Oxytricha trifallax - Oxytricha trifallax - Wikipedia
| Oxytricha trifallax | |
|---|---|
 | |
Vědecká klasifikace  | |
| Clade: | SAR |
| Infrakingdom: | Alveolata |
| Kmen: | Ciliophora |
| Třída: | Spirotrichea |
| Rodina: | Oxytrichidae |
| Rod: | Sterkiella |
| Druh: | S. histriomuscorum |
| Binomické jméno | |
| Sterkiella histriomuscorum | |
| Synonyma[1] | |
| |
Sterkiella histriomuscorum, dříve Oxytricha trifallax, je ciliate druhy rodu Sterkiella, známý svými vysoce fragmentovanými genomy, které byly použity jako a Modelka pro genetiku nálevníků.
Genetika
Jako všichni náčelníci, O. trifallax má dva různé typy jader: makronukley, které jsou stránkou transkripce a genová exprese a mikrojader, které jsou aktivní pouze během sexuální reprodukce, ale jinak jsou transkripčně neaktivní. Makronukley jsou tvořeny diferenciací mikrojader, která obvykle zahrnuje určitý stupeň úpravy DNA zprostředkované RNA. O. trifallax je první druh sekvenovaný s neobvykle vysokým stupněm fragmentace ve svém makronukleárním genomu. Až 96% mikronukleárního genomu je eliminováno během diferenciace na makronukleus; ve srovnání s jinými náměstky jako Paramecium pouze asi 30% je vyloučeno. Makronukleární genom má haploidní velikost přibližně 50 Mbp.[2]
The chromozomy makronukleů jsou také neobvykle krátké. Makronukleární genom kóduje asi 18 500 genů, ale tyto jsou distribuovány na 16 000 chromozomech, které se kvůli své délce nazývají nanochromozomy.[2][3] Vzhledem ke svým neobvykle krátkým nanochromozómům, z nichž většina obsahuje pouze jeden gen, byly použity jako modelový organismus ke studiu telomery a pro screening nekódujících RNA genů.[4]
Mikronukleární genom byl také sekvenován a obsahuje asi 3 500 míchaných genů. Míchané geny jsou geny, jejichž jednotlivé segmenty se nacházejí v různých částech mikronukleárního genomu, a proto musí být během kroku úpravy DNA „dekódovány“ do konvenčního genu v makronukleárním genomu. Více než 225 000 jednotlivých segmentů DNA musí být během vývoje makronukleárního genomu z jeho mikronukleárního prekurzoru dešifrováno.[5]
The mitochondriální genom byl také sekvenován a je největším známým mitochondriálním genomem ciliate s délkou přibližně 70 kbp. Stejně jako ostatní ciliate mitochondriální genomy, ty z O. trifallax jsou lineární molekuly a obsahují řadu rozštěpených genů. Jejich mitochondrie také obsahují samostatný plazmid, na kterém se mohly podílet horizontální přenos genů během vývoje mitochondriálního genomu.[6]
Taxonomie a systematika
Taxonomie O. trifallax bylo napadeno. Bylo překlasifikováno na Sterkiella histriomuscorum na základě morfologických charakteristik, ale a molekulární fylogeneze podporuje původní klasifikaci jako druh Oxytricha.[7]
Reference
- ^ Warren, A. (2019). Světová databáze Ciliophora. Sterkiella histriomuscorum (Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991) Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991. Přístup k: World Register of Marine Species at: http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=427777 dne 01.01.2019
- ^ A b Swart, Estienne C .; Bracht, John R .; Magrini, Vincent; Minx, Patrick; Chen, Xiao; Zhou, Yi; Khurana, Jaspreet S .; Goldman, Aaron D .; Nowacki, Mariusz (2013-01-29). „Makronukleární genom Oxytricha trifallax: Komplexní eukaryotický genom se 16 000 drobných chromozomů“. PLOS Biology. 11 (1): e1001473. doi:10.1371 / journal.pbio.1001473. ISSN 1545-7885. PMC 3558436. PMID 23382650.
- ^ „Tento bizarní organismus si buduje nový genom pokaždé, když má sex“. WIRED. Citováno 2017-07-25.
- ^ Jung, S .; Swart, E. C .; Minx, P. J .; Magrini, V .; Mardis, E. R .; Landweber, L. F .; Eddy, S.R. (2011-09-01). „Využití nanotromozomů Oxytricha trifallax k screeningu nekódujících genů RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (17): 7529–7547. doi:10.1093 / nar / gkr501. ISSN 0305-1048. PMC 3177221. PMID 21715380.
- ^ Chen, Xiao; Bracht, John R .; Goldman, Aaron David; Dolzhenko, Egor; Clay, Derek M .; Swart, Estienne C .; Perlman, David H .; Doak, Thomas G .; Stuart, Andrew (2014). „Architektura míchaného genomu odhaluje během vývoje obrovské úrovně genomického přeskupení“. Buňka. 158 (5): 1187–1198. doi:10.1016 / j.cell.2014.07.034. PMC 4199391. PMID 25171416.
- ^ Swart, Estienne C .; Nowacki, Mariusz; Shum, Justine; Stiles, Heather; Higgins, Brian P .; Doak, Thomas G .; Schotanus, Klaas; Magrini, Vincent J .; Minx, Patrick (01.01.2012). „Mitochondriální genom Oxytricha trifallax“. Biologie genomu a evoluce. 4 (2): 136–154. doi:10.1093 / gbe / evr136. PMC 3318907. PMID 22179582.
- ^ Zoller, Stephen D .; Hammersmith, Robert L .; Swart, Estienne C .; Higgins, Brian P .; Doak, Thomas G .; Herrick, Glenn; Landweber, Laura F. (2012). „Charakterizace a taxonomická platnost nálevníku Oxytricha trifallax (třída Spirotrichea) na základě více genových sekvencí: Omezení při identifikaci rodů pouze morfologií“. Protist. 163 (4): 643–657. doi:10.1016 / j.protis.2011.12.006. PMC 3433844. PMID 22325790.