Převrácení peptidové roviny - Peptide plane flipping

Převrácení peptidové roviny je typ konformační změna které se mohou objevit v bílkoviny kterým vzepětí sousedních aminokyseliny podstoupit rozsáhlé rotace s malým posunem boční řetězy. Rovina převrácení je definována jako rotace dihedrálních úhlů φ, ψ na aminokyselinách i a i + 1 tak, aby výsledné úhly zůstaly ve strukturálně stabilních oblastech Ramachandranský prostor. Klíčovým požadavkem je, aby součet z ψi úhel zbytku i a φi + 1 úhel zbytku i + 1 zůstat zhruba konstantní; ve skutečnosti je flip a klikový hřídel pohybovat se kolem osy definované Cα-C1 a N-Cα vazebné vektory peptidové skupiny, které jsou zhruba paralelní. Jako příklad lze uvést typ I a typ II beta zatáčky se liší jednoduchým převrácením centrálního panelu peptidová skupina na řadě.

V proteinové dynamice

Význam peptidové roviny vyletí v dynamika z rodný stát byl u některých proteinů odvozen srovnáním krystalové struktury stejného proteinu ve více konformace.[1] Například peptidové převrácení bylo popsáno jako významné v katalytickém cyklu flavodoxin[2] a při formování amyloid struktur, kde je jejich schopnost poskytovat nízkoenergetickou cestu mezi nimi beta list a tzv alfa list konformace se navrhuje k usnadnění počátečních stádií amyloidogeneze.[3][4][5] Převrácení peptidové roviny může být také významné v raných fázích roku skládání bílkovin.[1]

V krystalografii

V proteinových strukturách určených Rentgenová krystalografie, špatná geometrie peptidové roviny byla popsána jako běžný problém; mnoho struktur vyžaduje korekci převrácením v rovině peptid nebo peptidová vazba převrátí.[6]

Reference

  1. ^ A b Hayward, S. (2001). "Peptidová rovina převrácení v proteinech". Protein Sci. 10 (11): 2219–27. doi:10.1110 / ps.23101. PMC  2374056. PMID  11604529.
  2. ^ Ludwig, ML; Pattridge, KA; Metzger, AL; Dixon, MM; Eren, M; Feng, Y; Swenson, RP (11. února 1997). „Řízení oxidačně-redukčních potenciálů flavodoxinu z Clostridium beijerinckii: role konformačních změn“. Biochemie. 36 (6): 1259–80. doi:10.1021 / bi962180o. PMID  9063874.
  3. ^ Milner-White, JE; Watson, JD; Qi, G; Hayward, S (září 2006). „Tvorba amyloidů může zahrnovat vzájemnou přeměnu listu alfa- na beta prostřednictvím převrácení roviny peptidu“. Struktura. 14 (9): 1369–76. doi:10.1016 / j.str.2006.06.016. PMID  16962968.
  4. ^ Daggett, V. (2006). „Alfa fólie: Toxický konformér při amyloidních onemocněních?“. Acc Chem Res. 39 (9): 594–602. doi:10.1021 / ar0500719. PMID  16981675.
  5. ^ Armen, RS; DeMarco, ML; Alonso, DO; Daggett, V. (2004). „Paulingova a Coreyho skládaná listová struktura může definovat prefibrilární amyloidogenní meziprodukt u amyloidního onemocnění“. Proc Natl Acad Sci USA. 101 (32): 11622–7. Bibcode:2004PNAS..10111622A. doi:10.1073 / pnas.0401781101. PMC  511030. PMID  15280548.
  6. ^ Touw, WG; Joosten, RP; Vriend, G (srpen 2015). „Detekce převrácení trans-cis a převrácení peptidové roviny v proteinových strukturách“. Acta Crystallographica oddíl D. 71 (Pt 8): 1604–14. doi:10.1107 / S1399004715008263. PMC  4528797. PMID  26249342.