Pentatrikopeptid se opakuje - Pentatricopeptide repeat
| Pentatrikopeptid se opakuje | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | PPR | ||||||||
| Pfam | PF01535 | ||||||||
| Pfam klan | CL0020 | ||||||||
| InterPro | IPR002885 | ||||||||
| STRÁNKA | PS51375 | ||||||||
| |||||||||
The opakovat pentatrikopeptid (PPR) je 35-aminokyselina sekvenční motiv. Proteiny obsahující pentatrikopeptidové repetice jsou rodinou bílkoviny běžně se vyskytující v rostlina království. Vyznačují se přítomností tandemových degenerovaných PPR motivů[1] a relativním nedostatkem introny v genech, které je kódují.[2]
Přibližně 450 takových proteinů bylo identifikováno v Arabidopsis genom a dalších 477 v rýže genom.[3] I přes velkou velikost rodiny proteinů genetická data naznačují, že mezi proteiny PPR v Arabidopsis.[2]
Účel proteinů PPR je v současné době sporný. Ukázalo se, že hodně z těch v Arabidopsis komunikovat (často v zásadě) s mitochondrie a další organely[2] a do kterého jsou případně zapojeni Úpravy RNA.[4] K této úpravě je však zapotřebí mnoho trans proteinů a výzkum nadále zkoumá, které proteiny jsou potřebné.[5]
Struktura PPR byla vyřešena. Skládá se do helix-turn-helix struktura podobná struktuře nalezené v tetratrikopeptid opakovat. Několik opakování proteinu tvoří kruh kolem a jednořetězcová RNA molekula sekvenčně citlivým způsobem připomínající TAL efektory.[6]
Příklady
Lidské geny kódující proteiny obsahující toto opakování zahrnují:
Reference
- ^ Mingler MK, Hingst AM, Clement SL, Yu LE, Reifur L, Koslowsky DJ (listopad 2006). "Identifikace opakujících se proteinů pentatrikopeptidu v Trypanosoma brucei". Mol. Biochem. Parazitol. 150 (1): 37–45. doi:10.1016 / j.molbiopara.2006.06.006. PMID 16837079.
- ^ A b C Lurin C, Andrés C, Aubourg S, Bellaoui M, Bitton F, Bruyère C, Caboche M, Debast C, Gualberto J, Hoffmann B, Lecharny A, Le Ret M, Martin-Magniette ML, Mireau H, Peeters N, Renou JP , Szurek B, Taconnat L, Small I (srpen 2004). „Analýza genomu pentatrikopeptidových opakujících se proteinů Arabidopsis odhaluje jejich zásadní roli v biogenezi organel“. Rostlinná buňka. 16 (8): 2089–103. doi:10.1105 / tpc.104.022236. PMC 519200. PMID 15269332.
- ^ O'Toole N, Hattori M, Andres C, Iida K, Lurin C, Schmitz-Linneweber C, Sugita M, Small I (červen 2008). „O rozšíření rodiny genů opakujících se pentatrikopeptid v rostlinách“. Mol. Biol. Evol. 25 (6): 1120–8. doi:10.1093 / molbev / msn057. PMID 18343892.
- ^ Kotera E, Tasaka M, Shikanai T (leden 2005). „Opakovaný protein pentatrikopeptidu je nezbytný pro editaci RNA v chloroplastech“. Příroda. 433 (7023): 326–30. doi:10.1038 / nature03229. PMID 15662426.
- ^ Takenaka M, Verbitskiy D, Zehrmann A, Brennicke A (červen 2010). „Reverzní genetický screening identifikuje pět PPR proteinů třídy E zapojených do úpravy RNA v mitochondriích Arabidopsis Thaliana“. J Biol Chem. 285 (35): 27122–27129. doi:10.1074 / jbc.M110.128611. PMC 2930711. PMID 20566637.
- ^ Yin P, Li Q, Yan C, Liu Y, Liu J, Yu F a kol. (Prosinec 2013). "Strukturální základ pro modulární rozpoznávání jednořetězcové RNA proteiny PPR". Příroda. 504 (7478): 168–71. doi:10.1038 / příroda12651. PMID 24162847.
 | Tento molekulární biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |