Popgenie - Popgenie

PopGenIE (Populus Genome Integrative Explorer) je integrovaná sada nástrojů pro zkoumání genom a přepis systému modelového závodu Populus.

PopGenie je a modelový organismus databáze (MOD), která sdružuje stále rozsáhlejší sbírku genetiky a genomika data vytvořená vědeckou komunitou v centrálním zdroji. Takové MOD nabízejí jediný vstupní bod do kolekce zdrojů dostupných v modelovém systému, obvykle včetně nástrojů pro zkoumání a dotazování na tyto zdroje. PopGenIE obsahuje integrovanou sadu nástrojů včetně genomu, synteny a kvantitativní znak lokusu (QTL) prohlížeče pro zkoumání genetických dat. Mezi expresní nástroje patří prohlížeč elektronických fluorescenčních piktogramů (eFP), grafy expresních profilů, koregulace v rámci kompletování transkriptomika datové sady a identifikace nadměrně zastoupených funkčních kategorií a umístění genomových hotspotů. V prohlížeči eFP je k dispozici celá řada shromážděných transkriptomických datových sad, které usnadňují funkční zkoumání genové funkce. K dispozici jsou další nástroje pro homologii a extrakci dat. PopGenIE výrazně zvyšuje přístup k Populus zdroje genomiky a umožňuje zkoumání transkriptomických dat bez nutnosti učit se nebo rozumět složitým metodám statistické analýzy.

V PopGenIE jsou k dispozici různé nástroje (ePlant.eXplot, PopNet ...) pro analýzu biologických dat. PopGenIE také archivoval své staré verze. Všechny nástroje jsou pod Licence MIT.

Reference