REEP5 - REEP5
REEP5 | |||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||
Aliasy | REEP5, C5orf18, D5S346, DP1, TB2, YOP1, Yip2e, receptorový protein 5, POB16 | ||||||||||||||||
Externí ID | OMIM: 125265 MGI: 1270152 HomoloGene: 68479 Genové karty: REEP5 | ||||||||||||||||
| |||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||
RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 5: 112,88 - 112,92 Mb | Chr 18: 34,34 - 34,37 Mb | |||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||
Receptorový protein zvyšující expresi 5 je protein že v lidé je kódován REEP5 gen.[5][6][7]Protein zvyšující expresi receptoru je protein kódovaný u lidí genem REEP5.
Gen
REEP5 se nachází na chromozomu 5 mezi páry bází 112876385 až 112922289 na minusovém řetězci.[8] Gen zahrnuje pět exonů.[8] Geny DCP2 a SRP19 jsou umístěny před a za REEP5 u lidí.[9]
Protein
Protein je členem rodiny REEP, která obecně usnadňuje intracelulární přenos prostřednictvím změn endoplazmatického retikula a která má schopnost zvyšovat aktivitu receptorů spojených s G-proteinem.[10] Lidský protein má délku 189 aminokyselin, obsahuje dvě transmembránové oblasti a jednu pojmenovanou oblast - TB2_DP1_HVA22,[11] Hmota proteinu před modifikací je 21,5 kdal.[12] Ve srovnání s kolekcí lidských proteinů SwissProt je REEP5 složen z normálních procent všech aminokyselin.[12] Kromě dlouhého úseku elektricky neutrálních aminokyselin se neobjevují žádné významné vzorce.[12] Druhá izoforma existuje u lidí a má délku 131 aminokyselin v důsledku změny po 117. aminokyselině.[13] Většina pátého exonu není zahrnuta.

Nařízení
Úroveň genu
Tkáňový výraz
REEP5 je exprimován v řadě tkání na relativně vysoké úrovni, přičemž nejméně 20 čtení na kilogram přepisu se na milion mapovaných čtení objevuje v tkáních nadledvin, tuku, žlučníku, srdce, ledvin, prostaty, plic a močového měchýře.[14] Exprese je ještě více zvýšena v mozkových a štítných žlázách.[14]

Transkripční faktory
EGR / nervový růstový faktor je transkripční faktor s potenciálním vazebným místem v promotoru REEP5, který podporuje nervovou plasticitu, a proto potenciálně poskytuje vysvětlení pro zvýšené hladiny proteinu 5 zvyšujícího expresi receptoru v mozku.[15]
Kromě toho dva transkripční faktory související s vývojem a funkcí srdce mají možná vazebná místa v promotoru. Transkripční box 20 (TBX20) souvisí s vývojem srdce, s nedostatkem bílkovin spojeným se špatnou funkcí srdce u dospělých myší a smrtí u kojenců před těhotenstvím.[16] MyoD je myogenní regulátor, který byl detekován v embryonálních srdcích některých ptáků v Purkyňových buňkách, které souvisejí s kontraktilní funkcí.
Hladina bílkovin
Na subcelulární úrovni je REEP5 vyjádřen v endoplazmatické retikulum.[17] Imunochemické barvení to zde lokalizuje.[18]
Počet posttranslační úpravy jsou výpočetně předpovídány u lidí a blízkých ortologů. Předpovídala se acetylace druhé aminokyseliny.[19] Fosforylace 150. aminokyseliny se předpokládá u lidí, myší a kuřat.[20] O-GlcNac přidání se také předpokládá na stránkách 128, 188 a 189.[21] Sumoylační místa se predikují u aminokyselin 147, 175, 186 a 187.[22] Štěpení propeptidem bylo detekováno na aminokyselině 11.[23] Glykace byla předpovídána u aminokyselin 16, 117, 164, 186 a 187.[24]
Homologie
Paralogy
REEP5 má pět paralogů u lidí; REEP1, REEP2, REEP3, REEP4 a REEP[25]
Název paralogu | Přístupové číslo | Identita sekvence | Očekávané miliony let od divergence |
---|---|---|---|
REEP6 | NP_612402.1 | 54% | 563.16 |
REEP4 | AAH50622 | 25% | 1325.64 |
REEP1 | NP_001303894.1 | 24.6% | 1341.62 |
REEP3 | AAT70686.1 | 22.7% | 1421.20 |
REEP2 | NP_057690.2 | 15.6% | 1792.58 |
Ortology
REEP5 má ortology tak vzdálené od lidí jako Symbiodinium microadriacticum, protistický druh.[25] Sekvenční identita je u obratlovců vysoká, ale mimo tuto skupinu se významně snižuje. Oblast DP1 / TB2 / HVA22 je dobře konzervovaná ve srovnání se dvěma transmembránovými oblastmi.
Organismus | Datum divergence (před miliony let) | Taxonomická skupina | Pořadové přístupové číslo | Sekvenční identita | e-hodnota |
---|---|---|---|---|---|
Homo Sapiens | NA | Mammalia | NP_005660.4 | 100% | NA |
Mus musculus | 89 | Mammalia | N_031900.3 | 93.7% | 4x10−134 |
Danio rerio | 433 | Actinopterygii | NP_956352.1 | 72.0% | 7x10−104 |
Drosophilia melanaogaster | 736 | Insecta | NP_001188928.1 | 38.2% | 9x10−57 |
Jaminia rosea | 1017 | Exbasidiomycetes | XP_025360265 | 31.9% | 5x10−40 |
Rhodotorula graminis WP1 | 1105 | Mikrobotryomycety | XP_018269688.1 | 31.2% | 7x10−35 |
Citrus unshiu | 1275 | Magnoliopsida | Gay51937.1 | 25.2% | 4x10−26 |
Symbiodinium microadriacticum | 1552 | Dinophyceae | OLQ12882.1 | 16.2% | 5x10−16 |
Evoluční rychlost
Evoluční rychlost proteinu REEP5 je mírně vysoká a klesá mezi rychlostí cytochromu c a fibrinogenu alfa. Očekává se, že neutrální mutace se vyskytnou přibližně jednou za milion let

Interagující partneři
REEP5 interaguje s řadou proteinů, včetně Regulátoru G Proteinové signalizace 2, který byl detekován pomocí Hybridizace kvasinek 2. RGS2 hraje roli v signálních 2 drahách G proteinu a kontrakci tkání hladkého svalstva. Derlin 2 (Derl2) interaguje s REEP5, jak je detekováno koimunoprecipitací proti značkám, a degraduje nesprávně složené glykoproteiny v endoplazmatickém retikulu.[26] Cholinergní receptor Muscarinic 5 byl detekován jako interakční látka rekonstrukcí ubikvitinu.[27] CHRM5 váže acetylcholin a může ovlivnit funkci centrálního a periferního nervového systému.[28]
Regulátor signalizace G proteinu 2 byl také detekován při hybridizaci kvasinek 2 a je regulátorem receptoru G-proteinu, který může být zapojen do kontrakce hladkého vaskulárního svalu.[27][29]
Na několika papírech byly experimentálně detekovány čtyři proteiny.[30] Tři z nich, Atlastin GTPáza 1, Atlastin GTPáza 2 a Zinc Finger FYVE-Type Containing 27, souvisí se strukturou endoplazmatického retikula (zejména tubulů), vývojem axonů nebo růstem neuronů.[17][31] Čtvrtý je REEP6, který je zodpovědný za transport receptorů na povrch buněk, stejně jako za regulaci struktury endoplazmatického retikula.[32]
SARS-CoV-2
REEP5 je jedním z mnoha lidských proteinů, s nimiž interaguje SARS-CoV-2. Specificky koronavirový protein P0DTC5, který se objevuje v mezilehlém kompartmentu mezi endoplazmatickým retikulem a golgiho aparátem, interaguje s REEP5. P0DTC5 je protein virového obalu, který je zásadní pro morfogenezi viru, což umožňuje, že REEP5 nějak souvisí s balením nebo uvolňováním viru z lidských buněk.[33]
Klinický význam
Výzkum spojil REEP5 s několika nemocemi a poruchami.
U rakoviny tlustého střeva exprese REEP5 zvyšuje aktivitu CXCR1, proteinového receptoru, který přispívá k růstu a šíření rakovinných buněk. Vědci zjistili, že pod expresí REEP5 snižuje účinnost CXRC1 a snižuje schopnost buněk rakoviny plic metastázovat.[10] To poskytuje jak potenciální cíl pro léčbu rakoviny, tak další důkazy o tom, že REEP5 má funkci proteinu, který zvyšuje aktivitu jiných receptorových proteinů. Dalším typem rakoviny související s REEP5 je rakovina tlustého střeva, při které protein normálně interaguje s a neutralizuje HCCR1, protein, který by jinak interferoval s P53 a přispívají k progresi rakoviny.[34]
REEP5 byl také spojen se srdečními poruchami a výzkum tohoto spojení ukázal, že pomáhá organizovat junkční Sarkoplazmatické retikulum v myocytech. REEP5 srovnává spojovací SR s T-tubuly, což podporuje účinné uvolňování iontů vápníku. Když je funkce proteinu narušena, křižovatka je špatně vyrovnána a uvolňování vápenatých iontů je méně účinné. Vzhledem k důležitosti iontů vápníku pro svalové kontrakce, které pohánějí srdce, má cílení REEP5 potenciál být terapeutickou možností u některých poruch.[35]
Kromě toho existují určité statistické důkazy spojující určité SNP nalezené v rámci REEP5 mRNA s depresivní poruchou.[36] Biologický mechanismus však nebyl potvrzen a studie se zaměřila pouze na omezenou populaci.[36]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129625 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000005873 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Clark AJ, Metherell LA, Cheetham ME, Huebner A (prosinec 2005). "Zděděná necitlivost ACTH osvětluje mechanismy působení ACTH". Trendy v endokrinologii a metabolismu. 16 (10): 451–7. doi:10.1016 / j.tem.2005.10.006. PMID 16271481. S2CID 27450434.
- ^ Saito H, Kubota M, Roberts RW, Chi Q, Matsunami H (listopad 2004). "Členové rodiny RTP indukují funkční expresi savčích odorantových receptorů". Buňka. 119 (5): 679–91. doi:10.1016 / j.cell.2004.11.021. PMID 15550249. S2CID 13555927.
- ^ „Entrez Gene: doplňkový protein 5 receptoru REEP5“.
- ^ A b „Doplňkový protein receptoru REEP5 5 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-30.
- ^ „Human hg38 chr5: 112 865 773 - 113 003 301 UCSC Genome Browser v401“. genom.ucsc.edu. Citováno 2020-07-31.
- ^ A b Park CR, You DJ, Park S, Mander S, Jang DE, Yeom SC, et al. (Prosinec 2016). „Doplňkové proteiny REEP5 a REEP6 vylepšují buněčné reakce zprostředkované CXCR1 a progresi rakoviny plic“. Vědecké zprávy. 6: 39041. doi:10.1038 / srep39041. PMC 5155276. PMID 27966653.
- ^ "protein 5 zvyšující expresi receptoru [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-06-22.
- ^ A b C "SAPS
. www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-07-31. - ^ „UniProtKB - Q00765 (REEP5_HUMAN)“. UniProt. 2020-06-17. Citováno 2020-07-30.
- ^ A b „REEP5 genová exprese - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-30.
- ^ Levkovitz Y, Baraban JM (květen 2002). „Dominantní negativní inhibitor Egr blokuje růst neuritů indukovaný růstovým faktorem potlačením aktivace c-Jun: role komplexu Egr / c-Jun“. The Journal of Neuroscience. 22 (10): 3845–54. doi:10.1523 / JNEUROSCI.22-10-03845.2002. PMC 6757642. PMID 12019303.
- ^ Stennard FA, Costa MW, Lai D, Biben C, Furtado MB, Solloway MJ a kol. (Květen 2005). „Myší transkripční faktor T-boxu Tbx20 působí jako represor během vývoje srdce a je nezbytný pro integritu, funkci a přizpůsobení srdce dospělých“. Rozvoj. 132 (10): 2451–62. doi:10,1242 / dev.01799. PMID 15843414.
- ^ A b Chang J, Lee S, Blackstone C (září 2013). „Protrudin váže atlastiny a proteiny formující endoplazmatické retikulum a reguluje tvorbu sítě“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 110 (37): 14954–9. doi:10.1073 / pnas.1307391110. PMC 3773775. PMID 23969831.
- ^ „REEP5] Primární protilátky“. www.thermofisher.com. Citováno 2020-07-31.
- ^ „Server NetAcet 1.0“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
- ^ „Server NetPhos 3.1“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
- ^ „Server YinOYang 1.2“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
- ^ „GPS-SUMO: Predikce SUMOylačních stránek a motivů SUMO-interakce“. sumosp.biocuckoo.org. Citováno 2020-08-01.
- ^ „Server ProP 1.0“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
- ^ „Server NetGlycate 1.0“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2020-08-01.
- ^ A b „Protein BLAST: vyhledávání proteinových databází pomocí dotazu na bílkoviny“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-07-31.
- ^ Oda Y, Okada T, Yoshida H, Kaufman RJ, Nagata K, Mori K (leden 2006). „Derlin-2 a Derlin-3 jsou regulovány savčí neodvinutou proteinovou odpovědí a jsou nutné pro degradaci spojenou s ER“. The Journal of Cell Biology. 172 (3): 383–93. doi:10.1083 / jcb.200507057. PMC 2063648. PMID 16449189.
- ^ A b „Databáze molekulárních interakcí - základní zdroj ELIXIR“. Citováno 2020-08-02.
- ^ "CHRM5 cholinergní receptor muskarinový 5 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-02.
- ^ "Regulátor RGS2 signalizace G proteinu 2 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-02.
- ^ „PSICQUIC View“. www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-08-02.
- ^ „ZFYVE27 zinkový prst typu FYVE obsahující 27 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-08-02.
- ^ Reference, Genetics Home. "Gen REEP6". Genetická domácí reference. Citováno 2020-08-02.
- ^ „InterPro“. www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-08-02.
- ^ Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H a kol. (Červen 2006). „Molekula interagující s HCCR-1" deletovaná u polypózy 1 „hraje v karcinogenezi tlustého střeva roli potlačující nádory". Gastroenterologie. 130 (7): 2074–86. doi:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID 16762630.
- ^ Yao L, Xie D, Geng L, Shi D, Huang J, Wu Y a kol. (Únor 2018). „REEP5 (proteinový doplněk k receptoru 5) působí jako sarkoplazmatický membránový sochař pro modulaci srdeční funkce“. Journal of the American Heart Association. 7 (3): e007205. doi:10.1161 / JAHA.117.007205. PMC 5850239. PMID 29431104.
- ^ A b Yang Z, Ma X, Wang Y, Wang J, Xiang B, Wu J a kol. (01.09.2012). „Sdružení polymorfismů genů APC a REEP5 s hlavní depresivní poruchou a reakcí na léčbu antidepresivy v čínské populaci Han“. Všeobecná nemocniční psychiatrie. 34 (5): 571–7. doi:10.1016 / j.genhosppsych.2012.05.015. PMID 22795047.
Další čtení
- Kinzler KW, Nilbert MC, Su LK, Vogelstein B, Bryan TM, Levy DB a kol. (Srpen 1991). "Identifikace genů lokusu FAP z chromozomu 5q21". Věda. 253 (5020): 661–5. doi:10.1126 / science.1651562. PMID 1651562.
- Nishisho I, Nakamura Y, Miyoshi Y, Miki Y, Ando H, Horii A a kol. (Srpen 1991). „Mutace genů chromozomu 5q21 u pacientů s FAP a kolorektálním karcinomem“. Věda. 253 (5020): 665–9. doi:10.1126 / science.1651563. PMID 1651563.
- Spirio L, Joslyn G, Nelson L, Leppert M, White R (listopad 1991). „CA CA 30-70 KB po směru od genu pro adenomatózní polypózu coli (APC)“. Výzkum nukleových kyselin. 19 (22): 6348. doi:10.1093 / nar / 19.22.6348. PMC 329171. PMID 1659692.
- Joslyn G, Carlson M, Thliveris A, Albertsen H, Gelbert L, Samowitz W a kol. (Srpen 1991). "Identifikace delečních mutací a tří nových genů na lokusu familiární polypózy". Buňka. 66 (3): 601–13. doi:10.1016/0092-8674(81)90022-2. PMID 1678319. S2CID 33965913.
- Prieschl EE, Pendl GG, Harrer NE, Baumruker T (březen 1996). „Myší homolog TB2 / DP1, gen lokusu familiární adenomatózní polypózy (FAP)“. Gen. 169 (2): 215–8. doi:10.1016/0378-1119(95)00827-6. PMID 8647449.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikawa T, Yamashita R a kol. (Leden 2006). „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Výzkum genomu. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H a kol. (Červen 2006). „Molekula interagující s HCCR-1" deletovaná v polypóze 1 „hraje v karcinogenezi tlustého střeva roli potlačující nádory". Gastroenterologie. 130 (7): 2074–86. doi:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID 16762630.