q, Ye Z, Zhang S, Chan SC, Chen YG, Han J, Lin SC (duben 2006). „Axin je protein lešení v TGF-beta signalizaci, který podporuje degradaci Smad7 pomocí Arkadie“. Časopis EMBO. 25 (8): 1646–58. doi:10.1038 / sj.emboj.7601057. PMC 1440825. PMID 16601693.
Nagano Y, Mavrakis KJ, Lee KL, Fujii T, Koinuma D, Sase H, Yuki K, Isogaya K, Saitoh M, Imamura T, Episkopou V, Miyazono K, Miyazawa K (červenec 2007). „Arkadia indukuje degradaci SnoN a c-Ski pro zlepšení signalizace transformujícího růstového faktoru-beta“. The Journal of Biological Chemistry. 282 (28): 20492–501. doi:10,1074 / jbc.M701294200. PMID 17510063.
Levy L, Howell M, Das D, Harkin S, Episkopou V, Hill CS (září 2007). „Arkadia aktivuje transkripci závislou na Smad3 / Smad4 spuštěním degradace SnoN vyvolané signálem“. Molekulární a buněčná biologie. 27 (17): 6068–83. doi:10.1128 / MCB.00664-07. PMC 1952153. PMID 17591695.

Tento článek o gen na lidský chromozom 15 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000157450 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032217 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11298452-5] Episkopou V, Arkell R, Timmons PM, Walsh JJ, Andrew RL, Swan D (duben 2001). „Indukce savčího uzlu vyžaduje funkci Arkadia v extraembryonálních liniích.“ Příroda. 410 (6830): 825–30. doi:10.1038/35071095. PMID 11298452.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: RNF111 ring finger protein 111“.

[pmid14657019-7] A ^b Koinuma D, Shinozaki M, Komuro A, Goto K, Saitoh M, Hanyu A, Ebina M, Nukiwa T, Miyazawa K, Imamura T, Miyazono K (prosinec 2003). „Arkadia zesiluje signalizaci superrodiny TGF-beta degradací Smad7“. Časopis EMBO. 22 (24): 6458–70. doi:10.1093 / emboj / cdg632. PMC 291827. PMID 14657019.

[pmid18950738-8] Yuzawa H, Koinuma D, Maeda S, Yamamoto K, Miyazawa K, Imamura T (leden 2009). „Arkadia potlačuje expresi diferenciačních markerů myoblastů degradací Ski a komplexu Smad vázaného na lyže v myoblastech C2C12“. Kost. 44 (1): 53–60. doi:10.1016 / j.bone.2008.09.013. PMID 18950738.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]