QRICH2 - QRICH2
| QRICH2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | QRICH2, bohatý na glutamin 2, SPGF35 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 618304 MGI: 2684912 HomoloGene: 12951 Genové karty: QRICH2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 17: 76,27 - 76,31 Mb | Chr 11: 116,44 - 116,47 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Proteiny bohaté na glutamin 2 je protein že u lidí je kódován pomocí QRICH2 gen na lidském chromozomu 17.[5][6] Funkce proteinu QRICH2 je většinou neznámá, ale ukázalo se, že gen QRICH2 obsahuje vysokou molekulovou hmotnost Glutenin doména a ATPáza zapojená doména.[6] Gen QRICH2 je vysoce exprimován v varle,[7] a subcelulární umístění proteinu QRICH2 je v jádru.[8]
| Referenční číslo NCBI | Délka | umístění | Molekulární váha | PI |
|---|---|---|---|---|
| mRNA: NM_032134.1 Bílkoviny: NP_115510.1 | mRNA: 5411 bp Bílkoviny: 1663 aa | 17q25.1 | 180,8 kdal | 6.25 |
Gen
QRICH2 mRNA je dlouhá 5411 bp a její chromozomální poloha u člověka je 17q25.1. QRICH2 mRNA má 19 exony a obsahuje dvě hlavní funkční domény: vysokou molekulovou hmotnost Glutenin doména (aminokyselina 446-979) a an ATPáza zúčastněná doména (aminokyselina 1036-1413). QRICH2 se nachází mezi genem UBAL D2 a PRPSAP1 gen na chromozomu 17.[9] Neexistují žádné předpovědi kmenová smyčka struktura na QRICH2 mRNA, protože zde nejsou žádné komplementární sekvence RNA.[10]
Protein
Protein QRICH2 je dlouhý 1663 aminokyselin a 10,9% aminokyselin je Glutamin (Q). 38% sekundární struktury proteinu QRICH2 je alfa-šroubovice, 39% je beta-list a 13% se otáčí.[11][12] Typ lidské tkáně s nejvyšší úrovní exprese QRICH2 je varle a tento výsledek potvrzuje i Gene Expression Profile pro myš a psa.[13] Subcelulární umístění proteinu QRICH2 je v jádru. QRICH2 je jeho průměrný rozpustný protein hydrofobicita je -0,5995.[14] Protein QRICH2 interaguje s řadou dalších proteinů včetně SSSCA1, TSSC1, GAPDH, NUP98 a SNAI1.[5]
Homologie[15]
paralogy
| Druh | Genové jméno | Přistoupení (mRNA) | Délka (bp) | E-hodnota | Identita | Dosah | Umístění |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Člověk | FLJ25373 | AK058102 | 1499 | 0.0 | 99% | 27% | ch7 |
FLJ25737 mRNA sekvence[16] dokonale se shodují se dvěma regiony na QRICH2 mRNA (bp 3157-4302 na QRICH2 shodě s bp 1-1146 na FLJ25737, bp 4998-5307 na QRICH2 shodě s bp 1140-1499 na FLJ25737). FLJ25737 se však lokalizuje na chromozomu 7 a QRICH2 se lokalizuje na chromozomu 17.
| Druh | Název proteinu | Přistoupení (protein) | Délka (aa) | E-hodnota | Identita | Dosah | Umístění |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Člověk | Protein podobný spermatu 1 | NP_001012998.2 | 632 | 6.00e-46 | 34% | 39% | Xq21.1 |
| Člověk | Izoforma proteinové pikoly 1 | NP_149015.2 | 5142 | 3.00e-10 | 30% | 33% | 7q11.23 |
Ortology
| Druh | Běžné jméno | Divergence (Před miliony let) | Přistoupení (protein) | Délka (aa) | Identita | Dosah |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Rattus norvegicus | Hnědá krysa | 92.3 | XP_577148.4 | 1971 | 51% | 99% |
| Nomascus leucogenys | Gibbon | 20.4 | XP_003279182.2 | 1768 | 80% | 99% |
| Canis lupus familiaris | Pes | 94.2 | XP_533125.3 | 1936 | 67% | 99% |
| Loxodonta africana | Slon | 98.7 | XP_003417424.1 | 1973 | 65% | 99% |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | 94.2 | XP_002919929.1 | 1903 | 64% | 99% |
| Otolemur garnettii | Bushbaby | 74 | XP_003785524.1 | 1963 | 63% | 99% |
| Sus scrofa | Kanec | 94.2 | XP_003131230.1 | 1983 | 63% | 99% |
| Cavia porcellus | morče | 92.3 | XP_003461498 | 1852 | 61% | 99% |
| Felis catus | Kočka | 94.2 | XP_003997276.1 | 1755 | 61% | 98% |
| Papio anubis | Babbon | 29 | XP_003913523.1 | 2043 | 80% | 97% |
| Gorila gorila | Gorila | 8.8 | XP_004041087 | 507 | 99% | 30% |
| Mus musculus | Domácí myš | 92.3 | NP_001028439.1 | 592 | 77% | 30% |
Protein QRICH2 má u mnoha druhů dobře konzervované ortology. Ortologní proteinové sekvence se velmi dobře shodují v oblasti, kde je vysokomolekulární gluteninová doména a doména zapojená do ATPázy.
Funkce
Funkce proteinu QRICH2 je většinou neznámá. Ukázalo se, že QRICH2 patří do běžných expresních skupin na lidském chromozomu 17. Následující geny patřily do běžných expresních skupin na chromozomu 17:[17] NCOR1, GFAP, QRICH2, ANAPC11 a PER1. QRICH2 může být také up-regulovaný gen zapojený do buňky přilnavost a mobilní morfogeneze.[18] Vysoká exprese genu QRICH2 ve varlatech může naznačovat, že protein QRICH2 má některé funkce související s produkcí hormonů u mužů. Protein QRICH2 má některé sekvenční podobnosti s proteinem 1 podobným spermidinu / sperminu N (1) -acetylovému typu 1 u několika druhů.[15]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129646 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000070331 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Genecards: QRICH2“. Genecards, The Human Gene Compendium.
- ^ A b „NCBI Nucleotide: QRICH2“. Národní centrum pro biotechnologické informace, databáze nukleotidů.
- ^ "NCBI Gene Expression Omnibus (GEO): exprese QRICH2 v různých tkáních u člověka".
- ^ „Predikce PSORT II“.
- ^ „NCBI Gene: QRICH2“.
Národní centrum pro biotechnologické informace, genová databáze
- ^ „Tečka s nukleovou kyselinou“.
- ^ „Nástroj CHOFAS“. San Diego Superpočítačové centrum.
- ^ Chou PY, Fasman GD (1978). Predikce sekundární struktury proteinů z jejich aminokyselinové sekvence. Adv. Enzymol. Relat. Oblasti Mol. Biol. Pokroky v enzymologii a souvisejících oblastech molekulární biologie. 47. str. 45–148. doi:10.1002 / 9780470122921.ch2. ISBN 9780470122921. PMID 364941.
- ^ „Data výrazů (profil EST) pro QRICH2“. Unigene NCBI.
- ^ „SOSUI, klasifikace a predikce sekundární struktury“. Portál Expasy Bioinformatics Resource Portal.
- ^ A b "NCBI BLAST". Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání.
- ^ „NCBI FLJ25737“. Databáze nukleotidů NCBI.
- ^ Zaravinos A, Lambrou GI, Boulalas I, Delakas D, Spandidos DA (2011). „Identifikace běžně odlišně exprimovaných genů u rakoviny močového měchýře“. PLOS ONE. 6 (4): e18135. doi:10.1371 / journal.pone.0018135. PMC 3070717. PMID 21483740.
- ^ Król M, Pawłowski KM, Szyszko K, Maciejewski H, Dolka I, Manuali E, Jank M, Motyl T (2012). „Profily genové exprese buněk rakoviny prsu u psů pěstovaných s fibroblasty asociovanými s karcinomem (CAF) jako kokultura in vitro“. BMC Vet. Res. 8: 35. doi:10.1186/1746-6148-8-35. PMC 3355042. PMID 22453032.