Pegivirus - Pegivirus - Wikipedia

Pegivirus
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Orthornavirae
Kmen:Kitrinoviricota
Třída:Flasuviricetes
Objednat:Amarillovirales
Rodina:Flaviviridae
Rod:Pegivirus
Druh

Pegivirus A
Pegivirus B
Pegivirus C.
Pegivirus D
Pegivirus E
Pegivirus F
Pegivirus G.
Pegivirus H
Pegivirus I.
Pegivirus J.
Pegivirus K.
Sifaka pegivirus

Pegivirus je schválený název pro rod jednoho pozitivního vlákna RNA viry v rodině Flaviviridae.[1][2][3][4] Název je odvozený: „Pe“ znamená „persistent“ a „g“ je odkaz na Hepatitida G., dřívější název C druh.

Taxonomie

Jedenáct jmenovaných druhů patří do rodu Pegivirus.[2] Izoláty patřící k druhu Pegivirus C. jsou monofyletické a vykazují <50% odchylku sekvence nukleotidů (55% aminokyselin) mezi seřazenými sekvencemi od polyproteinu od sebe navzájem. Všechny se však liší o> 50% odlišností nukleotidů (> 55% aminokyselin) od ostatních členů tohoto rodu. Pegiviry přiřazené tomuto druhu (Pegivirus A) pocházejí z hostitelských druhů primátů (lidí, šimpanzů a několika druhů opic Nového světa). Sekvence U22303 byla přiřazena jako typový člen druhu, protože to byl první pegivirus, který byl pro tento druh popsán. Terminologie popisující viry s různými hostiteli nebyla schválena Mezinárodním výborem pro taxonomii virů; viry Pegivirus A se však nazývají HPgV pro lidský pegivirus, SPgV pro nový svět opičích pegivirů a SPgVcpz pro opičí virus šimpanzů.[Citace je zapotřebí ]

Druhý druh v pegiviru se nazývá Pegivirus B. Do návrhu pojmenování byl zahrnut pouze jeden virus, který byl úplným genomem viru nalezeného u druhů netopýrů Pteropus giganteus. Tato sekvence se liší o> 50% odlišností nukleotidů (> 55% aminokyselin) od všech navržených členů odvozených od primátů Pegivirus C. druhy, které pocházejí z hostitelských druhů primátů (lidé, šimpanzi a několik druhů opic z Nového světa). Sekvence GU566734 byla přiřazena jako typový člen druhu, protože to byl první pegivirus, který byl pro tento druh popsán.[Citace je zapotřebí ]

Použití technologií hlubokého sekvenování identifikovalo další viry, které se liší od Pegivirus B druhů o> 50% nukleotidů (> 55% aminokyselin) a Pegivirus C. u hlodavců, koní a u různých druhů netopýrů a opic Starého světa a jejich počtu Pegivirus druh byl rozšířen na jedenáct.[5]

Revidovaná taxonomie

Druhy známé v roce 2016 byly od té doby klasifikovány do 11 druhů - Pegivirus A – K.[2][5]

  • Pegivirus A zahrnuje virus GBV-A
  • Pegivirus B zahrnuje virus GBV-D
  • Pegivirus C. zahrnuje virus GBV-C
  • Pegivirus D zahrnuje virus související s Theilerovou chorobou
  • Pegivirus E zahrnuje virus Koňský pegivirus
  • Pegivirus F zahrnuje virus Bat pegivirus
  • Pegivirus G. zahrnuje virus Bat pegivirus
  • Pegivirus H zahrnuje virus Lidský pegivirus 2
  • Pegivirus I. zahrnuje virus Bat pegivirus
  • Pegivirus J. zahrnuje virus Rodg pegivirus
  • Pegivirus K. zahrnuje virus prasečí pegivirus

Dějiny

  • V roce 1967 došlo k experimentální inokulaci séra od třiadvaceti let chirurg (George Barker) s akutní hepatitidou do tamaríny údajně mělo za následek hepatitida.[6]
  • V roce 1995 dva noví členové rodiny Flaviviridae (GBV-A a GBV-B) byly identifikovány u tamarinů, u kterých se vyvinula hepatitida po inokulaci 11. pasáží GB. U divokých opic Nového světa, které byly zajaty, byla později identifikována řada variant GBV-A.
  • Následně v roce 1995 byl identifikován lidský virus [GBV-C nebo virus hepatitidy G (HGV)].
  • U netopýra byl později objeven vzdáleněji příbuzný virus (GBV-D) (Pteropus giganteus ).[7]
  • Rod Pegivirus byl navržen v roce 2011.[3] GBV-B byl přidělen do rodu Hepacivirus,[2] zatímco GBV-A společně s GBV-C byly přiřazeny k novému rodu Pegivirus.[2]
  • V roce 2016 byl rod pegiviru rozdělen do 11 druhů - pegivirů A – K s GBV-C klasifikovaných jako druhy pegiviru C.[5]

Poznámky

  • Theilerova nemoc - forma hepatitidy koní - také se zdá, že je způsobena pegivirem -Virus spojený s chorobou Theiler.[8]
  • Lidský hepegivirus 1 nebo lidský pegivirus 2 (HPgV2) je virus izolovaný od 2 vícekrát transfúzovaných hemofiliků a dvou pacientů s transfuzí.[9] Zdá se, že tento virus patří do nové clade v pegivirech.
  • Související virus byl izolován z půvabné kočky (Proscyllium habereri ).[10]
  • Zdá se, že lidské pegiviry souvisejí s nelidskými druhy primátů.[11]
  • Vědci v roce 2019 popsali lidský pegivirus-1 jako „příčinu člověka encefalitida (Leukoencefalitida ) "; stejně jako sexuálně a matka-dítě přenosný.[12]
  • Další virus - pegavirus hlodavců - byl izolován z bělokrka lesního (Neotoma albigula ).[13]
  • Pegivirus (koňský pegivirus) byl také izolován z koně.[14]

Reference

  1. ^ Simmonds, Peter; Becher, Paul; Bukh, Jens; Gould, Ernest A; Meyers, Gregor; Monath, Tom; Muerhoff, Scott; Pletnev, Alexander; Rico-Hesse, Rebecca; Smith, Donald B; Stapleton, Jack T; Zpráva ICTV, Consortium (2017). „Profil taxonomie viru ICTV: Flaviviridae“. Journal of General Virology. 98 (1): 2–3. doi:10.1099 / jgv.0.000672. PMC  5370391. PMID  28218572.
  2. ^ A b C d E "Zpráva ICTV Flaviviridae".
  3. ^ A b Stapleton, J. T; Foung, S; Muerhoff, A. S; Bukh, J; Simmonds, P (2010). „Viry GB: Přehled a navrhovaná klasifikace GBV-A, GBV-C (HGV) a GBV-D u rodu Pegivirus z čeledi Flaviviridae“. Journal of General Virology. 92 (2): 233–46. doi:10.1099 / vir.0.027490-0. PMC  3081076. PMID  21084497.
  4. ^ Adams, M. J; Lefkowitz, E. J; King, A. M. Q; Carstens, E. B (2013). „Nedávno schválené změny Mezinárodního kodexu klasifikace a nomenklatury virů“. Archivy virologie. 158 (12): 2633–9. doi:10.1007 / s00705-013-1749-9. PMID  23836393.
  5. ^ A b C Smith, Donald B; Becher, Paul; Bukh, Jens; Gould, Ernest A; Meyers, Gregor; Monath, Thomas; Muerhoff, A. Scott; Pletnev, Alexander; Rico-Hesse, Rebecca; Stapleton, Jack T; Simmonds, Peter (2016). „Navrhovaná aktualizace taxonomie rodů Hepacivirus a Pegivirus v rámci rodiny Flaviviridae“. Journal of General Virology. 97 (11): 2894–2907. doi:10.1099 / jgv.0.000612. PMC  5770844. PMID  27692039.
  6. ^ Deinhardt F, Holmes AW, Capps RB, Popper H (1967) Studie o přenosu lidské virové hepatitidy na opice kosmanů. I. Přenos nemoci, sériové pasáže a popis jaterních lézí. J Exp Med 125 (4) 673-688
  7. ^ Epstein, Jonathan H; Quan, Phenix-Lan; Briese, Thomas; Ulice, Craig; Jabado, Omar; Conlan, Sean; Ali Khan, Shahneaz; Verdugo, Dawn; Hossain, M. Jahangir; Hutchison, Stephen K; Egholm, Michael; Luby, Stephen P; Daszak, Peter; Lipkin, W. Ian (2010). „Identifikace GBV-D, románového Flaviviru podobného GB od netopýrů starého světa (Pteropus giganteus) v Bangladéši“. PLOS patogeny. 6 (7): e1000972. doi:10.1371 / journal.ppat.1000972. PMC  2895649. PMID  20617167.
  8. ^ Chandriani, S; Skewes-Cox, P; Zhong, W; Ganem, D.E .; Divers, T. J; Van Blaricum, A. J; Tennant, B. C; Kistler, A. L (2013). „Identifikace dříve nepopsaného odlišného viru z Flaviviridae při propuknutí hepatitidy koní“. Sborník Národní akademie věd. 110 (15): E1407–15. Bibcode:2013PNAS..110E1407C. doi:10.1073 / pnas.1219217110. PMC  3625295. PMID  23509292.
  9. ^ Kapoor, Amit; Kumar, Arvind; Simmonds, Peter; Bhuva, Nishit; Singh Chauhan, Lokendra; Lee, Bohyun; Sall, Amadou Alpha; Jin, Zhezhen; Morse, Stephen S; Shaz, Beth; Burbelo, Peter D; Lipkin, W. Ian (2015). „Viromová analýza příjemců transfuze odhaluje nový lidský virus, který sdílí genomické rysy s hepaciviry a pegiviry“. mBio. 6 (5): e01466–15. doi:10,1 128 / mBio.01466-15. PMC  4600124. PMID  26396247.
  10. ^ Shi, Mang; Lin, Xian-Dan; Vasilakis, Nikos; Tian, ​​Jun-Hua; Li, Ci-Xiu; Chen, Liang-Jun; Eastwood, Gillian; Diao, Xiu-Nian; Chen, Ming-Hui; Chen, Xiao; Qin, Xin-Cheng; Widen, Steven G; Wood, Thomas G; Tesh, Robert B; Xu, Jianguo; Holmes, Edward C; Zhang, Yong-Zhen (2016). „Odlišné viry objevené u členovců a obratlovců revidují evoluční historii Flaviviridae a souvisejících virů“. Journal of Virology. 90 (2): 659–69. doi:10.1128 / JVI.02036-15. PMC  4702705. PMID  26491167.
  11. ^ Thézé, Julien; Lowes, Sophia; Parker, Joe; Pybus, Oliver G (2015). „Evoluční a fylogenetická analýza hepacivirů a pegivirů“. Biologie genomu a evoluce. 7 (11): 2996–3008. doi:10.1093 / gbe / evv202. PMC  5635594. PMID  26494702.
  12. ^ „Vědci objevují skrytou příčinu encefalitidy“.
  13. ^ Kapoor, A; Simmonds, P; Scheel, T. K. H; Hjelle, B; Cullen, J. M; Burbelo, P. D; Chauhan, L. V; Duraisamy, R; Sanchez Leon, M; Jain, K; Vandegrift, K. J; Calisher, C. H; Rice, C. M; Lipkin, W. I (2013). „Identifikace hlodavčích homologů viru hepatitidy C a pegivirů“. mBio. 4 (2): e00216–13. doi:10,1 128 / mBio.00216-13. PMC  3622934. PMID  23572554.
  14. ^ Kapoor, A; Simmonds, P; Cullen, J. M; Scheel, T. K. H; Medina, J. L; Giannitti, F; Nishiuchi, E; Brock, K. V; Burbelo, P. D; Rice, C. M; Lipkin, W. I (2013). „Identifikace pegiviru (virus podobný viru GB), který infikuje koně“. Journal of Virology. 87 (12): 7185–90. doi:10.1128 / JVI.00324-13. PMC  3676142. PMID  23596285.