PSIP1 - PSIP1

PSIP1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1Z9E, 2B4J, 2M16, 2 MSR, 2 MTN, 2N3A, 3F9K, 3HPG, 3HPH, 3U88, 3ZEH, 4FU6
Identifikátory
Aliasy	PSIP1, DFS70, LEDGF, PAIP, PSIP2, p52, p75, PC4 a SFRS1 interagující protein 1
Externí ID	OMIM: 603620 MGI: 2142116 HomoloGene: 13242 Genové karty: PSIP1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	15,510,995 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	83,486,459 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba chromatinu; • aktivace vazby transkripčního faktoru; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • nadšroubovicová vazba DNA; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytosol; • jaderná periferie; • nukleoplazma; • nukleární heterochromatin; • jádro; • transkripčně aktivní chromatin; • buněčné jádro;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • reakce na teplo; • reakce na oxidační stres; • transkripce, chráněná DNA; • zavedení integrované provirální latence; • rozpoznávání mRNA 5'-místa sestřihu; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • GO: virový proces 0022415; • jaderná doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	11168
	101739
	ENSG00000164985
	ENSMUSG00000028484
	O75475
	Q99JF8
	NM_001128217; NM_021144; NM_033222; NM_001317898; NM_001317900
	NM_001290527; NM_133948; NM_001347143; NM_001355203
	NP_001121689; NP_001304827; NP_001304829; NP_066967; NP_150091
	NP_001277456; NP_001334072; NP_598709; NP_001342132
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein interagující s PC4 a SFRS1 1, známý také jako růstový faktor odvozený z epitelu čočky (LEDGF / p75), hustý jemný tečkovaný 70kD protein (DFS 70) nebo transkripční koaktivátor p75 / p52, je protein že u lidí je kódován PSIP1 gen.^[5]^[6]

Funkce

PSIP1 nebyl jasně spojen se specifickým buněčným mechanismem. Termín LEDGF / p75 (růstový faktor odvozený z epitelu čočky) se běžně používá na základě počáteční charakterizace PSIP1, jedná se však o nesprávné pojmenování, protože protein je přítomen ve většině tkání a nemá přímou roli ve vývoji epitelu čočky . LEDGF / p75, přepis koaktivátor, získal důležitost jako hostitelský faktor, který pomáhá při integraci HIV^[7] a je pravděpodobně jediným interaktorem integrázy, jehož snížení významně ovlivňuje úrovně integrace HIV.^[8]^[9]^[10] Interakce mezi HIV integráza a lidská LEDGF / p75 je slibným cílem pro objevování léků proti HIV.^[11] LEDGF / p75 rekrutuje komplexy MLL do genů HOX, aby reguloval jejich expresi.^[12] Ukázalo se, že LEDGF / p52 získává spojovací faktory do trimethylovaného chromatinu H3K36 k modulaci alternativního sestřihu,^[13] také reguluje HOTTIP lncRNA, který reguluje geny HOX v cis.^[14]

Struktura

LEDGF / p75 je 60 kDa, 530 aminokyselin dlouhý protein.^[15] N-koncová část proteinu se skládá z PWWP domény, a sekvence nukleární lokalizace a dvě kopie AT-hák DNA vazebný motiv. C-koncová část LEDGF / p75 obsahuje strukturu nazvanou vazebná doména integrázy,^[16] který interaguje s lentiviral proteiny integrázy i četné buněčné proteiny. N-koncová část silně interaguje s chromatin, čímž se z LEDGF / p75 stává konstitutivně jaderný protein. Izoforma proteinu, LEDGF / p52, je produkována alternativní sestřih. LEDGF / p52 sdílí N-koncové 325 aminokyseliny LEDGF / p75, ale postrádá doménu vázající integrázu.

Interakce

PSIP1 bylo prokázáno komunikovat s bílkovinami ASF / SF2, JPO2, Cdc7-Dbf4 a POGZ stejně jako menin /MLL proteinový komplex.^[17]^[18]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164985 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028484 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: PSIP1 PC4 a SFRS1 interagující protein 1“.
^ Singh DP, Kimura A, Chylack LT, Shinohara T (leden 2000). „Růstový faktor odvozený z epitelu čočky (LEDGF / p75) a p52 jsou odvozeny z jednoho genu alternativním sestřihem“. Gen. 242 (1–2): 265–73. doi:10.1016 / S0378-1119 (99) 00506-5. PMID 10721720.
^ Cherepanov P, Maertens G, Proost P, Devreese B, Van Beeumen J, Engelborghs Y, De Clercq E, Debyser Z (leden 2003). „HIV-1 integráza tvoří stabilní tetramery a asociuje se s proteinem LEDGF / p75 v lidských buňkách“. J. Biol. Chem. 278 (1): 372–81. doi:10,1074 / jbc.M209278200. PMID 12407101.
^ Vandekerckhove L, Christ F, Van Maele B, De Rijck J, Gijsbers R, Van den Haute C, Witvrouw M, Debyser Z (únor 2006). „Přechodný a stabilní příkop integrázového kofaktoru LEDGF / p75 odhaluje jeho roli v replikačním cyklu viru lidské imunodeficience“. J. Virol. 80 (4): 1886–96. doi:10.1128 / JVI.80.4.1886-1896.2006. PMC 1367129. PMID 16439544.
^ Shun MC, Raghavendra NK, Vandegraaff N, Daigle JE, Hughes S, Kellam P, Cherepanov P, Engelman A (červenec 2007). „LEDGF / p75 funguje po proudu od tvorby preintegračního komplexu k provedení genově specifické integrace HIV-1“. Genes Dev. 21 (14): 1767–78. doi:10.1101 / gad.1565107. PMC 1920171. PMID 17639082.
^ Llano M, Saenz DT, Meehan A, Wongthida P, Peretz M, Walker WH, Teo W, Poeschla EM (říjen 2006). "Zásadní role LEDGF / p75 v integraci HIV". Věda. 314 (5798): 461–4. Bibcode:2006Sci ... 314..461L. doi:10.1126 / science.1132319. PMID 16959972. S2CID 24756699.
^ Christ F, Voet A, Marchand A, Nicolet S, Desimmie BA, Marchand D, Bardiot D, Van der Veken NJ, Van Remoortel B, Strelkov SV, De Maeyer M, Chaltin P, Debyser Z (červen 2010). „Racionální návrh malomolekulárních inhibitorů interakce LEDGF / p75-integrázy a replikace HIV“. Nat. Chem. Biol. 6 (6): 442–8. doi:10.1038 / nchembio.370. PMID 20473303.
^ Pradeepa, Madapura M .; Grimes, Graeme R .; Taylor, Gillian C. A .; Sutherland, Heidi G .; Bickmore, Wendy A. (2014-08-18). „Psip1 / Ledgf p75 omezuje expresi genu Hox získáváním jak trithoraxu, tak proteinů skupiny polycombů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (14): 9021–9032. doi:10.1093 / nar / gku647. ISSN 0305-1048. PMC 4132756. PMID 25056311.
^ Pradeepa, Madapura M .; Sutherland, Heidi G .; Ule, Jernej; Grimes, Graeme R .; Bickmore, Wendy A. (2012-05-17). „Psip1 / Ledgf p52 váže methylovaný histon H3K36 a spojovací faktory a přispívá k regulaci alternativního spojování“. Genetika PLOS. 8 (5): e1002717. doi:10.1371 / journal.pgen.1002717. ISSN 1553-7404. PMC 3355077. PMID 22615581.
^ Pradeepa, Madapura M .; McKenna, Fionnuala; Taylor, Gillian C. A .; Bengani, Hemant; Grimes, Graeme R .; Wood, Andrew J .; Bhatia, Shipra; Bickmore, Wendy A. (04.04.2017). „Psip1 / p52 reguluje zadní geny Hoxa aktivací lncRNA Hottip“. Genetika PLOS. 13 (4): e1006677. doi:10.1371 / journal.pgen.1006677. ISSN 1553-7404. PMC 5383017. PMID 28384324.
^ Llano M, Morrison J, Poeschla EM (2009). "Virologické a buněčné role transkripčního koaktivátoru LEDGF / p75". Interakce HIV s proteiny hostitelských buněk. Curr. Horní. Microbiol. Immunol. Aktuální témata v mikrobiologii a imunologii. 339. 125–46. doi:10.1007/978-3-642-02175-6_7. ISBN 978-3-642-02174-9. PMC 3093762. PMID 20012527.
^ Cherepanov P, Sun ZY, Rahman S, Maertens G, Wagner G, Engelman A (červen 2005). "Struktura řešení domény vázající HIV-1 integrázu v LEDGF / p75". Nat. Struct. Mol. Biol. 12 (6): 526–32. doi:10.1038 / nsmb937. PMID 15895093. S2CID 20898124.
^ Ge H, Si Y, Wolffe AP (prosinec 1998). „Nový transkripční koaktivátor, p52, funkčně interaguje s esenciálním spojovacím faktorem ASF / SF2“. Mol. Buňka. 2 (6): 751–9. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80290-7. PMID 9885563.
^ Hughes S, Jenkins V, Dar MJ, Engelman A, Cherepanov P (leden 2010). „Transkripční koaktivátor LEDGF interaguje s Cdc7-aktivátorem kinázy S-fáze (ASK) a stimuluje její enzymatickou aktivitu“. J. Biol. Chem. 285 (1): 541–54. doi:10.1074 / jbc.M109.036491. PMC 2804203. PMID 19864417.

Další čtení

Shun MC, Raghavendra NK, Vandegraaff N, Daigle JE, Hughes S, Kellam P, Cherepanov P, Engelman A (červenec 2007). „LEDGF / p75 funguje po proudu od tvorby preintegračního komplexu k provedení genově specifické integrace HIV-1“. Genes Dev. 21 (14): 1767–78. doi:10.1101 / gad.1565107. PMC 1920171. PMID 17639082.
Van Maele B, Debyser Z (2005). „Integrace HIV-1: souhra mezi HIV-1 integrázou, buněčnými a virovými proteiny“. AIDS Rev. 7 (1): 26–43. PMID 15875659.
Van Maele B, Busschots K, Vandekerckhove L, Christ F, Debyser Z (2006). "Buněčné kofaktory integrace HIV-1". Trends Biochem. Sci. 31 (2): 98–105. doi:10.1016 / j.tibs.2005.12.002. PMID 16403635.
Freed EO, Mouland AJ (2006). „Buněčná biologie HIV-1 a dalších retrovirů“. Retrovirologie. 3: 77. doi:10.1186/1742-4690-3-77. PMC 1635732. PMID 17083721.
Ge H, Si Y, Roeder RG (1998). „Izolace cDNA kódujících nové transkripční koaktivátory p52 a p75 odhaluje alternativní regulační mechanismus aktivace transkripce“. EMBO J.. 17 (22): 6723–9. doi:10.1093 / emboj / 17.22.6723. PMC 1171017. PMID 9822615.
Ge H, Si Y, Wolffe AP (1998). „Nový transkripční koaktivátor, p52, funkčně interaguje s esenciálním spojovacím faktorem ASF / SF2.“ Mol. Buňka. 2 (6): 751–9. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80290-7. PMID 9885563.
Singh DP, Ohguro N, Kikuchi T, Sueno T, Reddy VN, Yuge K, Chylack LT, Shinohara T (2000). „Růstový faktor odvozený z epitelu čočky: účinky na růst a přežití epiteliálních buněk čočky, keratinocytů a fibroblastů“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 267 (1): 373–81. doi:10.1006 / bbrc.1999.1979. PMID 10623627.
Singh DP, Kimura A, Chylack LT, Shinohara T (2000). „Růstový faktor odvozený z epitelu čočky (LEDGF / p75) a p52 jsou odvozeny z jednoho genu alternativním sestřihem“. Gen. 242 (1–2): 265–73. doi:10.1016 / S0378-1119 (99) 00506-5. PMID 10721720.
Ochs RL, Muro Y, Si Y, Ge H, Chan EK, Tan EM (2000). "Autoprotilátky proti DFS 70 kd / transkripční koaktivátor p75 u atopické dermatitidy a dalších stavů". J. Allergy Clin. Immunol. 105 (6 Pt 1): 1211–20. doi:10.1067 / mai.2000.107039. PMID 10856157.
Kubo E, Fatma N, Sharma P, Shinohara T, Chylack LT, Akagi Y, Singh DP (2002). „Transaktivace involucrinu, markeru diferenciace v keratinocytech, růstovým faktorem odvozeným z epitelu čočky (LEDGF)“. J. Mol. Biol. 320 (5): 1053–63. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 00551-X. PMID 12126624.
Wu X, Daniels T, Molinaro C, Lilly MB, Casiano CA (2002). „Kaspázové štěpení jaderného autoantigenu LEDGF / p75 ruší jeho funkci pro přežití: důsledky pro autoimunitu u atopických poruch“. Buněčná smrt se liší. 9 (9): 915–25. doi:10.1038 / sj.cdd.4401063. PMID 12181742.
Cherepanov P, Maertens G, Proost P, Devreese B, Van Beeumen J, Engelborghs Y, De Clercq E, Debyser Z (2003). „HIV-1 integráza tvoří stabilní tetramery a asociuje se s proteinem LEDGF / p75 v lidských buňkách“. J. Biol. Chem. 278 (1): 372–81. doi:10,1074 / jbc.M209278200. PMID 12407101.
Maertens G, Cherepanov P, Pluymers W, Busschots K, De Clercq E, Debyser Z, Engelborghs Y (2003). „LEDGF / p75 je nezbytný pro nukleární a chromozomální cílení HIV-1 integrázy v lidských buňkách“. J. Biol. Chem. 278 (35): 33528–39. doi:10,1074 / jbc.M303594200. PMID 12796494.
Maertens G, Cherepanov P, Debyser Z, Engelborghs Y, Engelman A (2004). „Identifikace a charakterizace funkčního signálu lokalizace jader v interaktivním interaktoru HIV-1 LEDGF / p75“. J. Biol. Chem. 279 (32): 33421–9. doi:10,1074 / jbc.M404700200. PMID 15163664.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Llano M, Vanegas M, Fregoso O, Saenz D, Chung S, Peretz M, Poeschla EM (2004). „LEDGF / p75 určuje buněčný přenos různých lentivirových, ale nikoli myších proteinů oncoretrovirové integrázy a je součástí funkčních lentivirových preintegračních komplexů“. J. Virol. 78 (17): 9524–37. doi:10.1128 / JVI.78.17.9524-9537.2004. PMC 506940. PMID 15308744.
Cherepanov P, Devroe E, Silver PA, Engelman A (2004). „Identifikace evolučně konzervované domény v růstovém faktoru / transkripčním koaktivátoru p75 (LEDGF / p75) odvozeném z epitelu lidské čočky, který váže integrázu HIV-1“. J. Biol. Chem. 279 (47): 48883–92. doi:10,1074 / jbc.M406307200. PMID 15371438.
Llano M, Delgado S, Vanegas M, Poeschla EM (2004). „Růstový faktor / p75 odvozený z epitelu čočky zabraňuje proteazomální degradaci integrázy HIV-1“. J. Biol. Chem. 279 (53): 55570–7. doi:10,1074 / jbc.M408508200. PMID 15475359.
Ogawa Y, Sugiura K, Watanabe A, Kunimatsu M, Mishima M, Tomita Y, Muro Y (2004). „Autoantigenicita DFS70 je omezena na konformační epitop C-terminální alfa-helikální domény.“ J. Autoimmun. 23 (3): 221–31. doi:10.1016 / j.jaut.2004.07.003. PMID 15501393.
Okamoto M, Ogawa Y, Watanabe A, Sugiura K, Shimomura Y, Aoki N, Nagasaka T, Tomita Y, Muro Y (2004). „Autoprotilátky proti DFS70 / LEDGF jsou u pacientů s alopecia areata zvýšeny“. J. Autoimmun. 23 (3): 257–66. doi:10.1016 / j.jaut.2004.07.004. PMID 15501396.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164985 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028484 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] „Entrez Gene: PSIP1 PC4 a SFRS1 interagující protein 1“.

[pmid10721720-6] Singh DP, Kimura A, Chylack LT, Shinohara T (leden 2000). „Růstový faktor odvozený z epitelu čočky (LEDGF / p75) a p52 jsou odvozeny z jednoho genu alternativním sestřihem“. Gen. 242 (1–2): 265–73. doi:10.1016 / S0378-1119 (99) 00506-5. PMID 10721720.

[pmid12407101-7] Cherepanov P, Maertens G, Proost P, Devreese B, Van Beeumen J, Engelborghs Y, De Clercq E, Debyser Z (leden 2003). „HIV-1 integráza tvoří stabilní tetramery a asociuje se s proteinem LEDGF / p75 v lidských buňkách“. J. Biol. Chem. 278 (1): 372–81. doi:10,1074 / jbc.M209278200. PMID 12407101.

[pmid16439544-8] Vandekerckhove L, Christ F, Van Maele B, De Rijck J, Gijsbers R, Van den Haute C, Witvrouw M, Debyser Z (únor 2006). „Přechodný a stabilní příkop integrázového kofaktoru LEDGF / p75 odhaluje jeho roli v replikačním cyklu viru lidské imunodeficience“. J. Virol. 80 (4): 1886–96. doi:10.1128 / JVI.80.4.1886-1896.2006. PMC 1367129. PMID 16439544.

[pmid17639082-9] Shun MC, Raghavendra NK, Vandegraaff N, Daigle JE, Hughes S, Kellam P, Cherepanov P, Engelman A (červenec 2007). „LEDGF / p75 funguje po proudu od tvorby preintegračního komplexu k provedení genově specifické integrace HIV-1“. Genes Dev. 21 (14): 1767–78. doi:10.1101 / gad.1565107. PMC 1920171. PMID 17639082.

[pmid16959972-10] Llano M, Saenz DT, Meehan A, Wongthida P, Peretz M, Walker WH, Teo W, Poeschla EM (říjen 2006). "Zásadní role LEDGF / p75 v integraci HIV". Věda. 314 (5798): 461–4. Bibcode:2006Sci ... 314..461L. doi:10.1126 / science.1132319. PMID 16959972. S2CID 24756699.

[pmid20473303-11] Christ F, Voet A, Marchand A, Nicolet S, Desimmie BA, Marchand D, Bardiot D, Van der Veken NJ, Van Remoortel B, Strelkov SV, De Maeyer M, Chaltin P, Debyser Z (červen 2010). „Racionální návrh malomolekulárních inhibitorů interakce LEDGF / p75-integrázy a replikace HIV“. Nat. Chem. Biol. 6 (6): 442–8. doi:10.1038 / nchembio.370. PMID 20473303.

[12] Pradeepa, Madapura M .; Grimes, Graeme R .; Taylor, Gillian C. A .; Sutherland, Heidi G .; Bickmore, Wendy A. (2014-08-18). „Psip1 / Ledgf p75 omezuje expresi genu Hox získáváním jak trithoraxu, tak proteinů skupiny polycombů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (14): 9021–9032. doi:10.1093 / nar / gku647. ISSN 0305-1048. PMC 4132756. PMID 25056311.

[13] Pradeepa, Madapura M .; Sutherland, Heidi G .; Ule, Jernej; Grimes, Graeme R .; Bickmore, Wendy A. (2012-05-17). „Psip1 / Ledgf p52 váže methylovaný histon H3K36 a spojovací faktory a přispívá k regulaci alternativního spojování“. Genetika PLOS. 8 (5): e1002717. doi:10.1371 / journal.pgen.1002717. ISSN 1553-7404. PMC 3355077. PMID 22615581.

[14] Pradeepa, Madapura M .; McKenna, Fionnuala; Taylor, Gillian C. A .; Bengani, Hemant; Grimes, Graeme R .; Wood, Andrew J .; Bhatia, Shipra; Bickmore, Wendy A. (04.04.2017). „Psip1 / p52 reguluje zadní geny Hoxa aktivací lncRNA Hottip“. Genetika PLOS. 13 (4): e1006677. doi:10.1371 / journal.pgen.1006677. ISSN 1553-7404. PMC 5383017. PMID 28384324.

[pmid20012527-15] Llano M, Morrison J, Poeschla EM (2009). "Virologické a buněčné role transkripčního koaktivátoru LEDGF / p75". Interakce HIV s proteiny hostitelských buněk. Curr. Horní. Microbiol. Immunol. Aktuální témata v mikrobiologii a imunologii. 339. 125–46. doi:10.1007/978-3-642-02175-6_7. ISBN 978-3-642-02174-9. PMC 3093762. PMID 20012527.

[pmid15895093-16] Cherepanov P, Sun ZY, Rahman S, Maertens G, Wagner G, Engelman A (červen 2005). "Struktura řešení domény vázající HIV-1 integrázu v LEDGF / p75". Nat. Struct. Mol. Biol. 12 (6): 526–32. doi:10.1038 / nsmb937. PMID 15895093. S2CID 20898124.

[pmid9885563-17] Ge H, Si Y, Wolffe AP (prosinec 1998). „Nový transkripční koaktivátor, p52, funkčně interaguje s esenciálním spojovacím faktorem ASF / SF2“. Mol. Buňka. 2 (6): 751–9. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80290-7. PMID 9885563.

[pmid19864417-18] Hughes S, Jenkins V, Dar MJ, Engelman A, Cherepanov P (leden 2010). „Transkripční koaktivátor LEDGF interaguje s Cdc7-aktivátorem kinázy S-fáze (ASK) a stimuluje její enzymatickou aktivitu“. J. Biol. Chem. 285 (1): 541–54. doi:10.1074 / jbc.M109.036491. PMC 2804203. PMID 19864417.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]