Netropsin - Netropsin

Netropsin
Netropsin.png
Jména
Název IUPAC
N- {5 - [(3-Amino-3-iminopropyl) karbamoyl] -l-methyl-lH-pyrrol-3-yl} -4 - [(N-karbamimidoylglycyl) amino] -l-methyl-lH-pyrrol- 2-karboxamid
Ostatní jména
Nt, congocidin, sinanomycin
Identifikátory
3D model (JSmol )
ChEMBL
ChemSpider
Informační karta ECHA100.162.288 Upravte to na Wikidata
UNII
Vlastnosti
C18H26N10Ó3 · 2HCl
Molární hmotnost503,39 g / mol
Vzhledbílý prášek
Pokud není uvedeno jinak, jsou uvedeny údaje o materiálech v nich standardní stav (při 25 ° C [77 ° F], 100 kPa).
☒N ověřit (co je šekY☒N ?)
Reference Infoboxu

Netropsin (také nazývané kongocidin nebo sinanomycin[1]) je polyamid s antibiotikum a antivirový aktivita. Netropsin objevil Finlay et al., a nejprve izolován od aktinobakterium Streptomyces netropsis.[2] Patří do třídy pyrrol-amidinu antibiotika.

Vlastnosti vázání DNA

Netropsin se váže na malá drážka sekvencí dvouřetězcových sekvencí bohatých na AT DNA.[3] Naproti tomu netropsin neváže jednořetězcovou DNA ani dvouřetězcovou RNA. Byly získány krystalografické struktury netropsinu vázaného na DNA a objasňují podrobnosti o tom, jak se léčivo váže v malé drážce.[4][5] Ve vázané struktuře lék vytváří interakce vodíkových vazeb se čtyřmi následujícími páry bází duplexu DNA, čímž lokálně vytěsňuje molekuly vody páteře hydratace.

Netropsin (zobrazený v reprezentaci vyplňující prostor) vázaný na DNA (zobrazený jako vazby)

Použitím gelové mobility a analytické ultracentrifugace se ukázalo, že vazba netropsinu na DNA zvyšuje zkroucení na bázi přibližně o 9˚ na vázanou molekulu.[6][7] Při interakci s pozitivně převinutou DNA tedy odstraňuje nadzávitnice a při navázání na uvolněnou nebo negativně nadzávitkovou DNA zavádí (další) negativní nadzávitnice. Účinek Netropsinu na nadšroubovicovou DNA byl podrobně sledován na jednotlivých molekulách pomocí magnetické pinzety.[8]

Antibiotické vlastnosti

Bylo prokázáno, že Netropsin je aktivní jak proti Grampozitivní bakterie a Gramnegativní bakterie.[9]

Viz také

Reference

  1. ^ Netropsin dihydrochlorid na Sigma-Aldrich
  2. ^ A.C. Finlay, F. A. Hochstein, B. A. Sobin a F. X. Murphy, J. Am. Chem Soc. 73 341-343 (1951)
  3. ^ C. Zimmer a U. Wähnert, Prog. Biophys. Molec. Biol. 47 31-112 (1986)
  4. ^ M. L. Kopka, C. Yoon, D. Goodsell, P. Pjura a R.E. Dickerson, J. Mol. Biol. 183 553-563 (1985)
  5. ^ M. L. Kopka, C. Yoon, D. Goodsell, P. Pjura a R.E. Dickerson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82 1376-1380 (1985)
  6. ^ G. Snounou a A. D. B. Malcolm, J. Mol. Biol. 167 211-216 (1983)
  7. ^ H. Triebel, H. Bär, R. Geuther a G. Burckhardt, Progr. Koloidní. Polym. Sci. 99 45-54 (1995)
  8. ^ J. Lipfert, S. Klijnhout a Nynke H. Dekker, "Nucleic Acids Res." „38“ 7122-32 (2010)
  9. ^ C. Zimmer a U. Wähnert, Prog. Biophys. Molec. Biol. 47 31-112 (1986)