NrrF RNA - NrrF RNA

NrrF RNA
	Předpokládaná sekundární struktura NrrF RNA
Identifikátory
Symbol	NrrF
Rfam	RF01416
Další údaje
RNA typ	gen, antisense RNA
Domény	Neisseria
PDB struktur	PDBe

NrrF je nekódující RNA který je regulován Regulátor vychytávání železitého (Fur) protein v bakteriích. Tato nekódující RNA byla identifikována v Neisseria meningitidis a podílí se na regulaci železa v sukcinát dehydrogenáza geny sdhA a sdhC.^[1]^[2] NrrF funguje jako antisense RNA a je komplementární ke spojení mezi druhým a třetím genem operátoru sdh (sdhD a sdhA). Sekundární struktura předpovědi naznačily, že k této interakci dochází v oblasti jednořetězcové smyčky NrrF RNA. Při nízké koncentraci železa je NrrF přítomen ve vysoké koncentraci a tvoří duplex s přepisem dovnitř Hfq závislým způsobem. RNA garde Hfq působí na posílení vazby NrrF nebo stabilizaci duplexu transkriptu NrrF / sdh. Vazba NrrF má za následek regulaci transkriptu sdhCDAB mRNA dolů a vede k Fur-dependentní pozitivní regulaci sukcinát dehydrogenázy. Dalším cílem NrrF RNA je mRNA petABC, kódování pro cytochrom bc1 (základní součásti N. meningitidis dýchací řetězec). Interakce mezi NrrF a 5 'nepřeloženou oblastí petABC mRNA vede k jeho represi.^[3]

Zdá se, že NrrF je omezen na druhy Neisseria a u jiných druhů dosud nebyly identifikovány žádné homology.

Viz také

Reference

^ Mellin JR, Goswami S, Grogan S, Tjaden B, Genco CA (květen 2007). „Pro nepřímou kožešinou zprostředkovanou regulaci genů sdhA a sdhC v Neisseria meningitidis je nutná nová malá RNA regulovaná kožešinou a železem, NrrF“. Journal of Bacteriology. 189 (10): 3686–3694. doi:10.1128 / JB.01890-06. PMC 1913314. PMID 17351036.
^ Metruccio MM, Fantappiè L, Serruto D, Muzzi A, Roncarati D, Donati C, Scarlato V, Delany I (únor 2009). „Malá nekódující RNA NrrF závislá na Hfq přímo zprostředkovává pozitivní regulaci sukcinát dehydrogenázy závislou na Fur u Neisseria meningitidis“. Journal of Bacteriology. 191 (4): 1330–1342. doi:10.1128 / JB.00849-08. PMC 2631994. PMID 19060140.
^ Pannekoek Y, Huis In 't Veld R, Schipper K, Bovenkerk S, Kramer G, Speijer D, van der Ende A (září 2017). "1 komponenta od NrrF, Fur-kontrolovaná malá nekódující RNA". FEBS Open Bio. 7 (9): 1302–1315. doi:10.1002/2211-5463.12266. PMC 5586341. PMID 28904860.

Další čtení

Jackson LA, Pan JC, Day MW, Dyer DW (listopad 2013). „Kontrola stability RNA pomocí NrrF, malé RNA regulované železem v Neisseria gonorrhoeae“. Journal of Bacteriology. 195 (22): 5166–5173. doi:10.1128 / JB.00839-13. PMC 3811587. PMID 24039262.

externí odkazy

Vstup Rfam pro NrrF RNA

Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[pmid17351036-1] Mellin JR, Goswami S, Grogan S, Tjaden B, Genco CA (květen 2007). „Pro nepřímou kožešinou zprostředkovanou regulaci genů sdhA a sdhC v Neisseria meningitidis je nutná nová malá RNA regulovaná kožešinou a železem, NrrF“. Journal of Bacteriology. 189 (10): 3686–3694. doi:10.1128 / JB.01890-06. PMC 1913314. PMID 17351036.

[pmid19060140-2] Metruccio MM, Fantappiè L, Serruto D, Muzzi A, Roncarati D, Donati C, Scarlato V, Delany I (únor 2009). „Malá nekódující RNA NrrF závislá na Hfq přímo zprostředkovává pozitivní regulaci sukcinát dehydrogenázy závislou na Fur u Neisseria meningitidis“. Journal of Bacteriology. 191 (4): 1330–1342. doi:10.1128 / JB.00849-08. PMC 2631994. PMID 19060140.

[3] Pannekoek Y, Huis In 't Veld R, Schipper K, Bovenkerk S, Kramer G, Speijer D, van der Ende A (září 2017). "1 komponenta od NrrF, Fur-kontrolovaná malá nekódující RNA". FEBS Open Bio. 7 (9): 1302–1315. doi:10.1002/2211-5463.12266. PMC 5586341. PMID 28904860.

[1]

[2]

[3]