PATRIC - PATRIC
PATRIC[1] (Pathosystems Resource Integration Center) je Bakteriální Centrum bioinformatických zdrojů, informační systém určený k podpoře práce komunity biomedicínského výzkumu v oblasti bakteriálních infekčních onemocnění prostřednictvím integrace životně důležitých informací o patogenech s bohatými daty a analytickými nástroji. PATRIC zaostřuje a zdokonaluje rozsah dostupných bakteriálních fylogenomických dat z mnoha zdrojů speciálně pro komunitu bakteriálního výzkumu, aby ušetřil čas a úsilí biologů při provádění srovnávacích analýz. Volně dostupná platforma PATRIC poskytuje rozhraní pro biology k objevování dat a informací a provádění komplexní komparativní genomiky a dalších analýz v jednom místě. PATRIC, projekt divize Cyberinfrastructure Division společnosti Virginia Tech, je financován Národními instituty alergie a infekčních nemocí (NIAID ), součást Národních institutů zdraví (NIH ).
Co PATRIC nabízí
- Konzistentní anotace všech sekvenovaných bakteriálních druhů z GenBank.
- Pomocí stejného anotujte svůj bakteriální genom zdarma za méně než 24 hodin Služba anotací RAST který se používá v PATRIC.
- Vyhledávání dat a informací
- Proveďte globální PATRICKÉ vyhledávání nebo proveďte pokročilé vyhledávání na základě taxonomie, názvu genu, tagu Locus, funkce / rodiny proteinů, cest, čísel EC, podmínek GO, interakcí hostitele a patogenu a dalších.
- Proveďte a VÝBUCH hledat proti plazmidově specifickým databázím BLAST obsahujícím genomové sekvence nebo proteiny v PATRIC.
- Proveďte rozšířené vyhledávání literatury a dolování textu techniky k identifikaci genů, proteinů, nemocí, léků, organismů a dalších zájmových entit.
- Osobní pracovní prostor, který umožňuje uživatelům trvale ukládat sledované sekvence shromážděné z PATRIC. Odtud můžete spravovat a analyzovat uložená data ve vašich přizpůsobených skupinách.
- Četné srovnávací analýzy a interaktivní vizualizace pomáhají vyšetřovatelům objevovat nové vlastnosti ve složitých systémech. Exportovatelné sekvence a další podrobnosti o datech použitých k vytvoření vašich vlastních vizualizací.
- Bohaté interaktivní vizualizace, které podporují analýzy, jako je pohled z ptačí perspektivy na zachování (nebo jeho nedostatek) konkrétních zájmových genů, rozlišování, kolik proteinů má stejnou funkci v jednom genomu, a identifikace proteinů pomocí více homologů nebo paralogů napříč sadou genomů.
- Volně dostupná data a výsledky analýz prezentované v tabulkových, grafických a stahovatelných formátech.
Zásady zveřejňování údajů PATRIC
Bakteriální organismy zahrnuté v databázi PATRIC
- Bacil
- Bartonella
- Borrelia
- Brucella
- Burkholderia
- Campylobacter
- Chlamydophila
- Clostridium
- Coxiella
- Ehrlichia
- Escherichia
- Francisella
- Helicobacter
- Listeria
- Mycobacterium
- Rickettsia
- Salmonella
- Shigella
- Staphylococcus
- Vibrio
- Yersinia
- jiný Bakterie
Nástroje a srovnávací analýzy na PATRIC
- Třídič proteinových rodin: Porovnává rodiny proteinů napříč úzce příbuznými nebo různorodými skupinami genomů, vizualizuje je pomocí interaktivních tepelných map a generuje více sekvenčních zarovnání a fylogenetické stromy pro jednotlivé rodiny. Zobrazení Heatmap je interaktivní vizualizační nástroj, který poskytuje přehled distribuce proteinů ve vybrané sadě genomů.
- Srovnávací cesty: Srovnává důsledně anotované metabolické dráhy napříč úzce souvisejícími nebo různorodými skupinami genomů a vizualizuje je pomocí interaktivních KEGG map a tepelných map. Zobrazení teplotní mapy je interaktivní vizualizační nástroj, který poskytuje přehled o distribuci genomů v rámci sady čísel EC v rámci vybrané cesty.
- Metadata: Podporuje vyhledávání a lokalizaci zajímavých genomů na základě různých kombinací 61 různých polí metadat. Například všechny genomy, které byly izolovány z lidí, genomy související s fylogenezí nebo genomy související se životním stylem.
- Mapování ID: Rychle mapuje identifikátory PATRIC na identifikátory z jiných významných externích databází, jako jsou GenBank, RefSeq, UniProt atd. Alternativně mohou vědci začít se seznamem identifikátorů externích databází a mapovat je na odpovídající funkce PATRIC.
- Prohlížeč genomu a prohlížeč regionů: Vizualizuje a porovnává anotace genomu z více zdrojů a umožňuje uživatelům prohlížet sousedství genů.
- 3D struktury a experimentální data: Poskytuje konsolidovaný a jednotný přístup k datům prostřednictvím souhrnů všech příslušných postgenomických datových souborů dostupných v různých veřejných úložištích, jako jsou GEO, ArrayExpress, (dříve) Proteomics Resource Centers, PRIDE, struktura NCBI, IntAct a BIND.
- Zobrazení nemoci: Uvádí údaje o infekčních chorobách, virulenci a ohniskách spojených s různými taxony. Zahrnuje interaktivní graf představující vztahy mezi patogeny, geny a chorobami a mapu nemoci, která v reálném čase geolokalizuje zprávy o souvisejících chorobách po celém světě.
- VÝBUCH[2]
- RAST[3] služba anotace prokaryotického genomu
- KLEIO[4] pokročilý vyhledávací nástroj MedLine
O divizi Cyberinfrastructure a VBI
The Divize CyberInfrastructure ve společnosti VBI vyvíjí metody, infrastrukturu a zdroje, které pomáhají umožnit vědecké objevy ve výzkumu infekčních nemocí a dalších oblastech výzkumu. Skupina uplatňuje principy kybernetické infrastruktury k integraci dat, výpočetní infrastruktury a lidí. Divize CyberInfrastructure vyvinula mnoho veřejných zdrojů pro správná, různorodá molekulární a literární data z různých systémů infekčních nemocí a implementovala procesy, systémy a databáze potřebné k jejich podpoře. Provádí také výzkum pomocí svých metod a dat k vytváření nových vlastních objevů.
The Institut bioinformatiky ve Virginii (VBI) ve společnosti Virginia Tech má výzkumnou platformu zaměřenou na porozumění „trojúhelníku nemocí“ interakcí hostitel-patogen-prostředí v rostlinách, lidech a jiných zvířatech. Úspěšným nasměrováním inovací do transdisciplinárních přístupů, které kombinují informační technologie a biologii, řeší vědci z VBI některé z dnešních klíčových výzev v biomedicínských, environmentálních a rostlinných vědách.
Viz také
Reference
- ^ Gillespie JJ, Wattam AR, Cammer SA a kol. (Listopad 2011). „PATRIC: komplexní zdroj bakteriální bioinformatiky se zaměřením na lidské patogenní druhy“. Infekce a imunita. 79 (11): 4286–98. doi:10.1128 / IAI.00207-11. PMC 3257917. PMID 21896772.
- ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990). „Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“ (PDF). J Mol Biol. 215 (3): 403–410. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID 2231712. Archivovány od originál (PDF) dne 2010-10-13.
- ^ Aziz, RK; Bartels, D; Nejlepší, AA; DeJongh, M; Disz, T; Edwards, RA; Formsma, K; Gerdes, S; Glass, EM; Kubal, Michael; Meyer, Folker; Olsen, Gary J; Olson, Robert; Osterman, Andrei L; Overbeek, Ross A; McNeil, Leslie K; Paarmann, Daniel; Paczian, Tobias; Parrello, Bruce; Pusch, Gordon D; Reich, Claudia; Stevens, Rick; Vassieva, Olga; Vonstein, Veronika; Wilke, Andreas; Zagnitko, Olga (2008). „Server RAST: Rychlé anotace pomocí technologie subsystémů“. BMC Genomics. 9: 75. doi:10.1186/1471-2164-9-75. PMC 2265698. PMID 18261238.
- ^ C. Nobata; P. Cotter; N. Okazaki; B. Rea; Y. Sasaki; Y. Tsuruoka; J. Tsujii; S. Ananiadou (2008). „Kleio: znalostně obohacený systém vyhledávání informací pro biologii“ (PDF). Proc. 31. výroční mezinárodní konference ACM SIGIR: 787–788. Archivovány od originál (PDF) dne 17.07.2011. Citováno 2010-09-13.
externí odkazy
- Oficiální webové stránky
- Centra zdrojů pro bioinformatiku Stránka NIAID popisující cíle a aktivity BRC
- Portál patogenů Centrum pro pět BRC; poskytuje souhrnné informace napříč BRC